เชื้อเอชไอวีทำลายเซลล์เม็ดเลือดขาวชนิดลิมโฟไซท์ ที่มีชื่อว่า CD4 เมื่อเม็ดเลือดขาวชนิดนี้ต่ำลง จะทำให้ร่างกายขาดภูมิคุ้มกัน และเกิดอาการของโรคติดเชื้อฉวยโอกาสแทรกซ้อนในที่สุด
ภายหลังการได้รับเชื้อ ร่างกายต้องใช้เวลาในการสร้างปฏิกิริยาตอบสนองต่อเชื้อ ในปัจจุบันในการวินิจฉัยว่าติดเชื้อหรือไม่ เราไม่ได้ตรวจหาเชื้อโดยตรง แต่เป็นการตรวจว่าร่างกายเรามีปฏิกิริยาต่อเชื้อหรือไม่ โดยการตรวจหาแอนติบอดีต่อเชื้อเอชไอวี (Anti-HIV antibody) ซึ่งการตรวจดังกล่าวอาจให้ผลลบได้ในกรณีที่ได้รับเชื้อมาใหม่ ๆ เนื่องจากร่างกายยังไม่ได้สร้างปฏิกิริยาตอบสนอง
ภายหลังการรับเชื้อบางรายอาจไม่มีอาการใด ๆ เลย บางรายอาจมีอาการเหมือนการติดเชื้อไวรัสทั่ว ๆ ไป เช่น มีไข้ ผื่นตามตัว ต่อมน้ำเหลืองโต เจ็บคอ อาการมักกินเวลาสั้น ๆ และหายไปได้เอง หลังจากนั้นผู้ป่วยจะไม่มีอาการใด ๆ เลย
เชื้อไวรัสจะส่งผลให้ระดับเม็ดเลือดขาวที่เรียกว่าซีดีโฟร์ลดลงอย่างช้า ๆ จนผู้ป่วยเริ่มเกิดอาการของเอชไอวีเกิดขึ้น เช่นฝ้าในปาก ผึ่นคันตามตัว น้ำหนักลด โดยส่วนใหญ่มักเกิดอาการเมื่อระดับซีดีโฟร์ต่ำกว่า 200 cell/mm3
อัตราเฉลี่ยของประเทศไทยตั้งแต่รับเชื้อจนเริ่มป่วยใช้เวลา 7-10
ปี ในช่วงที่เรามีเชื้อเอชไอวีอยู่ในร่างกายแต่ไม่ป่วยเพราะเรายังมีภูมิคุ้มกันที่ยังควบคุม หรือจัดการกับเชื้อโรคที่เข้าสู่ร่างกายได้ เรียกว่า เป็นผู้ติดเชื้อ และเมื่อภูมิคุ้มกันถูกทำลายเหลือจำนวนน้อย จนไม่สามารถควบคุม หรือจัดการกับเชื้อโรคบางอย่างได้ทำให้เราป่วยด้วยเชื้อโรคนั้น ๆ
เรียกว่าเราเริ่มมี ภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่อง เป็นผู้ป่วยเอดส์ โรคที่เราป่วยเนื่องจากภาวะภูมิบกพร่อง เรียกว่า โรคฉวยโอกาส