ทันทีที่พลเอกประยุทธ์ หัวหน้า คสช. ได้ประกาศใช้มาตรา 44 องค์กรด้านสิทธิมนุษยชน 8 องค์กร ก็ออกมาคัดค้านการบังคับใช้มาตรา 44 และเรียกร้องให้ทบทวนการบังคับใช้มาตราดังกล่าวเนื่องจากขัดต่อหลักการแบ่งแยกอำนาจ หลักนิติรัฐ และขัดต่อพันธกรณีว่าด้วยสิทธิมนุษยชน รวมถึงขาดการตรวจสอบถ่วงดุลการใช้อำนาจรัฐ อาจก่อให้เกิดการใช้อำนาจโดยอำเภอใจ ส่งผลให้ประชาชนขาดหลักประกันต่อสิทธิเสรีภาพอย่างร้ายแรงยิ่งไปกว่าการใช้กฎอัยการศึก และไม่อาจบรรลุเจตนารมณ์ตามที่ประชาคมโลกเรียกร้องให้ยกเลิกกฎอัยการศึกได้ หากไม่นับปัญหาเรื่องความมั่นคงและการเมือง ปัญหาที่หนักหน่วงกว่าในเวลานี้ ซึ่งรอให้หัวหน้า คสช. ลงมือจัดการอย่างเร่งด่วน ก็คือ ปัญหาเศรษฐกิจ ซึ่งหนึ่งในปัจจัยที่ทำให้เป็นเช่นนี้ปฏิเสธไม่ได้ว่าเป็นผลกระทบต่อเนื่องจากการทำรัฐประหาร ด้วยเหตุนี้ ผลงานแรกสุดในการใช้อำนาจตาม มาตรา 44 ของพลเอกประยุทธ์เพื่อแก้ปัญหาเศรษฐกิจและสังคมอันเป็นผลมาจากการรัฐประหาร ก็คือ การนำมาตรา 44 มาใช้แก้ปัญหาที่องค์การการบินพลเรือนระหว่างประเทศ ระบุว่าไทยมีปัญหาด้านมาตรฐานการบินเพื่อให้การแก้ไขปัญหาทำได้เร็วขึ้น เป็นการแก้ไขปัญหาเฉพาะหน้าแบบเร่งด่วนฉุกเฉินเพื่อต่อรองกับประเทศต่างๆ ที่ส่งสัญญาณงดรับเที่ยวบินจากไทย การแก้ไขปัญหาโควตาสลากกินแบ่งรัฐบาล ปัญหาการทำประมงที่ผิดกฎหมาย และปัญหายาเสพติด เป็นต้น อย่างไรก็ตาม พลเอกประยุทธ์ ก็เสี่ยงเลือกที่จะใช้อำนาจตามมาตรา 44 ที่ถูกมองว่าเป็นเผด็จการจำแลงเพื่อใช้ทำลายเครือข่ายของขั้วอำนาจเดิมที่พวกเขาเรียกว่า “ระบอบทักษิณ” เริ่มจากการออกคําสั่งเรียกให้บุคคลที่วิพากษ์วิจารณ์การทำงานของ คสช.ทั้งนักการเมืองและสื่อมวลชนเข้าพบในค่ายทหารโดย คสช.เรียกการดำเนินการนี้อย่างโก้หรูว่า “การเรียกมาพบเพื่อปรับทัศนคติ” ซึ่งสื่อต่างประเทศถือว่า เป็นการคุกคามต่อสิทธิเสรีภาพต่อการแสดงออกอย่างรุนแรง การโยกย้ายข้าราชการเป็นจำนวนมากที่พวกเขาคิดว่าเป็นเครือข่ายของระบอบทักษิณ และการดำเนินการถอดยศ “พันตำรวจโท” ของทักษิณที่ยืดเยื้อมานาน โดยอ้างว่ามีความผิดตามคําพิพากษาศาลถึงที่สุดและมีข้อหาความผิดอาญาอื่นๆ อีกหลายฐาน ซึ่งเป็นการเสื่อมเสียต่อทางราชการ และการใช้คำสั่งทางการปกครองเพื่อฟ้องร้องนางสาวยิ่งลักษณ์ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรีและน้องสาวของทักษิณ ให้ชดใช้ทางแพ่งในคดีทุจริตในโครงการรับจำนำข้าว เป็นต้น การดำเนินการดังกล่าวของ คสช.ได้ถูกวิพากษ์วิจารณ์อย่างรุนแรงว่า เป็นสิ่งที่ไม่ควรกระทำ เนื่องจากเห็นว่า เป็นการกระทำที่ไร้ความยุติธรรมที่พยายามทำลายล้างเครือข่ายของรัฐบาลที่ คสช.ได้ใช้กำลังเข้ายึดอำนาจมา และมองว่า การยึดอำนาจเที่ยวนี้เป็นการทำลายฝ่ายประชาธิปไตยทั้งคนและระบบ ไม่ใช่การปรองดอง แต่เป็นการไล่ล่าฝ่ายตรงกันข้ามในทุกวิถีทางและทุกรูปแบบ