Microarray experiments and analysis

Microarray experiments and analysis
The WT, mutant analyses and cell-specific experiments were performed in triplicate, and RNA was extracted from 250 treated
seedling roots pooled for each sample. Roots were removed with
a scalpel blade across the Nitex mesh and flash frozen. Time
points sampled included: 0, 19, 30 and 48 h 2ip treatment. RNA
was extracted from seedling roots or sorted protoplasts using an
RNA Easy kit (Qiagen). RNA extracted from sorted protoplasts
underwent amplification using the GeneChip® IVT Express Kit (Affymetrix, http://www.affymetrix.com). For each sample, 5 lg of
total RNA was reverse transcribed (SuperScript II; Invitrogen,
http://www.invitrogen.com), labelled and hybridised to the Arabidopsis ATH1 Genome Array (Affymetrix). Data were pre-processed
using MAS5/GCOS (Hubbell et al., 2002) implemented in R (R Development Core Team, 2011) and BIOCONDUCTOR (Gentleman et al.,
2004), with a TGT value of 100. Expression data were filtered to
remove probe sets reporting low transcript abundances (mean
expression value

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Microarray ทดลองและวิเคราะห์WT วิเคราะห์การกลายพันธุ์ และการทดลองเฉพาะเซลล์ดำเนินลข้อ และ RNA ถูกแยกจาก 250 ถือว่ารากต้นกล้าพูอย่าง รากที่ถูกลบออกด้วยใบมีด scalpel Nitex ตาข่ายและแฟลชที่แช่แข็ง เวลาตัวอย่างคะแนนรวม: รักษา h 2ip 0, 19, 30 และ 48 อาร์เอ็นเอถูกสกัดจากรากของต้นกล้า หรือเรียงลำดับพลาสต์โดยใช้การชุดง่าย RNA (Qiagen) RNA ที่สกัดจากพลาสต์เรียงลำดับผ่านการขยายสัญญาณโดยใช้ GeneChip® IVT Express ชุด (Affymetrix, http://www.affymetrix.com) อย่าง lg 5 ของรวม RNA ถูกย้อนทับ (ตัวยก II Invitrogenhttp://www.invitrogen.com), ฉลาก และ hybridised เพียง ATH1 พันธุ Arabidopsis (Affymetrix) ข้อมูลถูกประมวลผลก่อนใช้ MAS5/GCOS (Hubbell et al. 2002) ใน R (R พัฒนาหลักทีม 2011) และ BIOCONDUCTOR (สุภาพบุรุษ et al.,2004), มีค่า TGT 100 ข้อมูลนิพจน์ได้กรองการเอาชุดสอบสวนรายงานบันทึกต่ำร้าน (หมายความว่าค่านิพจน์ < 50 ประมาณ 2.5-fold สูงกว่าพื้นหลัง) ระบุยีนที่แสดงออก differentially ดิบP ค่า และพับเปลี่ยน หรือ โดยความแตกต่างที่ทำใช้แบบเชิงเส้นสำหรับ microarrays (LIMMA) (Smyth, 2005) ใน R/BIOCONDUCTOR (สุภาพบุรุษ et al. 2004) ดูวิธี S1 สำหรับการเชิงปริมาณ PCR (qRT PCR) ตรวจสอบแบบเรียลไทม์ของอาร์เรย์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การทดลอง microarray และการวิเคราะห์
รุ่น WT วิเคราะห์กลายพันธุ์และการทดลองเซลล์ที่เฉพาะเจาะจงได้ดำเนินการในการเพิ่มขึ้นสามเท่าและ RNA ถูกสกัดจาก 250 ได้รับการรักษา
รากของต้นกล้าสำรองสำหรับแต่ละตัวอย่าง รากถูกลบออกด้วย
ใบมีดผ่าตัดข้ามตาข่าย Nitex และแฟลชแช่แข็ง เวลา
จุดเก็บตัวอย่างรวม: 0, 19, 30 และ 48 ชั่วโมงการรักษา 2ip อาร์เอ็นเอ
เป็นสารสกัดจากต้นกล้ารากหรือโปรโตพลาเรียงโดยใช้
ชุด RNA ง่าย (Qiagen) อาร์เอ็นเอที่สกัดจากโปรโตพลาเรียง
ขนานเครื่องขยายเสียงโดยใช้ชุดGeneChip® IVT เอ็กซ์เพรส (Affymetrix, http://www.affymetrix.com) สำหรับแต่ละตัวอย่าง 5 LG ของ
RNA ทั้งหมดถูกถ่ายทอดย้อนกลับ (ยกที่สอง; Invitrogen,
http://www.invitrogen.com) ป้ายและ hybridised อาร์เรย์ Arabidopsis: ath1 จีโนม (Affymetrix) ข้อมูลก่อนการประมวลผล
โดยใช้ MAS5 / GCOS (Hubbell et al., 2002) การดำเนินการในการวิจัย (R พัฒนาหลักของทีม 2011) และ Bioconductor (สุภาพบุรุษ et al.,
2004) ซึ่งมีมูลค่า TGT 100 ข้อมูลการแสดงออกถูกกรอง จะ
เอาชุดสอบสวนการรายงานปริมาณการถอดเสียงต่ำ (หมายถึง
มูลค่าการแสดงออก <50 ประมาณ 2.5 เท่าสูงกว่าพื้นหลัง) แตกต่างของยีนที่แสดงออกโดยระบุดิบ
ค่า P และพับเปลี่ยนแปลงหรือความแตกต่างโดยทำโดยใช้แบบจำลองเชิงเส้นสำหรับไมโครอะเรย์ (Limma) (เบิร์นส 2005) ดำเนินการใน R / Bioconductor (สุภาพบุรุษ et al., 2004) ดูวิธี S1 สำหรับ
ปริมาณ Real-time PCR (qRT-PCR) การตรวจสอบของอาร์เรย์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การทดลองและการวิเคราะห์ microarrayWT , การวิเคราะห์และการทดลองที่เฉพาะเจาะจงเซลล์กลายพันธุ์ได้ทั้งสามใบ และ RNA ถูกสกัดจาก 250 ถือว่ารากของต้นกล้ารวมสำหรับแต่ละตัวอย่าง รากออกด้วยมีดใบมีดใน nitex ตาข่ายและแฟลชแช่แข็ง เวลาคะแนนโดยรวม : 0 , 19 , 30 และ 48 ชั่วโมง 2ip รักษา อาร์เอ็นเอสกัดจากรากของต้นกล้า หรือแยกโปรโตพลาสต์โดยใช้อาร์เอ็นเอง่ายชุด ( เพิ่ม ) อาร์เอ็นเอที่สกัดได้จากแยกโปรโตพลาสต์ได้รับ ( ใช้ genechip ®ชั่นแสดงชุด ( affymetrix , http : / / www.affymetrix . com ) สำหรับแต่ละตัวอย่าง 5 LG ของอาร์เอ็นเอทั้งหมดถูกย้อนกลับการทับศัพท์ ( ตัวยก Invitrogen 2 ,http : / / www.invitrogen . com ) , labelled และ hybridised ไป ath1 จีโนม Arabidopsis เรย์ ( affymetrix ) ข้อมูลก่อนการประมวลผลการใช้ mas5 / gcos ( HUBBELL et al . , 2002 ) ใช้ R ( ทีมหลัก r พัฒนา 2011 ) และ bioconductor ( สุภาพบุรุษ et al . ,2004 ) กับ TGT มูลค่า 100 ข้อมูลที่ถูกกรองเพื่อการแสดงออกเอาชุดสอบสวนรายงาน abundances ผลการเรียนต่ำ ( หมายถึงค่านิพจน์ < 50 ประมาณ 2.5-fold สูงกว่าพื้นหลัง ) แสดงออกแตกต่างกันยีนถูกระบุโดยดิบค่า P และพับเปลี่ยน หรือความแตกต่างที่ทำโดยใช้แบบจำลองเชิงเส้นสำหรับการแสดง ( limma ) ( สมิท , 2005 ) ที่ใช้ใน R / bioconductor ( สุภาพบุรุษ et al . , 2004 ) ดูวิธี S1 สำหรับเชิงปริมาณแบบเรียลไทม์พีซีอาร์ ( PCR ตรวจสอบอาร์เรย์ของข้าพเจ้า )