The promoter regions from the refer

The promoter regions from the reference set were analyzed using the same procedures as were applied above (Figure 2d-f). In spite of the likelihood that the new reference collection will have greater noise than the small set collected by detailed literature analysis, the performance results are comparable between sets. The sensitivity is slightly lower for the large collection (Figure 2e,f), which in addition to the potential difference in annotation standards could be attributable to the TFs associated with the sites. The average information content of the models for TFs linked to sites in the reference collection is lower than that for the factors associated with the small test set (median information content: 9.7, as compared to 15.3 bits in the first test set). Selectivity performance is virtually identical to the test (Figure 2d,f).
Web implementation
The algorithm described for the identification of regulatory regions by comparative sequence analysis has been implemented as an intuitive and easy to use web service named ConSite [23]. The implementation allows for three analysis modes: first, alignment and conserved-site analysis of two orthologous genomic sequences applying one or more TF profiles; second, conserved site analysis on a submitted alignment, which allows users to generate alignments from their preferred tools and allows for the analysis of longer genomic sequences; and third, a single-sequence analysis tool. The single-sequence service is functionally comparable to the TESS system [24], but utilizes the

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ภูมิภาคโปรโมเตอร์จากชุดอ้างอิงถูกวิเคราะห์โดยใช้กระบวนการเดียวกันถูกนำไปใช้ด้านบน (รูปที่ 2d-f) แม้ว่าโอกาสที่คอลเลกชันอ้างอิงใหม่จะมีเสียงรบกวนมากขึ้นกว่าชุดเล็กที่รวบรวม โดยการวิเคราะห์วรรณกรรมโดยละเอียด ผลลัพธ์ประสิทธิภาพจะเทียบระหว่างชุด ระดับความสำคัญต่ำกว่าชุดใหญ่ (รูปที่ 2e, f), ความต่างศักย์ในมาตรฐานคำอธิบายซึ่งอาจรวม TFs ที่เชื่อมโยงกับไซต์ ได้ เนื้อหาข้อมูลเฉลี่ยของรูปแบบสำหรับ TFs ที่เชื่อมโยงกับไซต์คอลเลกชันอ้างอิงคือต่ำกว่าว่า สำหรับปัจจัยที่เกี่ยวข้องกับการทดสอบขนาดเล็กตั้ง (มัธยฐานข้อมูลเนื้อหา: 9.7 เมื่อเทียบกับบิต 15.3 ในชุดทดสอบแรก) ประสิทธิภาพใวเป็นจริงเหมือนกับการทดสอบ (รูป 2d, f)ใช้งานเว็บมีการใช้อัลกอริทึมที่อธิบายไว้สำหรับการระบุขอบเขตการกำกับดูแล โดยการวิเคราะห์เปรียบเทียบเป็นบริการใช้งานง่าย และสะดวกในการใช้เว็บชื่อ ConSite [23] ใช้งานช่วยให้การวิเคราะห์สามโหมด: ครั้งแรก ตำแหน่ง และไซต์อาศัยวิเคราะห์ลำดับ genomic orthologous สองใช้หนึ่ง หรือหลายรหัสโพรไฟล์ วิเคราะห์การจัดส่ง ซึ่งผู้ใช้สามารถสร้างจัดแนวจากเครื่องมือของพวกเขาต้องการ และช่วยให้การวิเคราะห์อีก genomic ลำดับ นำ สองไซต์ และ อื่น ๆ เครื่องมือวิเคราะห์ลำดับเดียว บริการเดียวลำดับฟังก์ชันเทียบได้กับระบบเทสส์ [24], แต่ใช้การ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ภูมิภาคโปรโมเตอร์จากชุดการอ้างอิงที่ได้มาวิเคราะห์โดยใช้วิธีการเดียวกับที่ถูกนำไปใช้ด้านบน (รูปที่ 2d-F) ทั้งๆที่มีความเป็นไปได้ที่คอลเลกชันอ้างอิงใหม่จะมีสัญญาณรบกวนมากกว่าชุดเล็ก ๆ ที่เก็บรวบรวมโดยการวิเคราะห์วรรณกรรมรายละเอียดผลการดำเนินงานที่มีการเทียบเคียงระหว่างชุด ไวเล็กน้อยที่ต่ำกว่าสำหรับคอลเลกชันขนาดใหญ่ (รูปที่ 2e, f) ซึ่งนอกเหนือไปจากความแตกต่างที่อาจเกิดขึ้นในมาตรฐานบันทึกย่ออาจจะเป็นส่วนที่เป็น TFS เกี่ยวข้องกับเว็บไซต์ เนื้อหาข้อมูลเฉลี่ยของแบบจำลองสำหรับ TFS เชื่อมโยงไปยังเว็บไซต์ในการเก็บรวบรวมการอ้างอิงต่ำกว่าปัจจัยที่เกี่ยวข้องกับการทดสอบชุดเล็ก (ปริมาณข้อมูลเฉลี่ย: 9.7 เมื่อเทียบกับ 15.3 บิตในการทดสอบครั้งแรกชุด) ประสิทธิภาพการคัดสรรเป็นจริงเหมือนกับการทดสอบ (รูปที่ 2d, ฉ).
การดำเนินงานเว็บ
ขั้นตอนวิธีการอธิบายเพื่อระบุตัวตนของภูมิภาคกฎระเบียบโดยการวิเคราะห์ลำดับเปรียบเทียบได้รับการดำเนินการตามที่ใช้งานง่ายและง่ายต่อการใช้บริการเว็บชื่อ ConSite [23] การดำเนินงานที่ช่วยให้การวิเคราะห์สามโหมดแรกการจัดตำแหน่งและการวิเคราะห์การอนุรักษ์สถานที่ของสองลำดับจีโนม orthologous ใช้อย่างใดอย่างหนึ่งหรือมากกว่าโปรไฟล์ TF; สองการวิเคราะห์การอนุรักษ์เว็บไซต์ในการจัดตำแหน่งส่งซึ่งจะช่วยให้ผู้ใช้สามารถสร้างจัดแนวจากเครื่องมือที่ต้องการของพวกเขาและช่วยให้การวิเคราะห์ลำดับจีโนมอีกต่อไป; และสามเครื่องมือในการวิเคราะห์ลำดับเดียว บริการลำดับเดียวเป็นหน้าที่เปรียบได้กับระบบ TESS [24] แต่ใช้