The process of multiple sequence al

The process of multiple sequence alignment results in the concurrent inference of gaps that reflect the position of indels [14]. Inferred gap positions are often coded as binary characters that reflect the hypothetical positions where insertions or deletions have occurred (hereafter, FDOOHG³JDSFKDUDFWHUV´ also see [9,15±18]), although more complex coding schemes are possible [19]. Regardless of the specific gap-coding scheme, including information about indels in phylogenetic analyses can increase the information available in multiple sequence alignments without requiring additional data collection [19,20]. In spite of this, few phylogenetic studies incorporate this information, usually treating gaps as missing data [21,22]. However, phylogenetic analyses that treat gaps as missing data can be statistically inconsistent, even when the model of sequence evolution is simple and the true alignment is available [22]. Moreover, the historical information available from gap characters may be especially valuable, since they appear to exhibit less homoplasy than nucleotide substitutions (e.g., [4,12,20]). Thus, identifying the best methods for coding and analyzing gap characters (or finding other approaches to incorporate indels into phylogenetic analyses) represents an important challenge.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กระบวนการในการจัดลำดับหลายผลในข้อเกิดขึ้นพร้อมกันของช่องว่างที่แสดงตำแหน่งของ indels [14] สรุปตำแหน่งช่องว่างมักจะมีรหัสเป็นอักขระไบนารีที่สะท้อนถึงตำแหน่งสมมุติที่เกิดแทรกหรือลบ (โดย FDOOHG ³JDS FKDUDFWHUV ´ดู [9, 15±18]), แม้ว่าแผนงานรหัสที่ซับซ้อนเป็นไปได้ [19] โดยเฉพาะช่องว่างรหัสโครงร่าง รวมทั้งข้อมูลเกี่ยวกับ indels ในวิเคราะห์ phylogenetic สามารถเพิ่มข้อมูลในการจัดลำดับหลายแนวโดยรวบรวมข้อมูลเพิ่มเติม [19,20] แม้นี้ ศึกษา phylogenetic น้อยรวมข้อมูล การรักษาช่องว่างมักเป็นข้อมูลที่ขาดหาย [21,22] อย่างไรก็ตาม วิเคราะห์ phylogenetic รักษาช่องว่างเป็นข้อมูลหายไปได้ทางสถิติไม่สอดคล้องกัน แม้ลำดับวิวัฒนาการรูปแบบง่าย และการจัดตำแหน่งจริง ว่าง [22] นอกจากนี้ ข้อมูลทางประวัติศาสตร์ที่มีอักขระช่องว่างอาจมีคุณค่าโดยเฉพาะ เนื่องจากพวกเขาจะแสดง homoplasy น้อยกว่าแทนนิวคลีโอไทด์ (เช่น, [4,12,20]) ดังนั้น การระบุวิธีการดีที่สุดสำหรับการเขียนโค้ด และการวิเคราะห์ช่องว่างของ อักขระ (หรือหาวิธีอื่น ๆ ในการรวม indels เข้าวิเคราะห์ phylogenetic) แทนความท้าทายสำคัญ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

กระบวนการของผลการจัดเรียงลำดับในหลายข้อสรุปพร้อมกันของช่องว่างที่สะท้อนให้เห็นถึงตำแหน่งของ indels [14] ตำแหน่งช่องว่างสรุปมักจะเขียนเป็นตัวอักษรไบนารีที่สะท้อนให้เห็นถึงตำแหน่งสมมุติที่แทรกหรือลบได้เกิดขึ้น (ต่อ FDOOHG? ³JDS? FKDUDFWHUV?? ยังเห็น [9,15 ± 18]) แม้ว่ารูปแบบการเขียนโปรแกรมที่ซับซ้อนมากขึ้นเป็นไปได้ [ 19] โดยไม่คำนึงถึงช่องว่างการเข้ารหัสเฉพาะโครงการรวมทั้งข้อมูลเกี่ยวกับ indels ในการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการสามารถเพิ่มข้อมูลที่มีอยู่ในการจัดแนวหลายลำดับโดยไม่ต้องมีการเก็บรวบรวมข้อมูลเพิ่มเติม [19,20] ทั้งๆที่นี้ phylogenetic ศึก​​ษาไม่กี่รวมข้อมูลเหล่านี้มักจะรักษาช่องว่างเป็นข้อมูลที่ขาดหายไป [21,22] อย่างไรก็ตามการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการที่รักษาช่องว่างเป็นข้อมูลที่หายไปอาจจะไม่สอดคล้องกันทางสถิติแม้ในขณะที่รูปแบบของการวิวัฒนาการลำดับที่เรียบง่ายและการจัดตำแหน่งที่แท้จริงที่มีอยู่ [22] นอกจากนี้ข้อมูลทางประวัติศาสตร์ที่มีอยู่จากตัวอักษรช่องว่างอาจจะเป็นที่มีคุณค่าโดยเฉพาะอย่างยิ่งนับตั้งแต่พวกเขาดูเหมือนจะแสดง homoplasy น้อยกว่าแทนเบื่อหน่าย (เช่น [4,12,20]) ดังนั้นการระบุวิธีการที่ดีที่สุดสำหรับการเขียนโปรแกรมและวิเคราะห์ตัวละครช่องว่าง (หรือการหาวิธีการอื่น ๆ ที่จะรวม indels เข้าสู่การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ) แสดงให้เห็นถึงความท้าทายที่สำคัญ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

กระบวนการหลายลำดับตำแหน่งผลลัพธ์ในการอนุมานพร้อมกันจากช่องว่างที่สะท้อนให้เห็นถึงตำแหน่งของ indels [ 14 ] มีช่องว่างตำแหน่งมักจะเขียนเป็นเลขฐานสองตัวอักษรที่สะท้อนให้เห็นถึงตำแหน่งสมมุติที่แทรกหรือลบเกิดขึ้น ( ต่อ fdoohg  ³ JDS  fkdudfwhuv  ใหม่  ยังเห็น 9,15 [ 18 ] ± ) แม้ว่ารูปแบบการเข้ารหัสที่ซับซ้อนมากขึ้นเป็นไปได้ [ 19 ]ไม่เฉพาะกับรูปแบบการเข้ารหัส รวมทั้งข้อมูลเกี่ยวกับ indels ในการวิเคราะห์ ซึ่งสามารถเพิ่มข้อมูลในการลำดับหลายโดยไม่ต้องเพิ่มเติมข้อมูล [ 19,20 ] แม้ว่านี้ ศึกษา ซึ่งไม่รวมข้อมูลนี้มักจะรักษาช่องว่างที่ขาดหายไปข้อมูล [ 21,22 ] อย่างไรก็ตามวิวัฒนาการการวิเคราะห์ช่องว่างที่ถือว่าเป็นข้อมูลที่ขาดหายไปจะเป็นสถิติที่ไม่สอดคล้องกัน แม้รูปแบบของวิวัฒนาการลำดับง่ายและตำแหน่งที่แท้จริงของ [ 22 ] นอกจากนี้ ข้อมูลทางประวัติศาสตร์ที่มีอยู่จากอักขระช่องว่างอาจมีคุณค่าโดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อพวกเขาปรากฏขึ้นเพื่อแสดง homoplasy น้อยกว่าเบสแทน ( เช่น [ 4,12,20 ] ) ดังนั้นระบุวิธีที่ดีที่สุดสำหรับการเข้ารหัสและวิเคราะห์อักขระช่องว่าง ( หรือหาวิธีอื่น ๆเพื่อรวม indels ในการวิเคราะห์ phylogenetic ) แสดงถึงความท้าทายที่สำคัญ