ที่ลำไส้ (gut lumen) อินูลินจะเป็นอาหารสำหรับแบคทีเรีย เมื่อแบคทีเรียนำไปใช้จะให้พลังงานและสารบางชนิด เช่น กรดแลกติกและกรดไขมันชนิดสายสั้น (short-chain fatty acids) ซึ่งเป็นผลิตผลจากกระบวนการหมัก เกิดการกระตุ้นการเจริญของกลุ่มจุลินทรีย์ที่มีประโยชน์ต่อสุขภาพ (Guarner, 2005) และสภาวะความเป็นกรดที่เกิดขึ้น จะช่วยยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อแบคทีเรียที่เป็นโทษบางชนิดในลำไส้ได้ เช่น Clostridium perfringens, Salmonella spp. และ Escherichia coli เป็นต้น มีผลช่วยป้องกันอาการท้องเดิน อินูลินมีคุณสมบัติเป็นใยอาหาร จึงช่วยบรรเทาอาการท้องผูก และยังช่วยเพิ่มความแข็งแรงของเซลล์เยื่อบุผิวของลำไส้ จึงมีประสิทธิภาพช่วยป้องกันโรคลำไส้อักเสบได้ (Lopez-Molina et al., 2005)