ทั้งน้ำมันพืช ไขมันสัตว์ หรือแม้กระทั่งน้ำมันที่เหลือทิ้งจากการประกอบอาหาร น้ำมันพืชที่นิยม ได้แก่ น้ำมันปาล์ม น้ำมันมะพร้าว น้ำมัน ถั่วเหลือง น้ำมันดอกทานตะวัน ฯลฯ การใช้น้ำมันพืชที่บริโภคได้ (edible oils) มาผลิตไบโอดีเซล อาจทำให้เกิดภาวะการณ์ขาดแคลนน้ำมันสำหรับการบริโภคได้ เกิดการแข่งขันด้านการตลาดและส่งผลให้น้ำมันจากพืชเหล่านี้มีราคาสูงขึ้นและราคาไบโอ-ดีเซลจะสูงขึ้นตามไปด้วย ดังนั้นการเลือกใช้พืชน้ำมันที่ไม่ใช่พืชอาหาร (non-edible oils) มาเป็นวัตถุดิบในการผลิตไบโอดีเซลจึงได้รับความสนใจเป็นอย่างมาก เช่น น้ำมันสบู่ดำ และน้ำมันเมล็ดเรพ เป็นต้น