The phylogenetic position of the fi

The phylogenetic position of the five isolates was
determined by complete 16S rRNA gene sequence analysis.
Genomic DNA extraction and purification were carried out
using the DNeasy Blood and Tissue kit (Qiagen).
Amplification, purification and sequencing of the 16S
rRNA gene were performed as described by Valcheva et al.
(2006). Sequence analysis using the BioEdit sequencealignment software (Hall, 1999) revealed that the five
isolates shared 100% 16S rRNA gene sequence similarity.
The 16S rRNA gene sequence of strain CD276T and those
of strains of the most closely related genera, Vagococcus and
Enterococcus, from GenBank and the Ribosomal Database
Project (http://rdp.cme.msu.edu; Cole et al., 2003) were
aligned using CLUSTAL in MEGA version 4.0 and a neighbourjoining
phylogenetic tree was created (Tamura et al., 2007)
with Kimura’s two-parameter model (Gascuel, 1997;
Kimura, 1980) on 1425 gap-free sites (Fig. 1). Sequences
from the genera Vagococcus and Enterococcus clustered into
two distinct monophyletic groups, and the close association
of strain CD276T with members of the genus
Vagococcus was confirmed by a bootstrap value of 99 %.
After realigning the distance matrix with CLUSTAL W, strain
CD276T formed a distinct branch with the four other
isolates that shared a node with V. carniphilus ATCC BAA-
640T and V. fluvialis CCUG 32704T with a bootstrap value
of 99 %. Strain CD276T shared high 16S rRNA gene
sequence similarities with V. carniphilus ATCC BAA-640T
(97.5 %) and V. fluvialis CCUG 32704T (97.3 %) and lower
sequence similarities were observed with the other type
strains of the genus Vagococcus [V. lutrae CCUG 39187T
(96.2 %), V. elongatus PPC9T (95.6 %), V. salmoninarum
NCFB 2777T (95.1 %) and V. fessus M2661/98/1T (94.2 %)].
These results indicated that the group of five isolates was
phylogenetically distinct from the six Vagococcus species
already recognized.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ตำแหน่งสายวิวัฒนาการของห้าแยกเป็น
กำหนดโดย 16s สมบูรณ์วิเคราะห์ลำดับยีน rrna.
สกัดดีเอ็นเอจีโนมและการทำให้บริสุทธิ์ออก
โดยใช้เลือด dneasy และชุดเนื้อเยื่อ (QIAGEN).
ขยายการทำให้บริสุทธิ์และการหาลำดับเบสของ 16s
rrna ยีนได้ดำเนินการตามที่อธิบาย valcheva ตอัล.
(2006)วิเคราะห์ลำดับการใช้ซอฟต์แวร์ bioedit sequencealignment (ฮอลล์, 1999) แสดงให้เห็นว่าห้าแยกที่ใช้ร่วมกัน
100% 16s rRNA ยีนลำดับความคล้ายคลึงกัน.
16s ลำดับยีน rrna ของสายพันธุ์และผู้ cd276t
ของสายพันธุ์ของจำพวกส่วนใหญ่ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดและ vagococcus
Enterococcus จาก genbank และฐานข้อมูลโซมอล
โครงการ (http://rdp.cme.msu.edu. โคลและอัล, 2003) ได้
ชิด clustal ใช้ในรุ่น 4.0 ล้านและ neighbourjoining
ต้นไม้สายวิวัฒนาการที่ถูกสร้างขึ้น (ทามูระและคณะ 2007.) ด้วย
คิมูระเป็นแบบสองพารามิเตอร์ (gascuel, 1997;
คิมูระ, 1980) ใน 1425 ช่องว่างของเว็บไซต์ (รูปที่ 1 ) ลำดับ
จาก vagococcus จำพวกและ Enterococcus คลัสเตอร์ใน
สองกลุ่มไฟย์เลติที่แตกต่างและความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดของ
cd276t ความเครียดกับสมาชิกของจำพวก
vagococcus รับการยืนยันจากค่าบูต 99%.
หลังจากเมทริกซ์ในวงกว้างระยะทางที่มี clustal W, ความเครียด
cd276t เกิดขึ้นเป็นสาขาที่แตกต่างกับสี่แยกอื่น ๆ
ที่ใช้ร่วมกันกับโหนดโว carniphilus ATCC Baa-
640T และโวลต์ 32704t ccug fluvialis มีมูลค่าบูต
99% 16s สูงสายพันธุ์ของยีนที่ใช้ร่วมกัน cd276t rrna
ลำดับคล้ายคลึงกันด้วย carniphilus โว ATCC Baa-640T
(975%) และโวลต์ fluvialis ccug 32704t (97.3%) และลดลง
คล้ายคลึงกันตามลำดับพบกับชนิดอื่น ๆ
สายพันธุ์ของพืชและสัตว์ vagococcus [v lutrae ccug 39187t
(96.2%), โวลต์ elongatus ppc9t (95.6%), โวลต์ salmoninarum
ncfb 2777t (95.1%) และโวลต์ fessus m2661/98/1t (94.2%)].
ผลลัพธ์เหล่านี้ชี้ให้เห็นว่ากลุ่ม ห้าแยกเป็น
phylogenetically แตกต่างจากสายพันธุ์หก vagococcus
ได้รับการยอมรับอยู่แล้ว

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

Isolates ห้าตำแหน่ง phylogenetic ถูก
กำหนด โดยสมบูรณ์ 16S rRNA ยีนลำดับวิเคราะห์
Genomic DNA สกัดและฟอกได้ดำเนิน
ใช้ชุด DNeasy เลือดและเนื้อเยื่อ (Qiagen) .
ขยาย ฟอก และลำดับของ 16S จะ
ยีนใน rRNA ได้ดำเนินการตามที่อธิบายไว้ โดย Valcheva et al.
(2006) การวิเคราะห์โดยใช้ซอฟต์แวร์ sequencealignment BioEdit (ฮอลล์ 1999) การเปิดเผยที่ 5
isolates ใหม่ 100% 16S rRNA ยีนลำดับคล้าย
16S rRNA ลำดับยีนต้องใช้ CD276T และผู้
ของสายพันธุ์ของสกุลที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดที่สุด Vagococcus และ
Enterococcus จาก GenBank และฐานข้อมูล Ribosomal
โครงการ (http://rdp.cme.msu.edu โคลและ al., 2003) ได้
ใช้ CLUSTAL ในเมการุ่น 4.0 และ neighbourjoining การจัด
phylogenetic tree สร้าง (Tamura et al., 2007)
กับสองพารามิเตอร์ของคิมุระโย (Gascuel, 1997;
คิมุระโย 1980) บน 1425 ฟรีช่องว่าง (Fig. 1) ลำดับ
จากในสกุล Vagococcus และ Enterococcus จับกลุ่มเป็น
กลุ่ม monophyletic ทั้งสอง และสมาคมปิด
ของต้องใช้ CD276T กับสมาชิกของตระกูลนี้
Vagococcus ได้รับการยืนยัน โดยค่าเริ่มต้นระบบของ %.
After 99 realigning เมตริกซ์ห่างกับ CLUSTAL W ต้องใช้
CD276T รูปแบบสาขาทั้งหมด มีสี่อื่น
isolates ที่ใช้ร่วมกันโหนกับ V. carniphilus ATCC บา-
640T และ V. fluvialis CCUG 32704T ด้วยค่าเริ่มต้นระบบ
99% CD276T ต้องใช้ร่วมกันสูง 16S rRNA ยีน
ลำดับความเหมือนกับ V.
(97. carniphilus ATCC บา 640T5%) และ V. fluvialis CCUG 32704T (97.3%) และลด
สุภัคลำดับความคล้ายคลึงกับชนิดอื่น ๆ
สายพันธุ์ของพืชสกุล Vagococcus [V. lutrae CCUG 39187T
(96.2 %), V. elongatus PPC9T (95.6%), V. salmoninarum
NCFB 2777T (95.1%) และ V. fessus M2661 98/1T (94.2 %)].
These ผลระบุว่า คือกลุ่มของ isolates ห้า
phylogenetically แตกต่างจากสายพันธุ์ Vagococcus 6
รับรู้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ที่ phylogenetic ตำแหน่งของที่ห้าแยกเป็น
ถูกกำหนดโดยสมบูรณ์ 16 S rrna ยีนตามลำดับการวิเคราะห์.
genomic ดีเอ็นเอเลือดและทำน้ำบริสุทธิ์ได้ถูกออกจาก
ซึ่งจะช่วยโดยใช้ dneasy เลือดและเนื้อเยื่อชุด( qiagen )..
การขยายสัญญาณเสียง,การกรองและการจัดลำดับของ 16 S
rrna ยีนนั้นดำเนินการตามที่อธิบายไว้โดย valcheva et al .
( 2006 )ลำดับการวิเคราะห์โดยใช้ bioedit sequencealignment ซอฟต์แวร์( Hall , 1999 )เปิดเผยว่าห้า
แยกใช้ร่วมกัน 100% 16 S rrna ยีนตามลำดับความเหมือน.
ที่ 16 S rrna ยีนตามลำดับของสายพันธุ์ซี ดี 276 T และผู้ที่
ซึ่งจะช่วยในด้านพันธุ์ในส่วนที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดเอื้อง, vagococcus และ
enterococcus ,จากเลี้ยงดูและ ribosomal ฐานข้อมูล
โครงการ( http://rdp.cme.msu.edu; Cole et al ., 2003 )มี
ในแนวเดียวกันโดยใช้ clustal ขนาดใหญ่ในเวอร์ชั่น 4.0 และ neighborjoining
phylogenetic ทรีถูกสร้างขึ้น( tamura et al ., 2007 )
พร้อมด้วยในของสอง - พารามิเตอร์รุ่น( gascuel , 1997 ;
ใน, 1980 )ใน 1425 ช่องว่าง - แบบไม่เสียค่าบริการสถานที่(รูปที่ 1 ) ซีเควนซ์
จาก vagococcus เอื้องและ enterococcus กระจัดกระจายอยู่ใน
ซึ่งจะช่วยทั้งสองกลุ่ม monophyletic ที่แตกต่างกันและอยู่ใกล้การเชื่อมโยง
การดึงแผ่นซี ดี 276 T ที่พร้อมด้วยสมาชิกของกะที่
vagococcus เป็น Bootstrap Processor ได้รับการยืนยันจากที่ 99% ของมูลค่า..
หลังจากที่กระชับปรับระยะ Matrix Storage Technology พร้อมด้วย clustal W , cd
ซึ่งจะช่วยลดความ ตึงเครียด 276 T จัดตั้งที่โดดเด่นพร้อมด้วยที่สาขาอื่นๆทั้งสี่
ซึ่งจะช่วยแยกที่ใช้ร่วมกันที่โหนดด้วย v carniphilus atcc Baa -
640 T และ v . fluvialis CCUG )ทัน 32704 T ด้วย Bootstrap Processor
ซึ่งจะช่วยมอบความคุ้มค่าของ 99% . ดึงแผ่นซี ดี 276 t ใช้ร่วมกันความคล้ายคลึงกันสูง 16 S rrna ยีน
ตามลำดับด้วย v carniphilus atcc Baa -640 T
( 975% )และ v . fluvialis CCUG )ทัน 32704 T ( 97.3% )และ
ซึ่งจะช่วยลดลงตามลำดับความคล้ายคลึงกันก็เห็นด้วยที่ ประเภท อื่นๆ
พันธุ์ของพืช vagococcus [ v lutrae CCUG )ทัน 39187 T
( 96.2% ), V elongatus สัมมนา 9 T ( 95.6% ), V salmoninarum
ncfb 2777 T (เงินทุนมี NPL คงค้าง 95.1% )และ V fessus M 2661/98 / 1 T ( 94.2% )].
เหล่านี้ผลการศึกษาชี้ให้เห็นว่ากลุ่มที่ห้าแยกเป็น
phylogenetically แตกต่างจากที่หก vagococcus
ตามมาตรฐานสายพันธุ์ได้รับการยอมรับแล้ว