To establish the phylogenetic posit

To establish the phylogenetic position of strain GSS01
T
,
genomic DNA was extracted using a DNA extraction kit
(Aidlab). The 16S rRNA gene was amplified by using PCR
with the universal primers 27F and 1492R (Baker
et al.
, 2003).
The PCR product was gel-purified using a Gel Extraction kit
(D2500-01, Omega Bio-tek), cloned into plasmid vector using
a TA cloning kit (TaKaRa) and then checked by sequencing
both strands. Pairwise sequence similarities were calculated
using the EzTaxon-e server (http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/;
Kim
et al.
, 2012). Phylogenetic analyses were carried out using
MEGA
version 5.0 (Tamura
et al.
, 2011) after multiple
alignment of the sequence data with
CLUSTAL X
(Thompson
et al.
, 1997). Distances were calculated using distance options
according to the maximum composite likelihood model and
clustering was performed with the neighbour-joining method
and maximum-likelihood method. Statistical support for the
branches of the phylogenetic trees was determined using
bootstrap analysis (based on 1000 resamplings) (Felsenstein,
1985).
A nearly full-length 16S rRNA gene sequence of strain
GSS01
T
(1518 bp) was determined. The isolate shared the
highest sequence similarity with
G. sulfurreducens
PCA
T
(98.3 %) and less than 95.0 % (94.9–91.8 %) 16S rRNA
gene sequence similarities with the type strains of all the
other recognized species of the genus
Geobacter
. In the
phylogenetic trees reconstructed using the neighbour-
joining and maximum-likelihood methods (Fig. 1), the

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การสร้างตำแหน่งผลของสายพันธุ์ GSS01T,ออกดีเอ็นเอถูกสกัดโดยใช้ชุดสกัดดีเอ็นเอ(Aidlab) ยีน 16S rRNA ถูกขยาย โดยใช้ PCRด้วยไพรเมอร์สากล 27F และ 1492R (เบet al, 2003)ผลิตภัณฑ์ PCR มีการใช้ชุดสกัดเจเจบริสุทธิ์(D2500-01 ไบโอเมก้า-tek), โคลนเป็น plasmid ใช้เวกเตอร์TA cloning kit (TaKaRa) และตรวจสอบแล้ว โดยลำดับทั้งสองสาย คำนวณความคล้ายคลึงกันของลำดับแพร์ไวส์ใช้เซิร์ฟเวอร์ EzTaxon-e (http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/;คิมet al, 2012) วิเคราะห์ผลดำเนินการโดยใช้เมก้ารุ่น 5.0 (ทาet al, 2011) หลังจากหลายจัดลำดับข้อมูลด้วยCLUSTAL X(ทอมป์สันet al, 1997) คำนวณระยะทางโดยใช้ตัวเลือกระยะห่างตามรูปแบบแนวโน้มโดยรวมสูงสุด และคลัสเตอร์ดำเนินการ ด้วยวิธีการเข้าร่วมกับเพื่อนบ้านและวิธีการโอกาสสูงสุด สนับสนุนทางสถิติสำหรับการกิ่งก้านของต้นไม้ผลกำหนดใช้บูต (ตาม 1000 resamplings) วิเคราะห์ (Felsensteinปี 1985)ความยาวเต็มเกือบ 16S rRNA ลำดับยีนของสายพันธุ์GSS01Tพิจารณา (1518 bp) Isolate ที่ใช้ร่วมกันลำดับความเหมือนสูงสุดด้วยG. sulfurreducensPCAT(98.3%) และต่ำกว่า 95.0% (94.9 – 91.8%) 16S rRNAความคล้ายคลึงกันของลำดับยีนสายพันธุ์ชนิดทั้งหมดของอื่น ๆ ชนิดของพืชGeobacter. ในต้นทางที่สร้างขึ้นใหม่โดยใช้เพื่อนบ้าน-วิธีการเข้าร่วม และ โอกาสสูงสุด (รูปที่ 1), การ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพื่อสร้าง phylogenetic ตำแหน่งของสายพันธุ์ GSS01
T
,
ดีเอ็นเอถูกสกัดโดยใช้ชุดสกัดดีเอ็นเอ
(Aidlab) ยีน 16S rRNA ถูกขยายโดยใช้วิธี PCR
กับไพรเมอร์สากล 27 และ 1492R (เบเกอร์
et al.
, 2003).
ผลิตภัณฑ์ PCR เป็นเจลบริสุทธิ์โดยใช้ชุดเจลสกัด
(D2500-01, โอเมก้า Bio-Tek) ลงไปในโคลน พลาสมิดเวกเตอร์โดยใช้
ชุด TA โคลน (Takara) และจากนั้นตรวจสอบโดยลำดับ
ทั้งเส้น ความคล้ายคลึงกันตามลำดับจากจำนวนนี้จะถูกคำนวณ
โดยใช้เซิร์ฟเวอร์ EzTaxon-E (http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/;
คิม
. et al,
2012) Phylogenetic วิเคราะห์ได้ดำเนินการโดยใช้
MEGA
รุ่น 5.0 (ทามูระ
et al.
2011) หลังจากที่หลาย
จัดลำดับข้อมูลที่มี
Clustal X
( ธ อมป์สัน
et al.
, 1997) ระยะทางจะถูกคำนวณโดยใช้ตัวเลือกระยะทาง
ตามรูปแบบความน่าจะเป็นคอมโพสิตสูงสุดและ
การจัดกลุ่มได้รับการดำเนินการกับเพื่อนบ้านเข้าสู่วิธีการ
และโอกาสสูงสุดวิธีการ การสนับสนุนทางสถิติสำหรับ
สาขาของต้นไม้ที่ถูกกำหนดโดยใช้
การวิเคราะห์บูต (ขึ้นอยู่กับ 1000 resamplings) (Felsenstein,
1985).
เกือบเต็มความยาว 16S rRNA ยีนความเครียด
GSS01
T
(1,518 พี) ถูกกำหนด เชื้อที่ใช้ร่วมกัน
คล้ายคลึงกันลำดับสูงสุดด้วย
กรัม sulfurreducens
PCA
T
(98.3%) และน้อยกว่า 95.0% (94.9-91.8%) 16S rRNA
ยีนคล้ายคลึงกันกับสายพันธุ์ชนิดของทุก
สายพันธุ์ที่ได้รับการยอมรับอื่น ๆ ของพืชและสัตว์Geobacter

ใน
ต้นไม้สร้างขึ้นใหม่โดยใช้ neighbour-
เข้าร่วมและวิธีโอกาสสูงสุด (รูปที่ 1). ที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพื่อสร้างตำแหน่งต่างๆของ gss01 เมื่อยที,จีโนมดีเอ็นเอใช้ชุดสกัดดีเอ็นเอ( aidlab ) ส่วนเบส 16S rRNA ยีนที่ถูกขยายโดยการใช้ดีเอ็นเอด้วยไพรเมอร์ 27f 1492r ( Baker และสากลet al ., 2003 )ผลิตภัณฑ์ PCR เป็นเจลบริสุทธิ์ใช้เจลสกัด ชุด( d2500-01 โอเมก้าไบโอเทค ) , โคลนเข้าสู่พลาสมิดเวคเตอร์โดยใช้เป็นทาโคลน Kit ( ทาการะ ) และตรวจสอบแล้วโดยลำดับทั้งการถัก ลำดับกันได้ตอนการใช้ eztaxon-e เซิร์ฟเวอร์ ( http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/ ;คิมet al ., 2012 ) ซึ่งได้ทดลองใช้วิเคราะห์เมกะรุ่น 5.0 ( ทามูระet al .2554 ) หลังจากหลายการเรียงตัวของลำดับข้อมูลด้วยclustal x( ธอมป์สันet al ., 1997 ) ระยะทางคำนวณโดยใช้ตัวเลือกที่ระยะทางตามโอกาสและคอมโพสิตแบบสูงสุดแบ่งกลุ่มแสดงกับเพื่อนบ้านเข้าร่วม วิธีและวิธีความควรจะเป็นสูงสุด สนับสนุนสถิติสำหรับกิ่งก้านของต้นไม้ ซึ่งถูกกำหนดโดยใช้การวิเคราะห์บู ( จาก 1000 resamplings ( felsenstein ) ,1985 )เกือบเต็มเบส 16S rRNA ยีน ลำดับของสายพันธุ์gss01ที( 1518 BP ) คือกำหนด แยกได้แชร์ความคล้ายคลึงกับลำดับสูงสุดsulfurreducens Gพีซีที( บันทึก ) และน้อยกว่าร้อยละ 95.0 และพบท 94.9 % ) 16S rRNAลำดับยีนที่คล้ายคลึงกับประเภทสายพันธุ์ทั้งหมดรู้จักชนิดของพืชอื่น ๆจีโ บคเตอร์. ในซึ่งสร้างขึ้นโดยใช้เพื่อนบ้าน - ต้นไม้เข้าร่วมและวิธี Maximum Likelihood ( รูปที่ 1 )