Since in the experimentally infecte

Since in the experimentally infected mice, the ITS1-specific primers were able to amplify the target region of trypanosomes from the fecal samples, we have performed the same PCR on DNA isolated from fecal samples of wild chimpanzees. Out of 13 freshly collected feces, three were positive for trypanosome DNA (Fig. 2), as confirmed by sequencing. DNA isolated from the same samples and analyzed independently in another laboratory by the same method lead to identical results.
Next, we have generated an alignment from all ITS1 sequences (for detail see Table 2) amplified from the tissue samples of chimpanzees (number of samples ¼ 12), sooty mangabeys (n ¼ 1) and Western red colobus monkeys (n ¼ 4), and also from the feces of chimpanzees (n ¼ 3) (Table 2). The datasetwas complemented with relevant sequences available in GenBank, with Crithidia fasciculate used as outgroup. With two exceptions (TA11 and TA12, see Fig. 2), all newly obtained sequences fell into the T. brucei clade, as shown by a neighbor joining dendrogram (Fig. 2). The Trypanosoma brucei clade contains sequences from all known subspecies and is characterized by extremely short branches, which is not surprising given the known minimal differences among individual subspecies. A total of 15 sequences obtained from the tissues of chimpanzees, Western red colobus monkeys and a sooty mangabey fell into this clade, as well as three sequences obtained from the feces of three chimpanzees, providing strong evidence for the infections by the Trypanosoma brucei group parasites (Table 2; Fig. 2).
All our attempts to amplify the TgSGP gene specific for Trypanosoma brucei gambiense (Capewell et al., 2013b) from the tissues and feces of apes positive for Trypanosoma ITS1 PCR assay invariably failed, although this gene can be easily amplified from feces and blood of mice infected with this T. brucei subspecies (Supplementary data 1). Out of 18 positive samples belonging to the T. brucei clade, two samples, one from a spleen and second one from a lymph node of two post-mortem dissected wildWestern chimpanzees originating from Taï NP, C^ote d'Ivoire, fell outside of the Trypanosoma brucei clade (Table 2; Fig. 2). While TA 11 is almost identical with an unnamed Trypanosoma sp. (Access. No. JN673403) from a wildebeest (Connochaetes) captured in Serengeti NP, Tanzania, TA 12 from an adult female chimpanzee from Taï NP is strongly affiliated with T. theileri (Fig. 2).
Due to the limited information residing in the obtained ITS1 region, multiple attempts to amplify (fragments of) the SSU rRNA gene of the above-described pathogens were performed seeking to establish more precisely their species status. Unfortunately, these attempts almost invariably failed. However, in the case of the TA 12 tissue sample, a fragment of the SSU rRNA gene was successfully amplified which allowed us to assign the respective parasite with high confidence to Trypanosoma theileri.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เนื่องจากในหนูที่ติดเชื้อ experimentally ไพรเมอร์ ITS1 เฉพาะก็สามารถขยายขอบเขตเป้าหมายของ trypanosomes จากตัวอย่าง fecal เราได้ทำ PCR เดียวกันบนดีเอ็นเอแยกต่างหากจากตัวอย่าง fecal chimpanzees ป่า จากอุจจาระสดรวบรวม 13 สามได้ค่าบวกสำหรับ trypanosome DNA (Fig. 2), เป็นการยืนยันแล้ว โดยลำดับ ดีเอ็นเอแยกต่างหากจากตัวอย่างเดียวกัน และวิเคราะห์รายงานในห้องปฏิบัติการอื่น โดยนำวิธีเดียวกันให้ผลเหมือนกัน ถัดไป เราได้สร้างตำแหน่งจากทั้งหมด ITS1 ลำดับ (สำหรับรายละเอียดโปรดดูตารางที่ 2) ขยายจากตัวอย่างเนื้อเยื่อของ chimpanzees (หมายเลขตัวอย่าง¼ 12), sooty mangabeys (n ¼ 1) และลิง colobus แดงตะวันตก (n ¼ 4), และยัง จากอุจจาระ chimpanzees (n ¼ 3) (ตารางที่ 2) Datasetwas ที่เกี่ยวข้องลำดับใน GenBank กับ Crithidia fasciculate ใช้เป็น outgroup ด้วย มีสองข้อยกเว้น (TA11 และ TA12 ดู Fig. 2), ทั้งหมดใหม่รับลำดับลดลงมือเป็น clade brucei ต. แสดง โดยเพื่อนบ้านร่วม dendrogram (Fig. 2) Trypanosoma brucei clade ประกอบด้วยลำดับจากชนิดย่อยทราบทั้งหมด แล้วโดยสาขาที่สั้นมาก ซึ่งไม่สามารถกำหนดความแตกต่างน้อยที่สุดรู้จักกันระหว่างชนิดย่อยแต่ละ จำนวน 15 ลำดับที่ได้จากเนื้อเยื่อของ chimpanzees ตะวันแดง colobus ลิง และ sooty mangabey ตกเป็น clade นี้ เป็นลำดับที่สามได้จากอุจจาระของสาม chimpanzees ให้ฐานการติดเชื้อจากปรสิตกลุ่ม brucei Trypanosoma (ตารางที่ 2 Fig. 2) ความพยายามของเราทั้งหมดขยายเฉพาะยีน TgSGP สำหรับ Trypanosoma brucei gambiense (Capewell et al., 2013b) จากเนื้อเยื่อและอุจจาระของค่าบวกสำหรับ Trypanosoma ITS1 PCR assay ลิงเกิดล้มเหลว ถึงแม้ว่ายีนนี้สามารถได้ขยายจากอุจจาระ และเลือดของหนูที่ติดเชื้อกับต.นี้ brucei ชนิดย่อย (ข้อมูลเสริม 1) จาก 18 บวกตัวอย่างของ clade brucei ต. สองตัวอย่าง จากม้ามและหนึ่งสองจากโหนน้ำเหลือง chimpanzees wildWestern dissected พ้นลงสองที่เกิดจาก Taï NP, C ^ ote ประเทศวัวร์ ตกนอก clade brucei Trypanosoma เป็น (ตารางที่ 2 Fig. 2) ขณะที่ 11 ตาเกือบจะเหมือนกับ sp. Trypanosoma เป็นชื่อ (เข้าทาง 555 JN673403) จากการ wildebeest (Connochaetes) ในเซเรนเกติ NP แทนซาเนีย 12 ตาลิงชิมแปนซีเพศหญิงเป็นผู้ใหญ่จาก Taï NP เป็นอย่างยิ่งสังกัดต. theileri (Fig. 2) เนื่องจากมีข้อมูลจำกัดแห่งภูมิภาค ITS1 ได้รับ หลายความพยายามที่จะขยาย (ชิ้นส่วนของ) ยีน SSU rRNA ของโรคที่กล่าวข้างต้นได้ดำเนินการกำลังสร้างได้แม่นยำมากชนิดสถานะ อับ ความพยายามเหล่านี้เกือบเกิดล้มเหลว อย่างไรก็ตาม ในกรณีของตัวอย่างเนื้อเยื่อตา 12 ส่วนของยีนใน SSU rRNA ถูกสำเร็จขยายซึ่งให้เรากำหนดปรสิตตามลำดับ ด้วยความมั่นใจสูง Trypanosoma theileri

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เนื่องจากในหนูที่ติดเชื้อทดลองไพรเมอร์ ITS1 เฉพาะก็สามารถที่จะขยายพื้นที่เป้าหมายของ trypanosomes จากตัวอย่างอุจจาระที่เราได้ดำเนินการ PCR เดียวกันในดีเอ็นเอที่แยกได้จากตัวอย่างอุจจาระของลิงชิมแปนซีป่า ออกจาก 13 อุจจาระที่เก็บรวบรวมสดสามเป็นบวกสำหรับดีเอ็นเอ trypanosome (รูปที่. 2) ได้รับการยืนยันโดยลำดับ ดีเอ็นเอที่แยกได้จากตัวอย่างที่เหมือนกันและการวิเคราะห์ในห้องปฏิบัติการเป็นอิสระอีกครั้งโดยนำวิธีการเดียวกันไปสู่ผลลัพธ์ที่เหมือนกัน.
ต่อไปเราจะมีการสร้างการจัดเรียงลำดับจากทั่วทุก ITS1 (รายละเอียดดูตารางที่ 2) จากการขยายตัวอย่างเนื้อเยื่อของลิงชิมแปนซี (จำนวนตัวอย่าง ¼ 12), ซูตตี้ mangabeys (n ¼ 1) และเวสเทิร์ลิงบัสสีแดง (n ¼ 4) และยังมาจากอุจจาระของลิงชิมแปนซี (n ¼ 3) (ตารางที่ 2) datasetwas ครบครันด้วยลำดับที่เกี่ยวข้องที่มีอยู่ใน GenBank กับ fasciculate Crithidia ใช้เป็น outgroup ยกเว้นสอง (TA11 TA12 และดูรูป. 2) ทั้งหมดได้ลำดับที่เพิ่งตกลงไปใน T. brucei clade ที่แสดงโดยเพื่อนบ้านเข้าร่วม dendrogram (รูปที่. 2) clade Trypanosoma brucei มีลำดับจากย่อยทั้งหมดที่รู้จักและโดดเด่นด้วยสาขาที่สั้นมากซึ่งไม่น่าแปลกใจที่ได้รับความแตกต่างน้อยที่สุดที่รู้จักกันในหมู่ย่อยของแต่ละบุคคล รวมเป็น 15 ลำดับที่ได้จากเนื้อเยื่อของลิงชิมแปนซีลิงบัสสีแดงตะวันตกและ mangabey เขม่าดำตกอยู่ใน clade นี้เช่นเดียวกับสามลำดับที่ได้รับจากอุจจาระของสามลิงชิมแปนซีมีหลักฐานที่แข็งแกร่งสำหรับการติดเชื้อโดย Trypanosoma brucei ปรสิตกลุ่ม (ตารางที่ 2. รูปที่ 2).
ความพยายามทั้งหมดของเราจะขยายยีน TgSGP ที่เฉพาะเจาะจงสำหรับ Trypanosoma brucei gambiense (. Capewell, et al, 2013b) จากเนื้อเยื่อและอุจจาระของลิงในเชิงบวกสำหรับการทดสอบ Trypanosoma ITS1 PCR คงเส้นคงวาล้มเหลวแม้ว่ายีนนี้สามารถ จะขยายได้อย่างง่ายดายจากอุจจาระและเลือดของหนูที่ติดเชื้อจำพวกนี้ brucei ตัน (ข้อมูลเพิ่มเติม 1) ออกจาก 18 ตัวอย่างที่เป็นบวก T. brucei clade สองตัวอย่างหนึ่งจากม้ามและคนที่สองจากต่อมน้ำเหลืองของทั้งสองชันสูตรศพชำแหละชิมแปนซี wildWestern มาจากไท NP, C ^ หมายเหตุตดิวัวร์ลดลงนอก Trypanosoma brucei clade (ตารางที่ 2 รูปที่ 2). ในขณะที่ TA 11 เกือบจะเหมือนกันกับ Trypanosoma SP ชื่อ (การเข้าถึง. ฉบับที่ JN673403) จากครืน (Connochaetes) บันทึกใน Serengeti NP แทนซาเนีย TA 12 จากลิงชิมแปนซีเพศหญิงผู้ใหญ่จากไท NP ร่วมอย่างมากกับตัน theileri (รูปที่. 2).
เนื่องจากข้อมูลที่ จำกัด ที่อาศัยอยู่ใน ภูมิภาคที่ได้รับ ITS1 พยายามหลายขยาย (เศษ) rRNA ซุยีนของเชื้อโรคดังอธิบายที่ถูกดำเนินการที่กำลังมองหาที่จะสร้างได้อย่างแม่นยำมากขึ้นสถานะของพวกเขาชนิด แต่น่าเสียดายที่ความพยายามเหล่านี้เกือบจะล้มเหลวอย่างสม่ำเสมอ อย่างไรก็ตามในกรณีของ TA 12 ตัวอย่างเนื้อเยื่อส่วนของ rRNA ซุยีนถูกขยายประสบความสำเร็จที่ได้รับอนุญาตให้เราสามารถกำหนดปรสิตที่เกี่ยวข้องกับความเชื่อมั่นสูงในการ Trypanosoma theileri

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เนื่องจากในหนูทดลองที่ติดเชื้อโดยเฉพาะ , its1 โดยได้ขยายเป้าหมายเขตของ trypanosomes จากตัวอย่างอุจจาระที่เราได้ทำการตรวจดีเอ็นเอที่แยกได้จากอุจจาระตัวอย่างเดียวกันในป่าลิงซิมแปนซี จาก 13 สดเก็บอุจจาระ สามคน เป็นทริปพาโนโซม DNA ( รูปที่ 2 ) , ยืนยัน โดยลำดับ .ดีเอ็นเอที่แยกได้จากตัวอย่างเดียวกันและวิเคราะห์อิสระในห้องปฏิบัติการอื่น โดยวิธีเดียวกัน นำไปสู่ผลลัพธ์ที่เหมือนกัน
ถัดไป , เราได้สร้างการจัดลำดับจาก its1 ทั้งหมด ( รายละเอียดดูจากตาราง 2 ) ขยายจากตัวอย่างเนื้อเยื่อลิงชิมแปนซี ( จำนวนตัวอย่าง¼ 12 ) mangabeys สีเขม่า ( N ¼ 1 ) และตะวันตกสีแดง colobus ลิง ( N ¼ 4 )และจากอุจจาระของลิงชิมแปนซี ( N ¼ 3 ) ( ตารางที่ 2 ) การ datasetwas ครบครันกับลำดับที่เกี่ยวข้องของบริเวณที่มี crithidia fasciculate ใช้เป็นกลุ่ม กับสองข้อยกเว้น ( ta11 และ ta12 ดูรูปที่ 2 ) , ทั้งหมดที่ได้ลำดับใหม่ตกอยู่ใน clade ต. brucei , ที่แสดงโดยเพื่อนบ้านร่วมพันธุกรรม ( รูปที่ 2 )ส่วนทริปาโนโซมา brucei clade ประกอบด้วยลำดับจากทั้งหมดที่รู้จักกันและชนิดย่อยมีลักษณะกิ่งก้านสั้นมาก ซึ่งไม่น่าแปลกใจที่ได้รับรู้จักน้อยที่สุดความแตกต่างระหว่างชนิดย่อยของแต่ละบุคคล รวม 15 ลำดับที่ได้จากเนื้อเยื่อของ chimpanzees ลิง colobus ตะวันตกสีแดงและสีเขม่าที่ตกอยู่ใน mangabey ถัดจากนี้รวมทั้งสามลำดับได้จากอุจจาระสามลิงชิมแปนซี ได้ให้หลักฐานที่แข็งแกร่ง สำหรับเชื้อทริปพาโนโซม brucei โดยปรสิตกลุ่ม ( ตารางที่ 2 รูปที่ 2 )
ความพยายามของเราที่จะขยาย tgsgp ยีนที่เฉพาะเจาะจงสำหรับทริปาโนโซมา brucei gambiense ( capewell et al . , 2013b ) จากการขับถ่ายอุจจาระของลิง เป็นทริปพาโนโซม its1 PCR assay ต้องล้มเหลวถึงแม้ว่ายีนนี้สามารถขยายจากอุจจาระและเลือดของหนูที่ติดเชื้อนี้ ต. brucei ชนิดย่อย ( เพิ่มเติมข้อมูล ) ออก 18 บวกตัวอย่างเป็นของ clade , ต. brucei สองตัวอย่างหนึ่งจากม้ามและต่อมน้ำเหลืองที่สองจากสองผ่าชันสูตรศพ wildwestern ลิงชิมแปนซีที่มาจากตาไต NP C
d'ivoire Ote ,อยู่ด้านนอกของทริปาโนโซมา brucei clade ( ตารางที่ 2 รูปที่ 2 ) ในขณะที่ตา 11 เกือบจะเหมือนกันกับ sp . ทริปพาโนโซมที่ไม่มีชื่อ ( การเข้าถึง ไม่ jn673403 ) จากมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ ( connochaetes ) ถูกจับใน Serengeti NP , แทนซาเนีย , TA 12 จากผู้ใหญ่หญิงลิงชิมแปนซีจากตาไต NP ขอสังกัดด้วย theileri ( รูปที่ 2 ) .
เนื่องจากการ จำกัด ข้อมูลที่ได้ its1 อาศัยอยู่ในภูมิภาคหลายครั้งเพื่อขยาย ( เศษ ) ซื่อ rRNA ยีนข้างต้นอธิบายโรคได้อย่างแม่นยำมากขึ้นแสวงหาเพื่อสร้างชนิดของสถานะ ขออภัย เหล่านี้เกือบทุกความพยายามที่ล้มเหลว อย่างไรก็ตาม ในกรณีของ TA 12 เนื้อเยื่อตัวอย่างส่วนของซื่อ rRNA ยีนเรียบร้อยแล้วขยายซึ่งอนุญาตให้เรากำหนดค่าที่เกี่ยวข้องกับความมั่นใจปรสิตสูง

ทริปาโนโซมา theileri .