3. Results3.1. BRCA1 somatic mutati

3. Results
3.1. BRCA1 somatic mutation
In this cohort of 205 TNBC patients, a total of ten mutations were
identified in the tumors (Table 1). These ten mutations were not
detected in the control blood samples and were demonstrated to be
somatic. Among the ten somatic mutations, five mutations were either
frameshift or nonsense mutations (c.191_212del22, c.1664delA,
c.4674_4675+17del, c.3671_3672insTTCC, c.1162ANT), and lead to a
truncated protein (Table 1). Therefore, these mutations were deleterious
BRCA1 somatic mutations and of these mutations, the
c.191_212del22 mutation has been reported in our previous study
(Zhang et al., 2012b). One splicing site mutation was found
(c.134+2TNG) in this study (Table 1). The RT-PCR (Reverse Transcription
PCR) pattern of the BRCA1 gene from the c.134+2TNG mutation
carrier revealed an additional transcript of approximately 460 bp
compared with the control. Direct sequencing of this abnormal transcript
confirmed that the c.134+2TNG mutation resulted in exon 3 deletion
(Fig. 1). This transcript containing the deletion of exon 3 lead to a
premature stop signal; therefore, the c.134+2TNG mutation was pathogenic.
In addition, the c.5511GNC (p.W1837C) mutation was a novel
missense mutation and was located in the BRCT domain of the BRCA1
protein (Table 1). This missense variant (p.W1837C) has been suggested
to display a strong functional effect and is likely to be pathogenic
(Lee et al., 2010). Therefore, the c.5511GNC (p.W1837C) was more likely
to be a deleterious mutation. Another missense mutation c.286GNA
(p.D96N) has been reported to be deleterious because this amino acid
is highly conserved throughout the species (Abkevich et al., 2004). In total, the prevalence of BRCA1 deleterious somatic mutations was 3.9%
(8/205).
In addition, another two missense variants of unknown significance
were detected (Table 1). These two missense variants of unknown significance
underwent function prediction using SIFT, PolyPhen and
PMut (Table 2). The mutation c.22GNT (p.V8F), which has not been previously
reported, was located in the zinc-binding RING domain which is
highly conserved throughout the species. The above three bioinformatics
tools indicated that this variant may alter the function of the protein.
The remaining mutation c.380GNA (p.S127N) was predicted to be
neutral by PMut, and to be damaging by both SIFT and PolyPhen.
3.2. Tumor characteristics of BRCA1 deleterious somatic mutation carriers
Compared with non-carriers, patients with BRCA1 deleterious
somatic mutations had a tendency to be early-onset (37.5% vs 13.1%,
respectively, P = 0.09) and had positive lymph nodes (50.0% vs 30.0%,
respectively, P = 0.25) (Table 3). Of note, three BRCA1 deleterious
somatic mutation carriers were diagnosed with breast cancer before
the age of 35. No significant differences in tumor size, tumor grade,
tumor stage, pathological type, or family history or bilateral breast cancers
between BRCA1 mutation carriers and non-carriers were observed
(Table 3).
3.3. Response to neoadjuvant chemotherapy in BRCA1 deleterious somatic
mutation carriers and non-carriers
Among the 112 patients who had core needle biopsy samples before
treatment, 97 cases received neoadjuvant chemotherapy. Overall, 31
patients (32.0%) achieved a pCR after neoadjuvant chemotherapy. The
pCR rate was 60.0% (3/5) for BRCA1 deleterious somatic mutation
carriers and 30.4% (28/92) for non-carriers. BRCA1 deleterious somatic
mutation carriers had a higher pCR rate than non-carriers, but this
was not statistically significant owing to the small sample size (P =
0.32) (Table 4).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3. ผลลัพธ์3.1. BRCA1 ผ่าร่างกายในรุ่นนี้ของผู้ป่วย TNBC 205 รวมสิบพันธุ์ได้พบในเนื้องอก (ตาราง 1) พันธุ์เหล่านี้สิบไม่ได้ตรวจพบในตัวอย่างเลือดควบคุม และได้แสดงให้ร่างกาย ระหว่างพันธุ์ร่างกายสิบ พันธุ์ห้าได้อย่างใดอย่างหนึ่งพันธุ์ frameshift หรือเรื่องไร้สาระ (c.191_212del22, c.1664delAc.4674_4675+17del, c.3671_3672insTTCC, c.1162ANT), และนำไปสู่การตัดโปรตีน (ตาราง 1) ดังนั้น เหล่ากลายพันธุ์ร้ายกลายพันธุ์ร่างกาย BRCA1 และเหล่ากลาย พันธุ์ การการกลายพันธุ์ c.191_212del22 มีการรายงานในการศึกษาก่อนหน้านี้ของเรา(Zhang et al. 2012b) พบหนึ่งประกบผ่าเว็บไซต์(c.134+2TNG) ในการศึกษานี้ (ตารางที่ 1) การ RT-PCR (ถอดเทปย้อนหลังรูปแบบ PCR) ของยีน BRCA1 จากกลายพันธุ์ c.134+2TNGผู้เปิดเผยเป็นบันทึกเพิ่มเติมประมาณ 460 bpเมื่อเทียบกับตัวควบคุม ตรงลำดับของบันทึกนี้ผิดปกติยืนยันว่า ผ่า c.134+2TNG ผลใน exon 3 ลบ(รูปที่ 1) บันทึกนี้ประกอบด้วยการลบของ exon 3 นำไปสู่การสัญญาณหยุดก่อนกำหนด ดังนั้น การกลายพันธุ์ c.134+2TNG ถูกทำให้เกิดโรคนอกจากนี้ การกลายพันธุ์ c.5511GNC (p.W1837C) เป็นนวนิยายกลายพันธุ์ missense และตั้งอยู่ในโดเมน BRCT ของ BRCA1โปรตีน (ตาราง 1) ได้รับการแนะนำตัวแปรนี้ missense (p.W1837C)การแสดงผลการทำงานดี และมีแนวโน้มที่จะทำให้เกิดโรค(Lee et al. 2010) ดังนั้น c.5511GNC (p.W1837C) มีแนวโน้มมี การกลายพันธุ์ที่ร้าย C.286GNA กลายพันธุ์ missense อื่นมีการรายงาน (p.D96N) จะร้ายเนื่องจากกรดอะมิโนนี้สูงคืออนุรักษ์ตลอดสายพันธุ์ (Abkevich et al. 2004) ในรวม ความชุกของ BRCA1 ร้ายพันธุ์ร่างกายเป็น 3.9%(8/205)นอกจากนี้ อีกสอง missense ตัวแปรที่มีความสำคัญที่ไม่รู้จักถูกตรวจพบ (ตารางที่ 1) เหล่านี้สายพันธุ์ missense สองความสำคัญที่ไม่รู้จักได้รับการคาดเดาฟังก์ชันใช้ SIFT, PolyPhen และPMut (ตาราง 2) C.22GNT การกลายพันธุ์ (p.V8F), ซึ่งไม่ได้ก่อนหน้านี้รายงาน ตั้งอยู่ในโดเมนแหวนสังกะสีผูกซึ่งเป็นสูงอนุรักษ์ตลอดสายพันธุ์ Bioinformatics สามข้างต้นเครื่องมือแสดงว่า ตัวแปรนี้อาจเปลี่ยนแปลงการทำงานของโปรตีนC.380GNA กลายพันธุ์ที่เหลือ (p.S127N) ถูกคาดว่า จะเป็นกลาง PMut และ จะถูกทำลาย โดย SIFT และ PolyPhen3.2. เนื้องอกลักษณะของผู้ให้บริการการผ่าร่างกายร้าย BRCA1เมื่อเทียบกับไม่ผู้ให้บริการ ผู้ป่วยที่ มีกรอบกติกา BRCA1กลายพันธุ์ร่างกายมีแนวโน้มที่จะ เริ่มต้นโจมตี (37.5% เทียบกับ 13.1%ตามลำดับ P = 0.09) และต่อมน้ำเหลืองบวก (50.0% เทียบกับ 30.0%ตามลำดับ P = 0.25) (ตารางที่ 3) หมายเหตุ สาม BRCA1 ที่ร้ายผ่าร่างกายผู้ถูกวินิจฉัยว่าเป็นมะเร็งเต้านมก่อนอายุ 35 ไม่แตกต่างกันในขนาดของเนื้องอก มะเร็งเกรดเนื้องอกขั้น ชนิดพยาธิ หรือประวัติครอบครัว หรือมะเร็งเต้านมระดับทวิภาคีระหว่างสายการบินกลายพันธุ์ BRCA1 และไม่ใช่ผู้ถูกสังเกต(ตาราง 3)3.3 การตอบสนองต่อเคมีบำบัด neoadjuvant ใน BRCA1 ร้ายร่างกายสายการบินกลายพันธุ์และไม่ใช่สายการบินในผู้ป่วย 112 ที่มีหลักการตัวอย่างการตรวจชิ้นเนื้อเข็มก่อนรักษา 97 กรณีได้รับยาเคมีบำบัด neoadjuvant โดยรวม 31ผู้ป่วย (32.0%) สำเร็จการ pCR หลังจากเคมีบำบัด neoadjuvant การราคา pCR ได้ 60.0% (3/5) สำหรับ BRCA1 ร้ายผ่าร่างกายสายการบินและ 30.4% (28/92) สำหรับผู้ที่ไม่ใช่ BRCA1 ร้ายร่างกายกลายพันธุ์ผู้มี pCR อัตราสูงกว่าไม่ใช่สายการบิน แต่นี้ไม่มีนัยสำคัญทางสถิติเนื่องจากขนาดตัวอย่างเล็ก (P =0.32) (ตาราง 4)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3. ผลการทดลอง
3.1 การกลายพันธุ์ BRCA 1 ร่างกาย
ในหมู่ของผู้ป่วย 205 TNBC นี้ทั้งหมดสิบกลายพันธุ์ที่ถูก
ระบุไว้ในเนื้องอก (ตารางที่ 1) สิบเหล่านี้กลายพันธุ์ที่ไม่ได้ถูก
ตรวจพบในตัวอย่างเลือดควบคุมและแสดงให้เห็นว่า
ร่างกาย หนึ่งในสิบกลายพันธุ์ร่างกายห้ากลายพันธุ์มีทั้ง
frameshift หรือเรื่องไร้สาระการกลายพันธุ์ (c.191_212del22, c.1664delA,
c.4674_4675 + 17del, c.3671_3672insTTCC, c.1162ANT) และนำไปสู่การ
โปรตีนที่ถูกตัดทอน (ตารางที่ 1) ดังนั้นการกลายพันธุ์เหล่านี้เป็นอันตราย
BRCA 1 การกลายพันธุ์และร่างกายของการกลายพันธุ์เหล่านี้
กลายพันธุ์ c.191_212del22 ได้รับรายงานในการศึกษาก่อนหน้านี้
(Zhang et al., 2012b) หนึ่งกลายพันธุ์เว็บไซต์ประกบถูกพบ
(c.134 + 2TNG) ในการศึกษานี้ (ตารางที่ 1) RT-PCR (ถอยหลังถอดความ
PCR) รูปแบบของยีน BRCA 1 จาก c.134 + 2TNG กลายพันธุ์
ผู้ให้บริการเปิดเผยหลักฐานเพิ่มอีกประมาณ 460 bp
เมื่อเทียบกับการควบคุม ลำดับโดยตรงของหลักฐานที่ผิดปกตินี้
ได้รับการยืนยันว่า c.134 + 2TNG กลายพันธุ์มีผลในการเอกซ์ซอน 3 ลบ
(รูปที่ 1). หลักฐานนี้มีการลบเอกซ์ซอน 3 นำไปสู่การให้
สัญญาณหยุดก่อนวัยอันควร; ดังนั้น c.134 + 2TNG การกลายพันธุ์ที่ทำให้เกิดโรคคือ.
นอกจากนี้ c.5511GNC (p.W1837C) การกลายพันธุ์เป็นนวนิยายเรื่อง
การกลายพันธุ์ missense และตั้งอยู่ในโดเมน BRCT ของ BRCA 1
โปรตีน (ตารางที่ 1) ตัวแปร missense นี้ (p.W1837C) ได้รับการแนะนำ
ในการแสดงผลการทำงานที่แข็งแกร่งและมีแนวโน้มที่จะทำให้เกิดโรค
(Lee et al., 2010) ดังนั้น c.5511GNC (p.W1837C) มีแนวโน้ม
ที่จะเป็นอันตรายกลายพันธุ์ missense กลายพันธุ์อีก c.286GNA
(p.D96N) ได้รับรายงานว่ามีอันตรายเพราะกรดอะมิโนนี้
เป็นป่าสงวนสูงตลอดทั้งสายพันธุ์ (Abkevich et al., 2004) โดยรวมแล้วความชุกของการกลายพันธุ์ BRCA 1 ร่างกายเป็นอันตรายเป็น 3.9%
(8/205).
นอกจากนี้อีกสองสายพันธุ์ missense อย่างมีนัยสำคัญที่ไม่รู้จัก
ถูกตรวจพบ (ตารางที่ 1) ทั้งสองสายพันธุ์ missense อย่างมีนัยสำคัญที่ไม่รู้จัก
เปลี่ยนการคาดการณ์โดยใช้ฟังก์ชั่นร่อน, PolyPhen และ
PMut (ตารางที่ 2) การกลายพันธุ์ c.22GNT (p.V8F) ซึ่งยังไม่ได้รับก่อนหน้านี้
รายงานที่ตั้งอยู่ในโดเมนแหวนสังกะสีมีผลผูกพันซึ่งเป็น
ป่าสงวนตลอดสายพันธุ์ ข้างต้นสามชีวสารสนเทศ
เครื่องมือชี้ให้เห็นว่าตัวแปรนี้อาจปรับเปลี่ยนฟังก์ชั่นของโปรตีน.
การกลายพันธุ์ที่เหลือ c.380GNA (p.S127N) ถูกคาดว่าจะ
เป็นกลางโดย PMut และเพื่อสร้างความเสียหายโดยทั้งสองร่อนและ PolyPhen.
3.2 ลักษณะเนื้องอกของ BRCA 1 อันตรายผู้ให้บริการการกลายพันธุ์ของร่างกาย
เมื่อเทียบกับผู้ให้บริการที่ไม่ใช่ผู้ป่วยที่มี BRCA 1 อันตราย
กลายพันธุ์ร่างกายมีแนวโน้มที่จะเป็นช่วงต้นที่เริ่มมีอาการ (37.5% เทียบกับ 13.1%
ตามลำดับ, P = 0.09) และมีต่อมน้ำเหลืองในเชิงบวก (50.0% เทียบกับ 30.0%
ตามลำดับ, P = 0.25) (ตารางที่ 3) โน้ตสาม BRCA 1 อันตราย
ผู้ให้บริการการกลายพันธุ์ของร่างกายได้รับการวินิจฉัยว่าเป็นมะเร็งเต้านมก่อน
อายุ 35 ไม่แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญในขนาดของเนื้องอกได้เกรดเนื้องอกที่
เวทีเนื้องอกชนิดพยาธิวิทยาหรือมีประวัติครอบครัวหรือการเกิดโรคมะเร็งเต้านมทวิภาคี
ระหว่างผู้ให้บริการและการกลายพันธุ์ BRCA 1 ที่ไม่ใช่ ผู้ให้บริการที่ถูกตั้งข้อสังเกต
(ตารางที่ 3).
3.3 การตอบสนองต่อยาเคมีบำบัด neoadjuvant ใน BRCA 1 อันตรายร่างกายของ
ผู้ให้บริการและผู้ให้บริการการกลายพันธุ์ที่ไม่ใช่
ในหมู่ผู้ป่วย 112 คนที่มีหลักตัวอย่างเข็มตรวจชิ้นเนื้อก่อน
การรักษา 97 กรณีที่ได้รับยาเคมีบำบัด neoadjuvant โดยรวม 31
ราย (32.0%) ประสบความสำเร็จ PCR หลังจากรักษาด้วยเคมีบำบัด neoadjuvant
อัตรา PCR เป็น 60.0% (3/5) สำหรับ BRCA 1 อันตรายร่างกายของการกลายพันธุ์ของ
ผู้ให้บริการและ 30.4% (28/92) สำหรับผู้ให้บริการที่ไม่ใช่ BRCA 1 อันตรายร่างกายของ
ผู้ให้บริการการกลายพันธุ์มีอัตราสูงกว่า PCR บริการที่ไม่ใช่ แต่นี้
ไม่ได้อย่างมีนัยสำคัญเนื่องจากขนาดของกลุ่มตัวอย่างขนาดเล็ก (p =
0.32) (ตารางที่ 4)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3 . ผลลัพธ์3.1 . BRCA1 โซมาติคมิวเทชันในการติดตามของ 205 tnbc ผู้ป่วยทั้งหมดของการกลายพันธุ์ สิบคนระบุในเนื้องอก ( ตารางที่ 1 ) การกลายพันธุ์เหล่านี้สิบไม่ได้ที่ตรวจพบในตัวอย่างเลือด และควบคุม มีผลเป็นโซมาติก . ในสิบส่วนการกลายพันธุ์ ห้าการกลายพันธุ์ มีทั้ง3 หรือการกลายพันธุ์ ( c.191_212del22 c.1664dela ไร้สาระ , ,c.4674_4675 + 17del c.3671_3672insttcc c.1162ant , , ) และนำไปสู่ตัดโปรตีน ( ตารางที่ 1 ) ดังนั้น เรื่องพวกนี้คงส่วนการกลายพันธุ์ของยีน BRCA1 และเหล่านี้c.191_212del22 การกลายพันธุ์ได้รับการรายงานในการศึกษาของเรา( Zhang et al . , 2012b ) การกลายพันธุ์ที่พบเว็บไซต์หนึ่ง splicing( c.134 + 2tng ) ในการศึกษานี้ ( ตารางที่ 1 ) RT-PCR ( reverse transcriptionPCR ) แบบแผนของยีน BRCA1 จาก c.134 + 2tng กลายพันธุ์พาหะเปิดเผยหลักฐานเพิ่มเติมประมาณ 460 BPเมื่อเปรียบเทียบกับชุดควบคุม ลำดับของบันทึกผิดปกตินี้โดยตรงยืนยันว่า การกลายพันธุ์ c.134 + 2tng ผลใน exon 3 ลบ( รูปที่ 1 ) นี้หลักฐานที่มีการลบ exon 3 นําไปสู่หยุดสัญญาณก่อนวัยอันควร ดังนั้น การ c.134 + 2tng การกลายพันธุ์เป็นเชื้อโรค .นอกจากนี้ c.5511gnc ( p.w1837c ) การกลายพันธุ์เป็นนวนิยายมิ ซ็นต์ซึ่งตั้งอยู่ใน brct BRCA1 โดเมนของโปรตีน ( ตารางที่ 1 ) แปรมิ ซ็นต์นี้ ( p.w1837c ) ได้รับการแนะนำเพื่อแสดงผลการทำงานที่แข็งแกร่งและมีโอกาสที่จะได้รับเชื้อโรค( ลี et al . , 2010 ) ดังนั้น c.5511gnc ( p.w1837c ) มีแนวโน้มมากขึ้นจะกลายพันธุ์คง . อีก c.286gna การกลายพันธุ์มิ ซ็นต์( p.d96n ) มีรายงานว่า คงเป็นเพราะกรดอะมิโนเป็นอย่างสูงที่ป่าสงวนตลอดชนิด ( abkevich et al . , 2004 ) รวม , ความชุกของการกลายพันธุ์เป็น 3.9% BRCA1 คงทางกาย( 8 / 205 )นอกจากนี้ อีกหนึ่งตัวแปรสำคัญที่ไม่รู้จัก 2 มิ ซ็นต์ตรวจพบ ( ตารางที่ 1 ) เหล่านี้สองตัวแปรสำคัญที่ไม่รู้จักมิ ซ็นต์รับพยากรณ์โดยใช้ฟังก์ชัน polyphen , กรองและpmut ( ตารางที่ 2 ) การกลายพันธุ์ c.22gnt ( p.v8f ) ซึ่งไม่ได้ก่อนหน้านี้รายงาน , ตั้งอยู่ในสังกะสีผูกแหวนโดเมนซึ่งเป็นที่มีการอนุรักษ์ตลอดชนิด ข้างต้นสามรสนเครื่องมือ พบว่า ตัวแปรนี้อาจเปลี่ยนแปลงการทำงานของโปรตีนที่เหลือ c.380gna การกลายพันธุ์ ( p.s127n ) พบว่าเป็นโดย pmut เป็นกลาง และเกิดความเสียหาย ทั้งร่อน และ polyphen .3.2 . ลักษณะของมะเร็ง BRCA1 คงโซมาติคมิวเทชัน ผู้ให้บริการเมื่อเทียบกับที่ไม่ใช่ผู้ให้บริการ ผู้ป่วยที่มี BRCA1 คงการกลายพันธุ์ somatic มีแนวโน้มที่จะก่อนวัย ( 37.5 % vs 13.1 %ตามลำดับ , p = 0.09 ) และมีต่อมน้ำเหลืองที่เป็นบวก ( ร้อยละ 50.0 และ 30.0 %ตามลำดับ , p = 0.25 ) ( ตารางที่ 3 ) หมายเหตุ สาม BRCA1 คงเซลล์ร่างกายผู้ถูกวินิจฉัยว่าเป็นมะเร็งเต้านมมาก่อนอายุ 35 ไม่มีความแตกต่างในขนาด เกรดเนื้องอกเนื้องอกเวที , พยาธิชนิดเนื้องอก หรือประวัติครอบครัวหรือโรคมะเร็งเต้านมทวิภาคีระหว่าง BRCA1 mutation ) และไม่พบผู้ให้บริการ( ตารางที่ 3 )3.3 . การตอบสนองต่อยาเคมีบำบัด neoadjuvant BRCA1 คงทางกายผู้ให้บริการและผู้ให้บริการที่ไม่กลายพันธุ์ระหว่างที่ผู้ป่วยมีหลักเข็มตรวจชิ้นเนื้อก่อนตัวอย่างการรักษา , 97 ราย ได้รับ neoadjuvant เคมีบำบัด โดยรวม ๓๑ผู้ป่วย ( 32.0 % ) ความ neoadjuvant PCR หลังจากเคมีบำบัด ที่คะแนน PCR เป็น 60.0 % ( 3 / 5 ) สำหรับ BRCA1 คงโซมาติคมิวเทชันผู้ให้บริการและ 30.4 % ( 28 / 92 ) ไม่ใช่พาหะ BRCA1 คงทางกายการกลายพันธุ์ผู้ให้บริการมีอัตราที่สูงกว่าไม่ตรวจผู้ให้บริการ แต่นี้อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ เนื่องจากกลุ่มตัวอย่างขนาดเล็ก ( P =0.32 ) ( ตารางที่ 4 )