The sequenced clone library approac

The sequenced clone library approach has been used with the 16S rRNA gene to catalog bacterial diversity in aerosol samples from the US and France [28, 33 and 35]. Such libraries provide information on the relative abundance of species present (acknowledging inherent PCR and cloning biases) with a focus on the most dominant species. Interestingly, 16S rRNA clone sequence libraries generated from urban aerosols in the US have been dominated by Bacillus and other spore-forming species (Figure 1) [33 and 35]. The same genera also dominated in assessments carried out using traditional culture-based methods in the US [27] and West Africa [4]. Much larger clone libraries would be needed to detect all the rare types typical of microbial species abundance distributions. Recent technological advances in high-throughput sequencing coupled with cost reductions, make the generation of larger cloned gene libraries feasible. However, advances are needed to further automate the downstream analysis of resulting sequences, tasks that are still relatively labor intensive. Technology that combines the parallel detection and sensitivity of hybridization assays with the resolution and species abundance information of sequenced clone libraries would fill the gaps now characteristic of the individual methods.
All of the techniques for community survey presented above rely on PCR amplification of a mixed product from a complex DNA sample. Efforts are underway to avoid the use of PCR amplification and its inherent biases in environmental surveys using hybridization arrays (reviewed in [31•]; e.g. [34]). Direct metagenomic sequencing of the mixture of DNA extracted from aerosols can also potentially avoid PCR biases and provide an in-depth profile of genes in the sample. The ecological questions addressed using metagenomics technology need to be chosen with care, especially in highly complex (many species) environmental samples. The relative abundance of prokaryotic and eukaryotic species, and their genome sizes, are crucial parameters. In metagenomic libraries the dominant members can swamp out rare types that might easily be detected by specific PCR methods.
Air sampling and processing
Patterns of airflow are highly variable and surveys of aerosol microorganisms are confounded by sampling and scaling issues. A wide variety of air collection devices are used to collect aerosol samples (reviewed in [11 and36]). The volume of air collected, the size range of the collected material, and the techniques used to culture or extract nucleic acids (or other biomarkers), will all affect the observed abundance and composition of microorganisms in atmospheric surveys. For these reasons, it is crucially important to view experimental results as relative, and to factor in the methods that were used when interpreting different studies.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

วิธีการไลบรารีตามลำดับโคลนถูกใช้กับยีน 16S rRNA การแค็ตตาล็อกหลากหลายเชื้อแบคทีเรียในขวดตัวอย่างจากสหรัฐอเมริกาและฝรั่งเศส [28, 33 และ 35] ไลบรารีดังกล่าวมีข้อมูลมากมายญาติพันธุ์ปัจจุบัน (ยอมรับโดยธรรมชาติ PCR และโคลนอคติ) เน้นสายพันธุ์ที่โดดเด่นที่สุด เรื่องน่าสนใจ 16S rRNA โคลนลำดับไลบรารีจากสเปรย์เมืองในสหรัฐอเมริกาได้รับการครอบงำ โดย Bacillus และสายพันธุ์อื่น ๆ สร้างสปอร์ (รูปที่ 1) [33 และ 35] สกุลเดียวกันยังครอบงำในการประเมินผลที่ดำเนินการโดยใช้วิธีแบบดั้งเดิมตามวัฒนธรรมในสหรัฐอเมริกา [27] และแอฟริกาตะวันตก [4] ไลบรารีโคลนขนาดใหญ่จะต้องตรวจสอบทั้งหมดหายากชนิดทั่วไปของจุลินทรีย์สายพันธุ์ความอุดมสมบูรณ์การกระจาย ก้าวหน้าทางเทคโนโลยีล่าสุดในการจัดลำดับความเร็วสูงควบคู่ไปกับการลดต้นทุน ทำให้การสร้างของไลบรารีการโคลนยีนขนาดใหญ่ไปได้ อย่างไรก็ตาม ความก้าวหน้าต้องการ ทำการวิเคราะห์ลำดับผลลัพธ์ปลาย งานที่ยังค่อนข้างแรงงานเข้มข้น เทคโนโลยีที่ผสมผสานการตรวจจับแบบขนานและความไวของ hybridization assays มีความละเอียด และข้อมูลมากมายชนิดของไลบรารีตามลำดับโคลนจะเติมช่องว่างลักษณะนี้ของแต่ละวิธีเทคนิคการสำรวจชุมชนที่นำเสนอข้างต้นทั้งหมดพึ่งกระบือของผลิตภัณฑ์ผสมจากตัวอย่างดีเอ็นเอคอมเพล็กซ์ ยังหลีกเลี่ยงการใช้กระบือและอคติอยู่ในการสำรวจสิ่งแวดล้อมที่ใช้อาร์เรย์ hybridization (ทบทวน [31•]; เช่น [34]) Metagenomic ตรงลำดับของส่วนผสมของดีเอ็นเอที่สกัดมาจากสเปรย์ยังอาจหลีกเลี่ยงอคติ PCR และใส่โปรไฟล์การในเชิงลึกของยีนในตัวอย่างนี้ คำถามระบบนิเวศที่ได้รับการแก้ไขโดยใช้ metagenomics เทคโนโลยีจำเป็นต้องเลือก ด้วยความระมัดระวัง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในสูงคอมเพล็กซ์ (หลายชนิด) ตัวอย่างสิ่งแวดล้อม อุดมสมบูรณ์ญาติพันธุ์ prokaryotic และ eukaryotic และขนาดกลุ่มของพวกเขา เป็นพารามิเตอร์สำคัญ ในไลบรารี metagenomic สมาชิกโดดเด่นสามารถวงศ์ชนิดที่หายากที่อาจถูกตรวจพบ โดยวิธี PCR การเฉพาะเก็บตัวอย่างอากาศและการประมวลผลรูปแบบการไหลของอากาศเป็นตัวแปรสูง และสำรวจของจุลินทรีย์ขวดมี confounded โดยสุ่มตัวอย่าง และปัญหาการปรับขนาด ความหลากหลายของอุปกรณ์เก็บอากาศจะใช้ในการเก็บตัวอย่างขวดสเปรย์ (ทบทวนปี [11 and36]) การเก็บรวบ รวมปริมาตรของอากาศ ขนาดช่วงของการรวบรวมวัสดุ และเทคนิคการใช้วัฒนธรรม หรือแยกกรดนิวคลีอิก (หรืออื่น ๆ biomarkers) ทั้งหมดจะกระทบต่อการสังเกตความอุดมสมบูรณ์และองค์ประกอบของจุลินทรีย์ในการสำรวจชั้นบรรยากาศ เหตุผลเหล่านี้ จึงควรติดกระดาษ เพื่อดูผลการทดลองเป็นญาติ และวิธีการที่ใช้เมื่อการตีความศึกษาเป็นปัจจัย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โคลนวิธีห้องสมุดติดใจถูกนำมาใช้กับการแสดงออกของยีน 16S rRNA แคตตาล็อกความหลากหลายของเชื้อแบคทีเรียในตัวอย่างละอองจากสหรัฐอเมริกาและฝรั่งเศส [28, 33, และ 35] ห้องสมุดดังกล่าวให้ข้อมูลเกี่ยวกับความอุดมสมบูรณ์ของสายพันธุ์ปัจจุบัน (ยอมรับโดยธรรมชาติ PCR และการโคลนอคติ) ให้ความสำคัญกับสายพันธุ์ที่โดดเด่นมากที่สุด ที่น่าสนใจ 16S rRNA ห้องสมุดลำดับโคลนที่เกิดจากละอองเมืองในสหรัฐอเมริกาได้รับการครอบงำโดย Bacillus สายพันธุ์และสร้างสปอร์อื่น ๆ (รูปที่ 1) [33 และ 35] จำพวกเดียวกันยังโดดเด่นในการประเมินผลดำเนินการโดยใช้วิธีการวัฒนธรรมตามแบบดั้งเดิมในสหรัฐอเมริกา [27] และแอฟริกาตะวันตก [4] ห้องสมุดโคลนขนาดใหญ่จะต้องตรวจสอบทุกประเภทที่หายากโดยทั่วไปของการกระจายความอุดมสมบูรณ์ของจุลินทรีย์สายพันธุ์ ความก้าวหน้าทางเทคโนโลยีล่าสุดในลำดับสูง throughput ควบคู่ไปกับการลดค่าใช้จ่ายให้รุ่นของห้องสมุดยีนที่โคลนได้มีขนาดใหญ่เป็นไปได้ อย่างไรก็ตามความก้าวหน้าที่จำเป็นในการทำงานโดยอัตโนมัติในการวิเคราะห์ปลายน้ำของลำดับส่งผลงานที่ยังคงค่อนข้างแรงงานเข้มข้น เทคโนโลยีที่รวมการตรวจสอบแบบขนานและความไวของการตรวจการผสมพันธุ์ที่มีความละเอียดและสายพันธุ์ที่อุดมสมบูรณ์ข้อมูลของห้องสมุดโคลนติดใจจะเติมช่องว่างในขณะนี้ลักษณะของวิธีการของแต่ละบุคคล.
ทั้งหมดของเทคนิคในการสำรวจชุมชนที่นำเสนอข้างต้นพึ่งพาขยาย PCR ของผลิตภัณฑ์ผสม จากตัวอย่างดีเอ็นเอที่ซับซ้อน กำลังพยายามที่จะหลีกเลี่ยงการใช้ขยาย PCR และอคติโดยธรรมชาติของมันในการสำรวจสิ่งแวดล้อมใช้อาร์เรย์ผสมพันธุ์ (สอบทานใน [31 •] เช่น [34]) ลำดับ Metagenomic โดยตรงของส่วนผสมของดีเอ็นเอที่สกัดจากละอองที่อาจเกิดขึ้นนอกจากนี้ยังสามารถหลีกเลี่ยงอคติ PCR และให้รายละเอียดในเชิงลึกของยีนในกลุ่มตัวอย่าง คำถามที่จ่าหน้าระบบนิเวศโดยใช้ metagenomics ความต้องการเทคโนโลยีที่จะเลือกด้วยความระมัดระวังโดยเฉพาะอย่างยิ่งในความซับซ้อนสูง (หลายสายพันธุ์) ตัวอย่างจากสิ่งแวดล้อม ความอุดมสมบูรณ์ของญาติของสายพันธุ์โปรคาริโอและยูคาริโอและขนาดจีโนมของพวกเขาคือตัวแปรสำคัญ ในห้องสมุด Metagenomic สมาชิกที่โดดเด่นสามารถท่วมออกมาชนิดที่หายากที่อาจจะมีการตรวจพบได้ง่ายโดยวิธี PCR เฉพาะ.
เครื่องสุ่มตัวอย่างและการประมวลผล
รูปแบบการไหลของอากาศเป็นตัวแปรสูงและการสำรวจของจุลินทรีย์ละอองได้อายโดยการสุ่มตัวอย่างและปัญหาการปรับ ความหลากหลายของอุปกรณ์เก็บอากาศที่ใช้ในการเก็บตัวอย่างสเปรย์ (สอบทานใน [11 and36]) ปริมาณของอากาศที่เก็บรวบรวมช่วงขนาดของวัสดุที่เก็บรวบรวมและเทคนิคที่ใช้ในการเพาะเลี้ยงหรือแยกกรดนิวคลีอิก (หรือ biomarkers อื่น ๆ ) ทั้งหมดจะส่งผลกระทบต่อความอุดมสมบูรณ์สังเกตและองค์ประกอบของจุลินทรีย์ในการสำรวจชั้นบรรยากาศ ด้วยเหตุผลเหล่านี้จึงเป็นสิ่งสำคัญอย่างยิ่งเพื่อดูผลการทดลองเป็นญาติและปัจจัยในวิธีการที่ถูกนำมาใช้เมื่อการตีความที่แตกต่างกันการศึกษา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การโคลนยีนห้องสมุดวิธีการได้รับใช้กับเบส 16S rRNA ยีนแคตตาล็อกความหลากหลายของแบคทีเรียในตัวอย่างละอองลอยจากสหรัฐฯ และฝรั่งเศส [ 28 , 33 และ 35 ] ห้องสมุดดังกล่าวให้ข้อมูลเกี่ยวกับความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์ของชนิดปัจจุบัน ( ยอมรับแท้จริง PCR และโคลนอคติ ) กับการเน้นชนิดที่เด่นที่สุด น่าสนใจ ลำดับเบส 16S rRNA clone ห้องสมุดที่สร้างขึ้นจากเมืองละอองลอยในเราได้ถูกครอบงำโดย Bacillus สายพันธุ์ และสปอร์ รูป ( รูปที่ 1 ) [ 33 และ 35 ] สกุลเดียวกันครอบงำในการประเมินโดยใช้วิธีการตามวัฒนธรรมดั้งเดิมในแอฟริกาตะวันตกและเรา [ 27 ] [ 4 ] โคลนห้องสมุดขนาดใหญ่มาก จะต้องตรวจสอบทุกประเภททั่วไปของจุลินทรีย์ชนิดที่หายากและความอุดมสมบูรณ์ . ความก้าวหน้าทางเทคโนโลยีล่าสุดในลำดับควบคู่ไปกับการลดต้นทุนช่วยให้รุ่นของห้องสมุดขนาดใหญ่โคลนยีนที่เป็นไปได้ อย่างไรก็ตาม ความก้าวหน้าจะต้องเพิ่มเติมโดยการวิเคราะห์ลำดับท้าย เป็นผลงานที่ยังคงค่อนข้างใช้แรงงานเข้มข้น เทคโนโลยีที่รวมการตรวจสอบความไวของ hybridization assays และขนานกับความละเอียดและความอุดมสมบูรณ์ของชนิดข้อมูลนี้โคลนห้องสมุดจะเติมช่องว่างในตอนนี้ลักษณะของวิธีการของแต่ละบุคคลทั้งหมดของเทคนิคการสำรวจชุมชนนำเสนอข้างต้นพึ่งพา PCR แบบผลิตภัณฑ์ผสมจากดีเอ็นเอที่ซับซ้อน ตัวอย่าง ความพยายามที่จะดำเนินการเพื่อหลีกเลี่ยงการขยาย PCR และอคติที่มีอยู่ในการสำรวจสิ่งแวดล้อมการใช้อาร์เรย์ชนิด ( ดูใน - [ 31 ] เช่น [ 34 ] ) ลำดับเมตาจีโนมิคโดยตรงของดีเอ็นเอที่สกัดจากส่วนผสมของสเปรย์สามารถอาจหลีกเลี่ยงอคติ ) และให้เจาะลึกโปรไฟล์ของยีนในตัวอย่าง คำถามเชิงนิเวศวิทยา addressed โดยใช้เทคโนโลยีเมตะจีโนมิกต้องเลือกด้วยความระมัดระวัง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในที่ซับซ้อนสูง ( หลายชนิด ) ตัวอย่างสิ่งแวดล้อม ความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์ของโพรคาริโอติกเข้ามาและชนิดและขนาดจีโนมของพวกเขาเป็นพารามิเตอร์ที่สำคัญ ห้องสมุดเมตาจีโนมิคสมาชิกเด่นสามารถชนิดหายากที่บึงได้อย่างง่ายดายอาจต้องตรวจโดยวิธี PCR ที่เฉพาะเจาะจงการเก็บตัวอย่างอากาศและการประมวลผลรูปแบบการไหลของอากาศจะสูง ตัวแปร และการสำรวจของจุลินทรีย์ละอองจะอับอาย โดยการสุ่มตัวอย่างและการปัญหา ความหลากหลายของอุปกรณ์ที่ใช้ในการเก็บตัวอย่างอากาศสะสมละออง ( ดูใน and36 [ 11 ] ) ปริมาณของอากาศที่สะสม ขนาดช่วงของการเก็บรวบรวมวัสดุและเทคนิคที่ใช้ในการเพาะเลี้ยงหรือแยกกรดนิวคลีอิก ( หรือทางชีวภาพอื่น ๆ ) จะมีผลต่อสังเกตความอุดมสมบูรณ์และส่วนประกอบของเชื้อจุลินทรีย์ในการสำรวจบรรยากาศ ด้วยเหตุนี้ , มันเป็นสำคัญเพื่อดูผลที่สัมพันธ์และปัจจัยในการศึกษาวิธีการที่ใช้เมื่อการตีความแตกต่างกัน