2.6. Identification of selected bac

2.6. Identification of selected bacterial isolates
Taxonomic identification of bacterial isolates showing potential for fipronil
metabolization was based upon broad morphological characteristics (shape and
arrangement of bacterial cells, grams reaction) and 16s ribosomal RNA (16s rRNA)
nucleotide sequence homology with GenBank database of NCBI (National Center for
Biotechnology Information) as described below:
Bacterial DNA isolation: A loopful of bacterial mass taken from an isolated clone on
LB-agar plate was inoculated into 3 ml of Luria Broth (LB) and allowed to grow for 48 h
at 2871 1C on an orbital shaker (150 rpm). The bacterial cell mass was harvested in
pellet by centrifugation at 10,000 rpm for 1 min. The cell mass was lyzed by
suspending in 10 mM Tris EDTA buffer (TE) containing 20 mg ml−1 lysozyme, followed
by incubation at RT for 10 min. The cellular proteins in the lysate were removed by
three extractions with phenol:chloroform (1:1 v/v) followed by chloroform:isoamyl
alcohol (25:1 v/v). The total DNA in the aqueous phase was precipitated with equal
volume of isopropanol in the presence of 0.25 M sodium acetate, pH 5.2. The bacterial
DNA was collected in pellet by centrifugation at 10,000 rpm, for 5 min. The DNA pellet
was washed once with 70% ethanol and allowed to dry at RT. The Dried DNA pellet was
dissolved in 100 μl of TE buffer and stored at −20 1C until used. The quality of DNA
isolated from bacteria was determined by horizontal agarose 0.7 per cent containing
ethidium bromide @1 mg per ml gel electrophoresis in 1
TAE (Tris Acetate EDTA)
buffer at 75 V for 1 h. The DNA bands were visualized and photographed under a UV
transilluminator in ‘UltraCam Gel documentation system’.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.6. Identification of selected bacterial isolatesTaxonomic identification of bacterial isolates showing potential for fipronilmetabolization was based upon broad morphological characteristics (shape andarrangement of bacterial cells, grams reaction) and 16s ribosomal RNA (16s rRNA)nucleotide sequence homology with GenBank database of NCBI (National Center forBiotechnology Information) as described below:Bacterial DNA isolation: A loopful of bacterial mass taken from an isolated clone onLB-agar plate was inoculated into 3 ml of Luria Broth (LB) and allowed to grow for 48 hat 2871 1C on an orbital shaker (150 rpm). The bacterial cell mass was harvested inpellet by centrifugation at 10,000 rpm for 1 min. The cell mass was lyzed bysuspending in 10 mM Tris EDTA buffer (TE) containing 20 mg ml−1 lysozyme, followedby incubation at RT for 10 min. The cellular proteins in the lysate were removed bythree extractions with phenol:chloroform (1:1 v/v) followed by chloroform:isoamylalcohol (25:1 v/v). The total DNA in the aqueous phase was precipitated with equalvolume of isopropanol in the presence of 0.25 M sodium acetate, pH 5.2. The bacterialDNA was collected in pellet by centrifugation at 10,000 rpm, for 5 min. The DNA pelletwas washed once with 70% ethanol and allowed to dry at RT. The Dried DNA pellet wasdissolved in 100 μl of TE buffer and stored at −20 1C until used. The quality of DNAแยกต่างหากจากแบคทีเรียถูกกำหนด โดยประกอบด้วยร้อยละ 0.7 ของ agarose แนวนอนethidium โบรไมด์ @1 มก.ต่อมล.เจ electrophoresis ในเต้ 1 (ทริสเรทติ้ง Acetate EDTA)บัฟเฟอร์ที่ 75 V สำหรับ 1 h Visualized และถ่ายภาพภายใต้ UV เป็นแถบดีเอ็นเอtransilluminator 'UltraCam เจเอกสารระบบ'

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.6 บัตรประจำตัวของแบคทีเรียที่เลือกแยกการระบุอนุกรมวิธานของเชื้อแบคทีเรียที่แสดงให้เห็นศักยภาพในการ fipronil metabolization ก็ขึ้นอยู่กับลักษณะทางสัณฐานวิทยาในวงกว้าง (รูปร่างและการจัดเรียงของเซลล์แบคทีเรียกรัมปฏิกิริยา) และ 16s โซมอลอาร์เอ็นเอ (rRNA 16s) ลำดับที่คล้ายคลึงกันเบื่อหน่ายกับฐานข้อมูล GenBank ของ NCBI (แห่งชาติ ศูนย์เทคโนโลยีชีวภาพข้อมูล) ตามที่อธิบายไว้ด้านล่าง: การแยกดีเอ็นเอแบคทีเรีย: loopful มวลแบคทีเรียที่นำมาจากโคลนที่แยกบนแผ่นLB-วุ้นได้รับเชื้อเป็น 3 มิลลิลิตร Luria น้ำซุป (LB) และได้รับอนุญาตที่จะเติบโตเป็นเวลา 48 ชั่วโมงที่2,871 1C บน ปั่นโคจร (150 รอบต่อนาที) มวลเซลล์ของแบคทีเรียได้เก็บเกี่ยวในเม็ดโดยการหมุนเหวี่ยงที่ 10,000 รอบต่อนาทีเป็นเวลา 1 นาที มวลเซลล์ lyzed โดยระงับใน 10 มิลลิ Tris บัฟเฟอร์ EDTA (TE) ที่มี 20 mg ml-1 ไลโซไซม์ตามโดยการบ่มที่RT เป็นเวลา 10 นาที โปรตีนโทรศัพท์มือถือใน lysate ถูกถอดออกจากสามด้วยการสกัดสารฟีนอล: คลอโรฟอร์ม (1: 1 v / v) ตามด้วยคลอโรฟอร์ม: isoamyl เครื่องดื่มแอลกอฮอล์ (25: 1 v / v) ดีเอ็นเอรวมในเฟสน้ำได้รับการตกตะกอนด้วยเท่ากับปริมาณของ isopropanol ในการปรากฏตัวของ 0.25 M acetate โซเดียมค่า pH 5.2 แบคทีเรียดีเอ็นเอมีการรวบรวมเม็ดโดยการหมุนเหวี่ยงที่ 10,000 รอบต่อนาทีเป็นเวลา 5 นาที เม็ดดีเอ็นเอถูกล้างครั้งเดียวกับเอทานอล 70% และได้รับอนุญาตให้แห้งที่ RT เม็ดดีเอ็นเอแห้งถูกกลืนหายไปใน 100 ไมโครลิตรของ buffer TE และเก็บไว้ที่อุณหภูมิ -20 1C จนกว่าจะใช้ คุณภาพของดีเอ็นเอที่แยกได้จากแบคทีเรียที่ถูกกำหนดโดย agarose แนวนอนร้อยละ 0.7 ที่มีโบรไมด์ethidium @ 1 มิลลิกรัมต่อข่าวคราวมล. 1? TAE (ทริส Acetate EDTA) บัฟเฟอร์ที่ 75 V เป็นเวลา 1 ชั่วโมง วงดนตรีที่ดีเอ็นเอถูกมองเห็นและถ่ายภาพภายใต้แสงยูวีtransilluminator ใน 'UltraCam ระบบเอกสารเจล'

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.6 การเลือกชนิดของแบคทีเรียที่คัดเลือก
อนุกรมวิธานแบคทีเรียที่คัดเลือกแสดงศักยภาพ ฟิโปรนิล
metabolization คร่าว ๆ ( ตามลักษณะรูปร่างและการจัดเรียงเซลล์แบคทีเรียกรัม
, ปฏิกิริยา ) และ 16S ไรโบโซมอล อาร์เอ็นเอ ( 16S rRNA )
ลำดับนิวคลีโอไทด์กับฐานข้อมูลขนาดตัวของ ncbi ( ศูนย์
แห่งชาติข้อมูลชีวภาพ ) ตามที่อธิบายไว้ด้านล่าง :
แยกดีเอ็นเอของแบคทีเรียแบคทีเรีย : loopful มวลนํามาจากแยกโคลนบน
lb agar plate เป็นเชื้อ 3 มล. ของลุเรีย broth ( ปอนด์ ) และได้รับอนุญาตให้เติบโต 48 H
ที่ 2871 1C ในเครื่องปั่นโคจร ( 150 รอบต่อนาที ) มวลเซลล์แบคทีเรียเก็บเกี่ยวใน
เม็ดโดยการเหวี่ยงแยกที่ 10 , 000 รอบต่อนาทีเป็นเวลา 1 นาที มวลเซลล์ถูก lyzed
โดยระงับใน 10 มม. ซึ่ง EDTA บัฟเฟอร์ ( TE ) ที่มี 20 มิลลิกรัมต่อมิลลิลิตร− 1 ไลโซไซม์ตาม
โดยการบ่มที่ RT 10 นาทีโปรตีนของเซลล์ใน lysate ถูกลบออกโดย
3 การสกัดด้วย phenol : คลอโรฟอร์ม ( 1 : 1 v / v ) ตามด้วยคลอโรฟอร์มในปริมาณแอลกอฮอล์ :
( 25 : 1 v / v ) ดีเอ็นเอทั้งหมดในเฟสน้ำมาตกตะกอนด้วยปริมาณเท่ากับ
ของไอโซโพรพานอลในการปรากฏตัวของ 0.25 M โซเดียมอะซีเตทpH 5.2 . ดีเอ็นเอแบคทีเรีย
รวบรวมในเม็ดโดยการเหวี่ยงแยกที่ 10 , 000 รอบต่อนาที เป็นเวลา 5 นาที ดีเอ็นเอเม็ด
ซักครั้งกับ 70% เอทานอล และได้รับอนุญาตให้แห้ง เมื่อแห้งดี RT . การผลิต
ละลาย 100 μ l TE บัฟเฟอร์ และเก็บรักษาที่อุณหภูมิ 20 − c จนใช้ คุณภาพของดีเอ็นเอที่แยกได้จากแบคทีเรียที่ถูกกำหนดด้วย

( 0.7 เปอร์เซ็นต์บรรจุแนวนอนทิเดียมโบรไมด์ @ 1 มิลลิกรัมต่อมิลลิลิตร gel electrophoresis ใน 1
แท ( จากอะซิเตทบัฟเฟอร์ที่ 75 ( EDTA )
1 H , แถบดีเอ็นเอถูกมองเห็นและถ่ายภาพภายใต้แสงยูวี
transilluminator ' ultracam เจลเอกสารระบบ '