Phylogenetic analysis. The rDNA ITS

Phylogenetic analysis. The rDNA ITS gene sequences
were compared by BLAST search with the sequences
available in the GenBank database. Sequences generated
from materials in this study and retrieved from GenBank
were initially aligned using the program CLUSTAL X
(Thompson et al., 1997), and then the alignment was
refined manually using the PHYDIT program version 3.2
(Chun, 1995; available at http://plaza.snu.ac.kr/jchun/phydit).
A neighbor-joining tree was constructed with Kimura’s 2-
parameter distance model (Kimura, 1980) using the PHYLIP
3.57c package (Felsenstein, 1985). The bootstrap analysis
using 1000 replications were performed to assess the
relative stability of the branches

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิเคราะห์ phylogenetic ลำดับยีนของ rDNAค้นหาระเบิดได้เทียบกับลำดับที่พร้อมใช้งานในฐานข้อมูลของ GenBank ลำดับที่สร้างขึ้นศึกษาจากในนี้ และเรียกจาก GenBankได้เริ่มจัดโดยใช้โปรแกรม CLUSTAL X(ทอมป์สันและ al., 1997) และจากนั้น การจัดตำแหน่งบริสุทธิ์ด้วยตนเองโดยใช้โปรแกรม PHYDIT เวอร์ชัน 3.2(ชุน 1995; http://plaza.snu.ac.kr/jchun/phydit ว่าง)ต้นไม้เพื่อนบ้านเข้าร่วมถูกสร้างขึ้น ด้วย 2 ของคิมุระโย-พารามิเตอร์จากแบบจำลอง (คิมุระโย 1980) โดยใช้การ PHYLIPแพคเกจ 3.57c (Felsenstein, 1985) การวิเคราะห์เริ่มต้นระบบใช้ 1000 ระยะดำเนินการประเมินการความมั่นคงสัมพันธ์สาขา

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์วิวัฒนาการ rDNA
ลำดับยีนของมันถูกนำมาเปรียบเทียบโดยการค้นหาระเบิดที่มีลำดับที่มีอยู่ในฐานข้อมูลของ
GenBank ลำดับที่สร้างจากวัสดุในการศึกษาครั้งนี้และเรียกข้อมูลจาก GenBank ถูกจัดชิดครั้งแรกโดยใช้โปรแกรม Clustal X และจากนั้นการจัดตำแหน่งได้ (ธ อมป์สัน, et al, 1997). การกลั่นด้วยตนเองโดยใช้โปรแกรม PHYDIT รุ่น 3.2 (จุน 1995; สามารถดูได้ที่ http: //plaza.snu.ac.kr/jchun/phydit). เพื่อนบ้านเข้าสู่ต้นไม้ที่ถูกสร้างด้วยคิมูระของ 2- พารามิเตอร์รูปแบบระยะทาง (คิมูระ, 1980) โดยใช้ PHYLIP แพคเกจ 3.57c (Felsenstein, 1985) การวิเคราะห์บูตใช้ซ้ำ 1000 ได้ดำเนินการในการประเมินความมั่นคงของสาขา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

วิเคราะห์ phylogenetic . การเปรียบเทียบลำดับของยีนด้วย

โดยระเบิดค้นหากับดับที่มีอยู่ในขนาดของฐานข้อมูล ลำดับการสร้าง
จากวัสดุในการศึกษานี้ได้มาจาก 5%
ในขั้นแรกชิดใช้โปรแกรม clustal x
( Thompson et al . , 1997 ) แล้วจัดเป็น
การกลั่นด้วยตนเองโดยใช้โปรแกรม phydit รุ่น 3.2
( ชุน , 1995 ;ใช้ได้ที่ http : / / พลาซ่า snu . ac.kr / jchun / phydit ) .
เพื่อนบ้านร่วมต้นไม้ถูกสร้างขึ้นด้วยคิมูระ 2 -
พารามิเตอร์โมเดล ( คิมูระ , 1980 ) ระยะทางที่ใช้ phylip
3.57c แพคเกจ ( felsenstein , 1985 ) บูตสแตรปโดยใช้การวิเคราะห์
1000 ซ้ำได้ประเมิน
ญาติเสถียรภาพของสาขา