Sequencing and phylogenetic analysi

Sequencing and phylogenetic analysis
Plasmids were prepared with the QIAprep Miniprep Kit (Qiagen)
using the manufacturer’s protocol. The cloned fragment was
sequenced with a CEQ DTCS-quick start Kit (Beckman Coulter,
Fullerton, CA, USA) and a CEQ 8000 sequencing system (Beckman
Coulter) using the T7 forward primer.
Phylogenetically unusual nifH sequences were checked for chimeric
characteristics by comparing with the GenBank database
(DNA Databank of Japan, Shizuoka, Japan) using the blastn
program from BLAST search (2) with full-length and partial
sequences, and chimeric nifH sequences were omitted from later
analysis.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การวิเคราะห์ลำดับเบส และ phylogeneticPlasmids ถูกพร้อมชุด Miniprep ของ QIAprep (Qiagen)โดยใช้โพรโทคอของผู้ผลิต ส่วนโคลนได้เรียงลำดับกับ CEQ DTCS ด่วนเริ่มต้นชุด (Beckman Coulterฟูลเลอร์ตัน CA, USA) และระบบจัดลำดับ CEQ 8000 (BeckmanCoulter) ใช้ T7 จะส่งสีรองพื้นลำดับปกติ phylogenetically nifH ถูกตรวจสอบ chimericลักษณะ โดยเปรียบเทียบกับฐานข้อมูลของ GenBank(Databank ญี่ปุ่นดีเอ็นเอ ชิสึโอกะ ญี่ปุ่น) โดยใช้การ blastnโปรแกรมค้นหาระเบิด (2) บางส่วน และปราศจากลำดับ และ chimeric nifH ลำดับได้ละหลังจากวิเคราะห์

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ลำดับและการวิเคราะห์สายวิวัฒนาการพลาสมิดได้จัดทำกับ QIAprep miniprep Kit (Qiagen) โดยใช้โปรโตคอลของผู้ผลิต ส่วนโคลนได้ติดใจกับการเริ่มต้น CEQ DTCS อย่างรวดเร็ว Kit (Beckman Coulter, Fullerton, CA, USA) และ CEQ 8000 ระบบลำดับ (Beckman Coulter) โดยใช้ไพรเมอร์ T7 ไปข้างหน้า. phylogenetically ลำดับ nifH ที่ผิดปกติได้รับการตรวจสอบลูกผสมลักษณะโดยการเปรียบเทียบกับฐานข้อมูล GenBank (DNA Databank ญี่ปุ่นชิสึโอกะประเทศญี่ปุ่น) โดยใช้กล่าวหาโปรแกรมจากการค้นหาระเบิด(2) ที่มีความยาวเต็มรูปแบบและบางส่วนลำดับและลำดับลูกผสม nifH ถูกมองข้ามจากภายหลังการวิเคราะห์

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

และการวิเคราะห์ลำดับเบส
ซึ่งเตรียมด้วย qiaprep miniprep ชุด ( เพิ่ม )
ใช้โปรโตคอลของผู้ผลิต โคลนยีนจำเพาะคือ
กับ CEQ DTCs Quick Start Kit ( Beckman Coulter
, Fullerton , CA , USA ) และ CEQ 8000 ระบบจัดลำดับ ( Beckman Coulter * * 3
) ใช้ forward primer .
phylogenetically ผิดปกติ nifh ลำดับถูกตรวจสอบที่
ลักษณะโดยเปรียบเทียบกับขนาดของฐานข้อมูล
( databank ดีเอ็นเอของประเทศญี่ปุ่น , ชิสึโอกะ ประเทศญี่ปุ่น โดยใช้โปรแกรม blastn
จากการระเบิด ( 2 ) แบบเต็มตัวและบางส่วน
ลำดับ ที่ nifh ลำดับผิดหวัง จากการวิเคราะห์ภายหลัง