โรคภูมิแพ้
บางคนเชื่อเข็มที่เชื่อมโยงกับอาหารจีเอ็ม แต่มีหลักฐานที่แสดงว่าอาหารจีเอ็มโดยทั่วไปมีแนวโน้มที่จะก่อให้เกิดปฏิกิริยาแพ้กว่าอาหารที่ไม่ใช่จีเอ็มไม่ตามการศึกษาจากมหาวิทยาลัยฮาร์เวิร์ด
อื่น ๆ เพิ่มความกังวลเกี่ยวกับการโอนของโปรตีนที่เฉพาะเจาะจงจากโรงงานหนึ่งไปยังอีกในทางพันธุวิศวกรรม โปรตีนที่พบได้ในจำนวนที่ค่อนข้างเล็กของอาหารที่ทำให้เกิดอาการแพ้มากที่สุด ถั่วต้นไม้เป็นส่วนหนึ่งของทริกเกอร์ที่พบมากที่สุด ในช่วงกลางทศวรรษที่ 1990 นักวิจัยตรวจสอบสายพันธุ์ถั่วเหลืองจีเอ็มที่ได้รับการออกแบบมาเพื่อมีโปรตีนจากถั่วบราซิล ตามรายงานของพวกเขาในนิวอิงแลนด์วารสารการแพทย์ถั่วเหลืองเรียกเกิดอาการแพ้ในผู้ที่มีอาการแพ้ถั่วบราซิล ถั่วเหลืองผู้ที่ไม่เคยเข้ามาในตลาดและไม่ได้ขายให้กับผู้บริโภค
องค์การอาหารและเกษตรแห่งสหประชาชาติ (FAO) และองค์การอนามัยโลก (WHO) ตั้งแต่โปรโตคอลที่จัดตั้งขึ้นสำหรับอาหารจีเอ็ม พวกเขาต้องการอาหารจีเอ็มได้รับการทดสอบความสามารถในการก่อให้เกิดอาการแพ้ ตามที่เมโยคลินิกไม่มีอาหารจีเอ็มที่มีอยู่ในตลาดได้รับพบว่ามีผลกระทบที่เป็นภูมิแพ้