CROSS-REFERENCE TO RELATED APPLICAT

CROSS-REFERENCE TO RELATED APPLICATIONS
This application claims priority to U.S. provisional application 61/738,688 filed on December 18, 2012.


FIELD OF THE การประดิษฐ์
The การประดิษฐ์นี้ relates to วิธี of differentiating and characterizing IBV, CSFV and NDV สายพันธุ์, and identifying new สายพันธุ์ using วีวี technology. The การประดิษฐ์นี้ also provides primers and kits for use with such วิธี.


BACKGRO OF THE การประดิษฐ์
The polymerase chain reaction (PCR) is a primer extension reaction that provides a
วิธี to amplify a specific DNA or polynucleotide in vitro, generating thousands to millions of copies of a particular DNA sequence. PCR is now a common and often indispensable technique used in medical and biological research labs for a variety of applications. These include DNA cloning for sequencing, DNA-based phylogeny, or functional analysis of genes; the diagnosis of hereditary diseases; the identification of genetic fingerprints; and the detection and diagnosis of infectious diseases. Some of the variations of the basic PCR include quantitative real-time PCR (qPCR or RT-PCR), allele-specific PCR, asymmetric PCR, hot start PCR, reverse transcription PCR, multiplex-PCR, nested-PCR, ligation-mediated PCR, Intersequence-specific PCR, Thermal asymmetric interlaced PCR and touchdown-PCR. These PCR variations provide wide variety of uses for different purposes. For example, single-nucleotide polymorphisms (SNPs) (single-base differences in DNA) can be identified by allele-specific PCR, qPCR can provide a very high
degree of precision in determining the number of copies amplified in the PCR reactions (Bartlett et al., "A Short History of the Polymerase Chain Reaction", PCR Protocols, 2003).
Recently, วีวี (HRM) was added as a new molecular technique for high throughput mutation scanning (Zhou, L., et al., Clin. Chem. 51, 1770-1777, 2005). Mutation deteimination using HRM is based on the dissociation of DNA, when exposed to an increasing temperature in the presence of fluorescent dyes interacting with double-
stranded DNA (see, for example US7,387,887; US7,582,429). There are numerous








appropriate dyes disclosed in the art. The presence of a mutation leads to the formation of DNA heteroduplexes followed by a change in melting behavior. Thus, this "mutation
scanning" technique detects the presence of sequence variations in target-gene derived PCR amplicons. In an HRM experiment, sample DNA is first amplified via real-time PCR in the presence of a วีวีing Dye. Prominent examples of such dyes are disclosed in WO 2008/052742. After PCR, the successive melting experiment can be
perfolined on the same Real Time Instrument, and analyzed with a respective Gene
Scanning Software to identify sequence variants.
Classical swine fever (CSF), previously laiown as hog cholera is a highly contagious and multisystemic hemorrhagic disease affecting domestic and wild pigs that results in economic losses in the swine industry worldwide and is a notifiable disease to the Office International des Epizooties, according to the Terrestrial Animal Health Code (01E, 2007). The causative agent is classical swine fever virus (CSFV) which is an enveloped, positive-sense, single stranded RNA virus, classified in the genus Pestivirus within the family Flaviviridae. At the genetic level,
CSFV's can be divided into genotypes 1, 2 and 3, based on the partial sequences of the E2 and NS5B genes. Each genotype can be classified further into several sub-genotypes, referred to as
1.1, 1.2, and 1.3; 2.1, 2.2 and 2.3; and 3.1, 3.2, 3.3, and 3.4, respectively (Paton et al., Vet
Microbiol. 73:137-157, 2000). In Asia, CSF epidemics are ubiquitous and genotypes 1, 2 and 3 have been isolated in several Asian countries.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

อ้างอิงโยงไปยังโปรแกรมประยุกต์ที่เกี่ยวข้องโปรแกรมประยุกต์นี้อ้างความสำคัญไปยังโปรแกรมประยุกต์สำรองสหรัฐฯ ยื่น 61/738,688 เมื่อ 18 ธันวาคม 2012 ฟิลด์การประดิษฐ์การประดิษฐ์นี้เกี่ยวข้องกับวิธีขึ้นต้น IBV, CSFV และ NDV สายพันธุ์กำหนดลักษณะ และระบุสายพันธุ์ใหม่ที่ใช้เทคโนโลยีวีวี การประดิษฐ์นี้ยังให้ไพรเมอร์และชุดสำหรับใช้กับวิธีดังกล่าวBACKGRO ของการประดิษฐ์ปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส (PCR) เป็นปฏิกิริยาการขยายพื้นที่ให้การวิธีขยายดีเอ็นเอหรือ polynucleotide เพาะเลี้ยง สร้างหลักพันถึงล้านสำเนาของลำดับดีเอ็นเอเฉพาะเจาะจง PCR เป็นเทคนิคทั่วไป และที่สำคัญมักจะใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยทางการแพทย์ และชีวภาพหลากหลาย ได้แก่การโคลนดีเอ็นเอสำหรับลำดับ phylogeny ตามดีเอ็นเอ หรือวิเคราะห์การทำงานของยีน การวินิจฉัยโรครัชทายาทแห่ง รหัสของลายนิ้วมือทางพันธุกรรม และการตรวจและวินิจฉัยโรค บางรูปแบบของ PCR พื้นฐานรวมเชิงปริมาณแบบ real-time PCR (qPCR หรือ RT-PCR), allele เฉพาะ PCR, asymmetric PCR ร้อนเริ่ม PCR กลับ transcription PCR, PCR ล็ก PCR ซ้อน PCR mediated ไข่ Intersequence เฉพาะ PCR, PCR กราฟิก asymmetric ร้อน และเหรียญ PCR รูปแบบ PCR เหล่านี้ให้ใช้เพื่อวัตถุประสงค์ต่าง ๆ หลากหลาย ตัวอย่าง นิวคลีโอไทด์เดี่ยว polymorphisms (SNPs) (เดียวฐานต่างในดีเอ็นเอสามารถระบุ โดย allele เฉพาะ PCR, qPCR สามารถมีสูงมาก ระดับของความแม่นยำในการกำหนดจำนวนสำเนาขยายในปฏิกิริยา PCR (ในบาร์ตเลต et al., " A โดยย่อประวัติของเดอะพอลิเมอเรสปฏิกิริยาลูกโซ่", PCR โพรโทคอล 2003)ล่าสุด เพิ่มวีวี (HRM) เป็นเทคนิคใหม่ระดับโมเลกุลสำหรับสแกน (โจว L., et al., Clin การกลายพันธุ์ของอัตราความเร็วสูง Chem. 51, 1770-1777, 2005) Deteimination การกลายพันธุ์ที่ใช้ HRM อยู่ dissociation เอ็น เมื่อสัมผัสกับอุณหภูมิเพิ่มขึ้นในต่อหน้าของการติดต่อกับคู่ - สีเรืองแสงดีเอ็นเอที่ตกค้าง (ดู เช่น US7, 387, 887 US7, 582, 429) มีมากมาย เปิดเผยในงานศิลปะสีย้อมที่เหมาะสม สถานะของการกลายพันธุ์ที่นำไปสู่การก่อตัวของดีเอ็นเอ heteroduplexes ตามการเปลี่ยนแปลงในการละลายพฤติกรรม ดังนั้น นี้ "การกลายพันธุ์ การสแกน"เทคนิคตรวจสถานะของลำดับการเปลี่ยนแปลงในยีนเป้าหมายมา PCR amplicons ก่อนทำ.............." DNA ตัวอย่างในการทดลองของ HRM ผ่าน PCR แบบเรียลไทม์ในต่อหน้าของ วีวีing ย้อม ตัวอย่างที่โดดเด่นของสีดังกล่าวจะเปิดเผยใน WO 2008/052742 หลังจาก PCR ทดลองละลายต่อเนื่องได้ perfolined บนเครื่องมือจริงเวลาเดียวกัน และวิเคราะห์กับยีนที่เกี่ยวข้อง ซอฟต์แวร์การสแกนเพื่อระบุตัวแปรลำดับไข้สุกรคลาสสิก (CSF), laiown ก่อนหน้านี้เป็นอหิวาตกโรคหมูเป็นสูงติดต่อ และ multisystemic เลือดออกโรคผลสุกรป่า และในประเทศที่เกิดการสูญเสียทางเศรษฐกิจในอุตสาหกรรมสุกรทั่วโลก และเป็นโรคระบาดไป Office เปื่อย ตามภาคพื้นสัตว์สุขภาพรหัส (01E, 2007) ตัวแทนสาเหตุการเป็นสุกรคลาสสิกไข้ไวรัส (CSFV) ซึ่งเป็นการขัดความ รู้สึกบวก,, เดียวตกค้างอาร์เอ็นเอไวรัส จัดอยู่ใน Pestivirus ภายใน family Flaviviridae ระดับพันธุกรรม ของ CSFV สามารถแบ่งตามศึกษาจีโนไทป์ 1, 2 และ 3 ตามลำดับบางส่วนของยีน E2 และ NS5B สามารถจำแนกแต่ละลักษณะทางพันธุกรรมเพิ่มเติม ในหลายย่อยศึกษาจีโนไทป์ เรียกว่า1.1, 1.2, and 1.3; 2.1, 2.2 and 2.3; and 3.1, 3.2, 3.3, and 3.4, respectively (Paton et al., VetMicrobiol. 73:137-157, 2000). In Asia, CSF epidemics are ubiquitous and genotypes 1, 2 and 3 have been isolated in several Asian countries.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

อ้างอิงข้ามเพื่อการใช้งานที่เกี่ยวข้อง
โปรแกรมนี้เรียกร้องความสำคัญกับสหรัฐการประยุกต์ใช้ชั่วคราว 61 / 738,688 ยื่นเมื่อวันที่ 18 ธันวาคม 2012 สาขาการประดิษฐ์การประดิษฐ์นี้เกี่ยวข้องกับวิธีการที่แตกต่างและพัฒนาการหลอดลมอักเสบติดต่อ, CSFV และ NDV สายพันธุ์และการระบุ สายพันธุ์ใหม่โดยใช้วีวีเทคโนโลยี การประดิษฐ์นี้นอกจากนี้ยังมีไพรเมอร์และชุดสำหรับใช้กับวิธีดังกล่าว. backgro ของการประดิษฐ์วิธี polymerase chain reaction (PCR) เป็นปฏิกิริยาขยายไพรเมอร์ที่ให้วิธีการขยายดีเอ็นเอที่เฉพาะเจาะจงหรือ Polynucleotide ในหลอดทดลองสร้างพันล้าน สำเนาของลำดับดีเอ็นเอโดยเฉพาะอย่างยิ่ง PCR ในขณะนี้เป็นเทคนิคที่พบบ่อยและที่ขาดไม่ได้มักจะใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยทางการแพทย์และทางชีวภาพสำหรับความหลากหลายของการใช้งาน เหล่านี้รวมถึงการโคลนดีเอ็นเอลำดับเชื้อชาติดีเอ็นเอหรือการวิเคราะห์การทำงานของยีน; การวินิจฉัยโรคทางพันธุกรรม; บัตรประจำตัวของลายนิ้วมือทางพันธุกรรม; และการตรวจสอบและการวินิจฉัยของโรคติดเชื้อ บางส่วนของรูปแบบของขั้นพื้นฐานรวมถึงปริมาณ PCR แบบ real-time PCR (qPCR หรือ RT-PCR), อัลลีลที่เฉพาะเจาะจง PCR, PCR ไม่สมมาตร PCR เริ่มร้อนถอดความ PCR ย้อนกลับ multiplex PCR-ซ้อนกัน-PCR, ligation พึ่ง PCR , Intersequence เฉพาะ PCR ความร้อนไม่สมมาตร PCR interlaced และดาว์น-PCR เหล่านี้รูปแบบ PCR ให้หลากหลายของการใช้เพื่อวัตถุประสงค์ที่แตกต่างกัน ตัวอย่างเช่นความหลากหลายเดียวเบื่อหน่าย (SNPs) (ความแตกต่างเดียวฐานใน DNA) สามารถระบุได้โดยเฉพาะอัลลีล PCR, qPCR สามารถให้สูงมากระดับของความแม่นยำในการกำหนดจำนวนสำเนาที่ขยายในปฏิกิริยา PCR (บาร์ตเลตต์และ al., "ประวัติโดยย่อของปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอ" โปรโตคอล PCR, 2003). เมื่อเร็ว ๆ นี้วีวี (HRM) ถูกบันทึกเป็นเทคนิคโมเลกุลใหม่สำหรับการสแกนผ่านการกลายพันธุ์สูง (โจว, แอล, et al., Clin . Chem. 51, 1770-1777, 2005) การกลายพันธุ์ deteimination ใช้ HRM จะขึ้นอยู่กับการแยกตัวออกของดีเอ็นเอเมื่อสัมผัสกับอุณหภูมิที่เพิ่มขึ้นในการปรากฏตัวของสีย้อมเรืองแสงมีปฏิสัมพันธ์กับสองครั้งที่ควั่นดีเอ็นเอ (ดูตัวอย่างเช่น US7,387,887; US7,582,429) มีจำนวนมากสีที่เหมาะสมเปิดเผยในงานศิลปะ การปรากฏตัวของการกลายพันธุ์ที่นำไปสู่การก่อตัวของ heteroduplexes ดีเอ็นเอตามด้วยการเปลี่ยนแปลงในการละลายพฤติกรรม ดังนั้นเรื่องนี้ "การกลายพันธุ์สแกน "เทคนิคการตรวจพบการปรากฏตัวของรูปแบบลำดับในเป้าหมายที่ได้รับยีน amplicons PCR ในการทดลองการบริหารทรัพยากรมนุษย์ดีเอ็นเอตัวอย่างแรกจะขยายผ่าน PCR เรียลไทม์ในการปรากฏตัวของไอเอ็นจีวีวีย้อม ตัวอย่างที่โดดเด่นของสีย้อมดังกล่าวได้เปิดเผยไว้ใน WO 2008/052742 หลังจาก PCR ทดลองละลายเนื่องสามารถperfolined ในตราสารเวลาเดียวกันจริงและวิเคราะห์ด้วยยีนที่เกี่ยวข้องสแกนซอฟแวร์ในการระบุสายพันธุ์ลำดับ. ไข้หวัดหมูคลาสสิก (CSF) laiown ก่อนหน้านี้เป็นโรคอหิวาต์สุกรเป็นโรคเลือดโรคติดต่อสูงและ multisystemic ส่งผลกระทบต่อสุกรในประเทศและป่าที่ส่งผลในการสูญเสียทางเศรษฐกิจในอุตสาหกรรมสุกรทั่วโลกและเป็นโรคที่ต้องรายงานต่อสำนักงาน des Epizooties ระหว่างประเทศตามที่สุขภาพสัตว์บกรหัส (01E, 2007) สาเหตุเป็นไวรัสไข้หวัดหมูคลาสสิก (CSFV) ซึ่งเป็น enveloped บวกความรู้สึกไวรัส RNA ควั่นเดียวจัดให้อยู่ในประเภท Pestivirus ภายในครอบครัว Flaviviridae ในระดับพันธุกรรมCSFV สามารถแบ่งออกเป็นสายพันธุ์ที่ 1, 2 และ 3 ตามลำดับส่วนหนึ่งของ E2 และยีน NS5B จีโนไทป์แต่ละคนสามารถแยกออกเป็นหลายสายพันธุ์ย่อยที่เรียกว่า1.1, 1.2 และ 1.3; 2.1, 2.2 และ 2.3; และ 3.1, 3.2, 3.3 และ 3.4 ตามลำดับ (ปาตัน, et al, Vet. Microbiol 73:. 137-157, 2000) ในเอเชียระบาด CSF ที่แพร่หลายและยีนที่ 1, 2 และ 3 ได้รับการแยกได้ในหลายประเทศในเอเชีย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

อ้างอิงข้อมูลเกี่ยวกับการใช้งานโปรแกรมนี้เรียกร้องความ
สหรัฐชั่วคราวโปรแกรม 61 / 738688 ยื่นวันที่ 18 ธันวาคม 2012



การประดิษฐ์นี้สนามของการประดิษฐ์เกี่ยวข้องกับวิธีของความแตกต่างและลักษณะ IBV และ ndv , และสายพันธุ์และการวีวีสายพันธุ์ใหม่โดยใช้เทคโนโลยีการการประดิษฐ์นี้ยังให้ไพรเมอร์และชุดสำหรับใช้กับวิธี .



backgro ของการประดิษฐ์ปฏิกิริยาลูกโซ่ ) รองพื้นส่งเสริมปฏิกิริยาที่ให้
วิธีขยายเฉพาะดีเอ็นเอ หรือ พอลินิวคลีโอไทด์ในการสร้างนับพันนับล้านสำเนาของลำดับเบสดีเอ็นเอที่เฉพาะเจาะจงซึ่งตอนนี้ที่พบบ่อยและมักจะใช้เทคนิคที่ขาดไม่ได้ในทางการแพทย์และงานวิจัยทางชีวภาพสำหรับความหลากหลายของการใช้งาน เหล่านี้รวมถึงการโคลนดีเอ็นเอการลำดับ DNA หรือการทำงานระบบเชื้อชาติตามการวิเคราะห์ของยีน ; การวินิจฉัยโรคทางพันธุกรรม ; การจำแนกลายนิ้วมือทางพันธุกรรม และการตรวจหาและการวินิจฉัยของโรคติดเชื้อบางส่วนของการเปลี่ยนแปลงของ PCR แบบเรียลไทม์พีซีอาร์พื้นฐานรวมเชิงปริมาณ ( qpcr หรือ RT-PCR ) ซึ่งเฉพาะ PCR PCR สมมาตร เริ่มร้อนกลับถอดความ multiplex PCR PCR PCR , ซ้อนกัน , โดยเฉพาะ intersequence Ligation PCR PCR แบบ interlaced และความร้อนโดย Touchdown PCR การเปลี่ยนแปลงยีนเหล่านี้มีความหลากหลายของการใช้เพื่อวัตถุประสงค์ที่แตกต่างกัน ตัวอย่างเช่นลซิงเกิลนิวคลีโอไทด์ ( snps ) ( เดี่ยวฐานความแตกต่างในดีเอ็นเอ ) สามารถระบุยีน PCR โดยเฉพาะ qpcr สามารถให้ระดับสูงของความแม่นยำ
ในการกำหนดจำนวนสำเนาขยายในการตรวจปฏิกิริยา ( Bartlett et al . , " ประวัติศาสตร์ของปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอร์เรส " ซึ่งเป็นโปรโตคอล 2003 ) .
เมื่อเร็วๆ นี้วีวี ( HRM ) คือเป็นเทคนิคโมเลกุลใหม่สูง throughput การสแกน ( โจว , L . , et al . , บ . เคมี 51 , 1770-1777 , 2005 ) deteimination การกลายพันธุ์ด้วยวิธียึดหัวใจของดีเอ็นเอ เมื่อสัมผัสกับอุณหภูมิที่เพิ่มขึ้นในการเรืองแสงสีโต้ตอบกับคู่ -
ควั่นดีเอ็นเอ ( ดู ตัวอย่าง us7387887 ; us7582429 ) มีอยู่มากมาย








เหมาะสมสีเปิดเผยในศิลปะ การปรากฏตัวของการกลายพันธุ์ นำไปสู่การก่อตัวของดีเอ็นเอ heteroduplexes ตามการเปลี่ยนแปลงในการละลายพฤติกรรม ดังนั้น " การกลายพันธุ์
สแกน " เทคนิคตรวจจับลำดับยีนเป้าหมายการได้มาซึ่ง amplicons . ในการทดลองหรือตัวอย่างดีเอ็นเอเป็นครั้งแรกผ่านทางแบบเรียลไทม์ของ PCR ในการแสดงตนของวีวีไอเอ็นจีสีตัวอย่างที่โดดเด่นของสีย้อมดังกล่าวเปิดเผยใน wo 2008 / 052742 . หลังจากตรวจทดลองละลายต่อเนื่องสามารถ
perfolined บนเครื่องจริง เวลาเดียวกัน และใช้กับแต่ละยีน
ซอฟต์แวร์การสแกนหาลำดับตัวแปร .
สุกรคลาสสิกไข้ ( CSF )ก่อนหน้านี้ laiown เป็นอหิวาต์สุกรเป็นสูงติดต่อ multisystemic เลือดออกและโรคที่มีผลต่อประเทศและสุกรป่าที่ส่งผลให้เกิดความเสียหายทางเศรษฐกิจในอุตสาหกรรมสุกรทั่วโลก และเป็นโรคที่เกิดกับ Office International des epizooties ตามโลกสุขภาพสัตว์รหัส ( 01e , 2007 )ตัวแทนโรงเรียนคือไวรัสอหิวาต์สุกรและที่เป็นเปลือก บวก ความรู้สึกเดียวที่ควั่น RNA ไวรัส จัดอยู่ในจีนัส flaviviridae เพสติไวรัสภายในครอบครัว ในระดับพันธุกรรม
และก็สามารถแบ่งออกเป็นชนิดที่ 1 , 2 และ 3 ตามลำดับ และ ns5b E2 บางส่วนของยีน แต่ละจีโนไทป์สามารถแบ่งต่อไปเป็นสายพันธุ์ย่อยหลายเรียกว่า
1.1 , 1.2 และ 1.3 ; 2.1 , 2.2 และ 2.3 และ 3.1 , 3.2 , 3.3 และ 3.4 ตามลำดับ ( Paton et al . , สัตวแพทย์
ธนิดา เหรียญทอง B Sc . 73:137-157 , 2000 ) ในเอเชีย , CSF และโรคระบาดแพร่หลายเป็นชนิดที่ 1 , 2 และ 3 ถูกแยกได้หลายประเทศในเอเชีย