2. Materials and methods2.1. Study

2. Materials and methods
2.1. Study patients
BRCA1 somatic mutations were determined in breast tumor samples
from 205 unselected TNBC patients at Breast Center, Peking University
Cancer Hospital from December 2003 to September 2011. Patients selected
criteria for this study were as follows: (i) patients were pathologically
diagnosed with invasive breast cancer with triple-negative
phenotype regardless of family history of breast cancer or age; (ii) all
the patients were operable primary breast cancer (stage I–III), patients
may receive neoadjuvant chemotherapy but no targeted therapy or radiotherapy
were applied before operation; (iii) patients were negative
for pathogenic BRCA1 germline mutations. Of these 205 TNBC patients,
fresh core needle biopsy tumor tissues prior to treatment were obtained
from 112 patients, fresh tumor tissues were procured following surgery
for the remaining 93 patients. Patient ages at diagnosis ranged from 28
to 87 years; the median was 54 years. The tumors were graded according
to the modified Bloom-Richardson system. Tumor stage was classi-
fication of the Union Internationale Contre Le Cancer. Tumor size was
defined as the maximum tumor diameter as measured on ultrasound
or mammography at the time of diagnosis. Familial breast cancer is de-
fined as the index case had one or more primary breast and/or ovarian
cancers in the first- or second relatives; or bilateral breast cancer diagnosed
before age of 50. The Research and Ethical Committee of Peking
University Cancer Hospital approved this study and informed consent
was obtained from all participants.
2.2. Pathologic data
Estrogen receptor (ER), progesterone receptor (PR), and HER2 status
were determined using the breast cancer tissues obtained from the core
needle biopsy or tumor tissues procured following operation. Negative
ER and PR status was defined as nuclear staining of b1% on immunohistochemistry
(IHC). HER2-negative status was defined as scores of 0/1+
by IHC or tumors with scores of 2+ that are lacking HER2 gene ampli-
fication after in situ hybridization (Vysis, Inc., Downers Grove, IL, USA).
2.3. Analysis of BRCA1 somatic mutation
Two hundred and five TNBC tumor tissues consisted of two parts:
112 core needle biopsy tumor tissues and 93 tumor tissues procured following
surgery. (1) Tumor RNA was extracted from core needle biopsy
samples using Trizol reagent (Life Technologies Inc., Gaithersburg, MD,
USA) according to the manufacturer's instructions. A total of 500 ng
tumor RNA was reverse transcribed to cDNA by standard procedure.
BRCA1 cDNA was amplified with 13 sets of primers described elsewhere
with some modifications (Zhang et al., 2012b). (2) Tumor DNA was
isolated from tumor tissues procured following surgery using a
phenol–chloroform assay. The whole coding sequences and exon–
intron boundaries of BRCA1 were amplified with 30 pairs of primers
(Zhang et al., 2012a). All fragments were sequenced using BigDye
Termininator Cycle Sequencing Kit and ABI 3730 automated sequencer (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). Each mutation was con-
firmed in duplicate.
When a mutation was detected, the corresponding blood DNA was
target-sequenced to determine whether the mutation existed in
germline DNA. Mutations existing both in tumor and peripheral blood
were classified as germline mutations. Mutations existing only in the
tumor but not in peripheral blood were classified as somatic mutations.
2.4. Prediction of BRCA1 missense mutations
SIFT (http://sift.jcvi.org/), PolyPhen (http://genetics.bwh.harvard.
edu/pph/), and PMut (http://mmb2.pcb.ub.es:8080/PMut/) were used
for functional prediction of those BRCA1 missense mutations with
unknown significance.
2.5. Treatment
Among the 112 patients with core needle biopsy tumor tissues, 97
patients received neoadjuvant chemotherapy. Sixty-seven patients received
an anthracycline/taxane regimen. Twenty-six patients received
a taxane/carboplatin regimen. The remaining four patients received
other regimens. The details of these regimens have been described previously
(Wang et al., 2015).
Pathologic complete response (pCR) was considered to be achieved
if there was no evidence of invasive cancer cells in the breast and axillary
lymph nodes after completion of neoadjuvant chemotherapy
(Guarneri et al., 2006; von Minckwitz et al., 2012).
2.6. Statistical analysis
Patient characteristics and response to neoadjuvant chemotherapy
were compared between BRCA1 deleterious somatic carriers and noncarriers
using the χ2 test or Fisher's exact test. A P-value b 0.05 was
considered statistically significant; all tests were two-sided. Statistical
analysis was carried out using SPSS version 16.0 (SPSS, Inc).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2. วัสดุและวิธีการ2.1. ศึกษาผู้ป่วยกำหนดในตัวอย่างเนื้องอกเต้านม BRCA1 ร่างกายพันธุ์จาก 205 เต้ือนทั่วไปผู้ป่วย TNBC ที่ศูนย์เต้านม มหาวิทยาลัยปักกิ่งพยาบาลจาก 2546 ธันวาคมถึง 2554 กันยายนนี้ ผู้ป่วยที่เลือกเกณฑ์สำหรับการศึกษานี้มีดังนี้: (i) ผู้ป่วยถูก pathologicallyวินิจฉัยมะเร็งเต้านมแพร่กระจายกับลบสามกนินโดยไม่คำนึงถึงประวัติครอบครัวของโรคมะเร็งเต้านมหรืออายุ (ii) ทั้งหมดผู้ป่วยเป็นมะเร็งเต้านมหลักที่ใช้งานได้ (ขั้นตอน i – III), ผู้ป่วยอาจได้รับยาเคมีบำบัด neoadjuvant แต่ไม่แนวหรือฉายแสงใช้ก่อนการดำเนินงาน (iii) ผู้ป่วยที่ถูกลบสำหรับเชื้อ BRCA1 germline พันธุ์ เหล่านี้ผู้ป่วย TNBC 205รับหลักสดเข็มตรวจชิ้นเนื้อมะเร็งเนื้อเยื่อก่อนที่จะรักษาจากผู้ป่วย 112 เนื้อเยื่อเนื้องอกสดถูกจัดหาไปผ่าตัดสำหรับผู้ป่วย 93 ที่เหลือ อายุผู้ป่วยที่วินิจฉัยตั้งแต่ 28ปี 87 มัธยฐานคือ 54 ปี เนื้องอกได้อย่างช้า ๆ ตามริชาร์ดสันบานกับแก้ไขระบบ เนื้องอกขั้นถูก classi-fication มะเร็งเลอเหมาะ Internationale สหภาพ ขนาดเนื้องอกเป็นเส้นผ่านศูนย์กลางเนื้องอกสูงสุดวัดได้บนซาวด์หรือเห็นเวลาวินิจฉัย มะเร็งเต้านมที่ภาวะเป็น de-ปรับกรณีดัชนีมี หนึ่งหลักเต้านม หรือรังไข่มะเร็งในญาติแรก หรือสอง มะเร็งเต้านมระดับทวิภาคีที่วินิจฉัยก่อนอายุ 50 การวิจัยและคณะกรรมการจริยธรรมของปักกิ่งโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยอนุมัตินี้ศึกษาและยินยอมได้รับจากทุกคน2.2. พยาธิข้อมูลตัวรับฮอร์โมน (ER), ตัวรับโปรเจสเตอโร (PR), และสถานะ HER2ถูกกำหนดโดยใช้เนื้อเยื่อมะเร็งเต้านมที่ได้รับจากหลักเข็มตรวจชิ้นเนื้อหรือเนื้องอกเนื้อเยื่อจัดหาต่อไปนี้การดำเนินการ ค่าลบER และ PR สถานะถูกกำหนดเป็นนิวเคลียร์ย้อม b1% immunohistochemistry(IHC) HER2 ลบสถานะถูกกำหนดเป็นคะแนน 0 / 1 +โดย IHC หรือเนื้องอก ด้วย 2 + ถูกขาด HER2 ยีน ampli-fication หลัง hybridization ในแหล่งกำเนิด (Vysis, Inc., Downers Grove, IL สหรัฐอเมริกา)2.3 การวิเคราะห์การกลายพันธุ์ร่างกาย BRCA1สองร้อยห้า TNBC มะเร็งเนื้อเยื่อที่ประกอบด้วยสองส่วน:เนื้อเยื่อแบบ 112 เนื้องอกชนิดฟูตรวจชิ้นเนื้อเข็มหลักและ 93 เนื้องอกเนื้อเยื่อจัดหาต่อไปผ่าตัด (1) เนื้องอก RNA ถูกแยกจากหลักเข็มตรวจชิ้นเนื้อตัวอย่างที่ใช้ Trizol เอเจนต์ (ชีวิตเทคโนโลยี อิงค์ Gaithersburg, MDประเทศสหรัฐอเมริกาตามคำแนะนำของผู้ผลิต จำนวน 500 ฉบับเนื้องอก RNA ถูกย้อนกลับทับศัพท์กับ cDNA ตามกระบวนการมาตรฐานBRCA1 cDNA ถูกขยาย ด้วยชุดที่ 13 ของไพรเมอร์ที่อธิบายไว้ในที่อื่นมีบางการปรับเปลี่ยน (Zhang et al. 2012b) (2) ดีเอ็นเอเนื้องอกได้แยกจากเนื้อเยื่อของเนื้องอกหลังผ่าตัดโดยใช้การจัดหาการฟีนอลคลอโรฟอร์มทดสอบ รหัสลำดับและ exon – ทั้งหมดได้ขยายขอบเขต intron ของ BRCA1 มี 30 คู่ไพรเมอร์(Zhang et al. 2012a) ชิ้นส่วนทั้งหมดถูกเรียงลำดับโดยใช้ BigDyeTermininator วงจรจัดลำดับชุดและ ABI 3730 อัตโนมัติซีเควนเซอร์ (ใช้ศาสตร์เชิงชีวภาพ เมืองฟอสเตอร์ CA สหรัฐอเมริกา) ไม่กลายพันธุ์แต่ละคอน-ยืนยันในรายการซ้ำเมื่อตรวจพบการกลายพันธุ์ เลือดสอดคล้องดีเอ็นเอได้เรียงลำดับเป้าหมายเพื่อตรวจสอบว่า การกลายพันธุ์ที่มีอยู่ในgermline ดีเอ็นเอ พันธุ์ที่มีอยู่ทั้ง ในเนื้องอกและเลือดถูกจัดประเภทเป็น germline กลายพันธุ์ พันธุ์ที่มีอยู่เท่านั้นในการเนื้องอกแต่เลือดไม่ถูกจัดประเภทเป็นกลายพันธุ์ร่างกาย2.4 การคาดเดาของพันธุ์ missense BRCA1SIFT (http://sift.jcvi.org/), PolyPhen (http://genetics.bwh.harvardedu/โรง พยาบาล /), และใช้ PMut (http://mmb2.pcb.ub.es:8080 PMut /)สำหรับการทำงานประมาณพันธุ์ missense BRCA1 เหล่านั้นด้วยความสำคัญที่ไม่รู้จัก2.5 การรักษาในผู้ป่วย 112 มีหลักเข็มตรวจชิ้นเนื้อมะเร็งเนื้อเยื่อ 97ผู้ป่วยได้รับยาเคมีบำบัด neoadjuvant หกสิบเจ็ดผู้ป่วยที่ได้รับการปกครอง anthracycline/taxane ยี่สิบหกผู้ป่วยที่ได้รับปกครอง taxane/carboplatin ผู้ป่วย 4 เหลือได้รับกิจกรรมอื่น ๆ รายละเอียดของกิจกรรมเหล่านี้ไว้ก่อนหน้านี้(วัง et al, 2015)ตอบรับสมบูรณ์พยาธิ (pCR) ได้รับการพิจารณาให้ถ้ามีหลักฐานของเซลล์มะเร็งลุกลามในเต้านมและดใบไม่ต่อมน้ำเหลืองหลังเคมีบำบัด neoadjuvant(Guarneri et al. 2006; von Minckwitz et al. 2012)2.6. สถิติวิเคราะห์ลักษณะผู้ป่วยและการตอบสนองต่อเคมีบำบัด neoadjuvantถูกเมื่อเปรียบเทียบระหว่าง BRCA1 ร้ายผู้ร่างกายและ noncarriersใช้การทดสอบ χ2 หรือทดสอบที่แน่นอนของฟิชเชอร์ ขค่า P 0.05 ได้พิจารณาทางสถิติอย่างมีนัยสำคัญ ทดสอบทั้งหมดมีสองด้าน ทางสถิติดำเนินการวิเคราะห์ว่าใช้ SPSS รุ่น 16.0 (SPSS, Inc)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2. วัสดุและวิธีการ
2.1 ผู้ป่วยที่ศึกษา
BRCA 1 การกลายพันธุ์ที่ร่างกายได้รับการพิจารณาในตัวอย่างเนื้องอกเต้านม
จากผู้ป่วยที่ไม่ได้เลือก TNBC 205 ที่ศูนย์เต้านม, มหาวิทยาลัยปักกิ่ง
โรงพยาบาลตั้งแต่เดือนธันวาคม 2003 เดือนกันยายน 2011 ผู้ป่วยเลือก
เกณฑ์สำหรับการศึกษาครั้งนี้มีดังนี้: (i) ผู้ป่วยที่ได้รับการ pathologically
การวินิจฉัยว่ามีการบุกรุก โรคมะเร็งเต้านมกับสามลบ
ฟีโนไทป์โดยไม่คำนึงถึงประวัติครอบครัวเป็นมะเร็งเต้านมหรืออายุ (ii) ทั้งหมด
ผู้ป่วยที่เป็นโรคมะเร็งเต้านม operable หลัก (เวที I-III) ผู้ป่วย
อาจได้รับยาเคมีบำบัด neoadjuvant แต่ไม่มีการกำหนดเป้าหมายการรักษาด้วยรังสีรักษาหรือ
ถูกนำไปใช้ก่อนที่จะดำเนินงาน (iii) ผู้ป่วยที่เป็นลบ
สำหรับการกลายพันธุ์ที่ทำให้เกิดโรค germline BRCA 1 ของเหล่านี้ผู้ป่วย TNBC 205
หลักสดเนื้อเยื่อตรวจชิ้นเนื้อเข็มเนื้องอกก่อนที่จะมีการรักษาที่ได้รับ
จากผู้ป่วย 112 เนื้อเยื่อเนื้องอกสดถูกจัดหาการผ่าตัดต่อไปนี้
สำหรับส่วนที่เหลือผู้ป่วย 93 ทุกเพศทุกวัยของผู้ป่วยในการวินิจฉัยโรคตั้งแต่ 28 จาก
ที่จะปี 87; แบ่งเป็น 54 ปี เนื้องอกถูกจัดลำดับตาม
การแก้ไขระบบบลูม-ริชาร์ด เวทีเนื้องอก classi-
การตรวจของสหภาพคอมมิวนิสต์ Contre เลอมะเร็ง ขนาดของเนื้องอกได้รับการ
กำหนดให้เป็นเนื้องอกขนาดเส้นผ่าศูนย์กลางสูงสุดที่วัดอัลตราซาวนด์
หรือเต้านมในช่วงเวลาของการวินิจฉัย โรคมะเร็งเต้านมในครอบครัวจะ de-
ปรับเป็นกรณีที่ดัชนีมีหนึ่งหรือมากกว่าเต้านมประถมศึกษาและ / หรือรังไข่
มะเร็งในญาติครั้งแรกหรือครั้งที่สอง; หรือมะเร็งเต้านมทวิภาคีการวินิจฉัย
ก่อนอายุ 50. การวิจัยและคณะกรรมการจริยธรรมของปักกิ่ง
มหาวิทยาลัยโรงพยาบาลได้รับการอนุมัติการศึกษาครั้งนี้และยินยอม
ที่ได้รับจากผู้เข้าร่วมทั้งหมด.
2.2 ข้อมูลทางพยาธิวิทยา
รับฮอร์โมน (ER) กระเทือน (PR) และสถานะ HER2
ได้รับการพิจารณาโดยใช้เนื้อเยื่อมะเร็งเต้านมที่ได้รับจากแกน
เข็มตรวจชิ้นเนื้อหรือเนื้องอกเนื้อเยื่อจัดหาการดำเนินการดังต่อไปนี้ เชิงลบ
ER และสถานะการประชาสัมพันธ์หมายถึงการย้อมสีนิวเคลียร์% B1 ใน immunohistochemistry
(IHC) สถานะ HER2 ลบถูกกำหนดเป็นคะแนนของ 0/1 +
โดย IHC หรือเนื้องอกด้วยคะแนน 2 + ที่จะขาด HER2 ยีนตะแกรง
การตรวจหลังจากที่ในแหล่งกำเนิดพันธุ์ (Vysis, Inc ดาวเนอร์สโกรฟ, อิลลินอยส์, สหรัฐอเมริกา).
2.3 การวิเคราะห์การกลายพันธุ์ BRCA 1 ร่างกาย
สองร้อยห้า TNBC เนื้อเยื่อเนื้องอกประกอบด้วยสองส่วน
112 แกนเข็มตรวจชิ้นเนื้อเนื้อเยื่อมะเร็งและเนื้องอก 93 เนื้อเยื่อจัดหาต่อไปนี้
การผ่าตัด (1) เนื้องอก RNA ถูกสกัดจากการตรวจชิ้นเนื้อหลักเข็ม
ตัวอย่างโดยใช้ Trizol น้ำยา (ไลฟ์เทคโนโลยีส์อิงค์ Gaithersburg, MD,
USA) ตามคำแนะนำของผู้ผลิต รวม 500 NG
อาร์เอ็นเอของเนื้องอกได้รับการถ่ายทอดกลับไป cDNA โดยขั้นตอนมาตรฐาน.
BRCA 1 cDNA ถูกขยายกับ 13 ชุดไพรเมอร์อธิบายอื่น ๆ
มีการปรับเปลี่ยนบางคน (Zhang et al., 2012b) (2) ดีเอ็นเอเนื้องอก
ที่แยกได้จากเนื้อเยื่อเนื้องอกจัดหาการผ่าตัดต่อไปนี้โดยใช้
การทดสอบฟีนอลคลอโรฟอร์ม ทั้งลำดับการเข้ารหัสและ exon-
ขอบเขตของ intron BRCA 1 ถูกขยายกับ 30 คู่ของไพรเมอร์
(Zhang et al., 2012a) ชิ้นส่วนทั้งหมดมีลำดับขั้นตอนการใช้ BigDye
Termininator ชุดวงจรลำดับและ ABI 3730 ซีเควนอัตโนมัติ (Applied Biosystems, ฟอสเตอร์ซิตี, แคลิฟอร์เนีย, สหรัฐอเมริกา) แต่ละคนกลายพันธุ์ได้รับการทำา
ยืนยันในที่ซ้ำกัน.
เมื่อมีการกลายพันธุ์ได้รับการตรวจพบดีเอ็นเอของเลือดที่สอดคล้องกันเป็น
เป้าหมายลำดับเพื่อตรวจสอบว่าการกลายพันธุ์อยู่ใน
ดีเอ็นเอ germline การกลายพันธุ์ที่มีอยู่ทั้งในและเนื้องอกเลือด
ถูกจัดให้เป็นกลายพันธุ์ germline การกลายพันธุ์ที่มีอยู่เฉพาะใน
เนื้องอก แต่ไม่ได้อยู่ในเลือดถูกจัดให้เป็นกลายพันธุ์ร่างกาย.
2.4 การทำนายของการกลายพันธุ์ missense BRCA 1
SIFT (http://sift.jcvi.org/) PolyPhen (http: //genetics.bwh.harvard.
edu / PPH /) และ PMut (http: //mmb2.pcb.ub ES: 8080 / PMut /) ถูกนำมาใช้
ในการทำนายการทำงานของผู้ที่กลายพันธุ์ BRCA 1 missense ด้วย
. อย่างมีนัยสำคัญที่ไม่รู้จัก
2.5 การรักษา
ในหมู่ผู้ป่วย 112 กับเนื้อเยื่อของเนื้องอกหลักเข็ม biopsy 97
ผู้ป่วยที่ได้รับยาเคมีบำบัด neoadjuvant ผู้ป่วยที่หกสิบเจ็ดได้รับ
anthracycline / taxane ระบบการปกครอง ผู้ป่วยที่ยี่สิบหกได้รับ
taxane / carboplatin ระบบการปกครอง ส่วนที่เหลืออีกสี่ผู้ป่วยที่ได้รับ
ยาอื่น ๆ รายละเอียดของยาเหล่านี้ได้รับการอธิบายก่อนหน้านี้
(Wang et al., 2015).
การตอบสนองที่สมบูรณ์พยาธิวิทยา (PCR) ได้รับการพิจารณาจะประสบความสำเร็จ
ถ้าไม่มีหลักฐานของเซลล์มะเร็งที่แพร่กระจายในเต้านมและรักแร้ไม่มี
ต่อมน้ำเหลืองหลังจากเสร็จสิ้นการรักษาด้วยเคมีบำบัด neoadjuvant
(Guarneri et al, 2006;.. ฟอน Minckwitz et al, 2012).
2.6 การวิเคราะห์ทางสถิติ
ลักษณะของผู้ป่วยและการตอบสนองต่อยาเคมีบำบัด neoadjuvant
ถูกนำมาเปรียบเทียบระหว่างผู้ให้บริการ BRCA 1 ร่างกายเป็นอันตรายและ noncarriers
ใช้การทดสอบχ2หรือการทดสอบที่แน่นอนฟิชเชอร์ P-B มูลค่า 0.05
ถือว่ามีนัยสำคัญทางสถิติ การทดสอบทั้งหมดมีสองด้าน สถิติ
การวิเคราะห์ถูกดำเนินการโดยใช้โปรแกรม SPSS เวอร์ชัน 16.0 (SPSS, Inc)