We choose the PPI data of S. cerevi

We choose the PPI data of S. cerevisiae to conduct our experiments, since its PPI and essentiality data are the most complete and reliable. The PPI data is downloaded from DIP database (Salwinski et al., 2004), updated on October 10, 2010, with a format “tab”. There are several types of interactions included in the PPI data, such as
physical association, direct interaction and covalent binding. We extract the uniprotkb IDs of all the proteins involved in
the PPI data and then use the “ID Mapping” function in UniProt (http://www.uniprot.org/) to transform the uniprotkb IDs to protein names we need. After deleting the self-interactions and the repeated interactions, the static PPI network consists of 5093 proteins and 24,743 interactions.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เราเลือกข้อมูล PPI ของ S. cerevisiae การทดลองของเรา เนื่องจากข้อมูลของ PPI และ essentiality สมบูรณ์ที่สุด และเชื่อถือได้ ข้อมูล PPI จะถูกดาวน์โหลดจากฐานข้อมูลดิบ (Salwinski et al., 2004), ปรับปรุง 10 ตุลาคม 2010 กับรูป "แท็บ" มีหลายชนิดของการโต้ตอบที่รวมอยู่ในข้อมูล PPI เช่นความสัมพันธ์ทางกายภาพ โต้ตอบโดยตรง และผูก covalent เราแยก uniprotkb Id ของโปรตีนทั้งหมดที่เกี่ยวข้องในข้อมูล PPI แล้วใช้การ "ID การแม็ป" ทำงานใน UniProt (http://www.uniprot.org/) ในการแปลง uniprotkb รหัสโปรตีนชื่อเราได้ หลังจากการลบการโต้ตอบที่ตนเองและการโต้ตอบซ้ำ เครือข่าย PPI คงประกอบด้วยโปรตีน 5093 และโต้ตอบ 24,743

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เราเลือกข้อมูล PPI ของ S. cerevisiae ที่จะดำเนินการทดลองของเราตั้งแต่ PPI และความจำเป็นของข้อมูลที่สมบูรณ์ที่สุดและมีความน่าเชื่อถือ ข้อมูล PPI ถูกดาวน์โหลดมาจากฐานข้อมูลของกรมทรัพย์สินทางปัญญา (Salwinski et al., 2004) การปรับปรุงที่ 10 ตุลาคม 2010 โดยมีรูปแบบ "แท็บ" มีหลายประเภทของการสื่อสารรวมอยู่ในข้อมูล PPI เช่นมี
การเชื่อมโยงทางกายภาพปฏิสัมพันธ์โดยตรงและโควาเลนต์ที่มีผลผูกพัน เราสกัดรหัส uniprotkb ของโปรตีนทั้งหมดที่เกี่ยวข้องใน
ข้อมูล PPI และจากนั้นใช้ "รหัสแมป" ฟังก์ชั่นใน UniProt (http://www.uniprot.org/) ที่จะเปลี่ยนรหัส uniprotkb ชื่อโปรตีนที่เราต้องการ หลังจากลบ-ปฏิสัมพันธ์ตนเองและการมีปฏิสัมพันธ์ซ้ำเครือข่าย PPI คงประกอบด้วยโปรตีนและ 5093 24,743 ปฏิสัมพันธ์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เราเลือกข้อมูล PPI ของ S . cerevisiae ในการทดลองของเรา นับตั้งแต่ PPI และข้อมูล essentiality จะสมบูรณ์ที่สุดและเชื่อถือได้ ข้อมูล PPI จะถูกดาวน์โหลดจากฐานข้อมูลจุ่ม ( salwinski et al . , 2004 ) วันที่ 10 ตุลาคม 2553 ด้วยรูปแบบแท็บ " " มีหลายประเภทของการปฏิสัมพันธ์รวมอยู่ในข้อมูล PPI เช่น
สมาคมกายภาพ , การปฏิสัมพันธ์โดยตรงและการเข้าเล่มเราแยก uniprotkb รหัสของโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับ
ข้อมูล PPI และจากนั้นใช้ " ฟังก์ชันการทำแผนที่ " ID ใน uniprot ( http://www.uniprot.org/ ) เพื่อแปลง uniprotkb รหัสชื่อโปรตีนที่เราต้องการ หลังจากลบด้วยการโต้ตอบและปฏิสัมพันธ์ซ้ำ , เครือข่าย PPI คงที่ประกอบด้วยโปรตีนและ 24743
5093 การโต้ตอบ