วัดพระศรีสรรเพชญ์เดิมในสมัยสมเด็จพระรามาธิบดีที่1ใช้เป็นที่ประทับต่อมาสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถทรงสร้างพระราชมณเฑียรขึ้นใหม่ทางตอนเหนือแล้วจึงโปรดฯให้ยกเป็นเขตพุทธาวาสเพื่อประกอบพิธีสำคัญต่างๆของบ้านเมืองจึงเป็นวัดในเขตพระราชวังที่ไม่มีพระสงฆ์จำพรรษา สร้างเพื่อเป็นวัดประจำพระราชวังต่อมาในปีพ.ศ.2035รัชสมัยของสมเด็จพระรามาธิบดีที่2พระองค์ทรงโปรดเกล้าฯให้สร้างพระสถูปเจดีย์องค์ตะวันออกเพื่อบรรจุพระอัฐิของพระราชบิดาสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถและพระสถูปเจดีย์องค์กลางเพื่อบรรจุพระอัฐิของสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่3ผู้เป็นพระเชษฐาหลังจากนั้นในปีพ.ศ.2042พระองค์โปรดให้สร้างพระวิหารหลวงขึ้นในปีต่อ มาพ.ศ.2043สมเด็จพระรามาธิบดีที่2ทรงสร้างพระวิหารทรงหล่อพระพุทธรูปยืนสูง8วาหุ้มด้วยทองคำหนัก286ชั่งประดิษฐานไว้ในวิหารถวายพระนามว่าพระศรีสรรเพชญดาญาณซึ่งภายหลังเมื่อเสียกรุงพ.ศ.2310พม่าได้เผาลอกทองคำไปหมดและองค์พระพังยับเยินรัชกาลที่1จึงโปรดเกล้าฯให้ย้ายมาประดิษฐานวัดพระเชตุพนและบรรจุชิ้นส่วนซึ่งบูรณะไม่ได้เหล่านั้นไว้ในเจดีย์องค์ใหญ่ที่สร้างขึ้นแล้วพระราชทานชื่อเจดีย์ว่า เจดีย์ศรีสรรเพชญดาญาณเจดีย์ องค์ที่3ถัดมาจากด้านทิศตะวันตกเป็น เจดีย์บรรจุพระอัฐิ ของสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 2ซึ่งสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่4พระราชโอรสได้โปรดให้สร้างขึ้นเจดีย์ทั้งสามองค์นี้เป็นเจดีย์แบบลังกา
ในรัชสมัยพระเจ้าทรงธรรมพระองค์โปรดเกล้าฯให้สร้างพระที่นั่งจอมทองตั้งอยู่ใกล้ๆกำแพงทางด้านติดกับวิหารพระมงคลบพิตรเพื่อให้เป็นสถานที่ให้พระสงฆ์บอกเล่าหนังสือพระสงฆ์ราวรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศมีการบูรณะปฏิสังขรณ์วัดหลวงแห่งนี้เป็นครั้งแรกในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวพระยาโบราณราชธานินทร์สมุห เทศาภิบาลมณฑลกรุงเก่าได้ดำเนินการขุดสมบัติจากกรุภายในเจดีย์พบพระพุทธรูปเครื่องทองมากมายและในสมัยจอมพล ป.พิบูลสงครามได้มีการบูรณะ วัดนี้จนมีสภาพที่เห็นอยู่ในปัจจุบัน