Finally, it is worth mentioning som

Finally, it is worth mentioning some additional features that warrant the classification of Tc1 in a new special subfamily of scorpion K+-toxins, here denominated alphaKTx 13.1, because it is the first member of the subfamily 13. To begin with, it is the shortest of all known sequences of scorpion K+-channels blockers, that although having the signature sequence CXC, CXXXC (C for cysteine and X for any amino acid) segments tighten with two conserved disulfide bridges, it lacks entirely the N-terminal segment and also lacks a substantial part of the α-helix forming region of other K+-channel toxins. For example, the three-dimensional structure of NTX (the competing toxin for the assay in Fig. 2F) shows that residues Lys11 to Leu20 are forming three turns of α-helix, whereas Thr1–Asn4, Ala25–Cys29 and Lys33–Tyr37 are involved in anti-parallel β-sheet formation [14]. Between the third and fourth cysteinyl residue of NTX there are 11 amino acids, whereas in Tc1 there are only five. However, the last segment of Tc1, residues Lys14–Tyr23 do correspond considerably to other K-toxins, with overall identities in the order of 30–40%. If the sequences are manually compared (data not shown), introducing gaps to maximize identity and aligning the cysteines in equivalent positions, the percentage of identity with NTX of subfamily 2 (see [2]), gave 41% identity, which is one of the highest scores obtained. For Agitoxin 1 of subfamily 3 the identity was 37%; for toxin TsTxIV of Tityus serrulatus (related species), belonging to subfamily 12, it was 36%; for Pi1 of subfamily 6 it was 34% and for BmPO1 of subfamily 8 it was 31%. The identity with all other scorpion toxins is lower than 50%. The essential residue Lys27 in charybdotoxin [2] that corresponds to Lys28 in NTX [2] and [9] would correspond to Lys14 in Tc1. Nevertheless, Tc1 with half the size of the other peptides has a similar function. It has been shown by side-directed mutagenesis [2] and [15] that the recognition site of most scorpion toxins blockers specific for K+-channels reside in the C-terminal segment of the molecules, despite the fact that for some toxins, such as NTX [10], Pi2 and Pi3 from Pandinus imperator [16], some residues of the N-terminal region also play a critical role in the recognition and binding to K+-channels. Here, the structural analysis of Tc1 supports the idea that the C-terminal segment of the peptide is the one showing the highest sequence identity to other K+-channel blockers and that the N-terminal segment is probably less important. Thus, Tc1 is an excellent candidate for three-dimensional structure determination and site-directed mutagenesis in order to confirm its recognition site towards K+-channels.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ในที่สุด มีมูลค่ากล่าวถึงคุณลักษณะบางอย่างเพิ่มเติมที่รับประกันการจัดประเภทของ Tc1 ใน subfamily พิเศษแบบใหม่ของแมงป่อง K + -สารพิษ ใบ alphaKTx 13.1 ที่นี่เนื่องจากเป็นสมาชิกแรกของ subfamily 13 จะเริ่มต้นด้วย จึงสั้นลำดับชื่อดังทั้งหมดของแมงป่อง K + -ช่องบล็อกเกอร์ ที่แม้ว่าจะมีลายเซ็นลำดับ CXC, CXXXC (C สำหรับ cysteine) และ X สำหรับกรดอะมิโนใด ๆ ส่วนกระชับกับสะพานไดซัลไฟด์นำสอง มันขาดทั้งเซ็กเมนต์เอ็นเทอร์มินัล และยัง ขาดส่วนที่พบของภูมิภาคขึ้นรูปเกลียวด้วยกองทัพของ K อื่น ๆ + -ช่องสารพิษ ตัวอย่าง โครงสร้างสามมิติของ NTX (พิษแข่งขันสำหรับทดสอบใน Fig. 2F) แสดงว่า ตก Lys11 ไป Leu20 จะขึ้นสามเปิดของเกลียวด้วยกองทัพ ในขณะที่ Thr1 – Asn4, Ala25-Cys29 และ Lys33-Tyr37 เกี่ยวข้องในการก่อตัวของβ-แผ่นขนานป้องกัน [14] ระหว่างสารตกค้าง cysteinyl ที่สาม และสี่ของ NTX ได้ 11 กรดอะมิโน ขณะ Tc1 มีห้า อย่างไรก็ตาม ส่วนสุดท้ายของ Tc1 ตก Lys14 – Tyr23 ตรงมากกับอื่น ๆ K-สารพิษ มีเอกลักษณ์โดยรวมกับ 30-40% ถ้าลำดับที่ เปรียบเทียบด้วยตนเอง (ข้อมูลไม่แสดง), แนะนำช่องว่างเพื่อเพิ่มรหัสประจำตัว และตำแหน่ง cysteines ในที่เทียบเท่ากับ ตำแหน่ง เปอร์เซ็นต์ของตนกับ NTX subfamily 2 (ดู [2]) 41% ตัว ซึ่งเป็นคะแนนสูงสุดที่ได้รับอย่างใดอย่างหนึ่งให้ 1 Agitoxin ของ subfamily 3 ตัวเป็น 37% สำหรับพิษ TsTxIV Tityus serrulatus (ที่เกี่ยวข้องกับสายพันธุ์), subfamily 12 อยู่ 36% สำหรับ Pi1 subfamily 6 มันเป็น 34% และสำหรับ BmPO1 subfamily 8 มันเป็น 31% รหัสประจำตัวกับสารพิษแมงป่องทั้งหมดอื่น ๆ ไม่ต่ำกว่า 50% ตกค้างจำ Lys27 ใน charybdotoxin [2] ที่สอดคล้องกับ Lys28 NTX [2] และ [9] จะตรงกับ Lys14 ใน Tc1 อย่างไรก็ตาม Tc1 มีขนาดครึ่งหนึ่งของเปปไทด์อื่น ๆ มีฟังก์ชันที่คล้ายคลึงกัน การแสดง โดยตรงด้าน mutagenesis [2] และ [15] ที่รู้เว็บไซต์ของส่วนใหญ่แมงป่องพิษตัวบล็อกเฉพาะสำหรับ K + -ช่องอยู่ในเซกเมนต์ C-เทอร์มินัลของโมเลกุล แม้ว่า สำหรับสารพิษบางอย่าง เช่น NTX [10], Pi2 Pi3 จาก Pandinus imperator [16], ตกบางภาค N-เทอร์มินัลยังเล่นบทบาทสำคัญในการรับรู้และผูกพัน K + -ช่อง ที่นี่ การวิเคราะห์โครงสร้างของ Tc1 สนับสนุนความคิดที่ว่า เทอร์มินัล C เซ็กเมนต์ของเพปไทด์เป็นแสดงรหัสลำดับสูงสุดไป K อื่น ๆ + -ช่องบล็อกเกอร์และว่าเซ็กเมนต์เอ็นเทอร์มินัลอาจสำคัญน้อยกว่า ดังนั้น Tc1 คือ ผู้สมัครดีโครงสร้างสามมิติและตรงไซต์ mutagenesis เพื่อยืนยันไซต์ของการรับรู้ต่อ K + -ช่อง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในที่สุดก็เป็นมูลค่าการกล่าวขวัญคุณสมบัติเพิ่มเติมบางอย่างที่รับประกันการจัดหมวดหมู่ของ TC1 ในอนุวงศ์พิเศษใหม่ของ K + แมงป่อง -toxins สกุลเงินที่นี่ alphaKTx 13.1 เพ​​ราะมันเป็นสมาชิกคนแรกของอนุวงศ์ 13 เพื่อเริ่มต้นกับมันจะสั้นที่สุด ลำดับที่รู้จักกันทั้งหมดของแมงป่อง k + -channels อัพว่าถึงแม้จะมีลำดับลายเซ็น CXC, CXXXC (C สำหรับ cysteine​​ และ X สำหรับกรดอะมิโนมี) ส่วนกระชับกับสองสะพานซัลไฟด์อนุรักษ์มันขาดอย่างสิ้นเชิงส่วน N-terminal และยังขาด เป็นส่วนหนึ่งที่สำคัญของภูมิภาคการขึ้นรูปเกลียวα-อื่น ๆ k + แชลแนลสารพิษ ยกตัวอย่างเช่นโครงสร้างสามมิติของ NTX (สารพิษการแข่งขันสำหรับการทดสอบในรูป. 2F) แสดงให้เห็นว่าสารตกค้าง Lys11 เพื่อ Leu20 กำลังก่อตัวขึ้นสามรอบของα-เกลียวขณะ Thr1-Asn4, Ala25-Cys29 และ Lys33-Tyr37 มี มีส่วนร่วมในการต่อต้านการขนานβแผ่นก่อตัว [14] ระหว่างตกค้าง cysteinyl สามและสี่ของ NTX มีกรดอะมิโน 11 ในขณะที่ใน TC1 มีเพียงห้า อย่างไรก็ตามในส่วนสุดท้ายของ TC1 ตกค้าง Lys14-Tyr23 ไม่สอดคล้องอย่างมากกับคนอื่น ๆ K-สารพิษที่มีอัตลักษณ์โดยรวมในคำสั่งของ 30-40% ถ้าลำดับจะเปรียบเทียบตนเอง (ไม่ได้แสดงข้อมูล) แนะนำช่องว่างเพื่อเพิ่มตัวตนและสอดคล้อง cysteine​​s ในตำแหน่งเทียบเท่าร้อยละของตัวตนที่มี NTX อนุวงศ์ 2 (ดู [2]) ให้บัตรประจำตัว 41% ซึ่งเป็นหนึ่งใน คะแนนสูงสุดได้รับ สำหรับ Agitoxin 1 อนุวงศ์ 3 ตัวตน 37%; สำหรับสารพิษ TsTxIV ของ Tityus serrulatus (สายพันธุ์ที่เกี่ยวข้อง) เป็นของอนุวงศ์ 12 ก็คือ 36%; สำหรับ Pi1 อนุวงศ์ 6 มันเป็น 34% และ BmPO1 อนุวงศ์ 8 มันเป็น 31% ตัวตนที่มีสารพิษแมงป่องอื่น ๆ ต่ำกว่า 50% ที่เหลือจำเป็น Lys27 ใน charybdotoxin [2] ที่สอดคล้องกับ Lys28 ใน NTX [2] และ [9] จะสอดคล้องกับ Lys14 ใน TC1 อย่างไรก็ตาม TC1 กับครึ่งหนึ่งของเปปไทด์อื่น ๆ ที่มีฟังก์ชั่นที่คล้ายกัน มันได้รับการแสดงโดยฉับด้านกำกับ [2] และ [15] ว่าเว็บไซต์ของการรับรู้ของสารพิษแมงป่องที่สุดอัพเฉพาะสำหรับ K + -channels อาศัยอยู่ในส่วน C ขั้วของโมเลกุลที่แม้จะมีความจริงที่ว่าสำหรับสารพิษบางอย่างเช่น เป็น NTX [10], Pi2 และ PI3 จาก Pandinus นเรศวร [16] ตกค้างบางส่วนของภูมิภาค n- ขั้วยังมีบทบาทสำคัญในการได้รับการยอมรับและมีผลผูกพันกับ K + -channels นี่คือการวิเคราะห์โครงสร้างของ TC1 สนับสนุนความคิดที่ว่าส่วน C ขั้วของเปปไทด์เป็นหนึ่งที่แสดงให้เห็นถึงตัวตนลำดับสูงสุดไปที่อื่น ๆ k + แชลแนลอัพและส่วนที่ไม่มีขั้วอาจจะมีความสำคัญน้อย ดังนั้น TC1 เป็นผู้สมัครที่ดีเยี่ยมสำหรับการกำหนดโครงสร้างสามมิติและฉับเว็บไซต์กำกับเพื่อยืนยันการรับรู้เว็บไซต์ที่มีต่อ k + -channels

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ในที่สุด , เป็นมูลค่าการกล่าวขวัญบางคุณลักษณะเพิ่มเติมที่รับประกันการ tc1 ใน subfamily พิเศษใหม่ของแมงป่อง K - สารพิษที่นี่ alphaktx สกุลดี เพราะมันคือสมาชิกคนแรกของ subfamily 13 เพื่อเริ่มต้นกับ , มันเป็นสั้นที่สุดของทั้งหมดที่รู้จักลำดับของแมงป่อง K - ช่องบล็อค ที่แม้ว่ามีลายเซ็น cxc ลำดับ ,cxxxc ( C 8-12 และ x ใด ๆ กรดอะมิโนกลุ่มกระชับกับสองปีไดสะพานมันขาดทั้งหมด ส่วนที่ถูก และยังขาดความเป็นรูปธรรมส่วนหนึ่งของภูมิภาคอื่น ๆเป็นเกลียวแอลฟาเป็น K - ช่องทางสารพิษ ตัวอย่างเช่น โครงสร้างสามมิติของ ntx ( การแข่งขันเพื่อวิเคราะห์สารพิษในฟิคห้อง 2F ) แสดงที่ตกค้าง lys11 เพื่อ leu20 เป็นสามรอบของแอลฟาเฮลิกซ์ ในขณะที่ thr1 – asn4 ala25 – , cys29 lys33 – tyr37 และมีส่วนร่วมในการต่อต้านแผ่นบีตา - ขนาน [ 14 ] ระหว่างที่สามและสี่ cysteinyl กาก ntx 11 มีกรดอะมิโนในขณะที่ใน tc1 มีเพียงห้า อย่างไรก็ตาม ในส่วนสุดท้ายของ tc1 สารตกค้าง lys14 – tyr23 ทำสอดคล้องมาก k-toxins อื่น ๆด้วยเอกลักษณ์ในการรวม 30 – 40 % ถ้าจะเทียบลำดับด้วยตนเอง ( ข้อมูลไม่แสดง ) , แนะนําช่องว่างเพื่อเพิ่มเอกลักษณ์และการจัดเรียง cysteines ในตำแหน่งเทียบเท่าร้อยละของตนกับ ntx ของ subfamily 2 ( ดู [ 2 ] ) ให้เพิ่มเอกลักษณ์ซึ่งเป็นคะแนนสูงสุดที่ได้รับ สำหรับ agitoxin 1 subfamily 3 ตัวคือ 37% ;สำหรับสารพิษ tstxiv ของ tityus serrulatus ที่เกี่ยวข้อง ( ชนิด ) ของ subfamily 12 มี 36 % ; สำหรับ pi1 ของ subfamily 6 มันคือ 34 % และ bmpo1 ของ subfamily 8 เป็น 31 % ตัวตนกับแมงป่องพิษอื่นๆ ต่ำกว่า 50 % การ lys27 สารตกค้างจำเป็นใน charybdotoxin [ 2 ] ที่สอดคล้องกับ lys28 ใน ntx [ 2 ] และ [ 9 ] จะสอดคล้องกับ lys14 ใน tc1 . อย่างไรก็ตามtc1 ที่มีขนาดครึ่งหนึ่งของเปปไทด์อื่นๆมีฟังก์ชันที่คล้ายกัน มันได้ถูกแสดง โดยฝ่ายกำกับการ [ 2 ] และ [ 15 ] ที่รู้เว็บไซต์ของแมงป่องพิษมากที่สุดป้ายเฉพาะสำหรับ K - ช่องที่อยู่ในส่วนของโมเลกุลซึ่งแม้จะมีความจริงที่ว่ามีสารพิษ เช่น ntx [ 10 ] และ pi2 pi3 จาก pandinus มพิเรเตอร์ [ 16 ]อะไรบางอย่างของภูมิภาคถูกยังมีบทบาทที่สำคัญในการรับรู้ และผูกกับ K - ช่อง ที่นี่การวิเคราะห์โครงสร้างของ tc1 สนับสนุนความคิดที่ว่าส่วนของเปปไทด์ซึ่งเป็นหนึ่งแสดงอัตลักษณ์ลำดับสูงสุดๆ K - แชนเนลบล็อกเกอร์ และส่วนที่ถูกอาจจะสำคัญน้อยกว่า ดังนั้นtc1 เป็นผู้สมัครที่ดีสำหรับการกำหนดโครงสร้างสามมิติและเว็บไซต์โดยตรงของเว็บไซต์เพื่อยืนยันการยอมรับต่อ K - ช่อง