3. Results and discussions3.1. cDNA

3. Results and discussions
3.1. cDNA libraries construction and characterization
Three independent cDNA libraries of intestine (Int), body wall
(BW) and respiratory tree (RT) from healthy sea cucumber (A.
japonicus) were constructed. The three cDNA libraries constructed
had titers of 1.5×106, 1.7×106and 1.8×106pfu/mL, respectively. A
summary of the results is shown in Table 1. From these libraries, highquality
sequences (N100 bp) were obtained from 5728 clones with
average length of 589 bp. Clustering and assembly of the ESTs identified
495 contigs (3610 reads) and 2118 singletons, representing 2613
unigenes. The sequences of 5728 ESTs have been deposited in GenBank
(accession numbers GH549706–GH552080, GH985318–GH986482,
GO253200–GO254149, GO495899–GO496165, GR705871–GR706800
and GR716891–GR716931).
3.2. Functional categorization of the identified unigenes in three libraries
All of the unigenes were submitted to the NCBI database for
BLASTX and BLASTN searches for functional annotation. From the
three libraries, 902 unigenes showed significant similarities to
proteins with known or putative functions. These unigenes were
categorized into 18 clusters and the numbers of unigenes from each
library in the various categories are presented in Table 2. The most
prominent category in the BW library was translation/ribosomal
structure and biogenesis, composed of 100 unigenes. The most
abundant unigenes in the Int and RT libraries appeared in the
category of metabolism. Moreover, unigenes involved in gene and
protein expression, cell and organism defense were well represented
in all three libraries. In the BW library, the number of unigenes related
to translation/ribosomal structure and biogenesis, energy production
and conversion, chromatin structure and dynamics were higher than
those in Int and RT libraries. These unigenes in the three functional
categories probably all participate in energy metabolism, and might
be related to the motor function and contractile function of the body
wall of sea cucumber. Compared to the other two libraries, the Int
library showed higher number of unigenes involved in gene and
protein expression, cell signaling and cell communication, and signal
transduction mechanisms. Furthermore, a large number of unigenes
associated with defense was also observed in the Int libraries, which
indicates that the intestine might be not only an important digestive
organ but also an indispensable immune organ in sea cucumber.
Totally, 17 and 16 functional categories were observed in the Int and
the BW libraries, while fewer categories (only 9 categories) were
detected in the RT library. The different patterns of gene expression in
the intestine, body wall and respiratory tree reflected their different
functional roles in the biological processes of sea cucumber at this
growth stage. Respiratory tree is unique to sea cucumbers and is not
found in any other echinoderm. The lower number of genes associated
with gene expression in the RT library might be due to the simple
biological function of respiratory tree, which is mainly used for gas
exchange. However, more categories of gene expression in the other

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3. ผลลัพธ์ และสนทนา3.1. cDNA ก่อสร้างไลบรารีและสมบัติไลบรารี cDNA อิสระสามของลำไส้ (Int), ผนังร่างกาย(BW) และแผนภูมิทางเดินหายใจ (RT) จากปลิงทะเลเพื่อสุขภาพ (อ.japonicus) ถูกสร้างขึ้น สร้างห้องสมุด cDNA สามมี titers 1.5 × 106, 1.7 × 106and × 1.8 106pfu/mL ตามลำดับ Aสรุปผลแสดงในตารางที่ 1 จากนี้ไลบรารี กำกับลำดับ (N100 bp) ได้รับจากโคลน 5728 ด้วยค่าเฉลี่ยความยาวของ 589 bp. Clustering และแอสเซมบลีของ ESTs ระบุ495 contigs (อ่าน 3610) และ 2118 singletons แทน 2613unigenes ลำดับของ 5728 ESTs ได้รับฝากไว้ใน GenBank(หมายเลขทะเบียน GH549706 – GH552080, GH985318-GH986482GO253200 – GO254149, GO495899-GO496165, GR705871-GR706800ก GR716891 – GR716931)3.2 การประเภทที่ทำงานของ unigenes ระบุในไลบรารีที่สามทั้งหมด unigenes ส่งมาที่ฐานข้อมูล NCBIค้นหา BLASTX และ BLASTN สำหรับคำอธิบายการทำงาน จากการไลบรารีสาม 902 unigenes แสดงให้เห็นความสำคัญเหมือนกับโปรตีน putative หรือรู้จัก Unigenes เหล่านี้ได้แบ่งเป็น 18 กลุ่มและหมายเลข unigenes จากห้องสมุดประเภทต่าง ๆ จะแสดงในตารางที่ 2 มากสุดหมวดหมู่ที่โดดเด่นในไลบรารี BW มี ribosomal/แปลโครงสร้างและ biogenesis ประกอบด้วย 100 unigenes มากสุดunigenes มากมายในไลบรารี Int และ RT ปรากฏในcategory of metabolism. Moreover, unigenes involved in gene andprotein expression, cell and organism defense were well representedin all three libraries. In the BW library, the number of unigenes relatedto translation/ribosomal structure and biogenesis, energy productionand conversion, chromatin structure and dynamics were higher thanthose in Int and RT libraries. These unigenes in the three functionalcategories probably all participate in energy metabolism, and mightbe related to the motor function and contractile function of the bodywall of sea cucumber. Compared to the other two libraries, the Intlibrary showed higher number of unigenes involved in gene andprotein expression, cell signaling and cell communication, and signaltransduction mechanisms. Furthermore, a large number of unigenesassociated with defense was also observed in the Int libraries, whichindicates that the intestine might be not only an important digestiveorgan but also an indispensable immune organ in sea cucumber.Totally, 17 and 16 functional categories were observed in the Int andthe BW libraries, while fewer categories (only 9 categories) weredetected in the RT library. The different patterns of gene expression inthe intestine, body wall and respiratory tree reflected their differentfunctional roles in the biological processes of sea cucumber at thisgrowth stage. Respiratory tree is unique to sea cucumbers and is notfound in any other echinoderm. The lower number of genes associatedwith gene expression in the RT library might be due to the simplebiological function of respiratory tree, which is mainly used for gasexchange. However, more categories of gene expression in the other

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3. ผลและการอภิปราย
3.1 ยีนก่อสร้างห้องสมุดและลักษณะสามห้องสมุด cDNA อิสระของลำไส้ (Int) ผนังร่างกาย (BW) และต้นไม้ทางเดินหายใจ (RT) จากแตงกวาทะเลที่ดีต่อสุขภาพ (เอjaponicus) ถูกสร้างขึ้น สามห้องสมุด cDNA สร้างมีtiters 1.5 × 106, 1.7 × 1.8 × 106and 106pfu / มิลลิลิตรตามลำดับ สรุปผลจะแสดงในตารางที่ 1 จากห้องสมุดเหล่านี้มีคุณภาพสูงลำดับ(N100 bp) ที่ได้รับจาก 5728 โคลนที่มีความยาวเฉลี่ยของ589 bp การจัดกลุ่มและการชุมนุมของ ESTs ที่ระบุ495 contigs (อ่าน 3610) และ 2118 singletons คิดเป็น 2,613 unigenes ลำดับของ ESTs 5728 ได้รับการฝากใน GenBank (หมายเลขภาคยานุวัติ GH549706-GH552080, GH985318-GH986482, GO253200-GO254149, GO495899-GO496165, GR705871-GR706800 และ GR716891-GR716931). 3.2 ฟังก์ชั่นการจัดหมวดหมู่ของ unigenes สามที่ระบุไว้ในห้องสมุดทั้งหมดของunigenes ถูกส่งไปยังฐานข้อมูล NCBI สำหรับBLASTX และการค้นหากล่าวหาคำอธิบายประกอบสำหรับการทำงาน จากสามห้องสมุด 902 unigenes แสดงให้เห็นความคล้ายคลึงกันอย่างมีนัยสำคัญโปรตีนที่มีฟังก์ชั่นที่ทราบหรือสมมุติ unigenes เหล่านี้ถูกแบ่งออกเป็น18 กลุ่มและหมายเลขของ unigenes จากแต่ละห้องสมุดในประเภทต่างๆจะถูกนำเสนอในตารางที่2 มากที่สุดหมวดหมู่ที่โดดเด่นในห้องสมุดBW ถูกแปล / โซมโครงสร้างและbiogenesis ประกอบด้วย 100 unigenes ส่วนใหญ่unigenes มากมายใน Int และห้องสมุด RT ปรากฏอยู่ในหมวดหมู่ของการเผาผลาญอาหาร นอกจากนี้ยังมีส่วนร่วมใน unigenes ของยีนและการแสดงออกของโปรตีนของเซลล์สิ่งมีชีวิตและการป้องกันประเทศเป็นตัวแทนที่ดีในทั้งสามห้องสมุด ในห้องสมุด BW จำนวน unigenes ที่เกี่ยวข้องกับการแปล/ โครงสร้างโซมอลและ biogenesis, การผลิตพลังงานและการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างโครมาติและการเปลี่ยนแปลงสูงกว่าผู้ที่อยู่ในInt RT และห้องสมุด unigenes เหล่านี้ในการทำงานในสามประเภททั้งหมดอาจจะมีส่วนร่วมในการเผาผลาญพลังงานและอาจจะเกี่ยวข้องกับการทำงานของมอเตอร์และฟังก์ชั่นการหดตัวของร่างกายผนังของปลิงทะเล เมื่อเทียบกับอีกสองห้องสมุดที่ Int ห้องสมุดแสดงให้เห็นว่าจำนวนที่สูงขึ้นของ unigenes มีส่วนร่วมในการแสดงออกของยีนและการแสดงออกของโปรตีนสัญญาณมือถือและการสื่อสารมือถือและสัญญาณกลไกพลังงาน นอกจากนี้จำนวนมากของ unigenes ที่เกี่ยวข้องกับการป้องกันพบว่ายังอยู่ในห้องสมุด Int ซึ่งแสดงให้เห็นว่าลำไส้อาจจะไม่ได้เป็นเพียงการย่อยอาหารที่สำคัญอวัยวะแต่ยังอวัยวะภูมิคุ้มกันขาดไม่ได้ในปลิงทะเล. ทั้งหมด 17 และ 16 ประเภทการทำงานถูกตั้งข้อสังเกต ใน Int และห้องสมุดBW ในขณะที่ประเภทน้อย (เพียง 9 ประเภท) ได้รับการตรวจพบในห้องสมุดRT ที่แตกต่างกันรูปแบบการแสดงออกของยีนในลำไส้ผนังของร่างกายและระบบทางเดินหายใจของต้นไม้ที่แตกต่างกันของพวกเขาสะท้อนให้เห็นถึงบทบาทการทำงานในกระบวนการทางชีวภาพของปลิงทะเลนี้ในระยะการเจริญเติบโต ต้นไม้ที่ระบบทางเดินหายใจเป็นเอกลักษณ์ของปลิงทะเลและไม่ได้พบในปลาดาวอื่น ๆ จำนวนที่ลดลงของยีนที่เกี่ยวข้องกับการแสดงออกของยีนในห้องสมุด RT อาจจะเกิดจากการที่เรียบง่ายฟังก์ชั่นทางชีวภาพของต้นไม้ทางเดินหายใจซึ่งส่วนใหญ่จะใช้สำหรับก๊าซแลกเปลี่ยน แต่ประเภทอื่น ๆ ของการแสดงออกของยีนในอื่น ๆ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3 . ผลและการอภิปราย
3.1 . cDNA ห้องสมุดก่อสร้างและคุณสมบัติ
สามอิสระ cDNA ห้องสมุดของลำไส้ ( INT ) ผนังลำตัว
( BW ) และต้นไม้ทางเดินหายใจ ( RT ) จากปลิงทะเลสุขภาพ ( A .
japonicus ) ได้ถูกสร้างขึ้น สาม cDNA ห้องสมุดที่สร้างขึ้นโดย
ได้ 1.5 × 106 , 1.7 1.8 ×× 106and 106pfu / มิลลิลิตร ตามลำดับ a
สรุปของผลแสดงดังตารางที่ 1จากห้องสมุดเหล่านี้ highquality
ลำดับ ( 100 BP ) ที่ได้รับจากของโคลน
ความยาวเฉลี่ยของคุณบีพี การจัดกลุ่มและแอสเซมบลีของฐานข้อมูลระบุ
495 สูง ( 3610 คนอ่าน ) และ 2118 singletons เป็นตัวแทน 1836
unigenes . ลำดับของ Oracle ฐานข้อมูล ได้รับเงินบริเวณ
( หนังสือตัวเลข gh549706 – gh552080 gh985318 – gh986482
, , go253200 – go254149 go495899 go496165 , – ,gr705871 –และ gr706800
gr716891 – gr716931 )
2 . การทำงานของการระบุ unigenes สามห้องสมุด
ทั้งหมดของ unigenes ที่ถูกส่งไปยังฐานข้อมูล ncbi สำหรับ
blastx และค้นหาบันทึกย่อ blastn สําหรับการทํางาน จาก
3 ห้องสมุด , 902 unigenes อย่างมีนัยสำคัญคล้ายคลึงกับโปรตีนที่รู้จักกัน

หรือฟังก์ชันการแสดงออก . unigenes เหล่านี้
แบ่งออกเป็น 18 กลุ่มและตัวเลขของแต่ละคน
unigenes จากห้องสมุดในประเภทต่าง ๆ จะแสดงในตารางที่ 2 ที่สุด
เด่นประเภทใน BW ห้องสมุดคือการแปล / โครงสร้างและ Protein
สัตว์ในสวนสัตว์ ประกอบด้วย 100 unigenes . ที่สุด
มากมาย unigenes ใน INT และ RT ห้องสมุดปรากฏใน
ประเภทของการเผาผลาญ นอกจากนี้ unigenes เกี่ยวข้องกับยีนและ