2.4. Genetic parametersEffective nu

2.4. Genetic parameters

Effective number of founders (fe): number of founders that would be necessary to produce the same amount of genetic diversity as in the population under study if they had identical contributions to the descendant population. It is computed as View the MathML source where qk is the probability of gene origin of the k ancestor (computed as the average relatedness coefficient—AR) and f is the total number of founders. It is equivalent to the parameter fe obtained following the methodology proposed by James (1972) or Lacy (1989) (founder equivalents) if the whole pedigree is included in the calculations.

Effective number of ancestors (fa): defined as the minimum number of ancestors (founders or not) that are necessary to explain the population's overall genetic diversity (Boichard et al., 1997). It is computed asView the MathML source, qj being the marginal contribution of an ancestor j (genetic contribution of an ancestor that is not explained by any other previously chosen one). This parameter takes into account genetic diversity losses derived from the unbalanced use of reproductive animals through generations producing bottlenecks, being considered a useful parameter and an important complement to the information supplied by the fe. Only the animals with both parents known are considered for the calculations.

Inbreeding coefficient (F): it is the probability that an individual has two genes identical by descent ( Wright, 1931) and is computed according to the methodology proposed by Meuwissen and Luo (1992).

Monitoring of genetic diversity has classically been carried out by assessing the evolution of inbreeding in the population (Wright, 1922), often converted to effective population size (Ne), which is regarded as a good indicator of the risk of genetic erosion (FAO, 1998, establishing a maximum acceptable inbreeding rate of 0.01 (1%) per generation). Alderson (2009) reports measuring actual level of inbreeding in a population is more relevant for immediate conservation action than considering the rate of inbreeding. We used average F values' evolution per year of birth to evaluate the increase in inbreeding per generation, according to the formula of Gutiérrez et al. (2003) (Fn−Fn−1=l×b, where l is the average generation interval and b the regression coefficient of mean inbreeding coefficient per birth year).

Individual increase in inbreeding ΔFi (Gutiérrez et al., 2008) was computed for each individual in the pedigree, following the modification proposed by Gutiérrez, et al. (2009) to account for the exclusion of self-fertilization, as View the MathML source, where Fi is the inbreeding coefficient for each individual i and t the equivalent complete generations computed on the pedigree of this individual.

Average relatedness coefficient (AR) of each individual: defined as the probability that an allele randomly chosen from the whole population in the pedigree belongs to a given animal ( Gutiérrez and Goyache, 2005). Numerically, AR corresponds to twice the probability of two random alleles (one from the animal and other from the complete population, including itself) that are identical by descent and it can be interpreted as the representation of a given animal in the whole pedigree regardless of the knowledge of its own pedigree (Dunner et al., 1998). It is computed as the average of the coefficients integrating the row from the individual in the numerator relationship matrix ( Goyache et al., 2003 and Gutiérrez et al., 2003) and it takes into account, simultaneously, the inbreeding and the coancestry coefficients (Gutiérrez and Goyache, 2005).

As a complement to the previous analyses, some additional parameters, broadly used in the management of captive populations, were computed using PM2000 software v1.213 (Pollak et al., 2005). These parameters were assessed only for the reference population containing the living animals. Besides the genetic representation of each founder to the existing genetic pool, PM2000, provided individual values for mean kinship coefficient (mK), which is defined as the average of the kinship values between a single individual and all the other individuals in the living population, including itself (Ballou and Lacy, 1995), and needs to be recalculated at each change in population size (births/deaths).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.4 พารามิเตอร์ทางพันธุกรรมมีประสิทธิภาพจำนวนผู้ก่อตั้ง (fe): จำนวนผู้ก่อตั้งที่จะจำเป็นในการผลิตจำนวนเดียวกันของความหลากหลายทางพันธุกรรมในประชากรการศึกษาถ้าพวกเขาได้มีส่วนร่วมเหมือนกันกับประชากรเชื้อสาย คำนวณตามดูต้น MathML ที่ qk เป็นความน่าเป็นของยีนต้นกำเนิดของบรรพบุรุษ k (คำนวณเป็นค่าสัมประสิทธิ์เฉลี่ย relatedness — AR) และ f เป็นจำนวนรวมของผู้ก่อตั้ง ได้เทียบเท่ากับพารามิเตอร์ fe ได้ตามวิธีการที่นำเสนอโดยเจมส์ (1972) หรือ Lacy (1989) (เทียบเท่าผู้ก่อตั้ง) ถ้าสายเลือดทั้งหมดรวมอยู่ในการคำนวณจำนวนประสิทธิภาพของบรรพบุรุษ (fa): กำหนดเป็นหมายเลขต่ำสุดของบรรพบุรุษ (ผู้ก่อตั้ง หรือไม่) ที่มีความจำเป็นต้องอธิบายความหลากหลายทางพันธุกรรมโดยรวมของประชากร (Boichard et al. 1997) ก็คำนวณ asView แหล่ง MathML, qj มีสัดส่วนกำไรของ j บรรพบุรุษ (ผันแปรทางพันธุกรรมของบรรพบุรุษที่ไม่อธิบาย โดยอื่นใดก่อนหน้านี้ เลือกอย่างใดอย่างหนึ่ง) พารามิเตอร์นี้จะเข้าบัญชีสูญเสียความหลากหลายทางพันธุกรรมได้มาจากการไม่สมดุลของสัตว์ที่สืบพันธุ์จากรุ่นสู่รุ่นผลิตคอขวด การพิจารณาพารามิเตอร์มีประโยชน์และเติมเต็มความสำคัญข้อมูลโดยสนใจ โรงแรมแห่งนี้ถือว่าเฉพาะในสัตว์ที่ มีทั้งพ่อและแม่ที่รู้จักกันสำหรับการคำนวณสัมประสิทธิ์การ inbreeding (F): เป็นความน่าเป็นที่แต่ละคนมีสองยีนที่เหมือนกัน โดยเชื้อสาย (Wright, 1931) และคำนวณตามวิธีที่เสนอ โดย Meuwissen และ Luo (1992)ตรวจสอบความหลากหลายทางพันธุกรรมคลาสสิกดำเนินการ โดยประเมินวิวัฒนาการของ inbreeding ในประชากร (Wright, 1922), มักจะแปลงเป็นขนาดประชากรมีประสิทธิภาพ (Ne), ซึ่งถือเป็นตัวบ่งชี้ที่ดีความเสี่ยงของการกัดเซาะทางพันธุกรรม (FAO, 1998 สร้าง inbreeding ยอมรับสูงสุดอัตรา 0.01 (1%) ต่อรุ่น) เกี่ยวข้องดำเนินการอนุรักษ์ได้ทันทีกว่าพิจารณาอัตราการ inbreeding Alderson (2009) รายงานการวัดระดับที่แท้จริงของ inbreeding ในประชากรได้ เราใช้ค่าเฉลี่ย F วิวัฒนาการต่อปีเกิดเพื่อประเมิน inbreeding ต่อรุ่น ตามสูตรของสามารถเล่น et al. (2003) ที่เพิ่มขึ้น (Fn−Fn−1 = b × l, l สร้างโดยเฉลี่ยช่วงและ b ค่าสัมประสิทธิ์ถดถอยของสัมประสิทธิ์ inbreeding เฉลี่ยต่อปีเกิด)เพิ่มขึ้น ΔFi inbreeding (สามารถเล่น et al. 2008) แต่ละถูกคำนวณสำหรับแต่ละสายเลือด เสนอต่อการปรับเปลี่ยน โดยสามารถเล่น et al. (2009) การยกเว้นการ self-fertilization มอง MathML แหล่งที่มา ที่เน็ตคือ สัมประสิทธิ์ inbreeding สำหรับฉันและ t รุ่นสมบูรณ์เทียบเท่ากับคำนวณตามสายเลือดของแต่ละบุคคลแต่ละRelatedness เฉลี่ย (AR) สัมประสิทธิ์ของแต่ละบุคคล: กำหนดความเป็นไปได้ว่า อัลลีลสุ่มเลือกจากประชากรทั้งหมดในสายเลือดเป็นของสัตว์ที่กำหนด (สามารถเล่นและ Goyache, 2005) ตัวเลข AR ตรงกับสองครั้งความน่าเป็นของสองสุ่ม alleles (หนึ่งจากสัตว์ และอื่น ๆ จากประชากรทั้งหมด รวมทั้งตัวเอง) ที่เหมือนกัน โดยโคตร และสามารถตีความเป็นการแสดงของสัตว์ที่กำหนดในสายเลือดทั้งหมดโดยไม่คำนึงถึงความรู้ของตัวเองสายเลือด (Dunner et al. 1998) คำนวณเป็นค่าเฉลี่ยของสัมประสิทธิ์รวมแถวจากบุคคลในเมทริกซ์ความสัมพันธ์เศษ (Goyache et al. 2003 และสามารถเล่น et al. 2003) และมันจะเข้าบัญชี พร้อมกัน การ inbreeding และสัมประสิทธิ์ coancestry (สามารถเล่นและ Goyache, 2005)เป็นส่วนเติมเต็มเพื่อวิเคราะห์ก่อนหน้านี้ บางพารามิเตอร์เพิ่มเติม ใช้อย่างกว้างขวางในการจัดการประชากรเชลย ถูกคำนวณโดยใช้ PM2000 ซอฟต์แวร์ v1.213 (Pollak et al. 2005) พารามิเตอร์เหล่านี้ถูกประเมินสำหรับประชากรอ้างอิงที่ประกอบด้วยสัตว์อาศัยอยู่เท่านั้น นอกจากนี้ การแสดงพันธุกรรมของแต่ละผู้ก่อตั้งอยู่พันธุสระว่ายน้ำ PM2000 ให้ค่าแต่ละค่าสำหรับประสบหมายถึงสัมประสิทธิ์ (mK), ซึ่งถูกกำหนดเป็นค่าเฉลี่ยของค่าประสบระหว่างคนหนึ่งคนและทั้งหมดบุคคลอื่นในชีวิตประชากร รวมทั้งตัวเอง (Ballou และ Lacy, 1995), และต้องมีคำนวณแต่ละการเปลี่ยนแปลงในขนาดของประชากร (เกิดเสียชีวิต)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.4 พารามิเตอร์ทางพันธุกรรม

จำนวนที่มีประสิทธิภาพของผู้ก่อตั้ง (Fe): จำนวนการก่อตั้งที่จะเป็นสิ่งที่จำเป็นในการผลิตจำนวนเดียวกันของความหลากหลายทางพันธุกรรมในขณะที่ประชากรภายใต้การศึกษาถ้าพวกเขามีผลงานที่เหมือนกันกับประชากรลูกหลาน มันคือการคำนวณเป็นมุมมองแหล่ง MathML ที่ QK ความน่าจะเป็นของการกำเนิดของยีนของบรรพบุรุษ K (คำนวณเป็นค่าเฉลี่ยค่าสัมประสิทธิ์สัมพันธ์-AR) และ F คือจำนวนเสียงทั้งหมดของผู้ก่อตั้ง มันจะเทียบเท่ากับพารามิเตอร์ fe ได้ดังต่อไปนี้วิธีการที่เสนอโดยเจมส์ (1972) หรือลูกไม้ (1989) (ผู้ก่อตั้งเทียบเท่า) ถ้าสายเลือดทั้งหมดจะถูกรวมอยู่ในการคำนวณ.

จำนวนที่มีประสิทธิภาพของบรรพบุรุษ (เอฟเอ): กำหนดเป็นจำนวนขั้นต่ำของ บรรพบุรุษ (ผู้ก่อตั้งหรือไม่) ที่มีความจำเป็นที่จะอธิบายความหลากหลายทางพันธุกรรมของประชากรโดยรวม (Boichard et al., 1997) มันคือการคำนวณ asView แหล่ง MathML, QJ เป็นผลงานร่อแร่ของบรรพบุรุษ J (ผลงานทางพันธุกรรมของบรรพบุรุษที่ไม่ได้อธิบายโดยอื่น ๆ ที่ได้รับการแต่งตั้งก่อนหน้านี้อย่างใดอย่างหนึ่ง) พารามิเตอร์นี้คำนึงถึงการสูญเสียความหลากหลายทางพันธุกรรมที่ได้รับจากการใช้งานที่ไม่สมดุลของสัตว์สืบพันธุ์ผ่านรุ่นการผลิตคอขวดได้รับการพิจารณาพารามิเตอร์ที่มีประโยชน์และส่วนประกอบที่สำคัญกับข้อมูลที่จัดทำโดยเฟ เฉพาะสัตว์ที่มีทั้งพ่อแม่รู้จักกันได้รับการพิจารณาสำหรับการคำนวณ.

ค่าสัมประสิทธิ์ inbreeding (F): มันเป็นโอกาสที่บุคคลมีสองยีนเหมือนกันโดยสายเลือด (ไรท์ 1931) และมีการคำนวณตามวิธีการที่เสนอโดย Meuwissen และ Luo ( 1992).

การตรวจสอบความหลากหลายทางพันธุกรรมได้รับคลาสสิกที่ดำเนินการโดยการประเมินวิวัฒนาการของการเจริญเติบโตในประชากร (ไรท์ 1922) ที่มักจะแปลงที่มีประสิทธิภาพขนาดประชากร (NE) ซึ่งถือได้ว่าเป็นตัวบ่งชี้ที่ดีของความเสี่ยงของการกัดเซาะทางพันธุกรรม (FAO, 1998 การสร้างอัตราการเจริญเติบโตสูงสุดที่ยอมรับได้ของ 0.01 (1%) ต่อรุ่น) เดอร์สัน (2009) รายงานการวัดระดับที่แท้จริงของการเจริญเติบโตในกลุ่มประชากรที่มีความเกี่ยวข้องมากขึ้นสำหรับการดำเนินการอนุรักษ์ทันทีกว่าเมื่อพิจารณาจากอัตราการเจริญเติบโต เราใช้วิวัฒนาการเฉลี่ยค่า F 'ต่อปีเกิดในการประเมินการเจริญเติบโตเพิ่มขึ้นในรุ่นต่อไปตามสูตรของGutiérrez et al, (2003) (FN-FN-1 = L × B ที่ L เป็นช่วงยุคเฉลี่ยและ B ค่าสัมประสิทธิ์การถดถอยของค่าสัมประสิทธิ์การเจริญเติบโตเฉลี่ยต่อปีเกิด).

เพิ่มขึ้นในแต่ละแยะΔFi (Gutiérrez et al., 2008) ได้รับการคำนวณ สำหรับแต่ละบุคคลในสายเลือดต่อไปนี้การแก้ไขที่เสนอโดยGutiérrez, et al (2009) บัญชีสำหรับการยกเว้นของตัวเองปฏิสนธิในขณะที่ดูแหล่งที่มา MathML ที่สายค่าสัมประสิทธิ์การเจริญเติบโตสำหรับแต่ละผมของแต่ละบุคคลและ T รุ่นสมบูรณ์เทียบเท่าคำนวณตามสายเลือดของบุคคลนี้.

ค่าสัมประสิทธิ์สัมพันธ์เฉลี่ย (AR) ของ แต่ละ: กำหนดให้เป็นโอกาสที่อัลลีลสุ่มเลือกจากประชากรทั้งหมดในสายเลือดเป็นสัตว์ที่กำหนด (Gutiérrezและ Goyache 2005) ตัวเลข AR สอดคล้องกับสองครั้งน่าจะเป็นของสองอัลลีลสุ่ม (จากสัตว์และอื่น ๆ จากการที่มีประชากรที่สมบูรณ์รวมทั้งตัวเอง) ที่เหมือนกันโดยสายเลือดและมันสามารถตีความได้ว่าเป็นตัวแทนของสัตว์ที่ได้รับในสายเลือดทั้งหมดโดยไม่คำนึงถึง ความรู้เกี่ยวกับสายเลือดของตัวเอง (Dunner et al., 1998) มันจะคำนวณเป็นค่าเฉลี่ยของค่าสัมประสิทธิ์การบูรณาแถวจากบุคคลในเมทริกซ์ความสัมพันธ์เศษ (Goyache et al., 2003 และGutiérrez et al., 2003) และจะใช้เวลาเข้าบัญชีพร้อมกันแยะและค่าสัมประสิทธิ์ coancestry (ที่ Gutiérrezและ Goyache, 2005).

ในฐานะที่เป็นส่วนเติมเต็มให้การวิเคราะห์ก่อนหน้านี้บางพารามิเตอร์เพิ่มเติม, ใช้กันอย่างแพร่หลายในการจัดการของประชากรเป็นเชลยที่ถูกคำนวณโดยใช้ซอฟแวร์ v1.213 PM2000 (พอลลาค et al., 2005) พารามิเตอร์เหล่านี้ได้รับการประเมินเท่านั้นสำหรับประชากรอ้างอิงที่มีสัตว์อาศัยอยู่ นอกจากการเป็นตัวแทนทางพันธุกรรมของแต่ละผู้ก่อตั้งที่มีอยู่ทางพันธุกรรมสระว่ายน้ำ, PM2000 ให้ค่าส่วนบุคคลสำหรับค่าเฉลี่ยญาติค่าสัมประสิทธิ์ (มหาชน) หรือ MK ซึ่งถูกกำหนดให้เป็นค่าเฉลี่ยของค่าเครือญาติระหว่างบุคคลเดียวและทุกคนอื่น ๆ ในกลุ่มประชากรที่อาศัยอยู่ที่ รวมทั้งตัวเอง (Ballou และลูกไม้ 1995) และจะต้องมีการคำนวณใหม่ในแต่ละการเปลี่ยนแปลงขนาดของประชากร (เกิด / เสียชีวิต)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.4 . พารามิเตอร์ทางพันธุกรรมตัวเลขที่มีประสิทธิภาพของผู้ก่อตั้ง ( Fe ) : จำนวนของผู้ก่อตั้งจะต้องผลิตจำนวนเดียวกันของความหลากหลายทางพันธุกรรมในประชากรที่ศึกษา หากพวกเขาได้บริจาคเหมือนลูกหลานประชาชน มันคำนวณเป็นดู MathML แหล่งที่ qk คือความเป็นไปได้ของยีนต้นกำเนิดของ K บรรพบุรุษ ( คำนวณเป็นค่าสัมประสิทธิ์สัมพันธ์เฉลี่ย AR ) และ F เป็นจํานวนรวมของผู้ก่อตั้ง มันเทียบเท่ากับพารามิเตอร์ Fe ได้ตามวิธีการที่เสนอโดยเจมส์ ( 1972 ) หรือลูกไม้ ( 1989 ) ( เทียบเท่าผู้ก่อตั้ง ) ถ้าสายเลือดทั้งหมดจะรวมอยู่ในการคำนวณตัวเลขที่มีประสิทธิภาพของบรรพบุรุษ ( ฟ้า ) : กำหนดจำนวนขั้นต่ำของบรรพบุรุษ ( ผู้ก่อตั้งหรือไม่ ) ที่จำเป็นในการอธิบายของประชากรโดยรวมของความหลากหลายทางพันธุกรรม ( boichard et al . , 1997 ) มันเป็นแหล่งที่คำนวณ asview MathML , QJ เป็นส่วนเพิ่มของบรรพบุรุษ J ( ผลงานทางพันธุกรรมของบรรพบุรุษที่ไม่ได้อธิบายใด ๆอื่น ๆก่อนหน้านี้ เลือกอย่างใดอย่างหนึ่ง ) พารามิเตอร์นี้จะเข้าสู่บัญชีการสูญเสียความหลากหลายทางพันธุกรรมที่ได้มาจากการใช้ความไม่สมดุลของสัตว์การสืบพันธุ์ผ่านรุ่นการผลิตคอขวดการพิจารณาพารามิเตอร์ที่มีประโยชน์และเป็นส่วนเติมเต็มที่สำคัญข้อมูลที่จัดเตรียมโดยเฟ เฉพาะสัตว์กับพ่อแม่หรือจะถือว่าการคํานวณสัมประสิทธิ์การ ( F ) : มันคือความน่าจะเป็นที่แต่ละคนมีสองยีนที่เหมือนกันโดยโคตร ( Wright , 1931 ) และจะคำนวณตามวิธีการที่เสนอโดย meuwissen และหลัว ( 1992 )การตรวจสอบความหลากหลายทางพันธุกรรมมีคลาสสิกถูกดำเนินการโดยการประเมินการวิวัฒนาการของประชากร ( Wright , 1922 ) แปลงมักจะประสิทธิภาพขนาดประชากร ( NE ) ซึ่งถือเป็นตัวบ่งชี้ที่ดีของความเสี่ยงของการกัดกร่อนพันธุวิศวกรรม ( FAO , 1998 , การสร้างสูงสุดที่ยอมรับได้ในอัตรา 0.01 ( % 1 ) ต่อรุ่น ) ออลเดอร์สัน ( 2009 ) รายงานการวัดระดับที่แท้จริงของการเป็นประชากรที่เกี่ยวข้องปฏิบัติการอนุรักษ์ทันทีกว่าพิจารณาอัตราการ . เราใช้ f ค่าเฉลี่ยต่อปีของวิวัฒนาการของการประเมินเพิ่มในการต่อรุ่น ตามสูตรของ กูตี จาก rrez et al . ( 2003 ) ( FN −− 1 = FN ผม× B ที่ผมมีช่วงเวลารุ่นเฉลี่ยและสัมประสิทธิ์การถดถอย B หมายถึง ค่าต่อปีเกิด )เพิ่มบุคคลในการΔ Fi ( กูติ ) rrez et al . , 2008 ) คือคำนวณสำหรับแต่ละบุคคลในสายเลือด ตามการเปลี่ยนแปลงที่เสนอโดยกูติ ) rrez et al . ( 2009 ) ไปยังบัญชีสำหรับการยกเว้นการด้วยตนเอง เป็นมุมมอง MathML แหล่งที่ Fi คือสัมประสิทธิ์การ แต่ละบุคคล และไม่สมบูรณ์เทียบเท่ารุ่นคำนวณในสายเลือดของบุคคลนี้สัมประสิทธิ์สัมพันธ์เฉลี่ย ( AR ) ของแต่ละบุคคล : หมายถึงความน่าจะเป็นที่สุ่มเลือกจากกลุ่มประชากรทั้งหมดในสายเลือดเป็นของให้สัตว์ ( กูติ ) และ rrez goyache , 2005 ) ตัวเลข , AR สอดคล้องสองครั้งสองสุ่มความน่าจะเป็นของอัลลีล ( จากสัตว์และอื่น ๆ จากประชากรที่สมบูรณ์รวมทั้งตัวเอง ) ที่เหมือนกัน โดยเชื้อสาย และมันสามารถถูกตีความเป็นเป็นตัวแทนของให้สัตว์ในสายเลือดทั้งหมดโดยไม่คำนึงถึงความรู้ของสายเลือดของมันเอง ( ดันเนอร์ et al . , 1998 ) . มันคำนวณเป็นค่าเฉลี่ยของสัมประสิทธิ์การรวมแถวจากแต่ละเศษความสัมพันธ์เมทริกซ์ ( goyache et al . , 2003 และกูติ ) rrez et al . , 2003 ) และจะใช้เวลาที่เข้าบัญชี พร้อมกัน และสัมประสิทธิ์การ coancestry ( กูติ ) และ rrez goyache , 2005 )ในฐานะที่เป็นส่วนเติมเต็มให้กับการวิเคราะห์ก่อนหน้านี้บางพารามิเตอร์เพิ่มเติม อย่างกว้างขวางใช้ในการจัดการประชากรที่ถูกคุมขัง ถูกคำนวณโดยใช้ pm2000 ซอฟต์แวร์ v1.213 ( Pollak et al . , 2005 ) พารามิเตอร์เหล่านี้จะถูกประเมินเพื่ออ้างอิงประชากรที่มีชีวิตสัตว์ นอกจากการแสดงทางพันธุกรรมของแต่ละผู้ก่อตั้งสภาพทางพันธุกรรมน้ํา pm2000 ให้ความสำคัญสำหรับหมายถึงเครือญาติสัมประสิทธิ์ ( MK ) ซึ่งหมายถึงค่าเฉลี่ยของค่าระหว่างเครือญาติ เป็นบุคคลเดียวและบุคคลอื่น ๆในชีวิตของประชากร รวมทั้งตัวเอง ( เบิลลู และลูกไม้ , 1995 ) , และความต้องการเป็น คำนวณในแต่ละการเปลี่ยนแปลงขนาดประชากร ( เกิด / ตาย )