แมลงวันเป็นแมลงชนิดหนึ่งที่ก่อให้เกิดปัญหากับคนมากมาย ก่อให้เกิดความรำคาญแก่คนและสัตว์ แมลงวันบ้านสามารถนำโรคโดยมีเชื้อโรคติดไปกับส่วนต่าง ๆ ของร่างกาย เช่น ปาก ขา และขน เชื้อโรคจะถูกถ่ายทอดไปในขณะที่แมลงวันตอมอาหาร เมื่อคนรับประทานอาหารที่มีแมลงวันตอมเข้าไปอาจจะก่อให้เกิดโรคต่าง ๆ หลายชนิด เช่น โรคระบบทางเดินอาหาร ได้แก่ ท้องร่วงอย่างรุนแรง ไทฟอยด์ พาราไทฟอยด์ อหิวาตกโรค อาหารเป็นพิษ นอกจากนี้อาจก่อให้เกิดโรคโปลิโอ และโรคไวรัสอื่น ๆ เช่น โรคริดสีดวงตา เยื่อบุตาอักเสบและตาแดง แมลงวันบางชนิดไชเท้าทางผิวหนังของคนและสัตว์ ก่อให้เกิดการอักเสบทางผิวหนังและเป็นแผลเน่า ได้แก่ แมลงวันหัวเขียวและแมลงวันหลังลายหลายชนิด นอกจากปัญหาของแมลงวันดังที่กล่าวมาแล้วยังพบว่าแหล่งเพาะพันธุ์ของแมลงวันมักมีกลิ่นเหม็น รบกวน ทำลายทัศนียภาพอันสวยงามและมีผลต่อความเป็นอยู่ของคน