The nirK1F and nirK5R primers [9] a

The nirK1F and nirK5R primers [9] are the most
widely used tools to survey diversity of the NirK denitrifying
bacteria in environmental samples. The nirK1F
primer binds to a region of the nirK gene that has an
insert of three bases in some sequences of denitrifying
bacteria (Accession. Nos. AJ002516, U62291,
AF339044–AF339048 and AB076606). This insert may
be the explanation for the poor amplification of this
particular primer. R€osch et al. [13] used a forward primer
that targets the same area as primer nirK1F, but is a
few bases longer. This primer faces the same problem as
nirK1F. Yan et al. [15] as well as Liu et al. [22] used a
modified version of the F1aCu primer together with a
modification of primer nirK3R [9]. The nirK3R primer
was unsuccessful both in the original study and in the
present re-evaluation, and the small number of conserved
bases within the sequences may be the explanation.
The Cunir3 primer designed by Casciotti andWard
[12] targets a highly conserved region encoding for a
copper-binding site, but unfortunately there are only a
few sequences available in this region. If they are not
representative, this would explain the poor results from
the amplification of denitrifying strains in the present
study. There are only 12 complete nirK gene sequences
in the databases.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ไพรเมอร์ nirK1F และ nirK5R [9] ได้มากที่สุดใช้เครื่องมือการสำรวจความหลากหลายของ NirK denitrifyingแบคทีเรียในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม NirK1F การรองพื้นผูกกับภูมิภาคของยีน nirK ที่มีการแทรกฐานสามในบางลำดับของ denitrifyingแบคทีเรีย (ภาคยานุวัติ ชุดหมายเลข AJ002516, U62291AF339044–AF339048 และ AB076606) แทรกนี้อาจมีคำอธิบายขยายความไม่ดีนี้รองพื้นเฉพาะ ใช้ R€ osch et al. [13] รองพื้นไปข้างหน้าที่เป้าหมายตั้งรองพื้น nirK1F แต่เป็นการไม่กี่ฐานอีกต่อไป รองพื้นนี้เผชิญปัญหาเดียวnirK1F Yan et al. [15] เป็น Liu et al. [22] ใช้เป็นแก้ไขรุ่นของไพรเมอร์ F1aCu ร่วมกับการเปลี่ยนแปลงของรองพื้น nirK3R [9] รองพื้น nirK3Rไม่ประสบความสำเร็จทั้ง ในการศึกษาเดิม และในการปัจจุบันการประเมิน และหมายเลขขนาดเล็กของอนุรักษ์ฐานภายในลำดับที่อาจอธิบายรองพื้น Cunir3 ที่ออกแบบ โดย Casciotti andWard[12] เป้าหมายภูมิภาคอนุรักษ์สูงการเข้ารหัสสำหรับการทองแดงรวมเว็บไซต์ แต่ก็เฉพาะบางลำดับอยู่ในภูมิภาคนี้ ถ้าพวกเขาไม่ตัวแทน นี้จะอธิบายผลที่ได้ดีจากขยายของ denitrifying สายพันธุ์ในปัจจุบันการศึกษา มีเพียง 12 ลำดับยีน nirK สมบูรณ์ในฐานข้อมูล

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

nirK1F และ nirK5R ไพรเมอร์ [9] เป็นส่วนใหญ่
ใช้กันอย่างแพร่หลายเครื่องมือในการสำรวจความหลากหลายของ Denitrifying NirK
แบคทีเรียในตัวอย่างจากสิ่งแวดล้อม nirK1F
ไพรเมอร์ผูกกับภูมิภาคของยีน nirK ที่มี
แทรกสามฐานในลำดับของ Denitrifying บาง
แบคทีเรีย (Accession. Nos. AJ002516, U62291,
AF339044-AF339048 และ AB076606) แทรกนี้อาจ
จะมีคำอธิบายสำหรับขยายยากจนของ
ไพรเมอร์โดยเฉพาะอย่างยิ่ง R € Osch et al, [13] ใช้ไพรเมอร์ไปข้างหน้า
ที่มีเป้าหมายพื้นที่เดียวกับไพรเมอร์ nirK1F แต่เป็น
ฐานไม่กี่นาน ไพรเมอร์นี้ใบหน้าปัญหาเช่นเดียวกับ
nirK1F ยัน et al, [15] เช่นเดียวกับหลิว et al, [22] ใช้
รุ่นที่ปรับเปลี่ยนไพรเมอร์ F1aCu ร่วมกับ
การปรับเปลี่ยนของไพรเมอร์ nirK3R [9] nirK3R ไพรเมอร์
ไม่ประสบความสำเร็จทั้งในการศึกษาเดิมและใน
ปัจจุบันการประเมินและจำนวนเล็ก ๆ ของการอนุรักษ์
ฐานภายในลำดับอาจจะเป็นคำอธิบาย.
ไพรเมอร์ Cunir3 ออกแบบโดย Casciotti andWard
[12] เป้าหมายการเข้ารหัสเขตป่าสงวนอย่างมากสำหรับ
เว็บไซต์ทองแดงผูกพัน แต่น่าเสียดายที่มีเพียง
ลำดับไม่กี่ที่มีอยู่ในภูมิภาคนี้ หากพวกเขาไม่ได้เป็น
ตัวแทนนี้จะอธิบายถึงผลดีจาก
การขยายของสายพันธุ์ Denitrifying ในปัจจุบัน
การศึกษา มีเพียง 12 สมบูรณ์ nirK ลำดับยีนอยู่
ในฐานข้อมูล

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

และที่ nirk1f nirk5r ไพรเมอร์ [ 9 ] มากที่สุดใช้กันอย่างแพร่หลายเครื่องมือสำรวจความหลากหลายของเนิร์กดีไนตริฟายอิงแบคทีเรียในตัวอย่างสิ่งแวดล้อม การ nirk1fใช้ผูกกับภูมิภาคของเนิร์กยีนได้ใส่สามฐานในลำดับดีไนตริฟายอิงแบคทีเรีย ( หนังสือ . เลขที่ aj002516 u62291 , ,และ af339044 – af339048 ab076606 ) แทรกนี้อาจเป็นคำอธิบายสำหรับการเพิ่มปริมาณยากจนนี้โดยเฉพาะรองพื้น R ด้าน osch et al . [ 13 ] ใช้รองพื้นไปข้างหน้าเป้าหมายที่บริเวณเดียวกับรองพื้น nirk1f แต่เป็นไม่กี่ฐานยาว ไพรเมอร์ใบหน้าปัญหานี้เหมือนกันnirk1f . ยัน et al . [ 15 ] รวมทั้ง Liu et al . [ 22 ] ใช้รุ่นการแก้ไขของ f1acu primer ร่วมกับการรองพื้น nirk3r [ 9 ] การ nirk3r ไพรเมอร์ไม่ประสบความสำเร็จ ทั้งในการศึกษา และในต้นฉบับการประเมินอีกครั้งปัจจุบัน และจำนวนน้อย อนุรักษ์ฐานภายในลำดับอาจจะอธิบายการ cunir3 ไพรเมอร์ที่ออกแบบโดย casciotti andward[ 12 ] เป้าหมายที่มีการอนุรักษ์เขตการเข้ารหัสสำหรับทองแดงมัดเว็บไซต์ แต่โชคร้ายที่มีเพียงลำดับไม่กี่ที่มีอยู่ในภูมิภาคนี้ ถ้าพวกเขาไม่ได้ตัวแทนนี้จะอธิบายผลที่ไม่ดีจากการเพิ่มปริมาณของเชื้อใน ปัจจุบันดีไนตริฟายอิงการศึกษา มีเพียง 12 สมบูรณ์เนิร์กลำดับยีนในฐานข้อมูล