Small RNA Sequencing and Annotation

Small RNA Sequencing and Annotation
To annotate microRNA genes in the bowhead genome, we conducted deep
sequencing of two small RNA libraries prepared from muscle and kidney tissues
(Greenland samples). Total RNA was isolated using mirVana miRNA
Isolation Kit (Ambion). Small RNA in the 15-40 nucleotides range was gel purified
and small RNA libraries were prepared for next-generation sequencing
using the ScriptMiner Small RNA-Seq Library Preparation Kit (Epicenter). The
two libraries were sequenced on an Illumina Hi-Seq 2000 instrument to
generate single end sequences of 50 nucleotides. Primary data analysis
was done using the Illumina CASAVA Pipeline software v.1.8.2, and the
sequence reads were further processed by trimming for adapters and
filtering for low quality using Trimmomatic (Lohse et al., 2012). Identification
of conserved and novel candidate microRNA genes in the bowhead genome
was accomplished by applying the miRDeep2 algorithm (Friedla¨ nder et al.,
2008, 2012).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

อาร์เอ็นเอขนาดเล็กลำดับและคำอธิบายการบันทึกย่อยีน microRNA ในจีโนม bowhead เราทำลึกลำดับเบสสองเล็กอาร์เอ็นเอรีเตรียมจากเนื้อเยื่อกล้ามเนื้อและไต(กรีนแลนด์ตัวอย่าง) อาร์เอ็นเอทั้งหมดถูกแยกโดยใช้ mirVana miRNAแยกชุด (Ambion) อาร์เอ็นเอขนาดเล็กในช่วง 15-40 นิวคลีโอไทด์ถูกเจบริสุทธิ์และไลบรารีอาร์เอ็นเอขนาดเล็กเตรียมไว้สำหรับจัดลำดับรุ่นต่อไปโดยใช้การ ScriptMiner เล็กอาร์เอ็นเอลำดับไลบรารีเตรียมชุด (จุดศูนย์กลาง) ที่ไลบรารีทั้งสองถูกเรียงลำดับในเครื่อง 2000 Illumina Hi-ลำดับการสร้างเดียวสิ้นสุดลำดับของนิวคลีโอไทด์ที่ 50 วิเคราะห์ข้อมูลหลักทำโดยใช้ v.1.8.2 ซอฟต์แวร์ Illumina CASAVA ไลน์ และลำดับการอ่านถูกประมวลผล โดยการตัดแต่งสำหรับอะแดปเตอร์เพิ่มเติม และการกรองคุณภาพต่ำที่ใช้ Trimmomatic (Lohse et al., 2012) รหัสของผู้นำ และนวนิยาย microRNA ยีนในจีโนม bowheadได้สำเร็จ โดยใช้อัลกอริทึม miRDeep2 (Friedla¨ nder et al.,2008, 2012)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

RNA
ขนาดเล็กลำดับและหมายเหตุเพื่ออธิบายยีนmicroRNA ในจีโนม bowhead
เราดำเนินลึกลำดับของอาร์เอ็นเอสองห้องสมุดขนาดเล็กที่เตรียมจากกล้ามเนื้อและเนื้อเยื่อไต
(ตัวอย่างกรีนแลนด์) รวมอาร์เอ็นเอที่แยกได้โดยใช้ Mirvana miRNA
แยก Kit (Ambion) RNA ขนาดเล็กอยู่ในช่วง 15-40
นิวคลีโอเจลบริสุทธิ์และห้องสมุดRNA
ขนาดเล็กกำลังเตรียมพร้อมสำหรับการจัดลำดับรุ่นต่อไปโดยใช้ScriptMiner ขนาดเล็ก RNA-Seq ห้องสมุดเตรียม Kit (Epicenter)
สองห้องสมุดมีลำดับขั้นตอนใน Illumina Hi-Seq 2000
เครื่องมือที่ใช้ในการสร้างลำดับท้ายเดียวของนิวคลีโอ50 การวิเคราะห์ข้อมูลปฐมภูมิที่ได้กระทำโดยใช้แป้งมันสำปะหลัง Illumina ท่อ v.1.8.2 ซอฟแวร์และลำดับอ่านที่ถูกประมวลผลต่อไปโดยการตัดแต่งและอะแดปเตอร์สำหรับกรองที่มีคุณภาพต่ำสำหรับใช้ Trimmomatic (Lohse et al., 2012) บัตรประจำตัวของผู้สมัครอนุรักษ์และนวนิยายเรื่องยีน microRNA ในจีโนม bowhead ก็ประสบความสำเร็จโดยการใช้อัลกอริทึม miRDeep2 (Friedla¨ nder et al., 2008, 2012)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ลำดับ RNA ขนาดเล็กและหมายเหตุ
เพื่ออธิบาย MIC ยีนในจีโนม bowhead เราศึกษาลึก
ลำดับสองห้องสมุด RNA ขนาดเล็กที่เตรียมจากกล้ามเนื้อและเนื้อเยื่อไต
( ตัวอย่างกรีนแลนด์ ) อาร์เอ็นเอทั้งหมดได้ใช้ mirvana mirna
แยกชุด ( ambion ) ขนาดเล็ก ซึ่งในช่วง 15-40 คู่เจลบริสุทธิ์
และห้องสมุด RNA ขนาดเล็กเตรียมลำดับ
รุ่นต่อไปการใช้ scriptminer seq ห้องสมุดขนาดเล็กซึ่งเตรียมชุด ( ศิลปิน )
สองห้องสมุดยีนบน Illumina สวัสดี seq 2000 เครื่องมือเดียวจบ

สร้างลำดับของนิวคลีโอไทด์ 50 .
การวิเคราะห์ข้อมูลเบื้องต้น โดยใช้มันสำปะหลัง Illumina ท่อซอฟต์แวร์ v.1.8.2 และ
ลำดับอ่านได้ประมวลผลโดยการตัดแต่งสำหรับอะแดปเตอร์
กรองคุณภาพต่ำใช้ trimmomatic ( lohse et al . , 2012 ) รหัส
ของการอนุรักษ์และนวนิยายผู้สมัคร MIC ยีนในจีโนม bowhead
ที่ประสบความสำเร็จโดยการใช้ mirdeep2 ขั้นตอนวิธี ( friedla ตั้ง nder et al . ,
2008 , 2012 )