In the present work, we proposed to

In the present work, we proposed to use a new protein–protein docking approach to construct the human CFTR’s NBD1–NBD2 heterodimeric complex based on the crystal structure of human CFTR’s NBD1 and a modeled structure of human CFTR’s NBD2 built
by using NBD1 as a mold. The method requires no a priori knowledge of any dimeric structure of homologous proteins. It also overcomes the potential severe backbone clashing problem in the conventional overlying method. The constructed NBD1–NBD2
model was consistent with the experimentally observed NBD dimers of ABC transporters (see [16] for review). To further validate our model, we docked ATP molecules to the CFTR’s NBD1–NBD2 dimer, and reproduced the observed ATP binding mode in the
NBD1 monomer. Lastly, we used the modeled NBD heterodimer to investigate the interaction between genistein and human CFTR’s NBD dimer by molecular docking. Genistein is an isoflavonoid found in soybeans and soy products that has a prominent effect in
potentiating CFTR channel activity [17–24]. It is regarded as the gold standard for drug screening programs spearheaded by the Cystic Fibrosis Foundation. However, the molecular mechanism of genistein’s activation remains unclear. Based on our computational
results, the putative binding sites of genistein on CFTR were identified, showing consistency with experimental findings.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ในงานนำเสนอ เราเสนอให้ใช้วิธีการเทียบโปรตีน – โปรตีนใหม่เพื่อสร้างของ CFTR มนุษย์ NBD1 – NBD2 heterodimeric ซับซ้อนตามโครงสร้างผลึกของ NBD1 CFTR มนุษย์ และสร้างโครงสร้างการสร้างแบบจำลองของมนุษย์ CFTR NBD2
โดย NBD1 เป็นแม่พิมพ์ วิธีการต้องไม่เป็น priori ความรู้ใด ๆ โครงสร้าง dimeric ของ homologous โปรตีน นอกจากนี้มันยัง overcomes แกนหลักอย่างรุนแรงอาจเกิดขึ้น clashing ปัญหาทั่วไปวิธีการเหล่านั้น NBD1 – NBD2 สร้าง
แบบจำลองไม่สอดคล้องกับ dimers NBD experimentally สังเกตของ ABC ผู้ (ดู [16] สำหรับทบทวน) การตรวจสอบรุ่นของเราต่อไป เราย้ายโมเลกุล ATP ของ CFTR NBD1 – NBD2 ผลิตของ dimer และทำซ้ำสังเกต ATP รวมโหมดในการ
NBD1 น้ำยา สุดท้าย เราใช้ heterodimer NBD สร้างแบบจำลองการตรวจสอบการโต้ตอบระหว่าง genistein และผลิตของ dimer NBD CFTR มนุษย์ โดยเทียบระดับโมเลกุล Isoflavonoid ที่พบในถั่วเหลืองและผลิตภัณฑ์ถั่วเหลืองที่มีลักษณะโดดเด่นคือ Genistein
potentiating CFTR ช่องกิจกรรม [17-24] ถือเป็นมาตรฐานทองคำสำหรับยาตรวจโปรแกรม spearheaded โดยมูลนิธิโบรซิส อย่างไรก็ตาม กลไกระดับโมเลกุลของการเปิดใช้งานของ genistein ยังคงชัดเจน ตามการคำนวณของเรา
ผลลัพธ์ การผูก putative ของ genistein ใน CFTR ถูก identified แสดงความสอดคล้องกับ findings ทดลอง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในการทำงานในปัจจุบันที่เราเสนอให้ใช้วิธีการเทียบท่าโปรตีนใหม่ที่จะสร้าง CFTR มนุษย์ NBD1-NBD2 ซับซ้อน heterodimeric ขึ้นอยู่กับโครงสร้างผลึกของมนุษย์ CFTR ของ NBD1 และโครงสร้างจำลองของมนุษย์ CFTR ของ NBD2 สร้างขึ้น
โดยใช้ NBD1 เป็นแม่พิมพ์ . วิธีการที่ไม่จำเป็นต้องมีความรู้เบื้องต้นของโครงสร้าง dimeric ใด ๆ ของโปรตีนที่คล้ายคลึงกัน นอกจากนี้ยังครอบงำรุนแรงกระดูกสันหลังปัญหาปะทะกันที่อาจเกิดขึ้นในการวางแบบเดิม NBD1-NBD2 สร้าง
รูปแบบที่สอดคล้องกับการสังเกตการทดลอง dimers NBD ขนส่งของเอบีซี (ดู [16] เพื่อการตรวจสอบ) เพื่อตรวจสอบรูปแบบของเราเราเทียบโมเลกุลเอทีพี CFTR ของ NBD1-NBD2 dimer และทำซ้ำโหมดเอทีพีผูกพันสังเกตใน
โมโนเมอร์ NBD1 สุดท้ายเราใช้ heterodimer NBD รูปแบบการตรวจสอบการมีปฏิสัมพันธ์ระหว่าง genistein และ CFTR มนุษย์ NBD dimer โดยโมเลกุลเทียบท่า genistein เป็น isoflavonoid พบในถั่วเหลืองและผลิตภัณฑ์จากถั่วเหลืองที่มีผลต่อการประสบความสำเร็จใน
การออกฤทธิ์กิจกรรมช่อง CFTR [17-24] มันจะถือเป็นมาตรฐานทองคำสำหรับโปรแกรมการตรวจคัดกรองยาเสพติดที่ทันสมัยโดยมูลนิธิโรคปอดเรื้อรัง แต่กลไกระดับโมเลกุลของการเปิดใช้ genistein ยังคงไม่มีความชัดเจน ขึ้นอยู่กับการคำนวณของเรา
ผลเว็บไซต์ที่มีผลผูกพันตามคำเล่าลือของ genistein CFTR ที่ถูกระบุแสดงให้เห็นความสอดคล้องกับผลการวิจัยทดลอง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ในงานปัจจุบัน เราเสนอให้ใช้โปรตีนโปรตีนใหม่–วิธีการสร้างมนุษย์ cftr Docking ของ nbd1 – nbd2 heterodimeric ซับซ้อนขึ้นอยู่กับโครงสร้างผลึกของมนุษย์ cftr เป็น nbd1 และแบบจำลองโครงสร้างของมนุษย์ cftr เป็น nbd2 สร้าง
โดยใช้ nbd1 เป็นแม่พิมพ์ วิธีที่ไม่ต้องใช้ความรู้ใด ๆระหว่างท้องเฟ้อโครงสร้างของฟังก์ชันโปรตีนมันยังเอาชนะหัวใจรุนแรงอาจอึกทึกปัญหาในแบบวางวิธีการ การสร้าง nbd1 – nbd2
รูปแบบสอดคล้องกับการทดลองสังเกตสายของ ABC transporters ไม่สำคัญ ( ดู [ 16 ] เพื่อทบทวน ) เพิ่มเติม ตรวจสอบแบบของเรา เราจอด ATP โมเลกุลของ cftr nbd1 – nbd2 เมอร์และการขยายพันธุ์และ ATP ผูกพันในโหมด
nbd1 โมโนเมอร์ท้ายนี้ เราใช้แบบจําลองไม่สำคัญ heterodimer เพื่อศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างมนุษย์และมันไม่สำคัญ cftr เจนิเมอร์โมเลกุลด้วย Docking . เจนนิสเป็น ISO fl avonoid พบในถั่วเหลืองและผลิตภัณฑ์ถั่วเหลืองที่มีลักษณะพิเศษที่โดดเด่นในกิจกรรม cftr
Professor ช่อง 17 – [ 24 ] มันถือเป็นมาตรฐานทองสำหรับการคัดกรองโปรแกรม spearheaded โดยมูลนิธิ Cystic Fibrosis .อย่างไรก็ตาม กลไกของการกระตุ้นโมเลกุลของเจนิยังไม่ชัดเจน จากผลการคำนวณ
ของเรา นอกจากนี้ เว็บไซต์ของเจนิ cftr ถูกผูกใน identi จึงเอ็ด แสดงความสอดคล้องกับ ndings

จึงทดลอง