Experimental measurementsIn order t

Experimental measurements

In order to create a solvable model, it is often necessary to have certain fluxes already known or experimentally measured. In addition, in order to verify the effect of genetic manipulations on the metabolic network (to ensure they align with the model), it is necessary to experimentally measure the fluxes in the network. To measure reaction fluxes, carbon flux measurements are made using carbon-13 isotopic labeling.[12] The organism is fed a mixture that contains molecules where specific carbons are engineered to be carbon-13 atoms, instead of carbon-12. After these molecules are used in the network, downstream metabolites also become labeled with carbon-13, as they incorporate those atoms in their structures. The specific labeling pattern of the various metabolites is determined by the reaction fluxes in the network. Labeling patterns may be measured using techniques such as Gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) along with computational algorithms to determine reaction fluxes.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การวัดการทดลอง

เพื่อสร้างรูปแบบการแก้ปัญหาได้ก็มักจะจำเป็นต้องมีฟลักซ์บางอย่างที่รู้จักกันแล้วหรือวัดการทดลอง นอกจากนี้ในการที่จะตรวจสอบผลของการผสมทางพันธุกรรมในเครือข่ายของการเผาผลาญอาหาร (เพื่อให้แน่ใจว่าพวกเขาสอดคล้องกับรุ่น) มันเป็นสิ่งจำเป็นที่จะนำผลการทดลองวัดในเครือข่าย ฟลักซ์ในการวัดปฏิกิริยาการวัดการไหลของคาร์บอนจะทำโดยใช้คาร์บอน-13 ติดฉลากไอโซโทป. [12] สิ่งมีชีวิตเป็นอาหารผสมที่มีโมเลกุลที่ก๊อบปี้ที่เฉพาะเจาะจงจะถูกออกแบบมาให้เป็นคาร์บอน 13 อะตอมแทนคาร์บอน-12 หลังจากโมเลกุลเหล่านี้จะใช้ในเครือข่ายสารน้ำก็จะกลายเป็นป้ายที่มีคาร์บอน-13 ในขณะที่พวกเขารวมอะตอมผู้ที่อยู่ในโครงสร้างของพวกเขารูปแบบการติดฉลากที่เฉพาะเจาะจงของสารต่างๆจะถูกกำหนดโดยฟลักซ์ปฏิกิริยาในเครือข่าย รูปแบบการติดฉลากอาจจะวัดโดยใช้เทคนิคเช่นก๊าซโคมวล spectrometry (GC-MS) พร้อมกับขั้นตอนวิธีการคำนวณเพื่อตรวจสอบปฏิกิริยาของฟลักซ์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ทดลองวัด

เพื่อสร้างแบบจำลองที่สามารถแก้ไขได้ มักจะจำเป็นต้องมี fluxes บางแล้วรู้จัก หรือ experimentally วัด นอกจากนี้ เพื่อตรวจสอบผลของพันธุกรรม manipulations ภาพบนเครือข่าย (เพื่อให้สอดคล้องกับรูปแบบ) เผาผลาญ จำเป็นต้อง experimentally วัด fluxes ในเครือข่าย วัดปฏิกิริยา fluxes วัดฟลักซ์คาร์บอนจะใช้ติดฉลากคาร์บอน-13 isotopic[12] ที่มีชีวิตเป็นอาหารผสมที่ประกอบด้วยโมเลกุลที่ carbons เฉพาะจะได้วางแผนให้ อะตอมคาร์บอน-13 แทนคาร์บอน-12 หลังจากโมเลกุลเหล่านี้จะใช้ในเครือข่าย metabolites ปลายน้ำยังกลายเป็นชื่อที่ มีคาร์บอน-13 เป็นที่รวมเหล่าอะตอมในโครงสร้างของพวกเขา รูปแบบการติดฉลากเฉพาะของ metabolites ต่าง ๆ จะถูกกำหนด โดย fluxes ปฏิกิริยาในเครือข่าย ติดฉลากรูปแบบอาจจะวัดโดยใช้เทคนิคเช่น chromatography ก๊าซมวล spectrometry (GC-MS) กับอัลกอริทึมคำนวณกำหนดปฏิกิริยา fluxes

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวัด ค่า

ทดลองในการสั่งซื้อในการสร้างรุ่นแก้ไขที่มักจะเป็นความจำเป็นที่จะต้องมี fluxes บางอย่างอยู่แล้วเป็นที่รู้จักหรือทดลองวัด นอกจากนี้ในการตรวจสอบผลของต้นเหตุทางพันธุกรรมในเครือข่ายกว้างขวาง(เพื่อตรวจสอบให้แน่ใจว่าพวกเขาให้กับรุ่น)ก็มีความจำเป็นที่จะต้องทดลองมาตรการ fluxes ในเครือข่าย ในการวัดการตอบสนอง fluxesการวัดค่า Flux ผงถ่านกัมมันต์จะทำให้การใช้ถ่านคาร์บอนกัมมันต์ - 13 isotopic การติดฉลาก.[ 12 ]สัตว์ที่เป็นอาหารเป็นการผสมผสานที่ว่าประกอบด้วยโมเลกุลของ carbons เฉพาะที่ได้รับการออกแบบมาให้เป็นผงถ่านกัมมันต์ - 13 ระดับอะตอมคาร์บอน - 12 เปิดห้องเรียนแทน หลังจากโมเลกุลของเหล่านี้จะใช้ในเครือข่าย metabolites ตามกระแสน้ำกลายเป็นมีข้อความด้วยถ่านคาร์บอนกัมมันต์ - 13 ที่มีระดับอะตอมที่อยู่ในโครงสร้างของพวกเขารูปแบบการติดฉลากของ metabolites ต่างๆที่จะถูกกำหนดโดย fluxes ปฏิกริยาที่อยู่ในเครือข่าย รูปแบบการติดฉลากสามารถวัดโดยใช้เทคนิคเช่นก๊าซ chromatography - มวลชน spectrometry (เฉพาะรุ่น GC - มิลลิวินาที)พร้อมด้วยอัลกอริธึมนวัตกรรมเพื่อพิจารณา fluxes ปฏิกริยา