Step I: peak detectionThe open-sour

Step I: peak detection
The open-source software MZmine (version 2.3) was applied to
automatically deconvolute the full scan data and to generate peak
lists. The acquired data was constrained to a mass to charge ratio
(m/z) range of 100–423 Da based on observations by Helbling et al.(2010) who concluded that it is not likely for a parent compound
with m/z of a to have a TP with m/z > (50 + a) Da [10]. During the peak
picking process, each mass with intensity above a defined noise
level (threshold: 10) was used to build a chromatogram within an
m/z window of 20 mDa. The chromatograms were smoothed by the
Savitzky–Golay method (window size: 5 data points) before they
were deconvoluted to generate peak lists containing m/z, retention
time (RT) and peak intensity of each feature.
The enviMass workflow (version 1.0) [15] was applied to process
the peak lists. For the two batches of experiments with river
Roter Main sediment – for which a blank-control experiment
was available – the peak lists of the incubations that contained
pharmaceuticals and the corresponding blank-control at the same
sampling time were simultaneously imported into enviMass and
the blank subtraction routine was applied (tolerance windows:
m/z: ±5 mDa; RT: ±0.05 min). Peaks with an at least four times
higher intensity compared to the blank-control were retained to
keep the initially spiked pharmaceuticals for further processing.
For the experiment with river Gründlach sediment, the blank subtraction
step was omitted due to the lack of a blank experiment.
Subsequently, the parent pharmaceuticals and internal standards
were filtered using m/z ratios, isotopic patterns, and RT. Finally,
peaks with mass differences equal to 13C and 37Cl isotopologue
ions and RT within a window of ±0.05 min were assigned to distinguish
the components with monoisotopic mass. Only those with an
observed 13C isotope peak were consequently retained in the list
of “unknowns” for further processing

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ขั้นตอน i:ตรวจสอบสูงสุดซอฟต์แวร์เปิดแหล่ง MZmine (เวอร์ชัน 2.3) ที่ถูกประยุกต์ใช้deconvolute ข้อมูลสมบูรณ์โดยอัตโนมัติ และสร้างยอดรายการ ข้อมูลได้รับถูกจำกัดเพื่อมวลประจุอัตราช่วง (m/z) 100 – 423 ดาตามสังเกตโดย Helbling et al.(2010) ที่สรุปว่า ไม่น่าจะสำหรับหลักผสมมี m/z ของการมี TP กับ m/z > (50 + การ) ดา [10] ในระหว่างการกระบวนการเบิกสินค้า แต่ละมวลกับความเข้มเหนือเสียงรบกวนที่กำหนดไว้ระดับ (ขีดจำกัด: 10) ถูกใช้เพื่อสร้าง chromatogram ภายในการหน้าต่าง m/z ของ 20 mDa Chromatograms มีโค้งโดยวิธี Savitzky – Golay (ขนาดหน้าต่าง: ข้อมูล 5 จุด) ก่อนที่พวกเขามี deconvoluted เพื่อสร้างรายการสูงสุดที่ประกอบด้วย m/z เก็บรักษาเวลา (RT) และความเข้มสูงสุดแต่ละคุณลักษณะลำดับ enviMass (รุ่น 1.0) [15] มีการใช้กระบวนการรายการสูงสุด สำหรับชุดสองการทดลองด้วยแม่น้ำตะกอนหลัก roter-ที่ว่างควบคุมการทดลองมี – รายการสูงสุดของ incubations ที่อยู่ยาและว่างตรงกันควบคุมที่เหมือนกันเวลาในการสุ่มตัวอย่างได้พร้อมกันนำเข้า enviMass และใช้ขั้นตอนการลบเปล่า (windows ยอมรับ:mDa ± 5 m/z: RT: ± 0.05 min) ยอดเขาที่มีเวลาน้อย 4ความเข้มสูงเมื่อเทียบกับตัวควบคุมว่างเปล่าได้ถูกเก็บไว้ให้ยาถูกแทงเริ่มประมวลผลต่อไปในการทดลองกับน้ำตะกอน Gründlach ลบเปล่าขั้นตอนถูกละเว้นเนื่องจากมีการทดลองที่ว่างในเวลาต่อมา ยาหลักและมาตรฐานภายในถูกกรองโดยใช้อัตราส่วน m/z รูปแบบ isotopic และ RT. สุดท้ายยอดเขาที่ มีความแตกต่างโดยรวมเท่ากับ isotopologue 13C และ 37Clประจุและ RT ภายในหน้าต่าง± 0.05 นาทีถูกกำหนดให้แยกความแตกต่างส่วนประกอบที่ มี monoisotopic โดยรวม เฉพาะผู้ที่มีการพีคไอโซโทป 13C สังเกตได้จึงเก็บไว้ในรายการของ "unknowns" ประมวลผลต่อไป

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ขั้นตอนที่ I: การตรวจสอบยอด
ซอฟต์แวร์โอเพนซอร์ส MZmine (รุ่น 2.3) ได้ถูกนำไปใช้
โดยอัตโนมัติ deconvolute ข้อมูลแบบเต็มสแกนและการสร้างยอด
รายการ ข้อมูลที่ได้มาจึงจำต้องมวลจะเรียกเก็บค่าอัตราส่วน
(m / Z) ช่วง 100-423 ดาตามข้อสังเกตโดย Helbling et al. (2010) ซึ่งได้ข้อสรุปว่ามันเป็นไปไม่ได้สำหรับสารประกอบแม่
กับม. / Z ของ ที่จะมี TP กับม. / Z> (50 +) ดา [10] ในช่วงจุดสูงสุด
กระบวนการยกมวลแต่ละคนมีความเข้มสูงกว่าเสียงที่กำหนด
ระดับ (เกณฑ์: 10) ถูกนำมาใช้ในการสร้างโครมาโทภายใน
เมตร / หน้าต่าง Z 20 ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ chromatograms ถูกเรียบโดย
วิธี Savitzky-Golay (ขนาดของหน้าต่าง: 5 จุดข้อมูล) ก่อนที่จะ
ถูก deconvoluted ในการสร้างรายการที่มียอดเมตร / Z, การเก็บ
. และเวลา (RT) และความเข้มสูงสุดของแต่ละคุณลักษณะ
เวิร์กโฟลว์ enviMass (รุ่น 1.0) [15] ถูกนำมาใช้ในการประมวลผล
รายการสูงสุด สำหรับทั้งสองกระบวนการของการทดลองกับแม่น้ำ
Roter ตะกอนหลัก - ที่ว่างเปล่าทดลองการควบคุม
ที่มีอยู่ - รายการจุดสูงสุดของการฟักตัวของเชื้อที่มี
ยาและสอดคล้องว่างเปล่าควบคุมในเวลาเดียวกัน
เวลาสุ่มตัวอย่างถูกนำเข้ามาพร้อมกันเป็น enviMass และ
ว่างเปล่า ประจำการลบถูกนำมาใช้ (หน้าต่างอดทน:
M / Z: ± 5 MDA; RT: ± 0.05 นาที) ยอดเขาที่มีอย่างน้อยสี่ครั้ง
รุนแรงที่สูงขึ้นเมื่อเทียบกับการควบคุมว่างเปล่าถูกเก็บไว้เพื่อ
ให้ยาถูกแทงในขั้นต้นสำหรับการประมวลผลต่อไป.
สำหรับการทดสอบกับแม่น้ำGründlachตะกอน, การลบว่างเปล่า
ขั้นตอนที่ถูกตัดออกเนื่องจากการขาดของการทดลองว่างเปล่า
ต่อมายาแม่และมาตรฐานภายใน
ถูกกรองโดยใช้อัตราส่วนเมตร / Z รูปแบบไอโซโทปและ RT ในที่สุด
ยอดเขาที่มีความแตกต่างมวลเท่ากับ 13C และ 37Cl isotopologue
ไอออนและ RT ภายในหน้าต่างของ± 0.05 นาทีได้รับมอบหมายให้แยกแยะ
ส่วนประกอบที่มีมวล monoisotopic เฉพาะผู้ที่มี
ข้อสังเกตยอดไอโซโทป 13C จึงถูกเก็บไว้ในรายการ
ของ "ราชวงศ์" สำหรับการประมวลผลต่อไป

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ขั้นที่ 1 : ตรวจสอบซอฟต์แวร์โอเพนซอร์สสูงสุด
mzmine ( รุ่น 2.3 ) ใช้
โดยอัตโนมัติ deconvolute เต็มสแกนข้อมูลและสร้างรายการยอด

ข้อมูลที่ได้มาถูกบังคับให้รวมค่าใช้จ่ายอัตราส่วน
( M / Z ) ช่วงของ 100 –คุณดา จากการสังเกตโดย helbling et al . ( 2010 ) ที่สรุปว่า มันไม่น่าจะเป็นสารประกอบ
พ่อแม่กับ M / Z ของมี TP กับ M / Z ( 50 ) ดา [ 10 ] ช่วง Peak
รับกระบวนการแต่ละมวลที่มีความเข้มสูงกว่ากำหนดเสียง
ระดับ ( เกณฑ์ : 10 ) ถูกใช้เพื่อสร้างการปลูกถ่ายไตภายใน
M / Z หน้าต่าง 20 2 . ส่วนกลิ่นก็เรียบด้วย
savitzky –วิธีการ golay ( ขนาด 5 จุดข้อมูลหน้าต่าง ) ก่อนที่พวกเขา
ถูก deconvoluted เพื่อสร้างยอดรายการที่มี m / z ,
คงอยู่เวลา ( RT ) และความเข้มสูงสุดของแต่ละคุณลักษณะ .
envimass เวิร์กโฟลว์ ( รุ่น 1.0 ) [ 15 ] การประยุกต์ใช้กระบวนการ
ยอดรายการ สำหรับชุดที่สองของการทดลองกับแม่น้ำ
โรเตอร์หลักดิน–ซึ่งว่างเปล่า มีการทดลองการควบคุม
–ยอดรายชื่อ incubations ที่มี
ยาควบคุมที่สอดคล้องกันว่างเหมือนกัน
ตัวอย่างเวลาได้พร้อมกันและนำเข้า envimass
ขั้นตอนการลบช่องว่างถูกประยุกต์ ( ความอดทน Windows :
M / Z : ± 5 ( ; RT : ± 0.05 min ) ยอดเขาที่มีอย่างน้อยสี่ครั้ง
ความเข้มสูงเมื่อเทียบกับการควบคุมเปล่าถูกเก็บไว้

ให้เริ่มจากยาสำหรับการประมวลผลต่อไป .
สำหรับการทดลองกับแม่น้ำ Gr ü ndlach ดิน
ลบที่ว่างเปล่าขั้นตอนที่ถูกตัดออกเนื่องจากขาดการทดลองว่าง .
ต่อมาผู้ปกครองยาและ
มาตรฐานภายในถูกกรองโดยใช้อัตราส่วนไอโซโทป , M / Z รูปแบบและ RT . ในที่สุด
ยอดที่มีมวลเท่ากับ 13C 37cl ความแตกต่างและ isotopologue
ไอออน และ RT ภายในหน้าต่างของ± 0.05 มินได้รับแยกแยะ
ประกอบกับ monoisotopic มวล เฉพาะผู้ที่มี
สังเกตได้จากไอโซโทป 13C ยอดสะสมในรายการ
" ไม่รู้ " สำหรับการประมวลผลต่อไป