The bacterial profiles of fresh oys

The bacterial profiles of fresh oysters were dominated by isolates most similar to Mycoplasma, Helicobacter,Spirochaeta, Prosthecomicrobium, Haloplasma and Terasakiella. Mycoplasma has previously been reported in Pacific and Sydney rock oysters ( Fernandez-Piquer et al., 2012 and Green and Barnes, 2010). In the present work, multiple OTUs (893, 911, 2629, 2968, 3119, 3222, 3927, 4214 and 4315) with 85–86% similarity to Mycoplasma were detected in both Pacific and Sydney rock oysters. The low similarity matches of these OTUs with cultured and typed bacteria indicate that these OTUs likely represent undescribed taxa at the family level ( Schloss and Handelsman, 2004). Interestingly these OTUs showed similarity to uncharacterised bacterial sequences reported by Fernandez-Piquer et al. (2012) (99%) and Green and Barnes (2010) (97%). Similarly, OTUs 1563 2414, 3099, and 4218 shared 99% similarity to OTUs reported byFernandez-Piquer et al. (2012). These OTUs were most closely related to Spirochaeta (81–84% match) – free living, facultative anaerobes that have also previously been reported in oysters ( Fernandez-Piquer et al., 2012, Green and Barnes, 2010 and Leschine et al., 2007). OTU 2875 likely represents a genus most closely related to Helicobacter (89% match). Whilst best known for their association with ulcers,Helicobacter have also been previously isolated from seawater, planktonic organisms and seafood ( Cellini et al., 2004 and Nwe et al., 2009). The low similarity match (91%) of OTU 2875 with systematically described bacteria indicates that this OTU most likely represents an undescribed taxon at the genus level and is distinct to Helicobacter ( Schloss and Handelsman, 2004). Prosthecomicrobium, Haloplasma andTerasakiella have all previously been reported from marine environments ( Antunes et al., 2008, Bauld et al., 1983, Fernandez-Piquer et al., 2012 and Satomi et al., 2002); as with other OTUs that dominated the microbiota of fresh Pacific oysters, the percentage matches with cultured and described bacteria for these three OTUs (925, 1574 and, 2729) were also low (83–91%). In summary, these data indicate that the majority of bacteria in fresh Pacific and Sydney rock oysters represent undescribed taxa at either the class or genus level ( Schloss and Handelsman, 2004).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

โพรไฟล์การแบคทีเรียหอยถูกครอบงำ โดยแยกส่วนใหญ่คล้ายกับ Mycoplasma กระเพาะ Spirochaeta, Prosthecomicrobium, Haloplasma และ Terasakiella ก่อนหน้านี้ได้รายงาน mycoplasma ในแปซิฟิก และซิดนีย์หินหอยนางรม (เฟอร์นานเด Piquer et al., 2012 และเขียว และ Barnes, 2010) ในการทำงานปัจจุบัน หลาย OTUs (893, 911, 2629, 2968, 3119, 3222, 3927, 4214 และ 4315) กับ 85 – 86% คล้ายกับ Mycoplasma พบในหอยนางรมหินแปซิฟิคและซิดนีย์ คล้ายน้อยตรงกับของเหล่านี้ OTUs บรรยากาศ และแบคทีเรียพิมพ์ระบุว่า OTUs เหล่านี้อาจแสดงถึง taxa undescribed ในระดับครอบครัว (ลอทท์และ Handelsman, 2004) แล็ OTUs เหล่านี้แสดงให้เห็นความคล้ายคลึงกันกับลำดับแบคทีเรีย uncharacterised รายงานโดยเฟอร์นานเด Piquer et al. (2012) (99%) และสีเขียวและ Barnes (2010) (97%) ในทำนองเดียวกัน คล้ายคลึง 99% OTUs 1563 2414, 3099 และ 4218 ร่วมกับ OTUs รายงาน byFernandez Piquer et al. (2012) OTUs เหล่านี้เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดที่สุดกับ Spirochaeta (81-84% ตรง) – ฟรีชีวิต facultative anaerobes ที่ก่อนหน้านี้ยังมีการรายงานในหอยนางรม (เฟอร์นานเด Piquer et al., 2012 สีเขียว และ Barnes, 2010 และ Leschine et al., 2007) 2875 OTU อาจหมายถึงสกุลที่สุดเกี่ยวข้องกับกระเพาะ (ตรงกับ 89%) ในขณะที่รู้จักกันดีสำหรับความสัมพันธ์กับแผลในปาก กระเพาะยังได้ก่อนหน้านี้แยกจากทะเล planktonic สิ่งมีชีวิต และอาหารทะเล (Cellini et al., 2004 และ Nwe et al., 2009) คล้ายต่ำจับคู่ (91%) ของ OTU 2875 กับแบคทีเรียอธิบายระบบบ่งชี้ว่า OTU นี้อาจแสดงเป็น taxon ที่ undescribed ในระดับสกุล และแตกต่างกับกระเพาะ (ลอทท์และ Handelsman, 2004) Prosthecomicrobium, Haloplasma รายงาน andTerasakiella จากสภาพแวดล้อมทางทะเลทั้งหมดก่อนหน้านี้ (Antunes et al., 2008, Bauld และ al., 1983 เฟอร์นานเด Piquer et al., 2012 และ Satomi et al., 2002); กับอื่น ๆ OTUs ที่ครอบงำ microbiota ของหอยแปซิฟิก เปอร์เซ็นต์เทียบกับ อ่าง และอธิบายแบคทีเรียสำหรับ OTUs เหล่านี้สาม (925, 1574 และ 2729) ได้ยังต่ำ (83-91%) ในสรุป ข้อมูลเหล่านี้บ่งชี้ว่า ส่วนใหญ่ของแบคทีเรียในแปซิฟิกและซิดนีย์หินหอยแทน taxa undescribed ระดับชั้นหรือสกุล (ลอทท์และ Handelsman, 2004)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โปรไฟล์แบคทีเรียในหอยนางรมสดถูกครอบงำโดยสายพันธุ์ใกล้เคียงกับ Mycoplasma, Helicobacter, Spirochaeta, Prosthecomicrobium, Haloplasma และ Terasakiella Mycoplasma ได้รับการรายงานก่อนหน้านี้ในมหาสมุทรแปซิฟิกและซิดนีย์หอยหิน (เฟอร์นันเด Piquer et al., 2012 และสีเขียวและบาร์นส์, 2010) ในการทำงานปัจจุบัน OTUs หลาย ๆ (893, 911, 2629, 2968, 3119, 3222, 3927, 4214 และ 4315) โดยมี 85-86% ความคล้ายคลึงกันกับ Mycoplasma ถูกตรวจพบในทั้งแปซิฟิกและซิดนีย์หอยหิน ความคล้ายคลึงกันตรงที่ต่ำของ OTUs เหล่านี้ด้วยการเพาะเลี้ยงเชื้อแบคทีเรียและพิมพ์ระบุว่าสิ่งเหล่านี้น่าจะเป็นตัวแทนของ OTUs แท็กซ่า undescribed ในระดับครอบครัว (Schloss และ Handelsman, 2004) ที่น่าสนใจเหล่านี้แสดงให้เห็น OTUs ความคล้ายคลึงกันกับลำดับแบคทีเรีย uncharacterised รายงานโดยเฟอร์นันเด Piquer และคณะ (2012) (99%) และสีเขียวและบาร์นส์ (2010) (97%) ในทำนองเดียวกัน OTUs 1563 2414, 3099 และ 4218 ที่ใช้ร่วมกัน 99% ความคล้ายคลึงกันกับ OTUs รายงาน byFernandez-Piquer และคณะ (2012) OTUs เหล่านี้เกี่ยวข้องกันอย่างใกล้ชิดที่สุดที่จะ Spirochaeta (ตรงกับ 81-84%) -.. ที่อยู่อาศัยฟรี anaerobes ตามอำเภอใจว่านอกจากนี้ยังมีรายงานก่อนหน้านี้ในหอยนางรม (เฟอร์นันเด Piquer และคณะ, 2012, สีเขียวและบาร์นส์ปี 2010 และ Leschine และคณะ, 2007) OTU 2875 น่าจะเป็นประเภทที่เกี่ยวข้องมากที่สุดอย่างใกล้ชิดกับ Helicobacter (ตรงกับ 89%) ในขณะที่รู้จักกันดีที่สุดสำหรับความสัมพันธ์ของพวกเขากับแผล Helicobacter ยังได้รับการแยกออกก่อนหน้านี้จากน้ำทะเล planktonic สิ่งมีชีวิตและอาหารทะเล (เซลลินี et al., 2004 และ Nwe et al., 2009) ตรงกับความคล้ายคลึงกันในระดับต่ำ (91%) ของ OTU 2875 ที่มีแบคทีเรียที่อธิบายไว้อย่างเป็นระบบบ่งชี้ว่า OTU นี้ส่วนใหญ่จะเป็นแท็กซอน undescribed ในระดับสกุลและแตกต่างกันไป Helicobacter (Schloss และ Handelsman, 2004) Prosthecomicrobium, Haloplasma andTerasakiella มีก่อนหน้านี้ทั้งหมดรับรายงานจากสภาพแวดล้อมทางทะเล (ตูนส์และคณะ, 2008 Bauld et al, 1983, เฟอร์นันเด Piquer et al, 2012 และ Satomi et al, 2002....); เช่นเดียวกับคนอื่น ๆ OTUs ที่ครอบงำ microbiota ของหอยนางรมแปซิฟิกร้อยละตรงกับแบคทีเรียที่เพาะเลี้ยงและอธิบายทั้งสาม OTUs (925, 1574 และ 2729) ก็ยังต่ำ (83-91%) ในการสรุปข้อมูลเหล่านี้แสดงให้เห็นว่าส่วนใหญ่ของแบคทีเรียในสดแปซิฟิกและซิดนีย์หอยหินแทนแท็กซ่า undescribed ที่ทั้งระดับชั้นเรียนหรือประเภท (Schloss และ Handelsman, 2004)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

โปรไฟล์ของเชื้อแบคทีเรียในหอยนางรมสดเป็น dominated โดยสายพันธุ์ที่คล้ายคลึงกันมากที่สุดที่เกิด spirochaeta prosthecomicrobium Mycoplasma , , , , และ haloplasma terasakiella . Mycoplasma ก่อนหน้านี้ได้มีรายงานแปซิฟิกและซิดนีย์ร็อคหอยนางรม ( และ piquer et al . , 2012 และสีเขียวและบาร์นส์ , 2553 ) ในงานปัจจุบัน หลายใน ( 893 , 911 , 2629 2968 3119 , อัพ 3927 , , , ,และ 4214 4315 ) กับ 85 และ 86 % ความเหมือนกับเชื้อไมโครพลาสมาถูกตรวจพบทั้งในแปซิฟิกและซิดนีย์ร็อคหอยนางรม ความเหมือนของเหล่านี้ในการแข่งขันต่ำและมีการเพาะเลี้ยงแบคทีเรียพบว่าในโอกาสพิมพ์เหล่านี้เป็นตัวแทน undescribed และในระดับครอบครัว ( ปราสาท และ handelsman , 2004 )ที่น่าสนใจเหล่านี้มีความคล้ายคลึงกับลำดับของแบคทีเรียใน uncharacterised รายงานโดย เฟอร์นันเดซ piquer et al . ( 2012 ) ( 99% ) และสีเขียวและบาร์นส์ ( 2010 ) ( 97 ) ในทำนองเดียวกันใน 2106 1624 ของและแบ่งปัน , 4218 99% เหมือนในรายงาน byfernandez piquer et al . ( 2012 ) ในเหล่านี้ส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับ spirochaeta ( 81 - 84 % ตรงกับชีวิต–ฟรีหลักวิชาอยที่ยังก่อนหน้านี้มีรายงานจากหอยนางรม ( และ piquer et al . , 2012 , สีเขียว และ บาร์นส์ , 2010 และ leschine et al . , 2007 ) อาจเป็นสกุล 2875 otu ส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับเฮ ( 89% ราคา ) ในขณะที่ดีที่สุดรู้จักกันสำหรับความสัมพันธ์ของพวกเขากับแผลที่เกิดยังได้รับก่อนหน้านี้ที่แยกได้จากน้ำทะเลสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กมากในน้ำ และสิ่งมีชีวิตในทะเล ( Cellini et al . , 2004 และเรา et al . , 2009 ) การแข่งขันความคล้ายคลึงต่ำ ( 91% ) otu 2875 กับระบบอธิบายแบคทีเรียบ่งชี้ว่า otu ส่วนใหญ่เป็นชนิด undescribed ที่ระดับสกุล และแตกต่างกับเฮ ( และไม่ handelsman , 2004 ) prosthecomicrobium ,haloplasma andterasakiella ทั้งหมดก่อนหน้านี้มีรายงานจากสภาพแวดล้อมทางทะเล ( แอนทูเนส et al . , 2008 , bauld et al . , 1983 , และ piquer et al . , 2012 และซาโตมิ et al . , 2002 ) ; เช่นเดียวกับในอื่น ๆที่ครอบงําไมโครไบโ ้าของหอยนางรมแปซิฟิกสดเปอร์เซ็นต์ เหมาะกับเลี้ยงแบคทีเรียเหล่านี้และอธิบาย สามใน ( 925 งานและได้ ) ยังต่ำ ( 83 ( 91% )สรุปแล้ว ข้อมูลเหล่านี้แสดงให้เห็นว่าส่วนใหญ่ของแบคทีเรียในแปซิฟิกและซิดนีย์ร็อคหอยนางรมสดของและที่เรียนหรือ undescribed ประเภทระดับและไม่ handelsman , 2004 )