2.3.3. Static alignmentsStatic alig

2.3.3. Static alignments
Static alignments, i.e., alignments with fixed homology
statements, were also constructed to explore the
sensitivity of the results to alternative phylogenetic
treatments of gaps and alternative phylogenetic inference
frameworks. Static alignments for the ribosomal
genes were constructed following the method of Hedin
and Maddison (2001). Multiple automatic alignments
corresponding to different combinations of gap opening
and gap extension costs (8/2, 8/4, 20/2, 24/4, and 24/6,
transition weight fixed to 0.5) were built with ClustalX
(Thompson et al., 1997). Alignments for each particular
set of parameters were built using a single guide tree as
currently implemented in Clustal and as it is the common
practice in the literature. However, it is well known
that automatic alignments are order-dependent and a
different addition series of taxa may result in different
alignments. Moreover, many equally optimal alignments
may exist for the same set of sequences (Giribet
et al., 2002). The use of a single guide tree precludes the
exploration of such alternative alignments. We chose
gap opening/extension cost ratios that favored both
relatively gappy (e.g., 8/2) and compressed (e.g., 24/6)
alignments (Hedin and Maddison, 2001). A particular
gap opening/extension cost alignment was chosen based
on topological congruence to the elision matrix
(Wheeler et al., 1995) obtained by appending all the
alignments constructed for a given gene fragment. Topological
congruence was measured by the number of
nodes in common between the consensus tree of each
individual matrix and the elision matrix and by calculating
the average symmetric-difference distances
(Swofford, 2001) between all the trees from the individual
matrix and the elision matrix. All the former
analyses were run considering gaps as a 5th state. A
combined matrix was then constructed by adding the
best alignment selected for each ribosomal gene plus the
COI and H3 fragments. The combined static matrix was
then analyzed by considering gaps as either missing data
or as 5th character-state. The same combined data matrix
was recoded using the gap coding method of Simmons
and Ochoterena (2000) to explore the effect of
coding gaps (indels) as presence/absence characters rather
than as a 5th state. The computing program Gap-
Coder (Young and Healy, 2002) facilitates the
automatic recoding of an alignment using the simple
indel coding version of Simmons and Ochotorena_s
method.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.3.3. คงจัดแนวคงจัดแนว การจัดแนว มี homology ถาวรงบ นอกจากนี้ยังได้ถูกสร้างขึ้นเพื่อสำรวจการความไวของผลให้ทาง phylogeneticรักษาของช่องว่างและทาง phylogenetic กล่าวกรอบ จัดแนวแบบคงที่สำหรับการ ribosomalยีนที่ถูกสร้างขึ้นตามวิธีการของ Hedinและ Maddison (2001) จัดแนวอัตโนมัติหลายสอดคล้องกับช่องว่างที่เปิดรวมกันและช่องว่างต่อต้นทุน (8/2, 8/4, 20/2, 24/4 และ 24/6เปลี่ยนน้ำหนักคงไป 0.5) ถูกสร้าง ด้วย ClustalX(Thompson et al. 1997) จัดแนวสำหรับเฉพาะแต่ละชุดของพารามิเตอร์ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ต้นไม้แนะนำเดี่ยวเป็นขณะนี้ดำเนินการใน Clustal และมันเป็นการทั่วไปปฏิบัติในวรรณคดี อย่างไรก็ตาม เป็นที่รู้จักจัดแนวอัตโนมัติขึ้นอยู่กับการสั่งซื้อ และการแตกต่างจากชุดของแท็กซ่าอาจส่งผลแตกต่างกันจัดแนวนี้ นอกจากนี้ จัดแนวที่เหมาะสมกันมากอาจมีลำดับ (Giribet ชุดเดียวกันet al. 2002) ไม่สามารถใช้ต้นเดียวคู่มือการการสำรวจดังกล่าวจัดแนวอื่น เราเลือกช่องว่างของส่วนขยายของเปิดอัตราส่วนต้นทุนที่ชื่นชอบทั้งสองค่อนข้าง gappy (เช่น 8/2) และการบีบอัด (เช่น 24/6)ปรับทิศทาง (Hedin และ Maddison, 2001) เฉพาะเลือกช่องว่างเปิดนามสกุล/ต้นทุนการจัดตำแหน่งตามบนลงตัว topological เมทริกซ์ elision(ล้อ et al. 1995) ได้ โดยการผนวกทั้งหมดจัดแนวก่อสร้างส่วนยีนที่กำหนด Topologicalลงตัวโดยวัดจากจำนวนโหนดในระหว่างต้นไม้มติของแต่ละแต่ละเมตริกซ์และเมตริกซ์ elision และ โดยการคำนวณระยะแบบความแตกต่างค่าเฉลี่ย(Swofford, 2001) ระหว่างต้นไม้ทั้งหมดจากแต่ละบุคคลเมตริกซ์และเมตริกซ์ elision ในอดีตวิเคราะห์ได้ถูกเรียกใช้พิจารณาช่องว่างที่ 5 รัฐ Aเมตริกซ์ที่รวมกันแล้วสร้างขึ้น โดยการเพิ่มการที่ดีที่สุดสำหรับแต่ละยีน ribosomal จัดตำแหน่ง และการส่วน COI และ H3 เป็นเมทริกซ์คงที่รวมจากนั้น วิเคราะห์ โดยพิจารณาช่องว่างเป็นข้อมูลขาดหายไปหรือ เป็น สถานะ 5 อักขระ เมทริกซ์ข้อมูลรวมเดียวกันถูก recoded ใช้ช่องว่างที่เขียนโค้ดวิธีการซิมมอนส์และ Ochoterena (2000) การสำรวจผลกระทบของกำหนดช่องว่าง (indels) เป็นอักขระที่มี/ไม่มีการกว่ารัฐเป็น 5 โปรแกรมคำนวณช่องว่าง-รหัส (หนุ่มและ Healy, 2002) ช่วยในการบันทึกอัตโนมัติของการจัดตำแหน่งที่ใช้ง่ายรหัส Simmons และ Ochotorena_s รุ่น indelวิธีการ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.3.3 การจัดแนวคง
จัดแนวแบบคงที่เช่นการจัดแนวกับที่คล้ายคลึงกันคง
งบก็ถูกสร้างขึ้นมาเพื่อสำรวจ
ความไวของผลไปยังสายวิวัฒนาการทางเลือก
การรักษาช่องว่างและทางเลือกในการอนุมาน phylogenetic
กรอบ การจัดแนวแบบคงที่สำหรับโซมอล
ยีนที่ถูกสร้างขึ้นตามวิธีของ Hedin
และ Maddison (2001) การจัดแนวอัตโนมัติหลาย
ที่สอดคล้องกับการรวมกันของการเปิดช่องว่าง
และค่าใช้จ่ายในการขยายช่องว่าง (8/2 8/4, 20/2, 24/4 และ 24/6,
น้ำหนักเปลี่ยนแปลงคงที่ 0.5) ถูกสร้างขึ้นด้วย ClustalX
( ธ อมป์สัน, et al ., 1997) การจัดแนวโดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับแต่ละ
ชุดของพารามิเตอร์ที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ต้นไม้คู่มือเดียว
ดำเนินการอยู่ในปัจจุบัน Clustal และมันเป็นเรื่องธรรมดา
การปฏิบัติในวรรณคดี แต่ก็เป็นที่รู้จักกันดี
ว่าการจัดแนวอัตโนมัติเพื่อขึ้นอยู่กับและ
ชุดที่แตกต่างกันนอกจากนี้แท็กซ่าอาจส่งผลที่แตกต่างกัน
การจัดแนว นอกจากนี้หลายจัดแนวที่ดีที่สุดอย่างเท่าเทียมกัน
อาจมีอยู่สำหรับชุดเดียวกันของลำดับ (Giribet
et al., 2002) การใช้ต้นไม้คู่มือติ๊ดเดียว
การสำรวจของทางเลือกเช่นการจัดแนว เราเลือก
อัตราส่วนช่องว่างเปิด / ค่าใช้จ่ายส่วนขยายที่ได้รับการสนับสนุนทั้งสอง
ค่อนข้าง Gappy (เช่น 8/2) และบีบอัด (เช่น 24/6)
การจัดแนว (Hedin และ Maddison, 2001) โดยเฉพาะอย่างยิ่ง
การจัดเรียงช่องว่างค่าใช้จ่ายในการเปิด / ขยายได้รับเลือกขึ้นอยู่
ในความสอดคล้องกันทอพอโลยีเมทริกซ์ตัดออก
(ล้อ et al., 1995) ที่ได้รับจากการผนวกทั้งหมดที่
จัดแนวเพื่อสร้างชิ้นส่วนของยีนที่กำหนด ทอพอโลยี
สอดคล้องกันโดยวัดจากจำนวนของ
โหนดในการร่วมกันระหว่างต้นไม้ฉันทามติของแต่ละ
เมทริกซ์ของแต่ละบุคคลและเมทริกซ์และตัดออกโดยการคำนวณ
ค่าเฉลี่ยของสมมาตรแตกต่างกันในระยะทาง
(Swofford, 2001) ระหว่างต้นไม้ทั้งหมดจากแต่ละ
เมทริกซ์และเมทริกซ์ตัดออก ทั้งหมดอดีต
วิเคราะห์วิ่งช่องว่างพิจารณาเป็นรัฐที่ 5
เมทริกซ์รวมแล้วถูกสร้างขึ้นโดยการเพิ่ม
การจัดตำแหน่งที่ดีที่สุดที่เลือกสำหรับแต่ละยีนโซมอลบวก
COI และ H3 เศษ รวมเมทริกซ์คงได้รับการ
วิเคราะห์โดยพิจารณาช่องว่างเป็นทั้งข้อมูลที่ขาดหาย
หรือเป็นตัวละครที่ 5 รัฐ เช่นเดียวกับเมทริกซ์รวมข้อมูล
ถูก recoded ใช้ช่องว่างวิธีการของซิมมอนส์เข้ารหัส
และ Ochoterena (2000) ในการสำรวจผลกระทบของ
การเข้ารหัสช่องว่าง (indels) เป็นตัวละครมี / ไม่มีค่อนข้าง
กว่าเป็นรัฐที่ 5 โปรแกรมคอมพิวเตอร์ Gap-
Coder (หนุ่มฮีลี, 2002) อำนวยความสะดวกใน
การบันทึกอัตโนมัติของการจัดตำแหน่งโดยใช้ง่าย
Indel รุ่นของซิมมอนส์และการเข้ารหัส Ochotorena_s
วิธี

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.3.3 . การจัดแนวแบบคงที่สถิตการ เช่น การแก้ไขโรคด้วยข้อความถูกสร้างขึ้นเพื่อสำรวจความไวของผล ซึ่งทางเลือกการรักษาช่องว่างและการอนุมานชนิดอื่นกรอบ . การจัดแนวแบบคงที่สำหรับไรโบโซมอลยีนที่ถูกสร้างขึ้นตามวิธีการของ hedinและ แมดดิสัน ( 2001 ) อัตโนมัติ การหลายสอดคล้องกับการเปิดช่องว่างที่แตกต่างกันและค่าใช้จ่ายในการขยายช่องว่าง ( 8 / 2 8 / 4 20 / 2 , 24 / 4 และ 24 / 6การเปลี่ยนแปลงแก้ไขน้ำหนัก 0.5 ) ที่ถูกสร้างขึ้นด้วย clustalx( Thompson et al . , 1997 ) การสำหรับแต่ละชุดของพารามิเตอร์ที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้แนวทางเดียวกับต้นไม้ปัจจุบันใช้ใน clustal และมันเป็น ทั่วไปการปฏิบัติในวรรณคดี อย่างไรก็ตาม มันเป็นที่รู้จักกันดีว่า การจะสั่งแบบอัตโนมัติและชุดเพิ่มความสูงต่างกันอาจส่งผลแตกต่างกันการจัดแนว นอกจากนี้ การที่เหมาะสมกันมากอาจจะอยู่ในชุดเดียวกัน ลำดับ ( giribetet al . , 2002 ) การใช้คู่มือต้นไม้ precludes การเดียวการสำรวจทางเลือกเช่นการจัดแนว เราเป็นคนเลือกการเปิด / ขยายช่องว่างค่าใช้จ่ายอัตราส่วนที่ชื่นชอบ ทั้งค่อนข้าง gappy ( เช่น 8 / 2 ) และบีบอัด ( เช่น 24 / 6 )( และการ hedin แมดดิสัน , 2001 ) โดยเฉพาะการเปิด / ขยายช่องว่างแนวต้นทุนถูกเลือกตามในทอพอโลยี สอดคล้องกับการตัดออกเมทริกซ์( ล้อ et al . , 1995 ) ได้ผนวกทั้งหมดการสร้างให้ยีนจำเพาะ . ทอพอโลยีวัดจากจำนวนของความสอดคล้องร่วมกันระหว่างโหนดในต้นไม้แต่ละ เอกฉันท์บุคคลและการตัดออกเมทริกซ์เมทริกซ์และการคำนวณความแตกต่างของระยะทางเฉลี่ยสมมาตร( สวอฟฟอร์ด , 2001 ) ระหว่างต้นไม้ทั้งหมดจากบุคคลเมทริกซ์และการตัดออกเมทริกซ์ อดีตทั้งหมดวิเคราะห์ข้อมูลใช้พิจารณาช่องว่างเป็นรัฐ 5 เป็นรวมเมทริกซ์ถูกสร้างแล้ว โดยเพิ่มการเลือกที่ดีที่สุดสำหรับแต่ละยีนไรโบโซมอล พลัสผมและเศษ H3 . เมทริกซ์รวมคงที่วิเคราะห์ข้อมูล โดยพิจารณาทั้งข้อมูลช่องว่างที่หายไปหรือสถานะตัวละคร 5 เดียวกันรวมข้อมูลเมทริกซ์คือ recoded โดยใช้ช่องว่างการเข้ารหัสวิธีซิมมอนส์และ ochoterena ( 2000 ) เพื่อศึกษาผลของการเข้ารหัสช่องว่าง ( indels ) เป็นอักขระมี / ไม่มีค่อนข้างมากกว่าเป็นรัฐ 5 ช่องว่าง - คอมพิวเตอร์โปรแกรมCoder ( หนุ่ม และ ลี่ , 2002 ) ในอัตโนมัติ recoding ของแนวร่วมใช้ง่ายรุ่นของซิมมอนส์ ochotorena_s INDEL และการเข้ารหัสวิธี