[0083] The resulting ไลบรารี is subsequently superinfected in liquid culture with an appropriate MB-helper ฟาจ หรือ ไฮเปอร์ฟาจ in order to produce functional ฟาจมิด. The recombinant ฟาจมิด ดิสเพลย์ the ไลโปคาลิน มิวทีน on its surface as a fusion with the coat protein pill หรือ a ชิ้นส่วนย่อยของมัน, while the N-terminal signal sequence of the fusion protein is normally cleaved off. On the other hand, it also bears one หรือ more copies of the native แคปซิด protein pIII supplied by the ฟาจผู้ช่วย and is thus capable of infecting a recipient, in general a bacterial strain carrying an F- หรือ F'-plasmid. In case of ไฮเปอร์ฟาจ display, the ไฮเปอร์ฟาจมิด display the ไลโปคาลิน มิวทีน on their surface as a fusion with the infective coat protein pIII but no native แคปซิด protein. During หรือ after infection with ฟาจผู้ช่วย หรือ ไฮเปอร์ฟาจ, gene expression of the fusion protein between the ไลโปคาลิน มิวทีน and the แคปซิด protein pill can be induced, for example by addition of anhydrotetracycline. The induction conditions are chosen such that a substantial fraction of the ฟาจมิด obtained ดิสเพลย์ at least one ไลโปคาลิน มิวทีน on their surface. In case ofไฮเปอร์ฟาจ display induction conditions result in a population of ไฮเปอร์ฟาจมิด carrying between three and five fusion proteins consisting of the ไลโปคาลิน มิวทีน and the แคปซิด protein pIII. Various methods are known for isolating the ฟาจมิด, such as precipitation with polyethylene glycol. Isolation typically occurs after an incubation period of 6-8 hours.
[0084] The isolated phasmids can then be เป้าหมายed to selection by incubation with the desired target, โดยที่ the target is presented in a form allowing at least temporary immobilization of those ฟาจมิด which carry มิวทีน with the desired binding activity as fusion proteins in their coat. Among the รุรุต่างๆ known to the person skilled in the art, the target can, for example, be conjugated with a carrier protein such as serum albumin and be bound via this carrier protein to a protein binding surface, for example polystyrene. Microtiter plates suitable for ELISA techniques หรือ so-called "immuno-sticks" can for instance be used for such an immobilization of the target. Alternatively, conjugates of the target with other binding groups, such as biotin, can be used. The target can then be immobilized on a surface which selectively ยึดเกาะ this group, for example microtiter plates หรือ paramagnetic particles coated with streptavidin, neutravidin หรือ avidin. If the target is fused to an Fe portion of an immunoglobulin, immobilization can also be achieved with surfaces, for example, microtiter plates หรือ paramagnetic particles, which are coated with protein A หรือ protein G.
[0085] Non-specific ฟาจมิด-binding ตำแหน่ง present on the surfaces can be saturated with blocking solutions as they are known for ELISA methods. The ฟาจมิด are then typically brought into contact with the target immobilized on the surface in the presence of a physiological buffer. Unbound ฟาจมิด are removed by multiple washings. The ฟาจมิด particles remaining on the surface are then eluted. For elution, several methods are possible. For example, the ฟาจมิด can be eluted by addition of proteases หรือ in the presence of acids, bases, detergents หรือ chaotropic salts หรือ under moderately denaturing conditions. One such method is the elution using buffers of pH 2.2, โดยที่ the eluate is subsequently neutralized. Alternatively, a solution of the free target can be added in order to compete with the immobilized target for binding to the ฟาจมิด หรือ target-specific ฟาจมิด can be eluted by competition with immunoglobulins หรือ natural ลิแกนด์ing proteins which specifically ยึดเกาะto the target of interest.
[0086] Afterwards, E. coli cells are infected with the eluted ฟาจมิด. Alternatively, the nucleic acid sequences can be extracted from the eluted ฟาจมิด and used for sequence analysis, amplification หรือ transformation of cells in another manner. Starting from the E. coli clones obtained in this way, fresh ฟาจมิด หรือ ไฮเปอร์ฟาจมิด are again produced by superinfection with M13 ฟาจผู้ช่วยs หรือ ไฮเปอร์ฟาจ according to the method described above and the ฟาจมิด amplified in this way are once again เป้าหมายed to a selection on the immobilized target. Multiple selection cycles are often necessary in order to obtain the ฟาจมิด with the ไลโปคาลิน มิวทีน of the การเปิดเผย in optimized form. The number of selection cycles is in some embodiments chosen in such a way that in the subsequent functional analysis at least 0.1 % of the clones studied produce มิวทีน with detectable แอฟฟินิตี้ for the given target. Depending on the size, i.e. the complexity of the ไลบรารี
employed, 2 to 8 cycles are typically required to this end.
[0087) For the functional analysis of the selected มิวทีน, an E. coli strain is infected with the ฟาจมิด obtained from the selection cycles and the corresponding double stranded phasmid DNA is isolated. Starting from this phasmid DNA, หรือ also from the single-stranded DNA extracted from the ฟาจมิด, the nucleic acid sequences of the selected มิวทีน of the การเปิดเผย can be determined by the methods known in the art and the amino acid sequence can be deduced therefrom. The mutated บริเวณ หรือ the sequence of the entire ไลโปคาลิน มิวทีน can be subcloned on another expression เวกเตอร์ and expressed in a suitable host organism. For example, the เวกเตอร์ pTLPC26 (as referred in the description of Figure 9), also called pTlc26, can be used for expression in E. coli strains such as E.coli TG 1. A ไลโปคาลิน มิวทีน thus produced can be purified by various biochemical methods. A ไลโปคาลิน มิวทีน produced, for example with pTlc26, may carry an แอฟฟินิตี้ peptide, a so called แอฟฟินิตี้ tag, for instance at its C-terminus and can therefore be purified by แอฟฟินิตี้ chromatography. Examples of an แอฟฟินิตี้ tag รวมถึง, but are not limited to biotin, the Strep-tag, Strep-tag II (Schmidt et al., ข้างต้น), oligohistidine, polyhistidine, an immunoglobulin domain, maltose-binding protein,
glutathione-S-transferase (GST) หรือ calmodulinbinding peptide (CBP).
[0088) Some แอฟฟินิตี้ tags are haptens, for example but not limited to, dinitrophenol and digoxigenin. Some แอฟฟินิตี้ tags are เอพิโทป tags, such as the FLAG®-peptide (Asp-Tyr• Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys-Gly), the T7 เอพิโทป (Ala-Ser-Met-Thr-Gly-Gly-Gln-Gln-Met• Gly), maltose binding protein (MBP), the HSV เอพิโทป of the sequence Gln-Pro-Glu-Leu-Ala•
Pro-Glu-Asp-Pro-Glu-Asp of herpes simplex virus glycoprotein D, the hemagglutinin (HA)
เอพิโทป of the sequence Tyr-Pro-Tyr-Asp-Val-Pro-Asp-Tyr-Ala, the VSV-G เอพิโทป of the Vesicular Stomatitis viral glycoprotein (Cys-Tyr-The-Asp-Ile-Glu-Met-Asn-Arg-Leu-Lys),the E เอพิโทป tag of the sequence Gly-Ala-Pro-Val~Pro-Tyr-Pro-Asp-Pro-Leu-Glu-Pro-Arg,the E2 เอพิโทป tag of the sequence Gly-Val-Ser-Ser-Thr-Ser-Ser-Asp-Phe-Arg-Asp-Arg, the Tag-
100 เอพิโทป tag of C-termini of mammalian MAPK/ERK kinases of the sequence Glu-Glu- Thr-Ala-Arg-Phe-Gln-Pro-Gly-Tyr-Arg-Ser, the S-tag of the sequence Lys-Glu-Thr-Ala-Ala• Ala-Lys-Phe-Glu-Arg-Gln-His-Met-Asp-Ser, the "myc" เอพิโทป of the transcription factor c• myc of the sequence Glu-Gln-Lys-Leu-Ile-Ser-Glu-Glu-Asp-Leu and the small VS เอพิโทป present on the P and V proteins of the paramyxovirus of Simian Virus 5 (Gly-Lys-Pro-Ile-Pro• Asn-Pro-Leu-Leu-Gly-Leu-Asp-Ser-Thr). In addition, but generally not as a single tag, a solubility-enhancing tag such as NusA, thioredoxin (TRX), small ubiquitin-like modifier (SUMO), and ubiquitin (Ub) may be used. Haptens and เอพิโทป tags may be used in combination with a corresponding antibody หรือ an antibody like proteinaceous molecule as binding partner. The S-peptide เอพิโทป of the sequence Lys-Glu-Thr-Ala-Ala-Ala-Lys-Phe• Glu-Arg-Gln-His-Met-Asp-Ser may be used as an เอพิโทป tag in connection with a respective antibody หรือ in combination with the S-protein as a binding partner (Hackbarth, JS, et al.,
BioTechniques (2004) 37, 5, 835-839).
[0089] The selection can also be carried out by means of other methods. Many corresponding embodiments are known to the person skilled in the art หรือ are described in the literature. Moreover, a combination of methods can be applied. For example, clones selected หรือ at least enriched by "ฟาจ display" can additionally be เป้าหมายed to "colony screening". This procedure has the advantage that individual clones can directly be isolated with respect to the production of a ไลโปคาลิน มิวทีน with detectable binding แอฟฟินิตี้ for a target.
[0090] In addition to the use of E. coli as host organism in the "ฟาจ display" technique หรือ the "colony screening" method, other bacterial strains, yeast หรือ also insect cells หรือ mammalian cells can be used for this purpose. Further to the selection of a ไลโปคาลิน
[ ] ไลบรารี 0083 ที่เกิดเป็นต่อมา superinfected ในของเหลววัฒนธรรมที่มีความเหมาะสมบางครั้งผู้ช่วยฟาจค็อคไฮเปอร์ฟาจเพื่อผลิตงานฟาจมิด . การใช้ฟาจมิดดิสเพลย์ที่ไลโปคาลินมิวทีนบนพื้นผิวของมันเป็นฟิวชั่นกับโปรตีนหุ้มเม็ดเป็นชิ้นส่วนย่อยของมันค็อค ,ในขณะที่สัญญาณลำดับกรดอะมิโนของโปรตีนเป็นปกติของการปิด บนมืออื่น ๆ , นอกจากนี้ยังหมีหนึ่งค็อคเพิ่มเติมฉบับพื้นเมืองแคปซิดโปรตีน piii จัดโดยฟาจผู้ช่วยและจึงสามารถติดต่อผู้รับ โดยทั่วไปแบคทีเรียสายพันธุ์ที่ถือ F - ค็อค F ' - พลาสมิด ในกรณีของไฮเปอร์ฟาจแสดงการไฮเปอร์ฟาจมิดแสดงมิวทีนไลโปคาลินบนพื้นผิวของพวกเขาเป็นฟิวชั่นกับไม่มีโปรตีนห่อหุ้ม piii แต่ไม่มีพื้นเมืองแคปซิดโปรตีน ระหว่างค็อคหลังจากการติดเชื้อกับฟาจผู้ช่วยค็อคไฮเปอร์ฟาจ , การแสดงออกของยีนในส่วนของโปรตีนระหว่างไลโปคาลินมิวทีนและแคปซิดโปรตีนสามารถนำยา ,ตัวอย่างเช่นโดยการ anhydrotetracycline . เงื่อนไขการเลือกดังกล่าวว่าส่วนมากของฟาจมิดได้รับดิสเพลย์อย่างน้อยหนึ่งไลโปคาลินมิวทีนบนพื้นผิวของพวกเขาในกรณีของการไฮเปอร์ฟาจแสดงเงื่อนไขผลในประชากรไฮเปอร์ฟาจมิดแบกระหว่างสามและห้าฟิวชันโปรตีนประกอบด้วยไลโปคาลินมิวทีนและแคปซิดโปรตีน piii . วิธีการต่าง ๆเป็นที่รู้จักกันสำหรับการแยกฟาจมิดเช่นการตกตะกอนด้วย polyethylene glycol .การแยกมักจะเกิดขึ้นผ่านระยะฟักตัว 6-8 ชม.
[ กระดาษ ] แยก phasmids จากนั้นจะสามารถเป้าหมายเอ็ดเลือกโดยการบ่มด้วยเป้าหมายที่ต้องการโดยที่ , เป้าหมายที่แสดงในฟอร์มให้อย่างน้อยชั่วคราวการตรึงที่ฟาจมิดซึ่งถือมิวทีนกับที่ต้องการผูกกิจกรรมเป็นฟิวชันโปรตีนในเสื้อของพวกเขาระหว่างรุรุต่างๆรู้จักคนที่มีความสามารถในศิลปะ เป้าหมายได้ ตัวอย่างเช่น เป็นคอนจูเกตกับผู้ให้บริการเช่นโปรตีนอัลบูมินต้องผ่านทางนี้เพื่อขนส่งโปรตีนโปรตีนผิว เช่น โฟมแผ่นเหมาะสำหรับ ELISA เทคนิคไมโครค็อคที่เรียกว่า " มมูโน sticks " สามารถยกตัวอย่างเช่นใช้เช่นการตรึงเป้าหมาย หรือสารประกอบของเป้าหมาย ด้วยกลุ่มอื่น ๆ รวม เช่น biotin , สามารถใช้ เป้าหมายจากนั้นจะสามารถตรึงบนพื้นผิวที่เลือกยึดเกาะกลุ่มนี้ตัวอย่างเช่น แผ่นไมโครค็อคพาราแมกเนติก อนุภาคที่เคลือบด้วย streptavidin neutravidin ค็อค , วิดิน . ถ้าเป้าหมายคือผสมกับเหล็กส่วนของอิมมูโนโกลบุลินยังสามารถทำได้ด้วยการตรึง , พื้นผิว เช่น แผ่นไมโครค็อคอนุภาคพาราแมกเนติกซึ่งเคลือบด้วยโปรตีนโปรตีน G .
ค็อค[ 0085 ] ไม่เฉพาะเจาะจงฟาจมิด - ผูกตำแหน่งปัจจุบันบนพื้นผิวสามารถอิ่มตัวกับบล็อกโซลูชั่นตามที่พวกเขาเป็นที่รู้จักกันสำหรับวิธี ELISA การฟาจมิดแล้วมักจะเข้ามาติดต่อกับเป้าหมายที่ถูกตรึงบนพื้นผิวในการปรากฏตัวของบัฟเฟอร์ทางสรีรวิทยา หลุดฟาจมิดจะถูกลบออกโดยหลาย washings .การฟาจมิดอนุภาคที่เหลืออยู่บนผิว จากนั้นตัวอย่าง . ให้ใช้วิธีการหลายที่เป็นไปได้ ตัวอย่างเช่น ฟาจมิดสามารถตัวอย่างโดยนอกเหนือจากทางค็อคในการแสดงตนของกรด เบส เกลือ ผงซักฟอก ค็อค chaotropic ปานกลางี่ค็อค ภายใต้เงื่อนไข เช่น วิธีหนึ่งคือการใช้บัฟเฟอร์ pH 2.2 ,โดยที่ในสารละลาย ( eluate ) คือภายหลังแล้ว อีกวิธีหนึ่งคือ โซลูชันของเป้าหมายฟรีสามารถเพิ่มเพื่อที่จะแข่งขันกับตรึงเป้าหมายสำหรับผูกกับเป้าหมายที่เฉพาะเจาะจงฟาจมิดค็อคฟาจมิดสามารถตัวอย่าง โดยการแข่งขันกับมมูโนโกลบูลินค็อคลิแกนด์ธรรมชาติไอเอ็นจีโปรตีนโดยเฉพาะยึดเกาะไปยังเป้าหมายที่น่าสนใจ
[ เป็น ] หลังจากนั้น เชื้อ E . coli เซลล์ติดเชื้อกับตัวอย่างฟาจมิด . อีกวิธีหนึ่งคือ ลำดับกรดนิวคลีอิกสามารถสกัดได้จากตัวอย่างฟาจมิดและใช้ในการวิเคราะห์ลำดับการเปลี่ยนแปลงค็อค ( เซลล์ในลักษณะอื่น เริ่มจาก E . coli โคลนได้ด้วยวิธีนี้สดฟาจมิดค็อคไฮเปอร์ฟาจมิดเป็นอีกครั้งที่ผลิตโดยซุปเปอร์ นเฟ็กชั่นกับ M13 ฟาจผู้ช่วย s ค็อคไฮเปอร์ฟาจตามวิธีการที่อธิบายไว้ข้างต้นและฟาจมิดขยายในลักษณะนี้เป็นอีกครั้งเป้าหมายเอ็ดเลือกบนตรึงเป้าหมายวงจรเลือกหลายมักจะจำเป็นเพื่อให้ได้ฟาจมิดกับมิวทีนไลโปคาลินของการเปิดเผยในฟอร์มที่ดีที่สุด จำนวนรอบของการเลือกใน embodiments เลือกในวิธีที่ในการวิเคราะห์การทำงานตามมาอย่างน้อย 01 % ของโคลนศึกษาผลิตมิวทีนกับแอฟฟินิตี้ได้เพื่อให้เป้าหมาย ขึ้นอยู่กับขนาด เช่น ความซับซ้อนของไลบรารี
ใช้ 2 ถึง 8 รอบ โดยทั่วไปจะต้องจบเรื่องนี้
[ 0087 ) สำหรับการวิเคราะห์การทำงานของมิวทีนเลือกตัว Eโคไลสายพันธุ์ติดเชื้อกับฟาจมิดได้รับเลือกจากรอบและสอดคล้องกันสองครั้งติดเฟสมิดดีเอ็นเอคือแยก เริ่มจากเฟสมิดดีเอ็นเอ ค็อค จากเกลียวดีเอ็นเอที่สกัดจากฟาจมิดเดียว ,การเลือกลำดับของกรดนิวคลีอิกมิวทีนของการเปิดเผยสามารถถูกกำหนดโดยวิธีการที่รู้จักกันในศิลปะและลำดับกรดอะมิโนสามารถ deduced จาก . กลายพันธุ์บริเวณค็อคลำดับมิวทีนไลโปคาลินทั้งหมดสามารถในการแสดงออกของอีกเวกเตอร์และแสดงในระบบโฮสต์ที่เหมาะสม ตัวอย่างเช่นการเวกเตอร์ ptlpc26 ( ตามที่ปรากฏในรายละเอียดของรูปที่ 9 ) เรียกว่า ptlc26 สามารถใช้แสดงออกใน E . coli สายพันธุ์เช่น E.coli TG 1 เป็นไลโปคาลินมิวทีนจึงผลิตสามารถทำให้บริสุทธิ์ด้วยวิธีการทางชีวเคมีต่าง ๆ เป็นไลโปคาลินมิวทีนผลิต ตัวอย่างเช่นกับ ptlc26 อาจพกแอฟฟินิตี้เปปไทด์เรียกว่าแอฟฟินิตี้แท็ก ตัวอย่างที่ c-terminus และจึงสามารถทำให้บริสุทธิ์ได้แอฟฟินิตี้โครมาโทกราฟี ตัวอย่างของการแอฟฟินิตี้แท็กรวมถึง แต่ไม่ได้ จำกัด เฉพาะ Strep biotin , แท็ก , แท็ก Strep II ( ชมิดท์ et al . , ข้างต้น ) oligohistidine polyhistidine , โดเมน , อิมมูโนโกลบูลินโปรตีน
, มอลโตส ,กลูตาไทโอน ( GST ) ค็อค calmodulinbinding เปปไทด์ ( CBP )
[ 0088 ) บางแท็กแอฟฟินิตี้เป็น haptens , ตัวอย่างเช่น แต่ไม่ จำกัด ถึง dinitrophenol และติด . แท็กบางแท็กแอฟฟินิตี้เป็นเอพิโทปเช่นธง® - เปปไทด์ ( ASP ASP ASP ASP ASP tyr - . . * * 3 ( GLY ) , เอพิโทป ala เซอร์เจอสา GLY GLY gln gln เจอ - GLY )น้ำตาลโปรตีน ( MBP ) , HSV เอพิโทปของลำดับ gln Pro ซึ่งลูอ่า -
Pro Pro ซึ่งรวมถึง ASP ASP เริมไวรัสโปรตีน D , ฮีมแอกลูตินิน ( ฮา )
เอพิโทปของลำดับ tyr Pro tyr ASP วาลโปร ASP tyr ala , vsv-g เอพิโทปของี่ซึ่งเป็นตุ่มพอง stomatitis ไกลโคโปรตีน ( ไวรัส ภาวะ tyr ASP ซึ่งสามารถพบ asn ตันลิว . )อีเอพิโทปแท็กของลำดับ GLY ALA โปรวาล ~ โปรโปรโปรโปรลูเทียร์ ASP ซึ่ง arg , E2 เอพิโทปแท็กของลำดับ GLY วาลเซอร์เซอร์ Thr เซอร์เซอร์ ASP ASP เพ arg arg , แท็ก -
100 เอพิโทปแท็กของ c-termini ของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม mapk / กา ���ยาของลำดับซึ่งรวมถึง - สาอ้าวไม่ดีเพ gln Pro GLY tyr arg เซอร์การ s-tag ของลำดับ . GLU Thr เอ๋เอ๋ - เอ๋ . เพ GLU arg gln ของเขาได้พบกับ ASP เซอร์ , " มิค " เอพิโทปของถอดความปัจจัย C - มิคของลำดับซึ่ง gln . ฦๅในเซอร์ซึ่งรวมถึง ASP ลิวและ VS เล็กเอพิโทปปัจจุบันบน P และ V โปรตีนของพารามิกโซไวรัสของลิงไวรัส 5 ( GLY ลีส์โปรด้วยโปร - asn โปรลูลิว GLY ลิว ASP เซอร์ Thr ) นอกจากนี้แต่ไม่โดยทั่วไปจะเป็นแท็กเดียว การละลายเพิ่มแท็ก เช่น นู thioredoxin ( โทรศัพท์ ) , เล็ก ข้างนอกเหมือนส่วนขยาย ( ซูโม่ ) และข้างนอก ( UB ) อาจใช้ และ haptens เอพิโทปแท็กอาจจะใช้ในการรวมกันกับแอนติบอดี แอนติบอดีที่ค็อคเหมือน proteinaceous โมเลกุลเช่นการจับคู่การ s-peptide เอพิโทปของลำดับซึ่งสาเอ๋เอ๋เอ๋ . . เพ - GLU arg gln ของเขาได้พบกับ ASP ท่านอาจใช้เป็นแท็กเอพิโทปในการเชื่อมต่อกับค็อคแอนติบอดีที่เกี่ยวข้องในการรวมกันกับ s-protein เป็นคู่มัด ( hackbarth , JS , et al . ,
biotechniques ( 2004 ) 37 , 5 , 835-839 )
[ 0089 ] การยังสามารถดำเนินการโดยวิธีการอื่น ๆวิธีการembodiments ที่สอดคล้องกันมากว่าคนที่มีความสามารถในศิลปะค็อคได้อธิบายไว้ในวรรณกรรม นอกจากนี้การรวมกันของวิธีการที่สามารถใช้ ตัวอย่างเช่น การเลือกพันธุ์ค็อคอย่างน้อยอุดม " ฟาจแสดง " นอกจากจะเป้าหมายเอ็ด " คัดกรอง " อาณานิคมกระบวนการนี้มีข้อดีที่โคลนแต่ละสามารถโดยตรงจะแยกส่วนที่เกี่ยวข้องกับการผลิตของมิวทีนไลโปคาลินกับแอฟฟินิตี้ผูกได้ สำหรับเป้าหมาย
[ 0090 ] ในการใช้ E . coli เป็นเจ้าภาพสิ่งมีชีวิตใน " ฟาจแสดงเทคนิค " ค็อค " อาณานิคมคัดกรอง " วิธี สายพันธุ์แบคทีเรียอื่น ๆค็อคยีสต์ยังเซลล์แมลงเซลล์ mammalian ค็อคที่สามารถใช้เพื่อวัตถุประสงค์นี้ เพิ่มเติมการเลือกของไลโปคาลิน
การแปล กรุณารอสักครู่..
