The abbreviations for the various nucleic acid bases include guanine (G), thymine (T), adenine (A) and cytosine (C).
The term "PCR" refers to โพลีเมอเรสเชนรีแอคชัน, a วิธี for amplifying a single or a few copies of DNA exponentially by means of conventional a thermocycler. PCR could also refer to a conventional วิธี for amplifying DNA copies that requires a gel electrophoresis step to view the เพิ่มปริมาณ DNA. .
"เรียลไทม์ PCR" refers to an advanced PCR วิธี that enables quantification of the DNA copies and monitoring of the amplification of DNA in real time by detecting the levels of fluorescence. The วิธี does not require gel electrophoresis, utilizes less time and provides a more accurate result.
The term "แอมพลิคอน" refers to a portion of โพลีนิวคลีโอไทด์ that is to be เพิ่มปริมาณ or multiplied using the วิธีการ โพลีเมอเรสเชนรีแอคชัน (PCR)
The term "วีวี (HRM)" refers to the technology for the detection of mutations, polymorphisms and genetic differences in double-stranded DNA samples. It is a
relatively new วิธี for DNA analysis that was introduced in 2002 as a result of a
collaboration between academic (University of Utah, US) and the industry (Idaho Technology, US) (Reed et al. 2007). วีวีing is used to characterize DNA samples according to their dissociation behavior as they transition from double stranded DNA (dsDNA) to single stranded DNA (ssDNA) with increasing temperature. The technique, subjects DNA samples to increasing temperatures and records the details of their dissociation from double-stranded
(dsDNA) to single stranded form (ssDNA). The Instrument collects fluorescent signals with
much greater optimal and thermal precision than previous วิธี to create new application possibilities.
HRM analysis is performed on double stranded DNA samples. Typically the โพลีเมอเรสเชนรีแอคชัน (PCR) is performed prior to HRM analysis to amplify the DNA region in which their mutation of interest lies. This region that is เพิ่มปริมาณ is known as the แอมพลิคอน. After the PCR, the HRM analysis begins. The process is a warming of the แอมพลิคอน DNA from around 50°C up to around 95°C. At some point during this process, the melting temperature of the
แอมพลิคอน is reached and the two strands of DNA separate or "melt" apart. The essence of HRM is to monitor this process in real-time. This is achieved by using a fluorescent dye which binds specifically to double-stranded DNA and when it is bound it fluoresces brightly. In the absence of double stranded DNA the dye has nothing to bind to and it only fluoresces at a low level. At the beginning of the HRM analysis there is a high level of fluorescence in the sample because of the billions of copies of the แอมพลิคอน. But as the sample is heated up and the two strands of the DNA melt apart, presence of double stranded DNA decreases and thus fluorescence is reduced. The HRM machine records the process and plots the data as a graph known as a melt curve,
showing the level of fluorescence vs. the temperature. The HRM machine has the ability to
monitor this process in "high resolution" making it possible to accurately document difference in melting curves and therefore identify if a mutation is present or not.
The term "primer" as used herein refers to an oligoนิวคลีโอไทด์ or short single-stranded
nucleic acid which, upon hybridization with a complementary portion of another single-stranded molecule, acts as a starting point for initiation of polymerization mediated by an enzyme with DNA polymerase activity, such as in PCR.
10
As used herein, the term "antigen" or "immunogen" means a substance that induces a
specific immune response in a host animal. The antigen may ประกอบรวมด้วย a whole organism, killed, attenuated or live; a subunit or portion of an organism; a recombinant vector containing an insert with immunogenic properties; a piece or fragment of DNA capable of inducing an immune
response upon presentation to a host animal; a โพลีเปปไทด์, an epitope, a hapten, or any
combination thereof. Alternately, the immunogen or antigen may ประกอบรวมด้วย a toxin or antitoxin.
The term "immunogenic protein or peptide" as used herein includes โพลีเปปไทด์ that are immunologically active in the sense that once administered to the host, it is able to evoke an
immune response of the humoral and/or cellular type directed against the protein. Preferably the protein fragment is such that it has substantially the same immunological activity as the total protein. Thus, a protein fragment according to the การประดิษฐ์ ประกอบรวมด้วย or consists essentially of or consists of at least one epitope or antigenic determinant. An "immunogenic°' protein or
โพลีเปปไทด์, as used herein, includes the full-length sequence of the protein, analogs thereof, or immunogenic fragments thereof. By "immunogenic fragment" is meant a fragment of a protein which includes one or more epitopes and thus elicits the immunological response described
above. Such fragments can be identified using any number of epitope mapping techniques, well known in the art. See, e.g., Epitope Mapping Protocols in วิธี in Molecular Biology, Vol.
66 (Glenn E. Morris, Ed., 1996). For example, linear epitopes may be determined by e.g.,
concurrently synthesizing large numbers of peptides on solid supports, the peptides
corresponding to portions of the protein molecule, and reacting the peptides with antibodies
while the peptides are still attached to the supports. Such techniques are known in the art and described in, e.g., U.S. Pat. No. 4,708,871; Geysen et al., 1984; Geysen et al., 1986. Similarly, confoimational epitopes are readily identified by determining spatial conformation of amino
acids such as by, e.g., x-ray crystallography and 2-dimensional nuclear magnetic resonance.
The term "immunogenic protein or peptide" further contemplates deletions, additions and substitutions to the sequence, so long as the โพลีเปปไทด์ functions to produce an immunological response as defined herein. The term "conservative variation" denotes the replacement of an
amino acid residue by another biologically similar residue, or the replacement of a นิวคลีโอไทด์ in a nucleic acid sequence such that the encoded amino acid residue does not change or is another biologically similar residue. In this regard, particularly preferred substitutions will generally be conservative in nature, i.e., those substitutions that take place within a family of amino acids.
ตัวย่อสำหรับฐานกรดนิวคลีอิกต่าง ๆ รวม guanine (G), ไทมีน (T), adenine (A) และ cytosine (C)คำ "PCR" อ้างอิงถึงโพลีเมอเรสเชนรีแอคชัน วิธีสำหรับมือเดียวหรือสำเนาของดีเอ็นเอสร้างโดยทั่วไปการ thermocycler PCR อาจหมายถึงวิธีแบบดั้งเดิมสำหรับมือสำเนาดีเอ็นเอที่ต้องขั้นตอน electrophoresis เจดูดีเอ็นเอเพิ่มปริมาณ ."เรียลไทม์ PCR" หมายถึงวิธี PCR ขั้นสูงที่ช่วยให้นับสำเนาดีเอ็นเอและการตรวจสอบ โดยการตรวจหาระดับของ fluorescence ขยายของดีเอ็นเอในเวลาจริง วิธีการใช้ electrophoresis เจล ใช้เวลาน้อยกว่า และให้ผลถูกต้องมากขึ้นคำว่า "แอมพลิคอน" หมายถึงส่วนของโพลีนิวคลีโอไทด์ที่จะเพิ่มปริมาณ หรือคูณใช้โพลีเมอเรสเชนรีแอคชันวิธีการ (PCR) คำว่า "วีวี (HRM)" หมายถึงเทคโนโลยีสำหรับการตรวจหาการกลายพันธุ์ polymorphisms และความแตกต่างทางพันธุกรรมในขนคู่ตัวอย่างดีเอ็นเอ มันเป็นการ วิธีค่อนข้างใหม่สำหรับการวิเคราะห์ดีเอ็นเอที่ถูกนำมาใช้ในปี 2545 เป็นผลมาจากการ ความร่วมมือระหว่างสถาบันการศึกษา (มหาวิทยาลัยยูทาห์ สหรัฐอเมริกา) และอุตสาหกรรม (เทคโนโลยีไอดาโฮ สหรัฐ) (Reed et al. 2007) วีวีing จะใช้ในการกำหนดลักษณะตัวอย่างดีเอ็นเอตาม dissociation พฤติกรรมของพวกเขาเป็นพวกเขาเปลี่ยนจากคู่ (dsDNA) ดีเอ็นเอตกค้างเดียวควั่น DNA (ssDNA) ด้วยการเพิ่มอุณหภูมิ เทคนิค ดีเอ็นเอตัวอย่างหัวข้อการเพิ่มอุณหภูมิ และบันทึกรายละเอียดของของ dissociation จากขนคู่ (dsDNA) การเดียวควั่นฟอร์ม (ssDNA) เครื่องมือการรวบรวมสัญญาณเรืองแสงด้วย มากสูงสุด และความร้อนความแม่นยำกว่าวิธีก่อนหน้านี้เพื่อสร้างโปรแกรมประยุกต์ใหม่ไปดำเนินการวิเคราะห์ HRM ในคู่ตัวอย่างดีเอ็นเอที่ตกค้าง โดยทั่วไปโพลีเมอเรสเชนรีแอคชัน (PCR) จะดำเนินการก่อนการวิเคราะห์ HRM ขยายพื้นที่ดีเอ็นเอของพวกเขากลายพันธุ์น่าสนใจอยู่ ภูมิภาคนี้ที่เรียกว่าแอมพลิคอนเพิ่มปริมาณ หลังจาก PCR การวิเคราะห์ HRM เริ่มขึ้น เป็นกระบวนการความร้อนของดีเอ็นเอแอมพลิคอนประมาณ 50° c ถึงประมาณ 95 องศาเซลเซียส ในบางจุดระหว่างนี้ ละลายอุณหภูมิ แอมพลิคอน is reached and the two strands of DNA separate or "melt" apart. The essence of HRM is to monitor this process in real-time. This is achieved by using a fluorescent dye which binds specifically to double-stranded DNA and when it is bound it fluoresces brightly. In the absence of double stranded DNA the dye has nothing to bind to and it only fluoresces at a low level. At the beginning of the HRM analysis there is a high level of fluorescence in the sample because of the billions of copies of the แอมพลิคอน. But as the sample is heated up and the two strands of the DNA melt apart, presence of double stranded DNA decreases and thus fluorescence is reduced. The HRM machine records the process and plots the data as a graph known as a melt curve, showing the level of fluorescence vs. the temperature. The HRM machine has the ability to monitor this process in "high resolution" making it possible to accurately document difference in melting curves and therefore identify if a mutation is present or not.The term "primer" as used herein refers to an oligoนิวคลีโอไทด์ or short single-strandednucleic acid which, upon hybridization with a complementary portion of another single-stranded molecule, acts as a starting point for initiation of polymerization mediated by an enzyme with DNA polymerase activity, such as in PCR.10 As used herein, the term "antigen" or "immunogen" means a substance that induces aspecific immune response in a host animal. The antigen may ประกอบรวมด้วย a whole organism, killed, attenuated or live; a subunit or portion of an organism; a recombinant vector containing an insert with immunogenic properties; a piece or fragment of DNA capable of inducing an immune
response upon presentation to a host animal; a โพลีเปปไทด์, an epitope, a hapten, or any
combination thereof. Alternately, the immunogen or antigen may ประกอบรวมด้วย a toxin or antitoxin.
The term "immunogenic protein or peptide" as used herein includes โพลีเปปไทด์ that are immunologically active in the sense that once administered to the host, it is able to evoke an
immune response of the humoral and/or cellular type directed against the protein. Preferably the protein fragment is such that it has substantially the same immunological activity as the total protein. Thus, a protein fragment according to the การประดิษฐ์ ประกอบรวมด้วย or consists essentially of or consists of at least one epitope or antigenic determinant. An "immunogenic°' protein or
โพลีเปปไทด์, as used herein, includes the full-length sequence of the protein, analogs thereof, or immunogenic fragments thereof. By "immunogenic fragment" is meant a fragment of a protein which includes one or more epitopes and thus elicits the immunological response described
above. Such fragments can be identified using any number of epitope mapping techniques, well known in the art. See, e.g., Epitope Mapping Protocols in วิธี in Molecular Biology, Vol.
66 (Glenn E. Morris, Ed., 1996). For example, linear epitopes may be determined by e.g.,
concurrently synthesizing large numbers of peptides on solid supports, the peptides
corresponding to portions of the protein molecule, and reacting the peptides with antibodies
while the peptides are still attached to the supports. Such techniques are known in the art and described in, e.g., U.S. Pat. No. 4,708,871; Geysen et al., 1984; Geysen et al., 1986. Similarly, confoimational epitopes are readily identified by determining spatial conformation of amino
acids such as by, e.g., x-ray crystallography and 2-dimensional nuclear magnetic resonance.
The term "immunogenic protein or peptide" further contemplates deletions, additions and substitutions to the sequence, so long as the โพลีเปปไทด์ functions to produce an immunological response as defined herein. The term "conservative variation" denotes the replacement of an
amino acid residue by another biologically similar residue, or the replacement of a นิวคลีโอไทด์ in a nucleic acid sequence such that the encoded amino acid residue does not change or is another biologically similar residue. In this regard, particularly preferred substitutions will generally be conservative in nature, i.e., those substitutions that take place within a family of amino acids.
การแปล กรุณารอสักครู่..
ตัวย่อสำหรับกรดนิวคลีอิกฐานต่างๆรวมถึง guanine (G), มีน (T), adenine (A) และ cytosine (C).
คำว่า "วิธี PCR" หมายถึงโพลีเมอเรสเชนรีแอคชัน, วิธี สำหรับปรากฏการณ์สำเนาเดียวหรือไม่กี่ดีเอ็นเอชี้แจงโดยใช้วิธีการแบบเดิม thermocycler PCR ยังอาจจะหมายถึงวิธีธรรมดาสำหรับปรากฏการณ์สำเนาดีเอ็นเอที่ต้องใช้ขั้นตอนข่าวคราวเพื่อดูเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอ .
"เรียลไทม์พีซีอาร์" หมายถึงวิธี PCR ขั้นสูงที่ช่วยให้ปริมาณสำเนาดีเอ็นเอและการตรวจสอบของการขยายของดีเอ็นเอในเวลาจริงโดยการตรวจสอบระดับของการเรืองแสง วิธีที่ไม่ต้องใช้อิเลคเจลใช้เวลาน้อยลงและให้ผลที่ถูกต้องมากขึ้น.
คำว่า "แอมพลิคอน" หมายถึงการเป็นส่วนหนึ่งของโพลีนิวคลีโอไทด์เป็นผู้ที่จะเพิ่มปริมาณหรือคูณโดยใช้วิธี การโพลีเมอเรสเชนรีแอคชัน (PCR) คำว่า "วีวี (HRM)" หมายถึงเทคโนโลยีในการตรวจหาการกลายพันธุ์ที่หลากหลายและความแตกต่างทางพันธุกรรมในเกลียวคู่ตัวอย่างดีเอ็นเอ มันเป็นวิธีที่ค่อนข้างใหม่สำหรับการวิเคราะห์ดีเอ็นเอที่ได้รับการแนะนำในปี 2002 เป็นผลมาจากการทำงานร่วมกันระหว่างนักวิชาการ (มหาวิทยาลัยยูทาห์สหรัฐอเมริกา) และอุตสาหกรรม (ไอดาโฮเทคโนโลยีสหรัฐ) (กก et al. 2007) วีวีไอเอ็นจีจะใช้ในลักษณะของตัวอย่างดีเอ็นเอตามพฤติกรรมการแยกตัวออกของพวกเขาขณะที่พวกเขาเปลี่ยนจากดีเอ็นเอควั่นคู่ (dsDNA) ดีเอ็นเอควั่นเดียว (ssDNA) ที่มีอุณหภูมิที่เพิ่มขึ้น เทคนิค, วิชาตัวอย่างดีเอ็นเอที่เพิ่มขึ้นอุณหภูมิและบันทึกรายละเอียดของการแยกตัวออกจากเกลียวคู่(dsDNA) รูปแบบเดียวที่ควั่น (ssDNA) ตราสารรวบรวมสัญญาณเรืองแสงที่มีความแม่นยำที่เหมาะสมมากขึ้นและความร้อนกว่าก่อนหน้านี้วิธีที่จะสร้างความเป็นไปสมัครใหม่. การวิเคราะห์การบริหารทรัพยากรมนุษย์จะดำเนินการในสองครั้งที่ควั่นตัวอย่างดีเอ็นเอ โดยทั่วไปจะเป็นโพลีเมอเรสเชนรีแอคชัน (PCR) จะดำเนินการก่อนที่จะมีการวิเคราะห์การบริหารทรัพยากรมนุษย์เพื่อขยายภูมิภาคดีเอ็นเอที่เกิดการกลายพันธุ์ของพวกเขาที่น่าสนใจโกหก ภูมิภาคนี้ที่มีการเพิ่มปริมาณเป็นที่รู้จักกันแอมพลิคอน หลังจาก PCR การวิเคราะห์การบริหารทรัพยากรมนุษย์เริ่มต้น กระบวนการนี้เป็นกระบวนการร้อนของแอมพลิคอนดีเอ็นเอจากประมาณ 50 ° C ถึง 95 ° C ในบางจุดในระหว่างกระบวนการนี้อุณหภูมิหลอมละลายของแอมพลิคอนถึงและทั้งสองเส้นของดีเอ็นเอแยกหรือ "ละลาย" ออกจากกัน สาระสำคัญของการบริหารทรัพยากรมนุษย์คือการตรวจสอบขั้นตอนนี้ในเวลาจริง นี่คือความสำเร็จโดยใช้สีย้อมเรืองแสงซึ่งผูกเฉพาะดีเอ็นเอเกลียวคู่และเมื่อมันถูกผูกไว้มัน fluoresces สดใส ในกรณีที่ไม่มีดีเอ็นเอควั่นสองสีมีอะไรจะผูกกับและมัน fluoresces อยู่ในระดับต่ำ ที่จุดเริ่มต้นของการวิเคราะห์การบริหารทรัพยากรมนุษย์ที่มีระดับสูงของการเรืองแสงในกลุ่มตัวอย่างเพราะพันล้านสำเนาของแอมพลิคอน แต่เป็นตัวอย่างที่มีอุณหภูมิสูงขึ้นและทั้งสองเส้นของดีเอ็นเอละลายกันลดการปรากฏตัวของดีเอ็นเอควั่นคู่และทำให้เรืองแสงจะลดลง เครื่องบันทึก HRM กระบวนการและแปลงข้อมูลเป็นกราฟที่รู้จักกันเป็นเส้นโค้งละลายแสดงระดับของแสงกับอุณหภูมิ เครื่องการบริหารทรัพยากรมนุษย์ที่มีความสามารถในการตรวจสอบขั้นตอนนี้ใน "ความละเอียดสูง" ทำให้มันเป็นไปได้ที่จะต้องจัดทำเอกสารความแตกต่างในการละลายเส้นโค้งและดังนั้นจึงระบุว่าการกลายพันธุ์เป็นปัจจุบันหรือไม่. คำว่า "ไพรเมอร์" ที่ใช้ในที่นี้หมายถึง Oligo นิว คลีโอไทด์เดียวหรือเกลียวสั้นกรดนิวคลีอิกซึ่งเมื่อผสมพันธุ์กับส่วนเสริมของโมเลกุลเดียวควั่นอื่นทำหน้าที่เป็นจุดเริ่มต้นสำหรับการเริ่มต้นของพอลิเมอไกล่เกลี่ยโดยเอนไซม์ที่มีฤทธิ์ดีเอ็นเอโพลิเมอร์เช่นใน PCR. 10 ในฐานะที่ใช้ในที่นี้คำว่า "สาร" หรือ "แอนติเจน" หมายถึงสารที่ก่อให้เกิดการตอบสนองของภูมิคุ้มกันที่เฉพาะเจาะจงในสัตว์โฮสต์ แอนติเจนอาจประกอบรวมด้วยสิ่งมีชีวิตทั้งฆ่าจางหรืออาศัยอยู่; หน่วยย่อยหรือส่วนหนึ่งของชีวิต; เวกเตอร์ที่มี recombinant แทรกที่มีคุณสมบัติภูมิคุ้มกัน; หรือชิ้นส่วนของดีเอ็นเอที่มีความสามารถในการกระตุ้นให้เกิดภูมิคุ้มกันตอบสนองในการนำเสนอไปยังโฮสต์สัตว์; โพลีเปปไทด์, epitope, hapten หรือรวมกันดังกล่าว อีกวิธีหนึ่งแอนติเจนหรือแอนติเจนอาจประกอบรวมด้วยสารพิษหรือยาปฏิชีวนะ. คำว่า "ภูมิคุ้มกันโปรตีนหรือเปปไทด์" ที่ใช้ในที่นี้รวมถึงโพลีเปปไทด์ที่มีการใช้งานภูมิคุ้มกันในแง่ที่ว่ายาที่ครั้งหนึ่งเคยเป็นเจ้าภาพจะสามารถ จะทำให้เกิดการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายชนิดและ / หรือโทรศัพท์มือถือโดยตรงต่อโปรตีน โดยเฉพาะอย่างยิ่งส่วนโปรตีนที่เป็นเช่นนั้นก็จะมีกิจกรรมอย่างมีนัยสำคัญทางภูมิคุ้มกันเช่นเดียวกับโปรตีนทั้งหมด ดังนั้นส่วนโปรตีนตามการประดิษฐ์ประกอบรวมด้วยหรือประกอบเป็นหลักหรือประกอบด้วยอย่างน้อยหนึ่งหรือปัจจัย epitope แอนติเจน "ภูมิคุ้มกัน° 'โปรตีนหรือโพลีเปปไทด์ที่ใช้ในที่นี้รวมถึงลำดับยาวเต็มรูปแบบของโปรตีน, analogs ดังกล่าวหรือเศษภูมิคุ้มกันดังกล่าว. โดย "ส่วนภูมิคุ้มกัน" จะหมายถึงส่วนของโปรตีนซึ่งรวมถึง หนึ่งหรือ epitopes มากขึ้นและทำให้ elicits การตอบสนองภูมิคุ้มกันที่อธิบายไว้ข้างต้น. ชิ้นส่วนดังกล่าวสามารถระบุการใช้จำนวนของเทคนิคการทำแผนที่ epitope ใด ๆ ที่รู้จักกันดีในงานศิลปะ. ดูเช่นโปรโตคอล Epitope แมปในวิธีทางอณูชีววิทยา, ฉบับที่. 66 (เกล็น อีมอร์ริส, Ed., 1996). ตัวอย่างเช่น epitopes เชิงเส้นอาจจะถูกกำหนดโดยเช่นสังเคราะห์พร้อมกันจำนวนมากของเปปไทด์ในการสนับสนุนที่เป็นของแข็งเปปไทด์ที่สอดคล้องกับบางส่วนของโมเลกุลโปรตีนและเปปไทด์ทำปฏิกิริยากับแอนติบอดีในขณะที่เปปไทด์ ยังคงติดอยู่กับการสนับสนุนเทคนิคดังกล่าวเป็นที่รู้จักกันในงานศิลปะและอธิบายไว้ในเช่นสหรัฐอเมริกาแพ็ตครั้งที่ 4708871;... Geysen et al, 1984;. Geysen et al, 1986 ในทำนองเดียวกัน epitopes confoimational จะมีการระบุอย่างง่ายดายโดยการกำหนด โครงสร้างเชิงพื้นที่ของอะมิโนกรดเช่นเช่นผลึก x-ray และ 2 มิติแม่เหล็กนิวเคลียร์. คำว่า "ภูมิคุ้มกันโปรตีนหรือเปปไทด์" ต่อไปพิจารณาลบเพิ่มเติมและแทนลำดับตราบเท่าที่โพลีเปป ไทด์ฟังก์ชั่นในการผลิตการตอบสนองภูมิคุ้มกันตามที่กำหนดไว้ในเอกสารฉบับนี้ คำว่า "รูปแบบอนุรักษ์นิยม" หมายถึงการเปลี่ยนกรดอะมิโนสารตกค้างจากสารตกค้างอื่นที่คล้ายกันทางชีวภาพหรือการเปลี่ยนของนิวคลีโอไทด์ในลำดับกรดนิวคลีอิกเช่นที่ตกค้างกรดอะมิโนที่เข้ารหัสไม่เปลี่ยนแปลงหรือเป็นอีกหนึ่งทางชีวภาพ สารตกค้างที่คล้ายกัน ในเรื่องนี้แทนโดยเฉพาะอย่างยิ่งที่ต้องการโดยทั่วไปจะอนุรักษ์นิยมในธรรมชาติเช่นการแทนผู้ที่จะเกิดขึ้นภายในครอบครัวของกรดอะมิโน
การแปล กรุณารอสักครู่..