เกาะตาปู เป็นเขาหินปูน (Limestone) มีอายุยุคเพอร์เมียน (Permian) หรือประมาณ 295-250 ล้านปี เนื่องจากหินปูนมีคุณสมบัติสึกกร่อนจากการละลายน้ำได้ง่าย ดังนั้นเกาะต่าง ๆ ในบริเวณอ่าวพังงาจึงมีรูปร่างแปลก ๆ และมีหลายรูปแบบขึ้นอยู่กับการผุพังทำลายของเนื้อหิน