First assessment of molecular tools

First assessment of molecular tools available to detect anatoxin -a genes.•Specificity of the primers targeting genes should be improved.•New nested PCR-based method consequently improved the level of detection of genes in environmental samples.•High occurrence of genes in sediment and water samples.
Over the last few decades, cyanobacterial mass occurrence has become a recurrent feature of aquatic ecosystems. This has led to ecosystem exposure and health hazards associated with cyanotoxin production. The neurotoxin anatoxin -a and its homologs can be synthesized by benthic cyanobacterial species in lotic systems, but also by planktonic lacustrine species such as (also known as However, only a few studies have focused on anatoxin -a occurrence and its biosynthesis genes in freshwater lakes. The initial aim of this study was to evaluate the molecular tools available in the literature to detect anatoxin -a biosynthesis genes in lacustrine environments. Having tested different sets of PCR primers, we found that that some sets of primers, such as anxC, were too specific and did not amplify anatoxin -a biosynthesis genes in all producing strains. On the other hand, some sets of primers, such as atxoa, seemed not to be specific enough, amplifying numerous non-specific bands in environmental samples, especially those from sediments. Furthermore, and amplification exhibited different band intensities during electrophoresis, suggesting a high variation in number of gene copies between samples. As a result, we proposed a new nested PCR-based method which considerably improved the amplification of the gene in our environmental samples, eliminating non-specific bands and weak detections. Using this tool, our study also highlighted that anatoxin -a genes are widely distributed throughout freshwater lakes. This suggests the need for further ecological investigations into anatoxin -a in these ecosystems.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ควรปรับปรุงประเมินแรกมือระดับโมเลกุลเพื่อตรวจหา anatoxin-ยีน •Specificity ของไพรเมอร์ที่ยีนกำหนดเป้าหมาย•ใหม่ซ้อนวิธี PCR คะแนนปรับปรุงระดับของการตรวจหายีนดังนั้นในเหตุการณ์สิ่งแวดล้อมตัวอย่างทั้งของยีนในตัวอย่างน้ำและตะกอนช่วงไม่กี่ทศวรรษที่ผ่านมา เกิดมวล cyanobacterial ได้กลายเป็น คุณลักษณะเกิดขึ้นของระบบนิเวศ นี้ได้นำไปสู่ระบบนิเวศแสงและสุขภาพเกี่ยวข้องกับการผลิต cyanotoxin การ neurotoxin anatoxin - และ homologs ความสามารถจะมีสังเคราะห์สายพันธุ์ cyanobacterial ที่หน้าดินในระบบ lotic แต่สายพันธุ์ lacustrine planktonic เช่น (ที่รู้จักกันอย่างไรก็ตาม เท่านั้นกี่ศึกษาได้เน้น anatoxin - ที่เกิดขึ้นและยีนสังเคราะห์ในทะเลสาบน้ำจืด จุดมุ่งหมายเบื้องต้นของการศึกษานี้คือการ ประเมินเครื่องมือระดับโมเลกุลในวรรณคดีการตรวจหา anatoxin-สังเคราะห์ยีนใน lacustrine สภาพแวดล้อม เรามีทดสอบชุดไพรเมอร์ PCR พบว่าว่า บางชุดของไพรเมอร์ เช่น anxC เจาะจงมากเกินไป และไม่ขยาย anatoxin-สังเคราะห์ยีนในทุกสายพันธุ์ที่ผลิต บนมืออื่น ๆ บางชุดของไพรเมอร์ เช่น atxoa ประจักษ์ไม่เฉพาะเพียงพอ ขยายจำนวนมากไม่ใช่เฉพาะวงในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะอย่างยิ่งจากตะกอน นอกจากนี้ และขยายแสดวงแตกต่างความเข้มอิ แนะนำการเปลี่ยนแปลงสูงในระหว่างตัวอย่างย่อย ๆ เป็นผล เราเสนอซ้อน PCR ตามวิธีใหม่ซึ่งมากปรับปรุงขยายยีนในตัวอย่างสิ่งแวดล้อมของเรา กำจัดวงไม่เฉพาะเจาะจงและอ่อนจับ ใช้เครื่องมือนี้ ศึกษาของเรายังเน้นว่า anatoxin-ยีนจะแพร่กระจายไปทั่วทะเลสาบน้ำจืด นี้แสดงให้เห็นความต้องการเพิ่มเติมระบบนิเวศสอบสวน anatoxin - a ในระบบนิเวศเหล่านี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ก่อนการประเมินเครื่องมือตรวจจับโมเลกุลของ anatoxin - ยีน แต่ละยีนเป้าหมายที่เฉพาะเจาะจงของไพรเมอร์ที่ควรปรับปรุง บริการใหม่ที่ซ้อนกันโดยวิธีการ PCR จึงปรับปรุงระดับของการตรวจหายีนในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม บริการสูงเกิดยีนในดินตะกอนและในน้ำตัวอย่างกว่าทศวรรษที่ผ่านมาไม่กี่ครั้ง , ระบบยูมวลเกิดได้กลายเป็นคุณลักษณะกำเริบสัตว์น้ำระบบนิเวศวิทยา นี้ได้นำไปสู่การระบบนิเวศและสุขภาพอันตรายที่เกี่ยวข้องกับการผลิต cyanotoxin . สารทำลายประสาท anatoxin - และโฮโมลอกส์สามารถสังเคราะห์โดยระบบยู lotic ชนิดดินในระบบ แต่ยังชนิดสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กมากในน้ำเช่นทะเลสาบ ( ยังเป็นที่รู้จักแต่เพียงไม่กี่มีการศึกษาที่เน้น anatoxin -- เกิดขึ้นและชีวสังเคราะห์ยีนในทะเลสาบน้ำจืด . เป้าหมายแรกของการศึกษานี้เพื่อประเมินเครื่องมือระดับโมเลกุลที่มีอยู่ในวรรณกรรมเพื่อตรวจหา anatoxin - ชีวสังเคราะห์ยีนในสภาพแวดล้อมที่ทะเลสาบ . มีการทดสอบที่แตกต่างกันชุด PCR ไพรเมอร์ พบว่าบางชุดของไพรเมอร์เช่น anxc อยู่เหมือนกันที่เฉพาะเจาะจงและไม่ขยาย anatoxin - ชีวสังเคราะห์ยีนในการผลิตสายพันธุ์ บนมืออื่น ๆ , บางชุดของไพรเมอร์เช่น atxoa , ดูเหมือนไม่เจาะจงพอขยายวงเฉพาะมากมายในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม โดยเฉพาะอย่างยิ่งจากตะกอน นอกจากนี้ มีวงดนตรีที่แตกต่างกันระหว่างความเข้มและขยายวิธีแนะนำการเปลี่ยนแปลงจำนวนสำเนาสูงยีนระหว่างตัวอย่าง เป็นผลให้เราเสนอใหม่โดยวิธี PCR ซึ่งซ้อนกันมากขึ้นการเพิ่มปริมาณของยีนในตัวอย่างสิ่งแวดล้อมของเรา ไม่เฉพาะเรื่องวงดนตรี และอ่อนแอ การใช้เครื่องมือนี้การศึกษาของเรายังเน้นว่า anatoxin - ยีนมีการกระจายอย่างกว้างขวางทั่วทะเลสาบน้ำจืด . นี้แสดงให้เห็นความต้องการเพิ่มเติมในการสืบสวนใน anatoxin - ในระบบนิเวศเหล่านี้