Principles of Marker-Assisted Selec

Principles of Marker-Assisted Selection
Types of Genetic Markers
Application of molecular genetics for genetic improvement
relies on the ability to genotype individuals
for specific genetic loci. For these purposes, three types
of observable polymorphic genetic loci can be distinguished:
1) direct markers: loci that code for the functional
mutation; 2) LD markers: loci that are in population-
wide linkage disequilibrium with the functional
mutation; 3) LE markers: loci that are in populationwide
linkage equilibrium with the functional mutation
in outbred populations.
Methods to detect these types of loci were described
in Andersson (2001). The LE markers can be readily
detected on a genome-wide basis by using breed
crosses or analysis of large half-sib families within the
breed. Such genome scans require only sparse marker
maps (15 to 50 cM spacing, depending on marker informativeness
and genotyping costs; Darvasi et al., 1993)
to detect most QTL of moderate to large effects. Many
examples of successful applications of this methodology
for detection of QTL regions are available in the
literature (see Andersson, 2001). The LD markers are
by necessity close to the functional mutation for sufficient
population-wide LD between the marker and
QTL to exist (within 1 to 5 cM, depending the extent
of LD, which depends on population structure and history).
The LD markers can be identified using candidate
genes (Rothschild and Soller, 1997) or fine-mapping
approaches (Andersson, 2001). Direct markers
(i.e., polymorphisms that code for the functional mutations)
are the most difficult to detect because causality
is difficult to prove and, as a result, a limited number
of examples are available, except for single-gene traits
(Andersson, 2001).
The three types of marker loci differ not only in
methods of detection, but also in their application in
selection programs. Whereas direct markers and, to
a lesser degree, LD markers, allow for selection on
genotype across the population because of the consistent
association between genotype and phenotype, use
of LE markers must allow for different linkage phases
between markers and QTL from family to family.
Thus, the ease and ability to use markers in selection
is opposite to their ease of detection and increases from
direct markers to LD markers and LE markers. In
what follows, selection on these three types of markers
will be referred to as gene-assisted selection (GAS),
LD markers-assisted selection (LD-MAS), and LE
marker-assisted selection (LE-MAS).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

หลักการเลือกเครื่องหมายช่วยชนิดของเครื่องหมายทางพันธุกรรมแอพลิเคชันของอณูพันธุศาสตร์เพื่อการปรับปรุงพันธุกรรมอาศัยความสามารถในการบุคคลที่มีจีโนไทป์สำหรับเฉพาะตำแหน่งอ่อนแอทางพันธุกรรม สำหรับวัตถุประสงค์เหล่านี้ สามชนิดตำแหน่งอ่อนแอทางพันธุกรรม polymorphic observable สามารถโดดเด่น:1) ตรงเครื่องหมาย: ตำแหน่งอ่อนแอที่รหัสสำหรับการทำงานกลายพันธุ์ 2) เครื่องหมาย LD: ตำแหน่งอ่อนแอที่อยู่ในประชากร -เชื่อมโยงกว้างสมดุลกับการทำงานกลายพันธุ์ 3) เครื่องหมายเลอ: ตำแหน่งอ่อนแอที่อยู่ใน populationwideสมดุลความเชื่อมโยงกับการกลายพันธุ์ที่ทำงานในประชากร outbredวิธีการตรวจหาชนิดของตำแหน่งอ่อนแอเหล่านี้ถูกอธิบายไว้ในนายเกียรติคุณชาติประเสริฐ (2001) หมายเลสามารถได้อย่างง่ายดายตรวจพบในจีโนมทั้ง โดยใช้สายพันธุ์ไม้กางเขนหรือวิเคราะห์ของครึ่ง sib แบบครอบครัวใหญ่ภายในตัวสายพันธุ์ การสแกนเช่นจีโนมที่ต้องเท่าห่างหมายแผนที่ (15-50 ซม.ระยะ informativeness หมายและ ค่า genotyping Darvasi et al. 1993)การตรวจสอบ QTL ส่วนใหญ่ของผลใหญ่ปานกลาง หลายตัวอย่างการใช้ประสบความสำเร็จของวิธีการนี้สำหรับการตรวจหา QTL ภูมิภาคที่มีอยู่ในตัววรรณกรรม (ดูนายเกียรติคุณชาติประเสริฐ 2001) มีเครื่องหมาย LDโดยจำเป็นใกล้กลายพันธุ์สำหรับทำงานเพียงพอประชากรทั้ง LD ระหว่างเครื่องหมาย และQTL อยู่ (ภายใน 1-5 ซม. ขึ้นอยู่กับขอบเขตของ LD ซึ่งขึ้นอยู่กับโครงสร้างประชากรและประวัติศาสตร์)สามารถระบุเครื่องหมาย LD ใช้ผู้สมัครยีน (Rothschild และกรันโซเยร์ 1997) หรือปรับการแมปวิธี (นายเกียรติคุณชาติประเสริฐ 2001) เครื่องหมายโดยตรง(เช่น ครั้งที่สองที่รหัสสำหรับทำพันธุ์)เป็นส่วนที่ยากที่สุดในการตรวจสอบเนื่องจาก causalityยากแก่การพิสูจน์และ เป็น ผล จำนวนจำกัดตัวอย่างที่มีอยู่ ยกเว้นลักษณะยีนเดี่ยว(นายเกียรติคุณชาติประเสริฐ 2001)สามชนิดของเครื่องหมายตำแหน่งอ่อนแอแตกต่างไม่เท่าในวิธีการ ของการตรวจสอบ แต่ยังอยู่ ในในโปรแกรมที่เลือก ในขณะที่เครื่องหมายโดยตรงและในระดับน้อย เครื่องหมาย LD อนุญาตให้สำหรับการเลือกบนจีโนไทป์ในประชากรเนื่องจากการสอดคล้องกันความสัมพันธ์ระหว่างจีโนไทป์และกนิ ใช้ของเลอ ต้องอนุญาตให้เครื่องหมายสำหรับขั้นตอนการเชื่อมโยงที่แตกต่างกันระหว่างเครื่องหมายและ QTL จากครอบครัวครอบครัวดังนั้น ความสะดวกและความสามารถในการใช้เครื่องหมายที่เลือกอยู่ตรงข้ามกับความสะดวกในการตรวจจับ และเพิ่มขึ้นจากเครื่องหมายที่ตรงกับ LD เครื่องหมายและเครื่องหมายเล ในสิ่งต่อไปนี้ เลือกชนิดของเครื่องหมายเหล่านี้สามจะถูกเรียกว่ายีนช่วยเลือก (ก๊าซ),เลือกเครื่องหมายช่วย LD (LD-MAS), และเลอเครื่องหมายช่วยเลือก (LE-MAS)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ช่วยเลือกหลักการของเครื่องหมายประเภทของเครื่องหมายพันธุกรรมการประยุกต์ใช้พันธุศาสตร์โมเลกุลเพื่อการปรับปรุงพันธุ์อาศัยความสามารถในกับบุคคลสำหรับความผิดปกติของ . เพื่อวัตถุประสงค์เหล่านี้สามประเภทข้อมูลทางพันธุกรรมของสายพันธุ์สามารถแยก :1 ) เครื่องหมายตรงตำแหน่งที่ : โค้ดเพื่อการทำงานการกลายพันธุ์ ; 2 ) LD เครื่องหมาย : โลไซที่มีประชากร -การเก็บน้ำบริเวณกว้างด้วยการทำงานการกลายพันธุ์ ; 3 ) เลอ เครื่องหมาย : ตำแหน่งที่อยู่ใน populationwideเชื่อมโยงกับการกลายพันธุ์แบบสมดุลใน outbred ประชากรวิธีการตรวจสอบเหล่านี้ประเภทของตำแหน่งถูกอธิบายใน แอนเดอร์ น ( 2001 ) Le เครื่องหมายสามารถพร้อมพบบน genome-wide พื้นฐานโดยการใช้พันธุ์กางเขนหรือการวิเคราะห์ขนาดใหญ่ครึ่งสิบครอบครัวภายในสายพันธุ์ เช่นจีโนมสแกนต้องการเพียงเบาบางเครื่องหมายแผนที่ ( 15 - 50 เซนติเมตร ระยะปลูกขึ้นอยู่กับสารประโยชน์เครื่องหมายส่งเสริมค่าใช้จ่าย ; darvasi et al . , 1993 )การตรวจหาความส่วนใหญ่ปานกลางถึงผลกระทบที่มีขนาดใหญ่ หลายตัวอย่างของการใช้งานที่ประสบความสำเร็จของวิธีการนี้การตรวจหาความภูมิภาคที่มีอยู่ในวรรณกรรม ( เห็น ัน , 2001 ) LD เครื่องหมายเป็นโดยความจำเป็นใกล้การกลายพันธุ์เพื่อการทำงานที่เพียงพอประชากรกว้าง LD ระหว่างเครื่องหมาย และความอยู่ ( ภายใน 1 ถึง 5 เซนติเมตร ขึ้นอยู่กับขนาดLD ซึ่งขึ้นอยู่กับโครงสร้างประชากรและประวัติศาสตร์ )LD เครื่องหมายสามารถระบุใช้ผู้สมัครยีน ( Rothschild และ โซลเลอร์ , 1997 ) หรือแผนที่ดี( วิธี แอนเดอร์ น , 2001 ) เครื่องหมาย โดยตรง( เช่น พันธุ์รหัสสำหรับการกลายพันธุ์หน้าที่ )มีมากที่สุดยากที่จะตรวจสอบ เพราะความสัมพันธ์เป็นเรื่องยากที่จะพิสูจน์ และ ผล จำนวนจำกัดตัวอย่างจะพร้อมใช้งาน ยกเว้นลักษณะยีนเดี่ยว( แอนเดอร์ น , 2001 )สามประเภทของเครื่องหมายที่แตกต่างกันไม่เพียง แต่ในวิธีการในการตรวจสอบ แต่ยังในการประยุกต์ใช้ของพวกเขาในโปรแกรมที่เลือก และเครื่องหมายโดยตรงและน้อยกว่าระดับ LD ปากกา , ให้เลือกบนจีโนไทป์ในประชากรเพราะสอดคล้องความสัมพันธ์ระหว่างพันธุกรรม กับการใช้ของ Le เครื่องหมายต้องอนุญาตให้สำหรับขั้นตอนการเชื่อมโยงต่าง ๆระหว่างเครื่องหมายและความจากครอบครัวเพื่อครอบครัวดังนั้น ความสะดวกและความสามารถในการใช้เครื่องหมายในการคัดเลือกตรงข้ามกับความสะดวกในการตรวจสอบและเพิ่มจากเครื่องหมายตรง LD เครื่องหมายและเลเกอร์ ในสิ่งต่อไปนี้ การเลือกเหล่านี้สามประเภทของเครื่องหมายจะเรียกว่ายีนช่วยเลือก ( แก๊ส )LD ตัวช่วยเลือก ( ld-mas ) และ เลอเครื่องหมายช่วยในการคัดเลือก ( le-mas )