Computational capacity has increase

Computational capacity has increased dramatically over the last decade making possible the use of more sophisticated and computationally intensive methods in computer-assisted drug design. However, dealing with receptor flexibility in docking methodologies is still a thorny issue. The main reason behind this difficulty is the large number of degrees of freedom that have to be considered in this kind of calculations. Neglecting it, however, leads to poor docking results in terms of binding pose prediction.[18]
Multiple static structures experimentally determined for the same protein in different conformations are often used to emulate receptor flexibility.[19] Alternatively rotamer libraries of amino acid side chains that surround the binding cavity may be searched to generate alternate but energetically reasonable protein conformations.[

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ความสามารถในการคำนวณได้เพิ่มขึ้นอย่างมากในช่วงทศวรรษที่ผ่านมาทำให้สามารถใช้วิธีการที่เข้มข้นซับซ้อนมากขึ้นและคอมพิวเตอร์ในการออกแบบยาเสพติดโดยใช้คอมพิวเตอร์ช่วย แต่การจัดการที่มีความยืดหยุ่นรับในวิธีการเทียบท่าก็ยังคงเป็นปัญหายุ่งยากเหตุผลหลักที่อยู่เบื้องหลังปัญหานี้เป็นจำนวนมากขององศาอิสระที่จะต้องมีการพิจารณาในชนิดของการคำนวณนี้ ละเลยมัน แต่นำไปสู่​​ผลลัพธ์เทียบท่าไม่ดีในแง่ของความผูกพันก่อให้เกิดการคาดการณ์. [18]
โครงสร้างแบบคงที่หลายกำหนดทดลองสำหรับโปรตีนเดียวกันใน conformations ที่แตกต่างกันมักจะถูกนำมาใช้เพื่อเลียนแบบความยืดหยุ่นรับ[19] ห้องสมุด ROTAMER หรือโซ่ข้างกรดอะมิโนที่ล้อมรอบโพรงผูกพันอาจจะค้นหาในการสร้างทางเลือกที่เหมาะสม แต่เป็นเกลียวโปรตีน conformations. [

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

คำนวณกำลังการผลิตได้เพิ่มขึ้นอย่างมากมากกว่าทศวรรษทำให้สามารถใช้วิธีที่ซับซ้อนมากขึ้น และเร่งรัด computationally ยาคอมพิวเตอร์ช่วยออกแบบ อย่างไรก็ตาม จัดการกับตัวรับความยืดหยุ่นในวิธีการต่อได้ยังคงเป็นปัญหา thorny เหตุผลหลักที่อยู่เบื้องหลังความยากลำบากนี้คือ จำนวนองศาความเป็นอิสระที่มีชนิดของการคำนวณนี้จะเป็น ขนาดใหญ่ อย่างไรก็ตาม neglecting นำไปสู่แง่เทียบยากจนทำนายรวมก่อให้เกิด[18]
หลายโครงสร้างคงกำหนด experimentally สำหรับโปรตีนเดียวใน conformations อื่นมักใช้เพื่อจำลองความยืดหยุ่นตัวรับ[19] หรือ อาจค้น rotamer ไลบรารีของกรดอะมิโนโซ่ด้านที่ล้อมรอบช่องรวมเพื่อสร้างโปรตีนอื่น แต่หรบ ๆ สม conformations[

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

นวัตกรรมความจุมีเพิ่มขึ้นมากในช่วงทศวรรษที่ผ่านมาทำให้เป็นไปได้ในการใช้วิธีการที่ซับซ้อนมากขึ้นและต้องเร่งรัดในการออกแบบคอมพิวเตอร์ - ความช่วยเหลือให้ยา อย่างไรก็ตามการจัดการกับความยืดหยุ่นในการเชื่อมต่อ receptor วืธีดำเนินงานมาตรฐานยังคงเป็นปัญหาที่เต็มไปด้วยหนามเหตุผลหลักที่อยู่เบื้องหลังปัญหานี้คือหมายเลขขนาดใหญ่ในระดับของความเป็นอิสระที่จะต้องได้รับการพิจารณาให้เป็นโรงแรมแห่งนี้ในการคำนวณขนาดของแหล่งจ่ายไฟ ไม่ได้อย่างไรก็ตามการนำไปสู่ผู้น่าสงสารเชื่อมต่อผลในเงื่อนไขของปุ่มลัดท่าการคาดเดา.[ 18 ]
หลายแบบสแตติกโครงสร้างทดลองกำหนดสำหรับที่เดียวกันโปรตีนใน conformations แตกต่างกันมีมักใช้เพื่อจำลอง receptor มีความยืดหยุ่นมากขึ้น[ 19 ],ไลบรารี rotamer ทางเลือกของโซ่ตรวนด้านกรดอะมิโนที่อยู่โดยรอบมีผลผูกพันทางช่องที่อาจต้องทำการตรวจสอบในการสร้าง conformations โปรตีนอื่นแต่กำลังความสามารถที่เหมาะสม.[