In order to identify transcriptiona

In order to identify transcriptionally regulated reactions, a correlation between expression and flux changes was searched for. For this, the method of random sampling (22) was applied to generate 3,292 possible flux distributions for each of the conditions and constraints considered according to the measured external fluxes. Loops were avoided by setting the default bounds for the metabolic fluxes to infinity and negative infinity instead of 1,000 and −1,000, as is usually done. In order to obtain significance scores for the flux change in each reaction, the first sample of condition A (exponential phase) was compared with all the samples of condition B (stationary phase). The number of times that condition A had a higher or lower value for each reaction was subsequently computed. Then, the same procedure was repeated for the second sample of condition A, and this procedure was continued until the last sample of condition A was analyzed. The probability score for a flux increase or decrease is reflected by the fraction of 3,292 × 3,292 comparisons in which condition A had a higher or lower value than condition B. This probability score was subsequently compared with the probability scores of transcriptional changes. A correlation of the significance scores of both flux and transcript hints toward a transcriptional regulation of this reaction.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เพื่อระบุ transcriptionally ควบคุมปฏิกิริยา ความสัมพันธ์ระหว่างการเปลี่ยนแปลงนิพจน์และฟลักซ์ที่ค้นหา สำหรับนี้ วิธีการสุ่มตัวอย่างแบบสุ่ม (22) ถูกใช้เพื่อสร้างการกระจายการไหลเป็นไปได้ 3,292 สำหรับแต่ละเงื่อนไขและข้อจำกัดที่พิจารณาตาม fluxes ภายนอกวัด วนรอบถูกหลีกเลี่ยง โดยการกำหนดขอบเขตเริ่มต้นสำหรับ fluxes เผาผลาญอนันต์และอนันต์ลบแทน 1000 และ −1, 000 ที่มักจะทำ เพื่อให้ได้คะแนนความสำคัญของการไหลเปลี่ยนแปลงแต่ละปฏิกิริยา ตัวแรกอย่างของเงื่อนไข A (ระยะเนน) ถูกเปรียบเทียบกับตัวอย่างทั้งหมดเงื่อนไข B (ระยะเครื่องเขียน) ต่อมามีคำนวณจำนวนครั้งว่า เงื่อนไข A มีค่าสูง หรือต่ำในแต่ละปฏิกิริยา แล้ว กระบวนการเดียวกันไม่ซ้ำกันสำหรับตัวอย่างที่สองของเงื่อนไข A และกระบวนการนี้ได้อย่างต่อเนื่องจนกว่าจะมีวิเคราะห์ตัวอย่างล่าสุดของเงื่อนไข A คะแนนความน่าเป็นการไหลเพิ่มขึ้นหรือลดลงเป็นผล โดยเศษของ 3,292 × 3,292 เปรียบในเงื่อนไขใด A มีมากหรือค่าต่ำกว่าเงื่อนไขเกิด คะแนนความน่าเป็นนี้ได้มาเปรียบเทียบกับคะแนนความน่าเป็นของการเปลี่ยนแปลง transcriptional ความสัมพันธ์ของคะแนนความสำคัญของคำแนะนำการไหลและเสียงบรรยายต่อระเบียบ transcriptional ของปฏิกิริยานี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อที่จะระบุการควบคุมปฏิกิริยา transcriptionally ความสัมพันธ์ระหว่างการแสดงออกและการเปลี่ยนแปลงฟลักซ์ได้รับการค้นหา สำหรับเรื่องนี้วิธีการสุ่มตัวอย่างแบบสุ่ม (22) ถูกนำมาใช้ในการสร้าง 3292 การกระจายฟลักซ์ที่เป็นไปได้สำหรับแต่ละเงื่อนไขและข้อ จำกัด การพิจารณาตามที่วัดฟลักซ์ภายนอก ลูปเลี่ยงโดยการตั้งค่าขอบเขตเริ่มต้นสำหรับการเผาผลาญของฟลักซ์อินฟินิตี้และอินฟินิตี้เชิงลบแทน 1,000 -1,000 เป็นมักจะทำ เพื่อให้ได้คะแนนอย่างมีนัยสำคัญสำหรับการเปลี่ยนแปลงฟลักซ์ในแต่ละปฏิกิริยาตัวอย่างแรกของสภาพ (ระยะชี้แจง) เมื่อเทียบกับกลุ่มตัวอย่างทั้งหมดของสภาพ B (เฟส) จำนวนครั้งสภาพที่มีมูลค่าที่สูงกว่าหรือต่ำกว่าสำหรับปฏิกิริยาของแต่ละคนถูกคำนวณภายหลัง จากนั้นขั้นตอนเดียวกันซ้ำสำหรับตัวอย่างที่สองของสภาพและขั้นตอนนี้ได้รับการอย่างต่อเนื่องจนตัวอย่างล่าสุดของสภาพวิเคราะห์ คะแนนน่าจะเป็นสำหรับการเพิ่มขึ้นหรือลดลงของฟลักซ์จะสะท้อนให้เห็นโดยส่วนของ 3292 × 3292 เปรียบเทียบในสภาพที่มีมูลค่าสูงหรือต่ำกว่าสภาพบีคะแนนความน่าจะเป็นนี้ต่อมาเมื่อเทียบกับคะแนนความน่าจะเป็นของการเปลี่ยนแปลงการถอดรหัส ความสัมพันธ์ของคะแนนความสำคัญของทั้งฟลักซ์และสำเนาคำแนะนำที่มีต่อการควบคุมการถอดรหัสของปฏิกิริยานี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพื่อระบุ transcriptionally ควบคุมปฏิกิริยา ความสัมพันธ์ระหว่างการแสดงออกและการเปลี่ยนแปลงคือการค้นหา สำหรับ วิธีการสุ่ม ( 22 ) ถูกนำมาใช้เพื่อสร้างการกระจาย 3292 เป็นไปได้สำหรับแต่ละเงื่อนไขและข้อจำกัดการพิจารณาตามวัดภายนอก 2 .ลูปถูกหลีกเลี่ยงโดยการตั้งค่าเริ่มต้นขอบเขตสำหรับต่อการเผาผลาญและลบอินฟินิตี้ Infinity แทน 1000 และ− 1000 เป็นมักจะทำ เพื่อให้ได้คะแนนความสำคัญสำหรับการเปลี่ยนแปลงในแต่ละปฏิกิริยา ตัวอย่างแรกของอาการ ( ระยะ exponential ) เมื่อเทียบกับทุกตัวอย่างของภาพ B ( stationary phase )จำนวนครั้งที่อาการมีมูลค่าที่สูงหรือต่ำกว่าสำหรับแต่ละปฏิกิริยาต่อมาคํานวณ จากนั้น ขั้นตอนเดียวกันซ้ำสำหรับตัวอย่างที่สองของเงื่อนไข และกระบวนการนี้อย่างต่อเนื่องจนตัวอย่างสุดท้ายของอาการ คือ วิเคราะห์ คะแนนความน่าจะเป็นสำหรับการเพิ่มขึ้น หรือลดลง สะท้อนออกมาจากส่วนของ 3292 × 3292 เปรียบเทียบที่อาการมีมูลค่าที่สูงหรือต่ำกว่าเงื่อนไข . นี้น่าจะเป็นคะแนนต่อมาเมื่อเทียบกับคะแนนความน่าจะเป็นของการเปลี่ยนแปลงลอง . ความสัมพันธ์ของระดับความสำคัญของคะแนนทั้งฟลักซ์และคําแนะนําหลักฐานต่อระเบียบ particle ของปฏิกิริยานี้