Structural and functional homologie

Structural and functional homologies of BR and ChR. (A) Sequence homology between the algal ChRs and BR within the third transmembrane helix. Identical and conserved residues are highlighted in yellow and blue, respectively; amino acids interacting with the chromophore are shown in red. In BR, R82 functions as a connector between counterion and the PRC; D85 is the counterion to which the RSB proton is transferred; W86 provides hydrophobicity for retinal binding; and the hydrogen bond between T90 on helix 3 and D115 on helix 4 (not shown) stabilizes the structure of the binding pocket and enables both residues to control rapid reprotonation and reisomerization of retinal to the all-trans state following a light pulse. (NpHR) Natronomonas pharaonis HR. (B) Anticipated homology in the retinal binding pocket between BR and ChR2. The BR pocket is shown based on structure 1KGB (Facciotti et al. 2001) with key amino acids that are involved in the proton transfer reaction. The ChR2 pocket was modeled after the BR structure, based on sequence homology in the relevant positions. (C) Model for the photocycle of ChR2. The RSB configuration and conductive state of each photocycle component are shown in red and black, respectively. The D470 dark state is converted by a light-induced isomerization of retinal via the early intermediate P500 and the transient intermediate P390 to the conducting state P520. The recovery of the D470 dark state proceeds either thermally via the nonconducting P480 intermediate or photochemically via possible short-lived intermediates (green arrow). The late or desensitized P480 state can also be activated (blue arrow) to yield the early intermediate P500.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

โครงสร้าง และการทำงาน homologies ของ BR และ ChR. (A) ลำดับ homology algal ChRs และ BR อยู่ภายในเกลียว transmembrane สาม ตกเหมือนกัน และนำจะถูกเน้นสีเหลืองและสีน้ำเงิน ตามลำดับ กรดอะมิโนกับ chromophore มีสีแดง BR, R82 หน้าที่เป็นตัวเชื่อมต่อระหว่าง counterion และสาธารณรัฐประชาชนจีน Counterion ที่โปรตอน RSB โอนย้าย มี D85 W86 มี hydrophobicity สำหรับผูกจอประสาทตา และพันธะไฮโดรเจนระหว่าง T90 บนเกลียว 3 D115 บนเกลียว 4 (ไม่แสดง) แรงโครงสร้างของกระเป๋าผูก และทำให้ทั้งสองตกเพื่อควบคุมอย่างรวดเร็ว reprotonation และ reisomerization ของ retinal สถานะธุรกรรมทั้งหมดตามชีพจรเบา (NpHR) Natronomonas pharaonis homology Anticipated ชั่วโมง (B) ในกระเป๋าผูกจอประสาทตาระหว่าง BR และ ChR2 กระเป๋า BR จะปรากฏขึ้นในโครงสร้าง 1KGB (Facciotti et al. 2001) กับกรดอะมิโนสำคัญที่เกี่ยวข้องในปฏิกิริยาการถ่ายโอนโปรตอน กระเป๋า ChR2 ถูก modeled หลังจากโครงสร้าง BR ตามลำดับ homology ในตำแหน่งที่เกี่ยวข้อง (ค) แบบจำลองสำหรับการ photocycle ของ ChR2 RSB ตั้งค่าคอนฟิกและสถานะไฟฟ้าของส่วนประกอบแต่ละ photocycle จะแสดงในสีแดงและสีดำ ตามลำดับ รัฐเข้ม D470 ถูกแปลง โดย isomerization ที่เกิดจากแสงของ retinal P500 กลางต้นและ P390 กลางชั่วคราวการทำ P520 การฟื้นตัวของรัฐเข้ม D470 ดำเนินหรือแพ ผ่าน P480 nonconducting กลาง photochemically ผ่านตัวกลางช่วงสั้น ๆ ได้ (ลูกศรสีเขียว) P480 ปลาย หรือ desensitized รัฐสามารถเรียกใช้ (ลูกศรสีน้ำเงิน) ให้ P500 กลางต้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

homologies โครงสร้างและการทำงานของสาขาและ CHR (A) ที่คล้ายคลึงกันระหว่างลำดับ CHRS สาหร่ายและ BR ภายในเกลียวรนสาม ตกค้างที่เหมือนกันและอนุรักษ์จะถูกเน้นด้วยสีเหลืองและสีฟ้าตามลำดับ; กรดอะมิโนมีปฏิสัมพันธ์กับ chromophore จะแสดงเป็นสีแดง ใน BR, ฟังก์ชั่น R82 เป็นตัวเชื่อมต่อระหว่าง counterion และประเทศสาธารณรัฐประชาชนจีนนั้น D85 เป็น counterion เพื่อที่ RSB โปรตอนจะถูกโอน; W86 ให้ hydrophobicity สำหรับจอประสาทตาที่มีผลผูกพัน; และพันธะไฮโดรเจนระหว่าง T90 บนเกลียวที่ 3 และ D115 บนเกลียว 4 (ไม่แสดง) การรักษาโครงสร้างของกระเป๋าที่มีผลผูกพันและช่วยให้สารตกค้างทั้งในการควบคุม reprotonation รวดเร็วและ reisomerization ของจอประสาทตาของรัฐทุกทรานส์ต่อไปนี้ชีพจรเบา (NpHR) Natronomonas pharaonis ทรัพยากรบุคคล (B) เหมือนที่คาดว่าจะอยู่ในกระเป๋าที่มีผลผูกพันระหว่าง BR จอประสาทตาและ ChR2 กระเป๋า BR จะแสดงตามโครงสร้าง 1KGB (Facciotti et al. 2001) ที่มีกรดอะมิโนที่สำคัญที่มีส่วนร่วมในการตอบสนองการถ่ายโอนโปรตอน กระเป๋า ChR2 ตามหลังโครงสร้าง BR ขึ้นอยู่กับลำดับที่คล้ายคลึงกันในตำแหน่งที่เกี่ยวข้อง (C) รุ่นสำหรับ photocycle ของ ChR2 การกำหนดค่า RSB รัฐและสื่อกระแสไฟฟ้าของแต่ละองค์ประกอบ photocycle ที่แสดงอยู่ในสีแดงและสีดำตามลำดับ D470 รัฐที่มืดจะถูกแปลงโดย isomerization แสงที่เกิดของจอประสาทตาผ่านทาง P500 กลางในช่วงต้นและกลาง P390 ชั่วคราวกับการดำเนินการของรัฐ P520 การฟื้นตัวของเงินที่รัฐเข้ม D470 ทั้งความร้อนผ่านทาง nonconducting P480 กลางหรือ photochemically ผ่านตัวกลางที่เป็นไปได้ช่วงสั้น ๆ (ลูกศรสีเขียว) ปลายหรือคุ้นเคยรัฐ P480 ยังสามารถใช้งานได้ (ลูกศรสีฟ้า) เพื่อผลผลิต P500 กลางต้น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โครงสร้างและการทำงาน homologies ของ BR และ Chr . ( ) เป็นลำดับระหว่าง chrs สาหร่ายและ BR ภายในเกลียวยาว 3 เหมือนกันและสามารถตกค้างจะเน้นสีน้ำเงินและสีเหลืองตามลำดับ ; กรดอะมิโนการโต้ตอบกับที่มีสี จะแสดงเป็นสีแดง ใน ห้องนอน , r82 หน้าที่เป็นตัวเชื่อมต่อระหว่าง counterion และ PRC ;d85 เป็น counterion ซึ่ง rsb โปรตอนโอน ; w86 บรรจุภัณฑ์เพื่อให้จอประสาทตา ผูกพัน และพันธะไฮโดรเจนระหว่าง t90 บนเกลียว 3 และ d115 บนเกลียว 4 ( ไม่แสดง ) รักษาโครงสร้างของกระเป๋าผูกและช่วยให้ทั้งสองและการควบคุม reprotonation อย่างรวดเร็วและ reisomerization ของตาลไปทั้งหมดทรานส์รัฐตามชีพจร แสง( nphr ) natronomonas pharaonis HR ( ข ) คาดการณ์ในจอประสาทตา ซึ่งผูกกระเป๋าระหว่าง br และ chr2 . br กระเป๋าแสดงตาม 1kgb โครงสร้าง ( facciotti et al . 2001 ) กับกรดอะมิโนที่สำคัญที่เกี่ยวข้องในปฏิกิริยาการถ่ายโอนโปรตอน . การ chr2 กระเป๋าเป็น modeled หลังจากโครงสร้าง br ตามลำดับซึ่งในตำแหน่งที่เกี่ยวข้อง ( ค ) สำหรับรูปแบบของ photocycle chr2 .การตั้งค่าและการ rsb รัฐของแต่ละ photocycle ส่วนประกอบจะแสดงเป็นสีแดง และ ดำ ตามลำดับ การ d470 เข้มสภาพแปลงด้วยแสงจากไอโซเมอไรเซชันของตาลผ่านช่วงต้นกลาง P500 และชั่วคราวกลาง p390 เพื่อทำการรัฐ p520 .