AbstractThe availability of draft s

Abstract

The availability of draft sequences for both the mouse and human genomes makes it possible, for the first time, to annotate whole mammalian genomes using comparative methods. TWINSCAN is a gene-prediction system that combines the methods of single-genome predictors like GENSCAN with information derived from genome comparison, thereby improving accuracy. Because TWINSCAN uses genomic sequence only, it is less biased toward highly and/or ubiquitously expressed genes than GENEWISE, GENOMESCAN, and other methods based on evidence derived from transcripts. We show that TWINSCAN improves gene prediction in human using intermediate products from various stages of the sequencing and analysis of the mouse genome, from low-redundancy, whole-genome shotgun reads to the draft assembly and the synteny map. TWINSCAN improves on the prior state of the art even when alignments from only 1X coverage of the mouse genome are available. Gene prediction accuracy improves steadily from 1X through 3X, more slowly from 3X to 4X, and relatively little thereafter. The assembly and the synteny map greatly speed the computations, however. Our human annotation using the mouse assembly is conservative, predicting only 25,622 genes, and appears to be one of the best de novo annotations of the human genome to date.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บทคัดย่อความพร้อมของร่างลำดับสำหรับเมาส์และ genomes มนุษย์ทำ ครั้งแรก การใส่คำอธิบายประกอบ genomes mammalian ทั้งใช้วิธีการเปรียบเทียบ TWINSCAN เป็นระบบการทำนายยีนที่รวม predictors กลุ่มเดียวเช่น GENSCAN วิธีการ ด้วยข้อมูลที่ได้มาจากการเปรียบเทียบจีโนม เพื่อปรับปรุงความแม่นยำ เนื่องจาก TWINSCAN ใช้ลำดับ genomic เท่านั้น ได้น้อยภาพสูง หรือ ubiquitously แสดงยีน GENEWISE, GENOMESCAN และวิธีการอื่น ๆ ตามหลักฐานที่ได้จากใบแสดงผล แสดงว่า TWINSCAN ปรับปรุงการทำนายยีนในมนุษย์โดยใช้ผลิตภัณฑ์ระดับกลางจากขั้นตอนต่าง ๆ ของการจัดลำดับและการวิเคราะห์จีโนมเมาส์ จากต่ำความซ้ำซ้อน ปืนลูกซองทั้งจีโนมอ่านประกอบร่างและแผนที่ synteny TWINSCAN ช่วยในการทราบทันแม้จัดแนวจาก 1 X ความครอบคลุมของจีโนมเมาส์มี ความแม่นยำการทำนายยีนปรับปรุงอย่างต่อเนื่องจาก 1 X ผ่าน 3 X ช้าจาก 3 X 4 X และค่อนข้างน้อยหลังจากนั้น แอสเซมบลีและ synteny ในแผนที่มากความเร็วประมวลผล อย่างไรก็ตาม คำอธิบายของมนุษย์ที่ใช้แอสเซมบลีเมาส์เป็นหัวเก่า ยีนเฉพาะ 25,622 คาดการณ์ และถูกสุด de novo คำของมมนุษย์วันที่ต้อง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทคัดย่อความพร้อมของลำดับร่างทั้งเมาส์และจีโนมของมนุษย์ที่ทำให้มันเป็นไปได้เป็นครั้งแรกเพื่ออธิบายทั้งจีโนมเลี้ยงลูกด้วยนมโดยใช้วิธีการเปรียบเทียบ TWINSCAN เป็นระบบยีนทำนายที่ผสมผสานวิธีการพยากรณ์เดียวจีโนมเหมือน GENSCAN กับข้อมูลที่ได้มาจากการเปรียบเทียบจีโนมซึ่งจะช่วยปรับปรุงความถูกต้อง เพราะ TWINSCAN ใช้ลำดับจีโนมเท่านั้นก็น้อยลำเอียงไปทางสูงและ / หรือแสดงความ ubiquitously ยีนกว่า GENEWISE, GENOMESCAN และวิธีการอื่น ๆ บนพื้นฐานของหลักฐานที่ได้มาจากการถอดเสียง เราแสดงให้เห็นว่า TWINSCAN ช่วยเพิ่มการคาดการณ์ของยีนในมนุษย์โดยใช้สินค้าขั้นกลางจากขั้นตอนต่างๆของการเรียงลำดับและการวิเคราะห์จีโนมของเมาส์จากต่ำซ้ำซ้อนปืนลูกซองทั้งจีโนมที่จะอ่านประกอบร่างและแผนที่ synteny TWINSCAN ช่วยเพิ่มเกี่ยวกับสถานะของศิลปะก่อนแม้ในขณะที่การจัดแนวจากเพียงความคุ้มครอง 1X ของจีโนมของเมาส์ที่มีอยู่ ยีนถูกต้องทำนายช่วยเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องจาก 1X ผ่าน 3X ช้าเพิ่มเติมจาก 3X เพื่อ 4X และหลังจากนั้นค่อนข้างน้อย ประกอบและแผนที่ synteny อย่างมากเพิ่มความเร็วในการคำนวณอย่างไร บันทึกย่อของมนุษย์เราใช้ประกอบเมาส์เป็นอนุรักษ์นิยมทำนายเพียง 25,622 ยีนและดูเหมือนจะเป็นหนึ่งในสิ่งที่ดีที่สุดโนโวคำอธิบายประกอบของจีโนมของมนุษย์วันที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

นามธรรม

ว่างร่างลำดับสำหรับทั้งเมาส์และมนุษย์จีโนมทำให้มันเป็นไปได้สำหรับครั้งแรกที่จะอธิบายทั้งจีโนม ) โดยใช้วิธีการเปรียบเทียบ twinscan เป็นยีนทำนายระบบที่รวมวิธีการพยากรณ์โดยเดียว เช่น genscan กับข้อมูลที่ได้มาจากการเปรียบเทียบจีโนมซึ่งจะช่วยปรับปรุงความถูกต้องเพราะ twinscan ใช้จีโนมลำดับเท่านั้น มันน้อย มีอคติต่อสูงและ / หรือระหว่างแสดงออกยีนกว่า genewise genomescan , และวิธีการอื่น ๆ ตามหลักฐานที่ได้จากรายงาน เราแสดงให้เห็นว่า twinscan ช่วยในการทำนายยีนมนุษย์โดยใช้ผลิตภัณฑ์ระดับกลาง จากขั้นตอนต่างๆของการจัดลำดับและการวิเคราะห์จีโนมของเมาส์จากความซ้ำซ้อนน้อยอ่านทั้งจีโนมปืนลูกซองกับร่างประกอบและแผนที่ synteny . twinscan ปรับปรุงสถานะเดิมของศิลปะ แม้ว่า การคุ้มครองจาก 1x เท่านั้นของจีโนมเมาส์ที่มีอยู่ ยีนทำนายความถูกต้องเพิ่มอย่างต่อเนื่องจากปัจจุบันผ่านช้าจาก 3x 3x , 4x ค่อนข้างน้อยไป และหลังจากนั้น การประกอบและแผนที่ synteny อย่างมากความเร็วในการคำนวณอย่างไรมนุษย์เราใช้หมายเหตุประกอบเมาส์เป็นแบบอนุรักษ์นิยม ทำนาย 25622 ยีนเท่านั้น และดูเหมือนจะเป็นหนึ่งในดีที่สุดอีกครั้งบันทึกย่อของจีโนมมนุษย์ วันที่