AbstractEscher is a web application

Abstract
Escher is a web application for visualizing data on biological pathways. Three key features make Escher a uniquely effective tool for pathway visualization. First, users can rapidly design new pathway maps. Escher provides pathway suggestions based on user data and genome-scale models, so users can draw pathways in a semi-automated way. Second, users can visualize data related to genes or proteins on the associated reactions and pathways, using rules that define which enzymes catalyze each reaction. Thus, users can identify trends in common genomic data types (e.g. RNA-Seq, proteomics, ChIP)-in conjunction with metabolite- and reaction-oriented data types (e.g. metabolomics, fluxomics). Third, Escher harnesses the strengths of web technologies (SVG, D3, developer tools) so that visualizations can be rapidly adapted, extended, shared, and embedded. This paper provides examples of each of these features and explains how the development approach used for Escher can be used to guide the development of future visualization tools.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อEscher เป็นโปรแกรมประยุกต์เว็บสำหรับแสดงผลข้อมูลหลักการทางชีวภาพ สามลักษณะทำให้เครื่องมือที่มีประสิทธิภาพสำหรับการแสดงภาพประกอบเพลงทางเดินของ Escher อันดับแรก ผู้ใช้สามารถอย่างรวดเร็วออกแบบแผนผังทางเดินใหม่ Escher ให้คำแนะนำทางเดินตามผู้ใช้ข้อมูลและจีโนมสเกลโมเดล เพื่อให้ผู้ใช้สามารถวาดมนต์แบบกึ่งอัตโนมัติ ที่สอง ผู้ใช้สามารถมองเห็นภาพข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับยีนหรือโปรตีนในปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องและมนต์ ใช้กฎที่กำหนดเอนไซม์ซึ่งสถาบันแต่ละปฏิกิริยา ดังนั้น ผู้ใช้สามารถระบุแนวโน้มในชนิดข้อมูล genomic ทั่วไป (เช่นอาร์เอ็นเอลำดับ โปรตีโอมิกส์ ชิ) -ร่วมกับเน้น metabolite และปฏิกิริยาชนิดข้อมูล (เช่น metabolomics, fluxomics) ที่สาม Escher จูงจุดแข็งของเทคโนโลยีเว็บ (SVG ดี 3 เครื่องมือนักพัฒนา) เพื่อให้แสดงภาพประกอบเพลงสามารถอย่างรวดเร็วปรับ ขยาย ร่วม และฝัง เอกสารนี้แสดงตัวอย่างของแต่ละคุณลักษณะเหล่านี้ และอธิบายวิธีการใช้วิธีการพัฒนาที่ใช้สำหรับ Escher เพื่อเป็นแนวทางการพัฒนาของเครื่องมือแสดงภาพประกอบเพลงในอนาคต

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อ
Escher เป็นโปรแกรมเว็บสำหรับแสดงผลข้อมูลบนวิถีทางชีวภาพ สามคุณสมบัติที่สำคัญทำให้ Escher เครื่องมือที่มีประสิทธิภาพที่ไม่ซ้ำกันสำหรับการแสดงทางเดิน ครั้งแรกที่ผู้ใช้อย่างรวดเร็วสามารถออกแบบแผนที่ทางเดินใหม่ Escher ให้คำแนะนำทางเดินอยู่บนพื้นฐานของข้อมูลของผู้ใช้และรูปแบบจีโนมขนาดเพื่อให้ผู้ใช้สามารถวาดทางเดินในทางที่กึ่งอัตโนมัติ ประการที่สองผู้ใช้สามารถมองเห็นภาพข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับยีนหรือโปรตีนในปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องและทางเดินโดยใช้กฎระเบียบที่กำหนดซึ่งเอนไซม์กระตุ้นปฏิกิริยาแต่ละ ดังนั้นผู้ใช้สามารถระบุแนวโน้มในรูปแบบข้อมูลจีโนมที่พบบ่อย (เช่น RNA-Seq, โปรตีน, ชิป) -in ร่วมกับ metabolite- และปฏิกิริยาที่มุ่งเน้นชนิดข้อมูล (เช่น metabolomics, fluxomics) ประการที่สาม Escher สายรัดจุดแข็งของเทคโนโลยีเว็บ (SVG, D3, เครื่องมือสำหรับนักพัฒนา) การสร้างภาพเพื่อให้สามารถนำไปปรับใช้อย่างรวดเร็วขยายที่ใช้ร่วมกันและฝังตัว บทความนี้มีตัวอย่างของแต่ละคุณลักษณะเหล่านี้และอธิบายถึงวิธีแนวทางการพัฒนาที่ใช้สำหรับ Escher สามารถนำมาใช้เพื่อเป็นแนวทางในการพัฒนาเครื่องมือการสร้างภาพอนาคต

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

นามธรรม
เชอร์ เป็นโปรแกรมเว็บสำหรับแสดงผลข้อมูลทางชีวภาพ สามคุณสมบัติที่สำคัญให้เร็วเป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพสำหรับการเฉพาะทาง แรก ผู้ใช้อย่างรวดเร็วสามารถออกแบบแผนที่เส้นทางใหม่ เชอร์ ได้ให้ข้อเสนอแนะทางบนพื้นฐานของข้อมูลผู้ใช้และจีโนมสเกลโมเดล เพื่อให้ผู้ใช้สามารถวาดเส้นทางในแบบกึ่งอัตโนมัติวิธี ประการที่สองผู้ใช้สามารถเห็นข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับยีนหรือโปรตีนที่เกี่ยวข้องและปฏิกิริยาภายในเซลล์โดยใช้กฎที่กำหนด ซึ่งแต่ละเอนไซม์เร่งปฏิกิริยา ดังนั้น ผู้ใช้สามารถระบุแนวโน้มในการสร้างข้อมูลชนิดทั่วไป ( เช่น RNA seq ขีดความสามารถชิป ) ร่วมกับอาหาร - และปฏิกิริยาเชิงประเภทข้อมูล ( เช่นเมตะโบโลมิก fluxomics , ) ประการที่สามเชอร์ สายรัด จุดแข็งของเทคโนโลยีเว็บพัฒนาเครื่องมือ SVG , D3 ) เพื่อให้สามารถปรับขยายภาพอย่างรวดเร็ว , ใช้ร่วมกัน , และฝังตัว บทความนี้แสดงตัวอย่างของแต่ละคุณลักษณะเหล่านี้และอธิบายถึงวิธีการพัฒนาวิธีการใช้เชอร์สามารถใช้คู่มือการพัฒนาเครื่องมือการสร้างภาพอนาคต