PCR was carried out in 20 µl volumes each containing 200 ng of DNA, 0.2 mM each of dNTP, 0.5 µM of each oligonucleotide primer and 1 U Taq polymerase. Reactions were carried out in a thermal cycler (Life Technologies, California, USA) using the following program: an initial denaturation at 94 °C for 2 min; 30 cycles of 94 °C for 1 min, 54 °C for 1 min (B. subtilis) and 45 °C for 1 min (P. fluorescens), 72 °C for 1 min, final extension at 72 °C for 7 min. Amplified DNA were electrophoresed in a 1% agarose gel, stained with ethidium bromide and visualized under UV trans-illuminator. For amplification of B. subtilis species specific DNA fragment from ytcP gene, the following primers were used: Forward 5′ GCTTACGGGTTATCCCGC3′ and reverse 5′ CCGACCCCATTTCAGACATATC3′ (Kwon et al., 2009). The primers used for amplification of P. fluorescens species specific DNA fragment from 16S–23S ITS region were: Forward 5′: AAGTCGTAACAAGGTAG3′ and reverse 5′ GACCATATATAACCCCAAG3′ (Rameshkumar et al., 2002).
PCR ได้ดำเนินการใน 20 ไมโครลิตรปริมาณแต่ละที่มี 200 นาโนกรัมของดีเอ็นเอ 0.2 มิลลิแต่ละ dNTP, 0.5 ไมครอนของไพรเมอร์ oligonucleotide แต่ละคนและ 1 U โพลิเมอร์ Taq ปฏิกิริยาได้ดำเนินการใน Cycler ร้อน (ไลฟ์เทคโนโลยีแคลิฟอร์เนียสหรัฐอเมริกา) โดยใช้โปรแกรมต่อไปนี้: denaturation เริ่มต้นที่ 94 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 2 นาที; 30 รอบของ 94 ° C เป็นเวลา 1 นาที 54 ° C เป็นเวลา 1 นาที (B. subtilis) และ 45 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาที (พี fluorescens) 72 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 1 นาทีส่วนขยายสุดท้ายที่ 72 ° C เป็นเวลา 7 นาที . ดีเอ็นเอถูกขยาย electrophoresed ใน 1% agarose เจล, ย้อมด้วย ethidium bromide และมองเห็นภายใต้แสงยูวีทรานส์ไฟ สำหรับการขยายของสายพันธุ์บี subtilis ชิ้นดีเอ็นเอที่เฉพาะเจาะจงจากยีน ytcP, ไพรเมอร์ต่อไปนี้ถูกใช้ไปข้างหน้า 5 'GCTTACGGGTTATCCCGC3' และย้อนกลับ 5 'CCGACCCCATTTCAGACATATC3 (. ควอน et al, 2009) ไพรเมอร์ที่ใช้สำหรับการขยายของพี fluorescens สายพันธุ์ชิ้นดีเอ็นเอที่เฉพาะเจาะจงจาก 16S-23S ภูมิภาค ITS คือไปข้างหน้า 5 ': AAGTCGTAACAAGGTAG3' และย้อนกลับ 5 'GACCATATATAACCCCAAG3 (. Rameshkumar, et al, 2002)
การแปล กรุณารอสักครู่..
