2.3. Preparation of protein for liq

2.3. Preparation of protein for liquid-chromatography tandem mass spectrometry (LC–MS/MS)
2.3.1. Identification and quantification of the peptides

Multicharged (2+, 3+ and 4+) ion intensities were extracted from the LC–MS files and the Mascot Version 2.4 software (Matrix Science Ltd, UK) was used to compare the MS/MS data against the NCBI protein database (13/03/2013; 11,961,441 sequences). Search parameters used were a maximum missed-cut value of 2, variable oxidation (M), N-terminal protein acetylation and fixed carbamidomethylation (C), precursor mass tolerance 7 ppm and MS/MS tolerance 0.4 Da. A significance threshold (p) of

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.3. เตรียมโปรตีนควบคู่ของเหลว chromatography รเมท (LC – MS/MS)2.3.1. การระบุและการนับของเปปไทด์Multicharged (2 + 3 + และ 4 +) ไอออนความเข้มที่ถูกสกัดจาก LC – MS แฟ้มและโปรแกรมมิ่งขวัญรุ่น 2.4 (เมทริกซ์วิทยาศาสตร์ จำกัด สหราชอาณาจักร) ถูกใช้เพื่อเปรียบเทียบข้อมูล MS/MS กับฐานข้อมูลของโปรตีน NCBI (ลำดับที่ 13/03/2013; 11,961,441) พารามิเตอร์การค้นหาที่ใช้ถูกพลาดตัดค่าสูงสุดของการเกิดออกซิเดชันผันแปร 2 (M), N-เทอร์มินัลโปรตีน acetylation และถาวร carbamidomethylation (C), ค่าเผื่อมวลสารตั้งต้น 7 ppm และ MS/MS ยอมรับ 0.4 ดา เกณฑ์อย่างมีนัยสำคัญ (p) ของ < 0.05 (MudPIT คะแนน) การตั้งค่า และเปปไทด์ต่ำตัดคะแนน 20 โปรตีนระบุ และวัด 2 หรือเพิ่มเติมเปปไทด์ลำดับถูกเก็บไว้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.3 เตรียมความพร้อมของโปรตีนสำหรับของเหลวโครมาตีคู่มวลสาร (LC-MS / MS)
2.3.1 การจำแนกชนิดและปริมาณของเปปไทด์

Multicharged (2+, 3+ และ 4+) ความเข้มไอออนสกัดจากไฟล์ LC-MS และ Mascot รุ่น 2.4 ซอฟแวร์ (Matrix วิทยาศาสตร์ Ltd สหราชอาณาจักร) ถูกใช้ในการเปรียบเทียบข้อมูล MS / MS กับ ฐานข้อมูล NCBI โปรตีน (13/03/2013; 11961441 ลำดับ) พารามิเตอร์การค้นหาใช้เป็นค่าสูงสุดพลาดตัดของ 2, ออกซิเดชันตัวแปร (M), acetylation โปรตีน N-Terminal และ carbamidomethylation คงที่ (C) ปูชนียบุคคลมวลอดทน 7 ppm และความอดทน MS / MS 0.4 ดา เกณฑ์อย่างมีนัยสำคัญ (P) ของ <0.05 (MudPIT คะแนน) ได้รับการตั้งค่าและเปปไทด์ขั้นต่ำตัดคะแนน 20. โปรตีนระบุและวัดมี 2 หรือมากกว่าลำดับเปปไทด์ถูกเก็บไว้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.3 การเตรียมโปรตีนสำหรับ liquid chromatography ตีคู่มวลสาร ( LC ) MS / MS )2.3.1 . การจำแนกชนิดและปริมาณของเปปไทด์multicharged ( 2 + , 3 + และ 4 + ) ไอออนความเข้มสกัดจาก LC - MS แฟ้มและรุ่นมิ่งขวัญ 2.4 ซอฟต์แวร์ ( Ltd เมทริกซ์วิทยาศาสตร์อังกฤษ ) คือใช้ในการเปรียบเทียบข้อมูลกับ MS / MS ฐานข้อมูล ncbi โปรตีน ( 13 / 03 / 2013 ; 11961441 ลำดับ ) พารามิเตอร์การค้นหาใช้สูงสุดพลาดตัดค่าของ 2 ตัวแปรออกซิเดชัน ( M ) , โปรตีนและกรดอะมิโนอะซิทิเลชันแก้ไข carbamidomethylation ( C ) , สารตั้งต้นมวลความอดทน 7 ppm และ MS / MS ความอดทน 0.4 ดา . แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ ( p < 0.05 ) ของค่า ( mudpit คะแนน ) เป็นชุด และอย่างน้อย เปปไทด์ตัดคะแนน 20 การระบุและปริมาณโปรตีนหรือเปปไทด์ 2 ลำดับถูกเก็บรักษาไว้