To decrypt a doubly heterozygous sequence (DHS) in order to define the indel mutation for mutation
reporting, an algorithm recursively searching the overlapped nucleotide using an offset of nucleotide positions
can decrypt the indel without using a reference sequence. However, as genetic code is letter-based,
special computer programs are required to run the decryption algorithm.
Methods: The previous text-based algorithm was converted to a number-based algorithm by expressing DNA
sequence from a 4-letter genetic code to a 4-prime-number genetic code, i.e., converting A, C, G, T to 2, 3, 5,
and 7. This algorithmbased on prime-number genetic code is called PrimeIndel and is executable by spreadsheet.
Using prime number coded DNA sequence, the overlapped nucleotide between any 2 positions of the DHS is
represented by the greatest common divisor (GCD) of the multiplication product of 2 prime numbers. This
algorithm can also be used for aligning multiple overlapping sequence reads by in-silico DHS formation. The
indel size of the in-silico formed DHS indicates the positions in the paired sequences for correct alignment.
Results: DHSs were successfully decrypted by the prime number-based algorithm and sequence reads were
aligned correctly.
Conclusions:DNA sequence expressed in prime numbers can be used for the decryption ofDHS and the alignment
of sequence reads using awell-knownmathematical function GCD of a spreadsheet program. PrimeIndel is a useful
tool formutation reporting in clinical laboratories. The software is downloadable
To decrypt a doubly heterozygous sequence (DHS) in order to define the indel mutation for mutationreporting, an algorithm recursively searching the overlapped nucleotide using an offset of nucleotide positionscan decrypt the indel without using a reference sequence. However, as genetic code is letter-based,special computer programs are required to run the decryption algorithm.Methods: The previous text-based algorithm was converted to a number-based algorithm by expressing DNAsequence from a 4-letter genetic code to a 4-prime-number genetic code, i.e., converting A, C, G, T to 2, 3, 5,and 7. This algorithmbased on prime-number genetic code is called PrimeIndel and is executable by spreadsheet.Using prime number coded DNA sequence, the overlapped nucleotide between any 2 positions of the DHS isrepresented by the greatest common divisor (GCD) of the multiplication product of 2 prime numbers. Thisalgorithm can also be used for aligning multiple overlapping sequence reads by in-silico DHS formation. Theindel size of the in-silico formed DHS indicates the positions in the paired sequences for correct alignment.Results: DHSs were successfully decrypted by the prime number-based algorithm and sequence reads werealigned correctly.Conclusions:DNA sequence expressed in prime numbers can be used for the decryption ofDHS and the alignmentof sequence reads using awell-knownmathematical function GCD of a spreadsheet program. PrimeIndel is a usefultool formutation reporting in clinical laboratories. The software is downloadable
การแปล กรุณารอสักครู่..
การถอดรหัสลำดับ heterozygous ทวีคูณ (DHS) เพื่อกำหนดการกลายพันธุ์กลายพันธุ์ Indel สำหรับ
รายงานขั้นตอนวิธีการค้นหาซ้ำเบื่อหน่ายที่คาบเกี่ยวกันใช้ชดเชยของตำแหน่งเบส
สามารถถอดรหัส Indel โดยไม่ต้องใช้ลำดับอ้างอิง แต่เป็นรหัสพันธุกรรมเป็นตัวอักษรที่ใช้
โปรแกรมคอมพิวเตอร์พิเศษที่จำเป็นในการใช้ขั้นตอนวิธีการถอดรหัส.
วิธีการ: อัลกอริทึมข้อความตามที่ก่อนหน้านี้ถูกดัดแปลงเป็นอัลกอริทึมจำนวนตามโดยแสดงดีเอ็นเอ
ลำดับจาก 4 ตัวอักษรรหัสพันธุกรรมไปยัง 4 นายกหมายเลขรหัสพันธุกรรมเช่นการแปลง A, C, G, T เพื่อ 2, 3, 5,
และ 7 นี้ algorithmbased นายกหมายเลขรหัสพันธุกรรมที่เรียกว่า PrimeIndel และเป็นที่ปฏิบัติการด้วยสเปรดชีต.
ใช้ดีเอ็นเอนายกหมายเลขรหัส ลำดับเบื่อหน่ายที่คาบเกี่ยวกันระหว่าง 2 ตำแหน่งของ DHS เป็น
ตัวแทนจากตัวหารร่วมมาก (GCD) ของผลิตภัณฑ์คูณของ 2 ตัวเลขที่สำคัญ นี้
ขั้นตอนวิธีการนอกจากนี้ยังสามารถนำมาใช้สำหรับการจัดตำแหน่งลำดับที่ทับซ้อนกันหลายอ่านโดยใน silico DHS ก่อ
ขนาด Indel ของใน silico รูป DHS บ่งชี้ตำแหน่งในลำดับที่จับคู่สำหรับการจัดตำแหน่งที่ถูกต้อง.
ผล: DHSS ถูกถอดรหัสประสบความสำเร็จโดยอัลกอริทึมจำนวนตามที่สำคัญและลำดับอ่านถูก
ชิดได้อย่างถูกต้อง.
สรุปลำดับดีเอ็นเอแสดงในตัวเลขที่สำคัญสามารถ จะใช้สำหรับ ofDHS ถอดรหัสและการจัดตำแหน่ง
ของลำดับอ่านโดยใช้ฟังก์ชั่น GCD awell-knownmathematical ของโปรแกรมสเปรดชีต PrimeIndel เป็นประโยชน์
formutation รายงานเครื่องมือในห้องปฏิบัติการทางคลินิก ซอฟแวร์ที่สามารถดาวน์โหลด
การแปล กรุณารอสักครู่..
ถอดรหัสลำดับก่อนเป็นทวีคูณ ( DHS ) เพื่อหาการกลายพันธุ์ INDEL มิวเตชั่นรายงานขั้นตอนวิธี recursively ค้นหาซ้อนเบสใช้ชดเชยตำแหน่งนิวคลีโอไทด์สามารถถอดรหัส INDEL โดยไม่ต้องใช้อ้างอิงลำดับ อย่างไรก็ตาม ขณะที่ทางพันธุกรรมรหัสตัวอักษรตามโปรแกรมพิเศษจะต้องใช้ถอดรหัสขั้นตอนวิธีวิธีการ : ขั้นตอนวิธีการเดิมจะถูกแปลงเป็นเลขขั้นตอนวิธีพื้นฐานการแสดงออกถึงดีเอ็นเอลำดับจาก 4-letter รหัสพันธุกรรม เพื่อ 4-prime-number รหัสพันธุกรรม คือ แปลง A , C , G , T , 2 , 3 , 5และ 7 . นี้ algorithmbased เกี่ยวกับจำนวนเฉพาะรหัสพันธุกรรมเรียกว่า primeindel และปฏิบัติการโดยสเปรดชีตใช้จำนวนเฉพาะรหัสลำดับเบสดีเอ็นเอ , ซ้อนระหว่าง 2 ตำแหน่งของเขาคือแสดงโดยตัวหารร่วมมากที่สุด ( LCD ) ของผลคูณของจำนวนเฉพาะผลิตภัณฑ์ 2 . นี้นี้ยังสามารถใช้สำหรับการจัดเรียงทับซ้อนกันหลายลำดับอ่านโดยสำหรับ DHS ก่อตัว ที่ขนาด INDEL ของสำหรับรูปแบบ DHS แสดงในตำแหน่งคู่ ลำดับถูกต้องแนวผลลัพธ์ : DHSS ) เรียบร้อยแล้วถอดรหัสโดยจำนวนเฉพาะตามขั้นตอนวิธีการและลำดับอ่านคือจัดชิดอย่างถูกต้องสรุป : ดีเอ็นเอแสดงลำดับจำนวนเฉพาะที่สามารถใช้สำหรับการถอดรหัสและการ ofdhsการใช้ฟังก์ชันการใช้งาน knownmathematical อ่านโจทย์ของโปรแกรมสเปรดชีต primeindel เป็นประโยชน์formutation เครื่องมือรายงานในห้องปฏิบัติการทางคลินิก ซอฟต์แวร์ดาวน์โหลด
การแปล กรุณารอสักครู่..