Local BLAST searches were conducted

Local BLAST searches were conducted using the BLAST-2.2.28+ package (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LAT- EST/). ClustalX, integrated in the Bioedit software, was used for multiple alignments to identify and remove repeated sequences. The online RNAfold server and Mfold 3.2 were used to predict the secondary structures of putative pre-miRNAs (http://rna.tbi.univie. ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi). The miRNA target search was con-ducted using the plant small RNA target analysis server (psRNA- Target; http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/) (Dai and Zhao, 2011) and PsRobot (http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/). The gene ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) orthology annotation were conducted on an integrated online KOBAS 2.0 server (http://kobas.cbi.pku.edu.cn/home.do) and Blast2go software.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การค้นหาระเบิดที่ท้องถิ่นได้ดำเนินการโดยใช้แพคเกจ 2.2.28+ ระเบิด (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LAT-EST /) ClustalX รวมอยู่ในโปรแกรม Bioedit ใช้สำหรับจัดแนวที่หลายเพื่อระบุ และลบลำดับซ้ำ เซิร์ฟเวอร์ RNAfold และ Mfold 3.2 ออนไลน์ใช้ในการทำนายโครงสร้างรองของ putative ก่อน-miRNAs (http://rna.tbi.univie. ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi) การค้นหาเป้าหมายเที่ยวถูกปรับประสบการณ์ใช้โรงงานขนาดเล็ก RNA การวิเคราะห์เซิร์ฟเวอร์เป้าหมาย (เป้าหมาย psRNA; http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/) (Dai และ Zhao, 2011) และ PsRobot (http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/) ภววิทยายีน (GO) และสารานุกรมยีนเกียวโตและ Genomes (KEGG) คำอธิบาย orthology ได้ดำเนินการรวมเซิร์ฟเวอร์ KOBAS 2.0 ออนไลน์ (http://kobas.cbi.pku.edu.cn/home.do) และซอฟต์แวร์ Blast2go

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ค้นหา BLAST ท้องถิ่นได้ดำเนินการโดยใช้ระเบิด 2.2.28 + แพคเกจ (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LAT- EST /) ClustalX แบบบูรณาการในซอฟต์แวร์ Bioedit ถูกนำมาใช้สำหรับการจัดแนวหลายที่จะระบุและลบวนเวียนซ้ำแล้วซ้ำอีก เซิร์ฟเวอร์ RNAfold ออนไลน์และ Mfold 3.2 ถูกนำมาใช้ในการทำนายโครงสร้างรองของสมมุติก่อน miRNAs (http:. //rna.tbi.univie ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi) การค้นหาเป้าหมาย miRNA เป็น Con-ducted ใช้เซิร์ฟเวอร์โรงงานขนาดเล็กการวิเคราะห์เป้าหมายอาร์เอ็นเอ (psRNA- เป้าหมาย http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/) (Dai Zhao และ 2011) และ PsRobot (http: // omicslab genetics.ac.cn/psRobot/) ยีนอภิปรัชญา (GO) และเกียวโตสารานุกรมของยีนและจีโนม (KEGG) orthology บันทึกย่อได้ดำเนินการบนเซิร์ฟเวอร์ออนไลน์แบบบูรณาการ Kobas 2.0 (http://kobas.cbi.pku.edu.cn/home.do) และซอฟต์แวร์ Blast2go

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ค้นหาระเบิดท้องถิ่นจำนวนใช้แพคเกจ blast-2.2.28 + ( ftp : / / FTP ncbi . nlm . NIH . gov / ระเบิด / เขียน / ระเบิด + / ลาด - EST / ) clustalx แบบบูรณาการใน bioedit ซอฟต์แวร์ ที่ใช้สำหรับการระบุและลบซ้ำหลายลำดับ ออนไลน์ rnafold เซิร์ฟเวอร์และ mfold 3.2 ถูกใช้เพื่อทำนายโครงสร้างทุติยภูมิของกรดอะมิโนก่อน mirnas ( http://rna.tbi.univie . ac.at / cgi bin / rnafold . cgi ) การค้นหา mirna เป้าหมายคือต่อต้านท่อโดยใช้พืชที่มีขนาดเล็กซึ่งเป้าหมายการวิเคราะห์เซิร์ฟเวอร์ ( psrna - เป้าหมาย http://plantgrn.noble.org/psrnatarget/ ) ( ได และจ้าว , 2011 ) และ psrobot ( http : / / omicslab . พันธุศาสตร์ ac.cn / psrobot / ) ยีนอภิปรัชญา ( ไป ) และ Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes ( KEGG เป็นต้น ) orthology หมายเหตุการทดลองบนออนไลน์รวม kobas 2.0 เซิร์ฟเวอร์ ( http://kobas.cbi.pku.edu.cn/home.do ) และซอฟต์แวร์ blast2go .