4. Discussion4.1. Method improvemen

4. Discussion
4.1. Method improvement
In this study, we systematically evaluated T-RFLP protocols targeting
the alkB gene as a functional marker to monitor changes in
alkane degrading soil bacterial communities. Although the applied
inosine-containing degenerate primers might not cover all alkB
paralogs equally, they promise to be most suitable for a broad range
of alkB genotypes from phylogenetically diverse community
members [18]. Since different template and restriction enzyme
concentrations resulted in identical community profiles, PCRinherent
biases such as preferential amplification by highly
degenerate primers [8] or the occurrence of pseudo-T-RFs [40]
could be regarded as negligible here, but should be kept in mind
in future application.
An in silico evaluation revealed strong differences among restriction
enzymes applied in existing protocols [9e12]. Enzymes
producing low T-RF richness might lack the sensitivity to detect
subtle changes in the alkB gene pool, thus obscuring influences of
environmental parameters on the alkane degradation potential.
Accordingly, Engebretson and Moyer [28] advised a careful choice
of restriction enzymes for 16S rRNA gene profiling. They observed
ranges of 210e322 T-RFs produced by different enzymes on the
same sequence subset in an in silico restriction.
4.2. Detection of spatiotemporal community changes in a complex
soil environment
T-RFLP analysis of bacterial communities in soils revealed that
alkB gene pools were more sensitive to alkane input than 16S rRNA
gene pools. In our test system, we refrained from examining soil
communities pre-exposed to high amounts of hydrocarbons or
subjected to strong selection pressure for alkane degraders as
would have been the case in contaminated soils [10]. Whereas it
appears straightforward that the functional guild of alkane degraders
responded stronger to alkanes than the entire community,
the overall diversity of alkB genes in soil environments without preexposure
to substantial amounts of alkanes is somewhat surprising.
Depth-related differences in alkB gene T-RF dynamics probably
reflected lower alkane provision in deeper bulk soil, which was
independent of the soil type. The identical mean T-RF richness of

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

4. สนทนา4.1. วิธีปรับปรุงในการศึกษานี้ เราเป็นระบบประเมินโพรโทคอล T-RFLP ที่กำหนดเป้าหมายยีน alkB เป็นเครื่องหมายทำการตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงในอัลเคนลดดินแบคทีเรียชุมชน แม้ว่าการใช้inosine-ประกอบด้วยไพรเมอร์ degenerate อาจครอบคลุมทั้งหมด alkBparalogs เท่า ๆ กัน พวกเขาสัญญาว่า จะเหมาะสมที่สุดสำหรับหลากหลายของ alkB จากชุมชนหลากหลาย phylogeneticallyสมาชิก [18] ตั้งแต่ต้นและเอนไซม์จำกัดความเข้มข้นที่ผลในชุมชนเหมือนโปรไฟล์ PCRinherentยอมเช่นต้องขยายโดยมากไพรเมอร์ degenerate [8] หรือการเกิดขึ้นของหลอก-T-RFs [40]ไม่ถือว่าเป็นระยะที่นี่ แต่ควรเก็บไว้ในใจในโปรแกรมประยุกต์ในอนาคตการใน silico ประเมินความแตกต่างแข็งแกร่งท่ามกลางข้อจำกัดการเปิดเผยเอนไซม์ที่ใช้ในโปรโตคอลที่มีอยู่ [9e12] เอนไซม์ผลิตร่ำรวย T-RF ต่ำอาจขาดการไวสืบรายละเอียดการเปลี่ยนแปลงในกลุ่มของยีน alkB, obscuring ดังนั้น อิทธิพลของพารามิเตอร์สภาพแวดล้อมบนสร้างอัลเคนที่มีศักยภาพตามลำดับ Engebretson และ Moyer [28] ควรต้องระมัดระวังของเอนไซม์จำกัดสำหรับการรวบรวม 16S rRNA ยีน พวกเขาสังเกตช่วง 210e322 T-RFs ผลิต โดยเอนไซม์ต่าง ๆเดียวกันลำดับย่อยใน silico ในการจำกัดการ4.2 การตรวจการเปลี่ยนแปลงในชุมชน spatiotemporalสภาพแวดล้อมดินการวิเคราะห์ T-RFLP ของชุมชนจากแบคทีเรียในดินเนื้อปูนเปิดเผยที่กลุ่มยีน alkB อ่อนไหวมากกับอัลเคนเข้ากว่า 16S rRNAยีนสระ ระบบทดสอบของเรา เรา refrained จากการตรวจสอบดินชุมชนก่อนเปิดเผยจำนวนเงินที่สูงของสารไฮโดรคาร์บอน หรือภายใต้ตัวเลือกแรงดันสำหรับ degraders อัลเคนเป็นจะได้รับในดินเนื้อปูนปนเปื้อน [10] ในขณะนั้นปรากฏตรงที่สมาคมการทำงานของอัลเคน degradersตอบแรงกว่า การ alkanes ชุมชนทั้งหมดโดยรวมความหลากหลายของยีน alkB ในสภาพแวดล้อมดินโดย preexposureพบยอดเงินของ alkanes ได้ค่อนข้างน่าแปลกใจความลึกที่เกี่ยวข้องกับผลต่างใน dynamics ยีน T-RF alkB คงอัลเคนส่วนสำรองที่ต่ำลึกจำนวนมากดิน ซึ่งสะท้อนให้เห็นขึ้นอยู่กับชนิดของดิน ความเหมือนกันหมายความว่า T-RF ร่ำรวย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

4. อภิปราย
4.1 การปรับปรุงวิธีการ
ในการศึกษาครั้งนี้เราได้รับการประเมินอย่างเป็นระบบโปรโตคอล T-RFLP กำหนดเป้าหมาย
ยีน alkB เป็นเครื่องหมายการทำงานในการตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงใน
เคนย่อยสลายชุมชนแบคทีเรียในดิน แม้ว่าจะใช้
inosine ที่มีไพรเมอร์อาจจะไม่เลวครอบคลุมทุก alkB
paralogs เท่าเทียมกันที่พวกเขาสัญญาว่าจะเป็นที่เหมาะสมที่สุดสำหรับความหลากหลาย
ของยีน alkB จากชุมชนที่มีความหลากหลาย phylogenetically
สมาชิก [18] ตั้งแต่แม่แบบที่แตกต่างกันและเอนไซม์ จำกัด
เข้มข้นของผลในรูปแบบชุมชนเหมือน PCRinherent
อคติเช่นการขยายสิทธิพิเศษโดยผู้ทรง
ไพรเลว [8] หรือการเกิดขึ้นของหลอก-T-RFs [40]
จะได้รับการยกย่องว่าเป็นเล็กน้อยที่นี่ แต่ควรเก็บไว้ใน ใจ
ในการประยุกต์ใช้ในอนาคต.
ในการประเมินผล silico เปิดเผยความแตกต่างที่แข็งแกร่งท่ามกลางข้อ จำกัด
เอนไซม์ที่ใช้ในการโปรโตคอลที่มีอยู่ [9e12] เอนไซม์
ผลิตร่ำรวยต่ำ T-RF อาจขาดความไวในการตรวจสอบ
การเปลี่ยนแปลงที่ลึกซึ้งในสระว่ายน้ำของยีน alkB จึงปิดบังอิทธิพลของ
พารามิเตอร์ด้านสิ่งแวดล้อมที่อาจเกิดขึ้นในการย่อยสลายเคน.
ดังนั้น Engebretson และ Moyer [28] แนะนำให้เลือกอย่างระมัดระวัง
ของเอนไซม์ข้อ จำกัด สำหรับ 16S rRNA โปรไฟล์ของยีน พวกเขาสังเกตเห็น
ช่วงของ 210e322 T-RFs ผลิตโดยเอนไซม์แตกต่างกันใน
กลุ่มย่อยลำดับเดียวกันในข้อ จำกัด ใน silico.
4.2 การตรวจหาการเปลี่ยนแปลงในชุมชน spatiotemporal ซับซ้อน
สภาพแวดล้อมดิน
วิเคราะห์ T-RFLP ของชุมชนแบคทีเรียในดินเปิดเผยว่า
สระว่ายน้ำของยีน alkB มีความไวต่อการป้อนเคนกว่า 16S rRNA
สระว่ายน้ำของยีน ในระบบการทดสอบของเราเรางดเว้นจากการตรวจสอบดิน
ชุมชนก่อนสัมผัสกับจำนวนเงินที่สูงของสารไฮโดรคาร์บอนหรือ
ภายใต้ความดันเลือกที่แข็งแกร่งสำหรับ degraders เคนเป็น
จะได้รับกรณีที่ปนเปื้อนในดิน [10] โดยที่
ปรากฏตรงไปตรงมาว่าสมาคมการทำงานของ degraders เคน
ตอบสนองที่แข็งแกร่งเพื่ออัลเคนกว่าทั้งชุมชน
โดยรวมความหลากหลายของยีน alkB ในสภาพแวดล้อมของดินโดยไม่ต้อง preexposure
กับจำนวนเงินที่สำคัญของอัลเคนเป็นที่น่าแปลกใจบ้าง.
ความแตกต่างของความลึกที่เกี่ยวข้องใน alkB ยีน T-RF พลวัตอาจจะ
สะท้อนให้เห็นถึงการให้เคนลดลงในดินลึกลงไปเป็นจำนวนมากซึ่งเป็น
อิสระจากชนิดของดิน เหมือนกันหมายถึงความร่ำรวย T-RF ของ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

4 . การอภิปราย
4.1 . วิธีการปรับปรุง
ในการศึกษานี้เรามีระบบประเมิน t-rflp โปรโตคอลเป้าหมาย
alkb เป็นยีนเครื่องหมาย หน้าที่ในการตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงในโครงสร้างดินแบคทีเรีย
สลายชุมชน แม้ว่าการใช้ไพรเมอร์ที่มี
โนซีนอาจจะไม่ครอบคลุม paralogs alkb
เท่ากันหมด พวกเขาสัญญาว่า จะเหมาะสมที่สุดสำหรับ
ช่วงกว้างของ alkb พันธุ์จาก phylogenetically หลากหลายชุมชน
สมาชิก [ 18 ] เนื่องจากแม่แบบที่แตกต่างกันและเอนไซม์เข้มข้นส่งผลให้สภาพชุมชนเหมือนกัน

pcrinherent , อคติเช่นสิทธิพิเศษขยายสูง
เสื่อมลงไพรเมอร์ [ 8 ] หรือการเกิด pseudo-t-rfs [ 40 ]
ถือเป็นกระจอก แต่ควรเก็บไว้ในจิตใจ

ในโปรแกรมในอนาคตในการประเมินผล สำหรับความแตกต่างระหว่างการเปิดเผยแข็งแรง
เอนไซม์ใช้ในที่มีอยู่โปรโตคอล [ 9e12 ] การผลิตเอนไซม์
ความมั่งคั่ง t-rf ต่ำอาจไม่มีความไวเพื่อตรวจหา
เปลี่ยนแปลงสีสันใน alkb ยีนพูลจึงบดบังอิทธิพลของพารามิเตอร์ด้านสิ่งแวดล้อมในแอลเคนการย่อยสลาย

ตามศักยภาพ และ engebretson มอยเออร์ [ 28 ] แนะนำทางเลือกระมัดระวัง
ของเอนไซม์ตัดจำเพาะสำหรับยีน 16S rRNA โปรไฟล์ พวกเขาสังเกต
ช่วงของ 210e322 t-rfs ผลิตโดยเอนไซม์ที่แตกต่างกันบน
ย่อยลำดับเดียวกันในสำหรับจำกัด .
4.2 . การตรวจหาการเปลี่ยนแปลงในชุมชนของ spatiotemporal ซับซ้อน

t-rflp การวิเคราะห์ดิน สภาพแวดล้อมของชุมชนจุลินทรีย์ในดิน พบว่า มียีนสระว่ายน้ำ
alkb อ่อนไหวมากกับแอลเคนข้อมูลกว่าเบส 16S rRNA
ยีนสระในการทดสอบระบบของเรา เราไม่ทำการตรวจสอบดิน
ชุมชนก่อนสัมผัสกับปริมาณสูงของไฮโดรคาร์บอนหรือ
ภายใต้ความดันเลือกที่แข็งแกร่งสำหรับความสามารถในการย่อยสลายแอลเคนเป็น
จะได้รับกรณี [ 10 ] ในดินปนเปื้อน โดย
ปรากฏที่ตรงไปตรงมาที่สมาคมการทำงานของโครงสร้างที่แข็งแกร่งเพื่อการตอบสนองความสามารถในการย่อยสลาย

กว่าชุมชนทั้งหมดรวม alkb ความหลากหลายของยีนในสภาพแวดล้อมของดินโดยวิธี
ยังคงปริมาณของแอลเคนจะค่อนข้างน่าแปลกใจ ความลึกที่แตกต่างกันใน alkb

ยีน t-rf พลศาสตร์อาจสะท้อนการลดลงของเหลวในดินขนาดใหญ่ลึกซึ่ง
อิสระประเภทของดิน หมายถึง ความอุดมสมบูรณ์ของ t-rf เหมือนกัน