LAMP-based detection of fire blight

LAMP-based detection of fire blight We used the E. amylovora specific primers from Shin et al. 2018 to perform the LAMP reactions. The LAMP reaction was optimized for the BioRanger device by using bacterial ooze and young twigs. Direct use of bacterial suspension for LAMP required a pre-lysis at 95 °C for 5 min in the BioRanger device. The amplification pattems of LAMP reactions were highly dependent on the bacterial concentration in the solution (Fig. 3). For instance, LAMP assays showed amplification around x 10' cfu/ml from the bacterial suspension templates (Fig. 3), but the relative fluorescence curves were irregular below x 10³ cfu/ml concentration. The efficiency of the LAMP assay was further improved by using the bacterial DNA as a template, since we were able to detect the minimum 10 cfu/ml serial dilution of DNA from E2002A strain. However, the latter approach will require isolation or re growing of isolated bacteria from the infected samples and DNA extraction from them. Use of ooze and bark rubs from E. amylovora-infected plants also showed E. amylovora detection, as indicated by the fluorescence curves from BioRanger (Fig. 4). We further noted that if samples from bacterial ooze were discolored, or direct use of asymptomatic stem and leaves, did not cause a reaction. In contrast, rubbing the infected bark to obtain bacterial suspensions provided successful amplification of E. amylovora DNA and fire blight diag nosis (Fig. 4).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การตรวจจับโรคใบไหม้โดยใช้ LAMP เราใช้ไพรเมอร์เฉพาะของ E. amylovora จาก Shin และคณะ พ.ศ. 2561 เพื่อทำปฏิกิริยา LAMP ปฏิกิริยาของ LAMP ได้รับการปรับให้เหมาะสมกับอุปกรณ์ BioRanger โดยใช้คราบแบคทีเรียและกิ่งอ่อน การใช้สารแขวนลอยแบคทีเรียโดยตรงสำหรับ LAMP จำเป็นต้องมีการแยกสลายล่วงหน้าที่ 95 °C เป็นเวลา 5 นาทีในอุปกรณ์ BioRanger รูปแบบการขยายของปฏิกิริยา LAMP ขึ้นอยู่กับความเข้มข้นของแบคทีเรียในสารละลายเป็นอย่างมาก (รูปที่ 3) ตัวอย่างเช่น การตรวจวิเคราะห์ LAMP แสดงการขยายประมาณ x 10' cfu/มล. จากเทมเพลตสารแขวนลอยของแบคทีเรีย (รูปที่ 3) แต่กราฟเรืองแสงสัมพัทธ์ผิดปกติต่ำกว่าความเข้มข้น x 10³ cfu/มล. ประสิทธิภาพของการทดสอบ LAMP ได้รับการปรับปรุงเพิ่มเติมโดยใช้ DNA ของแบคทีเรียเป็นเทมเพลต เนื่องจากเราสามารถตรวจจับการเจือจางต่อเนื่องของ DNA จากสายพันธุ์ E2002A ขั้นต่ำ 10 cfu/ml อย่างไรก็ตาม วิธีการหลังจะต้องมีการแยกหรือเติบโตใหม่ของแบคทีเรียที่แยกได้จากตัวอย่างที่ติดเชื้อ และการแยก DNA จากพวกมัน การใช้โคลนและเปลือกถูจากพืชที่ติดเชื้อ E. amylovora ยังแสดงให้เห็นการตรวจพบ E. amylovora ตามที่ระบุโดยเส้นโค้งเรืองแสงจาก BioRanger (รูปที่ 4) เรายังตั้งข้อสังเกตอีกว่าหากตัวอย่างจากคราบแบคทีเรียเปลี่ยนสี หรือใช้ลำต้นและใบที่ไม่มีอาการโดยตรง ไม่ก่อให้เกิดปฏิกิริยา ในทางตรงกันข้าม การถูเปลือกที่ติดเชื้อเพื่อให้ได้สารแขวนลอยจากแบคทีเรียทำให้สามารถขยาย DNA ของ E. amylovora และโรคใบไหม้ไหม้ได้สำเร็จ (รูปที่ 4)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การทดสอบ Firebreak ตาม LAMP เราใช้ E.amylovora ดึงเฉพาะจาก Shin et al. 2018 ดำเนินการปฏิกิริยา LAMP การตอบสนองของ LAMP ได้รับการปรับให้เหมาะสมกับอุปกรณ์ BioRanger โดยใช้โคลนแบคทีเรียและกิ่งอ่อน การใช้สารแขวนลอยแบคทีเรียโดยตรงของ LAMP จำเป็นต้องสลายตัวที่อุณหภูมิ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 5 นาทีในอุปกรณ์ BioRanger รูปแบบการขยายตัวของปฏิกิริยา LAMP ขึ้นอยู่กับความเข้มข้นของแบคทีเรียในสารละลาย (รูปที่ 3) ตัวอย่างเช่นการวิเคราะห์ของ LAMP แสดงให้เห็นว่าอัตราการขยายตัวของแผ่นแม่พิมพ์ระงับแบคทีเรียอยู่ที่ประมาณ x10 'cfu / ml (รูปที่ 3) แต่ต่ำกว่าความเข้มข้นของ x 10³cfu / ml เส้นโค้งเรืองแสงสัมพัทธ์ไม่สม่ำเสมอ ประสิทธิภาพของ LAMP ได้รับการปรับปรุงเพิ่มเติมโดยใช้ดีเอ็นเอของแบคทีเรียเป็นแม่แบบเนื่องจากเราสามารถตรวจหาการเจือจางอย่างต่อเนื่องของ 10cfu / ml ของดีเอ็นเอจากสายพันธุ์ E2002A อย่างไรก็ตาม วิธีหลังนี้จําเป็นต้องแยกหรือเติบโตใหม่ของแบคทีเรียที่แยกได้จากตัวอย่างที่ติดเชื้อและสกัดดีเอ็นเอจากมัน การใช้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การตรวจหาโรคไฟไหม้ตามLAMPเราใช้ไพรเมอร์ที่เฉพาะเจาะจงของเชื้อราไฟจากShin et al.2018เพื่อทําปฏิกิริยาLAMP ปฏิกิริยาLAMPได้รับการปรับให้เหมาะสมกับอุปกรณ์ไบโอเรนเจอร์โดยใช้กากอ่อนและกิ่งก้านอ่อน การระงับแบคทีเรียโดยตรงกับLAMPต้องใช้เวลา5นาทีในอุปกรณ์ไบโอเรนเจอร์ที่อุณหภูมิ95องศาเซลเซียส รูปแบบการขยายตัวของปฏิกิริยาLAMPขึ้นอยู่กับความเข้มข้นของแบคทีเรียในสารละลาย(รูปที่3 ) ตัวอย่างเช่นการวิเคราะห์LAMPแสดงให้เห็นว่าการขยายตัวจากเทมเพลตการระงับแบคทีเรียมีค่าประมาณx 10 cfu/ml (รูปที่3 )แต่เส้นโค้งการเรืองแสงสัมพัทธ์ต่ํากว่าความเข้มข้นx 10 cfu/mlไม่สม่ําเสมอ ประสิทธิภาพของการวิเคราะห์LAMPได้รับการปรับปรุงเพิ่มเติมโดยใช้ดีเอ็นเอของแบคทีเรียเป็นเทมเพลตเนื่องจากเราสามารถตรวจจับดีเอ็นเอที่มีการเจือจางอย่างน้อย10 cfu/mlจากสายพันธุ์e 2002 a อย่างไรก็ตามวิธีหลังจําเป็นต้องแยกหรือฟื้นฟูแบคทีเรียที่แยกได้จากตัวอย่างที่ติดเชื้อและดึงดีเอ็นเอออก ตามที่แสดงในเส้นโค้งการเรืองแสงของไบโอเรนเจอร์(รูปที่4 )การใช้โคลนอ่อนและสารเสียดสีจากพืชที่ติดเชื้อBacillus amyloidยังแสดงให้เห็นถึงการตรวจหาBacillus amyloid นอกจากนี้เรายังตั้งข้อสังเกตอีกว่าการเกิดปฏิกิริยาจะไม่เกิดขึ้นหากตัวอย่างจากสารสกัดจากแบคทีเรียเปลี่ยนสีหรือใช้ลําต้นและใบที่ไม่มีอาการโดยตรง ในทางตรงกันข้ามการเสียดสีเปลือกที่ติดเชื้อเพื่อให้ได้สารแขวนลอยแบคทีเรียประสบความสําเร็จในการขยายDNAของเชื้อแบคทีเรียและการวินิจฉัยโรคไฟ(รูปที่4 )