3. Results3.1. Phylogenetic treesAn

3. Results
3.1. Phylogenetic trees
An alignment of 371 base pairs of the CR fragment, containing 55 sequences from five species, was obtained. The alignment included several gaps and the Ts/Tv ratio was 1.77.

The best-fit model of evolution for the present dataset was the General Time Reversible model (GTR; Tavern, 1986) with a proportion of invariable sites of 0.17, and a gamma distribution shape parameter of 1.34.


The 55 sequences of the cyt b fragment resulted in an alignment of 357 base pair length.

The sequences represent the same species as the CR sequences.

The best-fit model of evolution for the cyt b dataset was the Total Variation Metric model (TVM; Pond, 2007), with a proportion of invariable sites of 0.67.

The latter model is a modified GTR model with equal substitution rates for A-G and CT
(Paraskeris et al., 2004).

In the cyt b dataset the Ts/Tv ratio was 2.24.

Of the observed 93 substitutions, 94% were at third codon positions, not changing the aminoacid sequence of the fragment, whereas 4% were at first and 2% at second codon positions.

These evolutionary models were used for the NJ and ML analyses.

The phylogenetic analysis of the CR dataset is presented as a NJ cladogram with bootstrap values of NJ, MP and ML analysis (Fig. 2a), showing a grouping of all species in two main clades, both of them supported by high bootstrap values.
One clade contained the species A. sandaracinos, A. akallopisos, and A. perideraion, the other A. ocellaris and A. percula.

The species of the subgenus Phalerebus (Allen, 1991) form monophyletic subclades in all analyses, well supported by bootstrap values between 97% and 100% for the MP and NJ analysis.

The ML analysis gave weaker bootstrap support for many branches.

With a low bootstrap support of 66% only in the NJ analysis A. sandaracinos and A. peri-deraion formed sister clades, and A. akallopisos was basal to them (Fig. 2a).

*Fig. 2. Neighbour-Joining trees of CR (a) and cyt b (b) sequences of anemonefish species from the genus Amphiprion in the Indo-Malay Archipelago. Bootstrap values above
branches are based on 1000 replicates for the NJ/MP analyses and below branches on 100 replicates for the ML analysis. For abbr. see Table 1.




The species A. ocellaris and A. percula formed one well-supported monophyletic clade, in all analyses, with a clear subdivision into an A. ocellaris and an A. percula sub-clade.
The specimens from Togian Islands (Tomini Bay) were found within the A. percula clade.


This clade showed a subdivision into three branches, corresponding to the geographical regions of Tomini Bay, Biak, and New Britain.

The sequence from the Solomon Islands was included into the New Britain group.

One sample from Biak was as well clearly found within the New Britain subdivision.

A phylogeographic structure regarding the population from Padang (Indian Ocean) was found
in A. ocellaris (Fig. 2a).

The phylogenetic analyses done for the cyt b dataset is represented by a NJ tree as well.

In this case, the grouping of the A. ocellaris and A. percula clades was not resolved in the ML analysis.

All algorithms showed the same major groupings as the CR dataset, but in the NJ and MP analyses the branch of A. percula from New Britain and the Solomon Islands was associated to A. ocellaris instead of A. percula from Tomini Bay and Biak (Fig. 2b).


This inconsistency was not well supported (Bootstrap values of 54 for NJ and 70 for MP) and not shown in the ML analysis, which did not resolve the relationships among the A. ocellaris/A. percula species complex.


In the NJ tree one sequence of A. percula from Tomini Bay was grouped basal to the Biak clade, but this was not supported by the other algorithms and the other A. percula sequences from Tomini Bay were not resolved at all.


The same sample of A. percula from Biak which appeared in the A. percula group from New Britain in the CR dataset was found in the New Britain clade in the cyt b dataset
as well.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3. ผลลัพธ์3.1. phylogenetic ต้นไม้การจัดตำแหน่งของ 371 ฐานคู่ส่วน CR ประกอบด้วยลำดับ 55 จาก 5 ชนิด ได้รับ จัดรวมไว้หลายช่อง และอัตราส่วน Ts/ทีวี ถูก 1.77 แบบพอดีดีที่สุดของวิวัฒนาการสำหรับชุดข้อมูลปัจจุบันมีรูปแบบทั่วไปเวลากลับ (GTR ทาเวิร์น 1986) มีสัดส่วนของไซต์ปรากฏของ 0.17 และพารามิเตอร์รูปร่างแจกแจงแกมมาของ 1.34ลำดับที่ 55 ของการ cyt b ส่วนผลในการจัดตำแหน่งของระยะ 357 ฐานคู่ ลำดับที่หมายถึงสายพันธุ์เดียวกันเป็นลำดับ CR แบบพอดีดีที่สุดของวิวัฒนาการสำหรับชุดข้อมูล cyt b ถูกวัดความผันแปรรวมรุ่น (TVM บ่อ 2007) มีสัดส่วนของอเมริกาปรากฏของ 0.67 รุ่นหลังเป็นแบบ GTR ปรับราคาทดแทนเท่ากับ A-G และ CT(Paraskeris et al., 2004) ในชุดข้อมูล cyt b อัตราส่วน Ts/ทีวี ถูก 2.24 ของการสังเกต 93, 94% ได้ที่ตำแหน่งรหัสพันธุกรรมสาม ไม่เปลี่ยนลำดับ aminoacid ของส่วน ในขณะ 4% ที่แรกและ 2% ที่สองรหัสพันธุกรรมตำแหน่งรูปแบบวิวัฒนาการเหล่านี้ถูกใช้สำหรับวิเคราะห์ NJ และ MLมีการนำเสนอการวิเคราะห์ชุดข้อมูล CR phylogenetic เป็น cladogram NJ ด้วยค่าเริ่มต้นระบบของ NJ, MP และ ML วิเคราะห์ (Fig. 2a), การแสดงการจัดกลุ่มพันธุ์ทั้งหมดในสองหลัก clades ทั้งสองอย่างโดยค่าเริ่มต้นระบบสูงClade หนึ่งประกอบด้วย sandaracinos ชนิด A., A. akallopisos และ A. perideraion, A. ocellaris อื่น ๆ และ A. percula พันธุ์ subgenus Phalerebus (อัลเลน 1991) แบบ monophyletic subclades ในการวิเคราะห์ทั้งหมด สนับสนุนอย่างดี โดยค่าเริ่มต้นระบบระหว่าง 97% และ 100% สำหรับการวิเคราะห์ MP และ NJ วิเคราะห์ ML ให้แข็งแกร่งสนับสนุนเริ่มต้นระบบในหลายสาขา ด้วยการสนับสนุนการเริ่มต้นระบบที่ต่ำสุด 66% ใน NJ วิเคราะห์ A. sandaracinos และอ. peri-deraion รูปน้อง clades และ A. akallopisos ได้โรคนั้น (Fig. 2a)* Fig. 2 ต้นไม้ที่รวมเพื่อนบ้านของ CR (ก) และ cyt b (บี) ลำดับดำชนิดจากพืชสกุล Amphiprion ในหมู่เกาะอินโด-มาเลย์ ค่าเริ่มต้นระบบข้างต้นสาขายึดเหมือนกับ 1000 สำหรับวิเคราะห์ NJ/MP และ ใต้สาขาที่ 100 เหมือนกับการวิเคราะห์ ML สำหรับ abbr. ดูตารางที่ 1Ocellaris ชนิด A. และอ. percula เกิด clade สนับสนุนดี monophyletic หนึ่ง ในการวิเคราะห์ทั้งหมด กับอำเภอชัดเจนเป็น ocellaris A. และ clade การย่อย A. percula ไว้เป็นตัวอย่างจากหมู่เกาะ Togian (Tomini Bay) พบใน clade percula อ.Clade นี้แสดงให้เห็นว่าการแบ่งย่อยเป็นสาขา สอดคล้องกับภูมิภาคทางภูมิศาสตร์ของ อ่าว Tomini เบียค และราชอาณาจักรใหม่ลำดับจากหมู่เกาะโซโลมอนถูกรวมไว้ในกลุ่มราชอาณาจักรใหม่ ตัวอย่างหนึ่งจากเบียคชัดเจนเช่นพบในอำเภอราชอาณาจักรใหม่ มีการค้นพบโครงสร้าง phylogeographic การเกี่ยวกับประชากรจากปาดัง (มหาสมุทรอินเดีย)ในอ. ocellaris (Fig. 2a)วิเคราะห์ phylogenetic ทำ cyt b ชุดข้อมูลจะถูกแสดง โดย NJ ต้นไม้เช่น ในกรณีนี้ การจัดกลุ่มของอ. ocellaris clades percula อ.ที่ไม่สามารถแก้ไขในวิเคราะห์ ML อัลกอริทึมทั้งหมดแสดงให้เห็นว่า การจัดกลุ่มหลักเดียว เป็นชุดข้อมูล CR แต่ ใน NJ และ MP วิเคราะห์สาขาของอ. percula จากราชอาณาจักรใหม่ และหมู่เกาะโซโลมอนได้เชื่อมโยง ocellaris อ.แทน A. percula Tomini เบย์และเบียค (Fig. 2b) ไม่สอดคล้องนี้ไม่ดีสนับสนุน (ค่าเริ่มต้นระบบ 54 สำหรับ NJ และ 70 สำหรับ MP) และไม่แสดงในการวิเคราะห์ ML ซึ่งไม่สามารถแก้ความสัมพันธ์ระหว่างสายพันธุ์ A. ocellaris/A. percula ซับซ้อนNJ ใน ลำดับหนึ่งของ percula อ.อ่าว Tomini ถูกจัดกลุ่มโรคกับ clade เบียค แต่นี้ไม่สนับสนุนอัลกอริทึมอื่น ๆ และอื่น ๆ อ. percula ลำดับที่อ่าว Tomini ถูกแก้ไขเลย พบตัวอย่างเดียวของอ. percula จากเบียคซึ่งปรากฏในกลุ่ม A. percula จากราชอาณาจักรใหม่ในชุดข้อมูล CR ใน clade ราชอาณาจักรใหม่ในชุดข้อมูล cyt bเป็นอย่างดี

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3. ผลการ
3.1 ต้นไม้
การจัดตำแหน่งของ 371 คู่ฐานของส่วน CR มี 55 ลำดับจากห้าชนิดที่ได้รับ การจัดตำแหน่งรวมช่องว่างหลายและ TS / โทรทัศน์ที่มีอัตราส่วนเป็น 1.77. รูปแบบที่เหมาะสมที่สุดของการวิวัฒนาการสำหรับชุดปัจจุบันเป็นเวลาทั่วไปแบบพลิกกลับ (GTR; โรงเตี๊ยม 1986) ที่มีสัดส่วนของเว็บไซต์คงที่ 0.17 และแกมมา รูปร่างกระจายพารามิเตอร์ 1.34. 55 ลำดับของ CYT ส่วนขผลในการจัดตำแหน่งของ 357 มีความยาวฐานคู่. ลำดับเป็นตัวแทนของสายพันธุ์เดียวกันเป็นลำดับ CR. รูปแบบที่เหมาะสมที่สุดของการวิวัฒนาการสำหรับ CYT ชุด B เป็นทั้งหมด การเปลี่ยนแปลงรูปแบบเมตริก. (TVM; บ่อ, 2007) ที่มีสัดส่วนของเว็บไซต์คงที่ 0.67 รุ่นหลังเป็นรุ่น GTR แก้ไขที่มีอัตราการทดแทนที่เท่าเทียมกันสำหรับเอจีและ CT (Paraskeris et al, 2004.). ใน CYT ชุดข TS / โทรทัศน์ที่มีอัตราส่วน 2.24. ของข้อสังเกต 93 แทน 94% อยู่ในตำแหน่ง codon ที่สามไม่ได้มีการเปลี่ยนแปลงลำดับ aminoacid ของชิ้นส่วนในขณะที่ 4% เป็นครั้งแรกและ 2% ที่ตำแหน่ง codon ที่สอง. เหล่านี้วิวัฒนาการรูปแบบถูกนำมาใช้ สำหรับนิวเจอร์ซีย์และวิเคราะห์ ML. การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการของชุดข้อมูล CR จะนำเสนอเป็น cladogram นิวเจอร์ซีย์มีค่าบูตของนิวเจอร์ซีย์, MP และการวิเคราะห์ ML (รูปที่ 2a) แสดงให้เห็นถึงการจัดกลุ่มของทุกชนิดในสอง clades หลักทั้งของพวกเขาได้รับการสนับสนุนโดยค่าบูตสูง. clade หนึ่งที่มีสายพันธุ์ A. sandaracinos, akallopisos A. และ perideraion A. , A. ocellaris อื่น ๆ และ percula A. . สายพันธุ์ของ subgenus Phalerebus (อัลเลน, 1991) รูปแบบ subclades ไฟย์เลติในการวิเคราะห์ทั้งหมดได้รับการสนับสนุนอย่างดีจากค่าบูตระหว่าง 97% และ 100% สำหรับ MP และการวิเคราะห์ NJ. วิเคราะห์ ML ให้การสนับสนุนเงินทุนสำหรับการปรับตัวลดลงหลายสาขา. ด้วย การสนับสนุนเงินทุนต่ำจาก 66% เท่านั้นในการวิเคราะห์ NJ sandaracinos A. และ A. Peri-deraion เกิดน้องสาว clades และ akallopisos A. เป็นฐานให้กับพวกเขา (รูป. 2a). * รูป 2. ต้นไม้เพื่อนบ้านเข้าร่วมของ-CR (ก) และข CYT (ข) ลำดับของสายพันธุ์ปลาการ์ตูนจากสกุล Amphiprion ในอินโดมาเลย์เกาะ ค่าเงินทุนดังกล่าวข้างต้นกิ่งจะขึ้นอยู่กับ 1000 ซ้ำสำหรับ NJ / MP วิเคราะห์และต่ำกว่า 100 สาขาซ้ำสำหรับการวิเคราะห์ ML สำหรับ abbr ดูตารางที่ 1. สายพันธุ์ A. ocellaris และ A. percula รูปแบบหนึ่งที่ดีได้รับการสนับสนุนไฟย์เลติ clade ในการวิเคราะห์ทั้งหมดที่มีการแบ่งที่ชัดเจนเป็น ocellaris A. และ A. percula ย่อย clade. ตัวอย่างจาก Togian เกาะ (Tomini เบย์) พบภายใน A. percula clade. clade นี้แสดงให้เห็นการแบ่งออกเป็นสามสาขาที่สอดคล้องกับพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ของ Tomini เบย์ Biak และนิวไบร. ลำดับจากหมู่เกาะโซโลมอนถูกรวมอยู่ในกลุ่มใหม่ของสหราชอาณาจักร. หนึ่ง ตัวอย่างจาก Biak เป็นเช่นเดียวกับที่พบได้อย่างชัดเจนภายในแบ่งนิวไบร. โครงสร้าง phylogeographic เกี่ยวกับประชากรจากปาดัง (มหาสมุทรอินเดีย) ถูกพบใน A. ocellaris (รูป. 2a). การวิเคราะห์ทำ phylogenetic สำหรับ CYT ชุดขเป็นตัวแทนจาก ต้นไม้นิวเจอร์ซีย์ได้เป็นอย่างดี. ในกรณีนี้การจัดกลุ่มของ ocellaris A. และ A. clades percula ไม่ได้รับการแก้ไขในการวิเคราะห์ ML. ขั้นตอนวิธีการทั้งหมดแสดงให้เห็นว่ากลุ่มที่สำคัญเช่นเดียวกับชุด CR แต่ในนิวเจอร์ซีย์และ MP วิเคราะห์ สาขาของ A. percula จากสหราชอาณาจักรและหมู่เกาะโซโลมอนได้รับการที่เกี่ยวข้องกับ A. ocellaris แทน percula A. จาก Tomini เบย์และ Biak (รูปที่ 2b). ความไม่สอดคล้องกันนี้ไม่ได้รับการสนับสนุนเป็นอย่างดี (ค่าเงินทุนจาก 54 สำหรับ NJ และ 70 สำหรับ MP) และไม่ได้แสดงให้เห็นในการวิเคราะห์ ML ซึ่งไม่ได้แก้ปัญหาความสัมพันธ์ระหว่าง A. ocellaris / percula สายพันธุ์ที่มีความซับซ้อน. ในนิวเจอร์ซีย์ต้นไม้หนึ่งลำดับของ percula A. จาก Tomini เบย์ได้รับการจัดกลุ่มฐานการ Biak clade แต่นี้ไม่ได้รับการสนับสนุนโดยขั้นตอนวิธีการอื่น ๆ และอื่น ๆ A. percula ลำดับจาก Tomini เบย์ที่ไม่ได้รับการแก้ไขเลยตัวอย่างเดียวกันของ percula A. จาก Biak ที่ปรากฏในกลุ่ม percula A. จากสหราชอาณาจักรใหม่ในชุดข้อมูลที่ CR ถูกพบในสหราชอาณาจักรใหม่ clade ใน CYT ชุดขเช่นกัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3 . ผลลัพธ์
3.1 . ซึ่งเป็นตำแหน่งของต้นไม้
371 ฐานคู่ของชิ้นส่วนโครเมียมที่มี 55 ลำดับจาก 5 ชนิด คือได้รับ การรวมช่องว่างหลายและ TS / ทีวีเท่ากับ 1.77 .

พอดีรูปแบบของวิวัฒนาการสำหรับข้อมูลปัจจุบันคือทั่วไปเวลาแบบผันกลับได้ ( GTR ; Tavern , 1986 ) มีสัดส่วนคงที่เว็บไซต์ของ 0.17 ,และรูปร่างของพารามิเตอร์ของการแจกแจงแกมมา 1.34


55 ลำดับของ cyt B ส่วนผลในการเปลี่ยนแปลงฐานคู่ ความยาว

ลำดับของชนิดเดียวกันเป็นลำดับ CR .

พอดีรูปแบบของวิวัฒนาการสำหรับ cyt B ชุดข้อมูลเป็นรูปแบบเมตริกแบบรวม ( / ; บ่อ , 2007 ) โดยมีสัดส่วนคงที่เว็บไซต์ตา .

รุ่นต่อมาเป็นรุ่นที่มีอัตราการดัดแปลง GTR และ CT เท่ากับ a-g
( paraskeris et al . , 2004 )

ใน cyt B ข้อมูล TS / ทีวีเท่ากับ 2.24 .

ของแทนพบ 93 94 อยู่ที่ตำแหน่ง codon ที่สาม ไม่ใช่การเปลี่ยนลำดับอะมิโน แอซิคของเศษ ในขณะที่ร้อยละ 4 ที่แรกและ 2 % ที่ตำแหน่งโคดอน

2รูปแบบวิวัฒนาการเหล่านี้ถูกใช้สำหรับ NJ และวิเคราะห์ ml .

การวิเคราะห์ชนิดของข้อมูลและนำเสนอเป็น cladogram NJ ด้วยค่าบูทของ NJ , การวิเคราะห์และ MP ml ( รูปที่ 2A ) , แสดงการจัดกลุ่มของสายพันธุ์ทั้งหมด 2 clades หลักทั้งสองของพวกเขาได้รับการสนับสนุนโดยบูทสูง
หนึ่งค่า มี sandaracinos ชนิด clade A , A . akallopisos และ . perideraion , อื่น ๆ .เซลลาริสและ เพอคูล่า .

ชนิดของ subgenus phalerebus ( Allen , 1991 ) แบบ monophyletic subclades ในการวิเคราะห์ข้อมูล คือ สนับสนุนโดย บูค่าระหว่าง 97 % และ 100 % สำหรับ MP และการวิเคราะห์ NJ .

การวิเคราะห์ ml ให้สนับสนุนบูแข็งแกร่งสำหรับสาขามากมาย

กับสนับสนุนบูน้อย 66% เท่านั้นในการวิเคราะห์ NJ . sandaracinos และ A . เปริ deraion ตั้งขึ้น clades พี่สาวและ akallopisos คือแรกเริ่มเลย ( รูปที่ 2A ) .

รูปที่ 2 เพื่อนบ้านร่วมต้นไม้ของ CR ( ) และ cyt B ( B ) ลำดับของ anemonefish ชนิดจากสกุลปลาการ์ตูนในหมู่เกาะอินโดมาเลย์ ค่าบูทข้างบน
กิ่งจะขึ้นอยู่กับ 1 , 000 ซ้ำสำหรับ NJ / MP วิเคราะห์และด้านล่างกิ่ง 100 แบบในการวิเคราะห์เซลล์ สำหรับ abbr . เห็นตาราง 1 .




สปีชีส์ A . เซลลาริสและเพอคูล่า รูปแบบหนึ่งที่สนับสนุนอย่างดี monophyletic clade ในการวิเคราะห์ , มีความชัดเจนแบ่งเป็น A และ A . เพอคูล่าเซลลาริสย่อย clade .
ตัวอย่างจากเกาะ togian ( โทมินิอ่าว ) พบในเอเพอคูล่า clade


clade พบแบ่งออกเป็นสามสาขา ที่สอดคล้องกับขอบเขตทางภูมิศาสตร์ของโทมินิอ่าว Biak , และอังกฤษ

ลำดับจากเกาะโซโลมอนถูกรวมอยู่ในอังกฤษกลุ่ม

ตัวอย่างหนึ่งจากเบียกก็เช่นกัน พบว่าภายในอังกฤษแบ่ง .

phylogeographic เกี่ยวกับโครงสร้างประชากรจากปาดัง ( มหาสมุทรอินเดีย ) พบ
. เซลลาริส ( รูปที่ 2A ) .

การวิเคราะห์ phylogenetic ทำสำหรับ cyt B ชุดข้อมูลจะถูกแสดง โดย NJ ต้นไม้ได้เป็นอย่างดี

ในกรณีนี้การจัดกลุ่มของ A เซลลาริสและ เพอคูล่า clades ไม่ได้รับการแก้ไขในการวิเคราะห์ ml .

ใช้แสดงเดียวกันเป็นหลัก คือข้อมูล CR , แต่ใน NJ MP และวิเคราะห์สาขาของ เพอคูล่า ใหม่จากอังกฤษและหมู่เกาะโซโลมอนเกี่ยวข้อง A . เซลลาริสแทนเอเพอคูล่า จาก โทมินิอ่าวและ เบียก ( รูปที่ 2B )


ไม่ ไม่ใช่การสนับสนุนอย่างดี ( ค่าบูท 54 สำหรับ NJ และ 70 สำหรับ MP ) และไม่แสดงในการวิเคราะห์เอนไซม์ ซึ่งไม่ได้แก้ปัญหาความสัมพันธ์ระหว่าง A เซลลาริส / a เพอคูล่าชนิดซับซ้อน


ใน NJ ต้นไม้หนึ่งลำดับของ เพอคูล่า จาก โทมินิอ่าวถูกจัดกลุ่มแรกเริ่มกับเบียก clade แต่นี้ไม่ได้รับการสนับสนุนโดยอัลกอริทึมอื่น ๆและอื่น ๆ .เพอคูล่า ลำดับจากอ่าว โทมินิไม่ได้แก้ไขเลย


เหมือนตัวอย่างของ เพอคูล่า จากเบียกที่ปรากฏในเอเพอคูล่ากลุ่มใหม่จากอังกฤษในวันที่ CR ถูกพบในนิวบริเตน clade ใน cyt B ข้อมูล


เช่นกัน