The pathogenic dengue virus (DV) is

The pathogenic dengue virus (DV) is a growing global threat, particularly in South East Asia, for which
there is no specific treatment available. The virus possesses a two-component (NS2B/NS3) serine protease
that cleaves the viral precursor proteins. Here, we performed molecular dynamics simulations of the
NS2B/NS3 protease complexes with six peptide substrates (capsid, intNS3, 2A/2B, 4B/5, 3/4A and 2B/3
containing the proteolytic site between P1 and P1 subsites) of DV type 2 to compare the specificity of
the protein-substrate binding recognition. Although all substrates were in the active conformation for
cleavage reaction by NS2B/NS3 protease, their binding strength was somewhat different. The simulated
results of intermolecular hydrogen bonds and decomposition energies suggested that among the ten
substrate residues (P5–P5) the P1 and P2 subsites play a major role in the binding with the focused
protease. The arginine residue at these two subsites was found to be specific preferential binding at
the active site with a stabilization energy of 2A/2B > 4B/5 > 3/4A > 2B/3 in a relative correspondence
with previous experimentally derived values.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ไวรัสก่อโรคไข้เลือดออก (DV) เป็นภัยคุกคามโลกเติบโต โดยเฉพาะอย่างยิ่งในเอเชียตะวันออก ที่มีไม่มีการรักษาเฉพาะ ไวรัสมีรติเอสรอบเส้นใยประสาท (NS2B NS3) เป็นสองส่วนที่แข็งกระด้างโปรตีนไวรัสสารตั้งต้น ที่นี่ เราทำแบบจำลองโมเลกุล dynamics ของการรติเอส NS2B/NS3 คอมเพล็กซ์กับพื้นผิวเปปไทด์หก (capsid, intNS3, 2A/2B, 4B/5, 3/4A และ 2B 3ประกอบด้วยเว็บไซต์ได้ระหว่าง P1 และ P1 subsites) ของ DV พิมพ์ 2 เพื่อเปรียบเทียบความของการรับรู้รวมโปรตีนผิว แม้ว่าพื้นผิวทั้งหมดได้ในรูปแบบที่ใช้งานอยู่สำหรับความแตกแยกปฏิกิริยา โดยรติเอส NS2B/NS3 ความแข็งแรงรวมไม่แตกต่าง การจำลองผล intermolecular พันธะและพลังงานสลายตัวแนะนำว่า ในสิบตกพื้น (P5-P5) P1 และ P2 ย่อยมีบทบาทสำคัญในการรวมกับการโฟกัสรติเอส พบสารอาร์จินีที่ย่อยสองเหล่านี้จะ รวมสิทธิพิเศษเฉพาะที่ไซต์ที่ใช้งานกับพลังงานการสั่นไหวของ < −10 kcal mol−1 , P3, P1, P2 และ P4 subsitesพบเป็นส่วนน้อยในผูกโต้ (< −2 kcal mol−1) ตรวจพบน้ำตัวเร่งปฏิกิริยาใกล้เคียงออกซิเจน carbonyl ศูนย์ปฏิกิริยา P1 ของเปปไทด์ capsid, intNS3, 2A/2B และ 4B/5ผลลัพธ์เหล่านี้นำลำดับพลังงานฟรีรวมแบบสัมบูรณ์ (Gbind) ระหว่างพื้นผิวเหล่านี้และรติเอส NS2B/NS3 เป็น capsid อันดับ > intNS3 > 2A/2B > 4B/5 > 3/4A > 2B 3 ในการติดต่อสัมพันธ์กันมีค่าสมมติฐานมาก่อนหน้านี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ที่ทำให้เกิดโรคไข้เลือดออกไวรัส (DV) เป็นภัยคุกคามที่เพิ่มขึ้นทั่วโลกโดยเฉพาะในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ซึ่ง
ไม่มีการรักษาที่เฉพาะเจาะจง ไวรัสครอบครองสององค์ประกอบ (NS2B / NS3) ซีรีนโปรติเอส
ที่แข็งกระด้างโปรตีนสารตั้งต้นไวรัส ที่นี่เราจะดำเนินการเปลี่ยนแปลงโมเลกุลของ
NS2B / NS3 คอมเพล็กซ์น้ำย่อยหกพื้นผิวเปปไทด์ (capsid, intNS3, 2A / 2B, 4B / 5, 3 / 4A และ 2B / 3
มีเว็บไซต์โปรตีนระหว่าง P1 และ P1? ไซต์ย่อย) ของ DV ชนิดที่ 2 เพื่อเปรียบเทียบความจำเพาะของ
การรับรู้โปรตีนสารตั้งต้นที่มีผลผูกพัน แม้ว่าพื้นผิวทุกคนในรูปแบบที่ใช้งานสำหรับ
ปฏิกิริยาความแตกแยกโดย NS2B / NS3 น้ำย่อยแข็งแรงผูกพันของพวกเขาแตกต่างกันบ้าง จำลอง
ผลของพันธะไฮโดรเจนและพลังงานการย่อยสลายโมเลกุลชี้ให้เห็นว่าหนึ่งในสิบ
ตกค้างสารตั้งต้น (P5-P5?) เดอะ P1 และ P2 ย่อยที่มีบทบาทสำคัญในการเชื่อมโยงกับการมุ่งเน้น
น้ำย่อย ที่เหลืออาร์จินีที่ทั้งสองไซต์ย่อยพบว่ามีเฉพาะพิเศษที่มีผลผูกพันใน
การใช้งานเว็บไซต์ที่มีการรักษาเสถียรภาพของพลังงาน <-10 กิโลแคลอรี mol-1 นอกจากนี้ P3, P1 P2 ?,? และ P4? ไซต์ย่อย
แสดงให้เห็นผลงานที่น้อยลงในการมีปฏิสัมพันธ์ที่มีผลผูกพัน (<-2 กิโลแคลอรี mol-1) น้ำตัวเร่งปฏิกิริยาที่ตรวจพบ
ในบริเวณใกล้เคียงออกซิเจนนิลของศูนย์ปฏิกิริยา P1 ของ capsid ที่ intNS3, 2A / 2B และ 4B / 5 เปปไทด์.
ผลลัพธ์เหล่านี้นำไปสู่คำสั่งของแน่นอนพลังงานที่มีผลผูกพัน (? Gbind) ระหว่างพื้นผิวเหล่านี้และที่
NS2B / น้ำย่อย NS3 จัดอันดับให้เป็น capsid> intNS3> 2A / 2B> 4B / 5> 3 / 4A> 2B / 3 ในการติดต่อญาติ
ที่มีค่าที่ได้มาทดลองก่อนหน้านี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ที่ปนเปื้อนไวรัสไข้เลือดออก ( DV ) เป็นภัยคุกคามที่เพิ่มขึ้นทั่วโลก โดยเฉพาะในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ที่ไม่มีการรักษาโดยเฉพาะ พร้อมใช้งาน ไวรัสที่มีสององค์ประกอบ ( โปรตีเอส / สร้างเอนไซม์โปรติเอส )ที่คลีฟส์ไวรัสโปรตีนโปรตีน ที่นี่เราแสดงการจำลองพลศาสตร์เชิงโมเลกุลของโปรตีเอส / สร้างโปรติเอสเชิงซ้อนที่มีพื้นผิวหกเปปไทด์ ( เพลี้ย intns3 , , 2A / 2B 4B / 5 , 3 / 4 และ 2b / 3ประกอบด้วยโปรตีนระหว่างเว็บไซต์และลักษณะของ DV P1 P1 ) ประเภทที่ 2 เพื่อเปรียบเทียบความจำเพาะของโปรตีนสารอาหาร ผูกพัน การรับรู้ แม้ว่าพื้นผิวทั้งหมดอยู่ในโครงสร้างที่ใช้งานสำหรับปฏิกิริยาโดยการสร้างโปรตีเอส / โปรแรงผูกพันของพวกเขาที่แตกต่างกันค่อนข้าง จำลองผลของสารประกอบเชิงซ้อนสลายพลังงานพันธะไฮโดรเจนและชี้ให้เห็นว่าในสิบสารตกค้าง ( P5 ) P5 P1 P2 ) และลักษณะการเล่นมีบทบาทสำคัญในการรวมกับโฟกัสโปรติเอส ที่อาร์เดนที่ทั้งสองลักษณะที่พบเป็นเฉพาะพิเศษที่ผูกพันเว็บไซต์ที่ใช้งานกับเสถียรภาพพลังงาน 10 กิโลแคลอรีต่อโมล < −− 1 นอกจากนี้ , P1 , P2 P3 และ P4 ลักษณะพบงานน้อยกว่าการมัด ( < − 2 กิโล mol − 1 ) เร่งตรวจน้ำใกล้เคียง คาร์บอนิลออกซิเจนของ P1 มีศูนย์ของเพลี้ย intns3 , 2A , 2B 4B / 5 / และเปปไทด์ผลลัพธ์เหล่านี้นำไปสู่การสั่งแน่นอนฟรีพลังงาน ( gbind ) ระหว่างพื้นผิวเหล่านี้และโปรตีเอส / สร้าง โปรอันดับเป็นเพลี้ย intns3 > > > 2A / 2B 4B / 5 3 / 4 > 2B / 3 ในการติดต่อสัมพันธ์ตัวนี้ได้มาค่า