Although a large number of genes ar

Although a large number of genes are expected to correctly solve a phylogenetic relationship, inconsistent gene
tree topologies have been observed. This conflicting evidence in gene tree topologies, known as gene tree
discordance, becomes increasingly important as advanced sequencing technologies produce an enormous
amount of sequence information for phylogenomic studies among closely related species. Here, we aim to
characterize the gene tree discordance of the Asian cultivated rice Oryza sativa and its progenitor, O. rufipogon,
which will be an ideal case study of gene tree discordance. Using genome and cDNA sequences of O. sativa and
O. rufipogon, we have conducted the first in-depth analyses of gene tree discordance in Asian rice. Our
comparison of full-length cDNA sequences of O. rufipogon with the genome sequences of the japonica and
indica cultivars of O. sativa revealed that 60% of the gene trees showed a topology consistent with the expected
one, whereas the remaining genes supported significantly different topologies. Moreover, the proportions of
the topologies deviated significantly from expectation, suggesting at least one hybridization event between the
two subgroups of O. sativa, japonica and indica. In fact, a genome-wide alignment between japonica and indica
indicated that significant portions of the indica genome are derived from japonica. In addition, literature
concerning the pedigree of the indica cultivar strongly supported the hybridization hypothesis. Our molecular
evolutionary analyses deciphered complicated evolutionary processes in closely related species. They also
demonstrated the importance of gene tree discordance in the era of high-speed DNA sequencing.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แม้ว่าจำนวนมากของยีนที่คาดว่าจะแก้ปัญหาความสัมพันธ์ของสายวิวัฒนาการอย่างถูกต้องไม่สอดคล้องกันของยีน
โครงสร้างต้นไม้ที่ได้รับการตั้งข้อสังเกต หลักฐานที่ขัดแย้งกันนี้ในโครงสร้างต้นไม้ของยีนที่เรียกว่ายีนต้นไม้
ความบาดหมางกันจะกลายเป็นความสำคัญมากขึ้นเป็นลำดับขั้นสูงเทคโนโลยีการผลิตขนาดใหญ่
ปริมาณของข้อมูลลำดับสำหรับการศึกษา phylogenomic ในหมู่สายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด ที่นี่เรามุ่งมั่นที่จะ
ลักษณะความบาดหมางต้นไม้ยีนของเอเชียปลูกข้าว oryza sativa และรากเหง้าของ o rufipogon
ซึ่งจะเป็นกรณีศึกษาที่ดีของความบาดหมางต้นไม้ยีน โดยใช้จีโนมและยีนลำดับ o sativa และ
o rufipogon,เราได้ดำเนินการเป็นครั้งแรกในการวิเคราะห์เชิงลึกของความบาดหมางต้นไม้ยีนในข้าวเอเชีย ของเรา
การเปรียบเทียบของลำดับยีนเต็มความยาวของ o rufipogon กับลำดับจีโนมของจาปอและพันธุ์ indica
o ของ sativa เผยว่า 60% ของต้นไม้ยีนที่แสดงให้เห็นโครงสร้างที่สอดคล้องกับที่คาดว่าจะ
หนึ่งในขณะที่ยีนที่เหลือได้รับการสนับสนุนที่แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญโครงสร้าง ยิ่งไปกว่านั้นสัดส่วนของ
โครงสร้างผิดไปจากความคาดหวังอย่างมีนัยสำคัญชี้ให้เห็นเหตุการณ์พันธุ์อย่างน้อยหนึ่งระหว่างสอง
o กลุ่มย่อยของ sativa japonica และ indica ในความเป็นจริงการจัดตำแหน่งจีโนมกว้างระหว่างจาปอและ indica
ชี้ให้เห็นว่าบางส่วนที่สำคัญของจีโนม indica จะได้มาจากปอ นอกจากนี้วรรณกรรม
เกี่ยวกับสายเลือดของพันธุ์ indica สนับสนุนสมมติฐานการผสมข้ามพันธุ์ การวิเคราะห์โมเลกุล
วิวัฒนาการของเราถอดรหัสกระบวนการวิวัฒนาการที่ซับซ้อนในสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด พวกเขายังแสดงให้เห็นถึงความสำคัญ
ของยีนความบาดหมางต้นไม้ในยุคของลำดับดีเอ็นเอความเร็วสูง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

แม้ว่าจำนวนยีนคาดว่าจะถูกแก้ความสัมพันธ์ phylogenetic ยีนไม่สอดคล้องกัน
โทต้นไม้ได้ถูกสังเกต หลักฐานนี้ความขัดแย้งในยีนทรีโท เรียกว่ายีนทรี
discordance กลายเป็นสิ่งสำคัญมากเป็นขั้นสูงลำดับเทคโนโลยีผลิตเป็นขนาดใหญ่
จำนวนข้อมูลลำดับ phylogenomic ศึกษาระหว่างสัมพันธ์พันธุ์ ที่นี่ เราจุดมุ่งหมายเพื่อ
ลักษณะ discordance ทรียีนซา Oryza ข้าวปลูกเอเชียและของ progenitor, O. rufipogon,
ซึ่งจะเหมาะกรณีศึกษาของยีนทรี discordance ใช้ลำดับจีโนมและ cDNA ของ O. ซา และ
O. rufipogon เราได้ดำเนินการวิเคราะห์ในเชิงลึกแรกของ discordance ทรียีนในข้าวเอเชีย ของเรา
เปรียบเทียบลำดับ cDNA ปราศจากของ O. rufipogon มีลำดับกลุ่มของ japonica และ
พันธุ์ indica ของซา O. เปิดเผยแสดงให้เห็นว่า 60% ของต้นยีนว่าโทโพโลยีสอดคล้องกับที่คาด
หนึ่ง ในขณะที่ยีนที่เหลือได้รับการสนับสนุนโทแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญ นอกจากนี้ สัดส่วนของ
โทที่ deviated มากจากความคาดหวัง การแนะนำเหตุการณ์ hybridization น้อยระหว่าง
ลำดับซา O., japonica และ indica ในความเป็นจริง การจัดตำแหน่งทั้งจีโนม japonica และ indica
ระบุว่า ส่วนสำคัญของกลุ่ม indica มาจาก japonica นอกจากนี้ วรรณคดี
เกี่ยวกับสายเลือดของ indica cultivar ขอสนับสนุนสมมติฐาน hybridization ของโมเลกุล
วิเคราะห์วิวัฒนาการฮิซับซ้อนกระบวนการวิวัฒนาการในสปีชีส์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด พวกเขายัง
แสดงความสำคัญของยีนทรี discordance ในยุคของลำดับดีเอ็นเอความเร็วสูง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แม้ว่าขนาดใหญ่จำนวนมากของยีนเป็นที่คาดว่าจะแก้ปัญหาความสัมพันธ์ phylogenetic ได้อย่างถูกต้องโทโพโลยียีนทรี
ซึ่งจะช่วยไม่ได้รับการปฏิบัติ หลักฐานขัดแย้งกันโทโพโลยีนี้ในทรียีนที่เรียกกันว่ายีนทรี
ความบาดหมางจะมีความสำคัญมากยิ่งขึ้นเป็นเทคโนโลยีการจัดลำดับขั้นสูงทำให้เกิดอย่างมหาศาล
จำนวนของข้อมูลลำดับสำหรับการศึกษา phylogenomic ท่ามกลางสายพันธุ์ต่างๆที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด. ณที่นี่เรามีเป้าหมายที่จะ
ซึ่งจะช่วยแสดงลักษณะความบาดหมางทรียีนของข้าวที่กระท่อม Sativa Sanur มีระดับเอเชียสิ้นและครูของ rufipogon O
ซึ่งจะเป็นกรณีศึกษาอย่างดีเยี่ยมของความบาดหมางยีนทรี การใช้ซีเควนซ์ของยีนและ cdna ของ rufipogon
o และกระท่อม Sativa Sanur มีระดับ O .เราได้ทำการวิเคราะห์เป็นครั้งแรกในความลึกของความบาดหมางทรียีนในข้าวในเอเชีย ของเรา
ซึ่งจะช่วยการเปรียบเทียบแบบเต็มความยาวของ cdna ลำดับ O rufipogon ด้วยยีนลำดับของที่ japonica และ
ยี่เข่ง cultivars ของ O กระท่อม Sativa Sanur มีระดับเปิดเผยว่า 60% ของยีนต้นแสดงให้เห็นโทโพโลยีสอดคล้องกับที่คาดว่า
,ยีนในขณะที่ที่เหลือที่สนับสนุนแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญโทโพโลยี. ยิ่งไปกว่านั้นสัดส่วนของโทโพโลยี
ซึ่งจะช่วยให้ความผิดพลาดคลาดเคลื่อนไปอย่างเห็นได้ชัดจากการคาดการณ์แนะนำอย่างน้อยหนึ่งเหตุการณ์ hybridization ระหว่าง
สองกลุ่มย่อยของกระท่อม Sativa Sanur มีระดับ O ยี่เข่งและ japonica ในความเป็นจริงแล้วการจัดแนวยีนที่พบได้แก่ระหว่าง japonica
ซึ่งจะช่วยระบุและว่าส่วนสำคัญของยีนที่พบได้แก่มีที่มาจาก japonica นอกจากนี้เอกสาร
ตามมาตรฐานเกี่ยวกับกำพืดของ cultivar ยี่เข่งที่สนับสนุนอย่างแข็งขันต่อข้อสมมุติฐาน hybridization ได้ ถูกถอดรหัส
วิวัฒนาการการวิเคราะห์ระดับโมเลกุลของเรามีความซับซ้อนกระบวนการวิวัฒนาการในสายพันธุ์ต่างๆที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด
ซึ่งจะช่วยพวกเขายังแสดงให้เห็นถึงความสำคัญของความบาดหมางทรียีนในยุคของการจัดลำดับดีเอ็นเอความเร็วสูง